A mai Lettország és Észtország területén a 12. század végén olyan hódítás kezdődött, amelynek nyomán a balti törzsek egy része alávetett, keresztény paraszti népességként, a terület politikai és gazdasági irányítása pedig egy német nyelvű, római katolikus elit kezében találta magát. Ez a folyamat nem egyetlen állam alapítását jelentette, hanem egy sajátos, tagolt uralmi rendszer, a későbbi ún. Livóniai Konföderáció kialakulását, amely a Livóniai Rend, a püspökségek és a városok együttműködő – de gyakran vetélkedő – hálózatán nyugodott. A fejezet ezt a középkori állapotot mutatja be, külön hangsúlyt helyezve Riga és a Hanza-kereskedelem szerepére, valamint a társadalmi-nyelvi hierarchia kialakulására. A téma azért is kulcsfontosságú, mert az itt létrejött rendi és gazdasági szerkezet évszázadokra meghatározta a térséget, és a 16. századi nagyhatalmi versengés szereplői is erre az örökségre építettek majd.
A középkori Livónia (latinul Livonia, németül Livland) fogalma hozzávetőlegesen a mai Lettország és Észtország területét fedte le, a Rigai-öböltől egészen a Finn-öböl déli partvidékéig. A terület nem alkotott egységes politikai vagy nyelvi egységet. A Daugava (németül Düna) alsó folyása mentén és a Rigai-öböl partjain a finnugor lívek (livónok) éltek, akikről a terület a nevét kapta. Tőlük délre és keletre balti nyelvű csoportok: kurók, zemgalok (zemgálok), szelók és latgalok helyezkedtek el; ez utóbbiak állnak legközelebb a mai lettek etnolingvisztikai elődeihez. A terület északi részén, a mai Észtországban pedig a észtek törzsei laktak. Írott források hiányában ezeknek a csoportoknak az elhelyezkedését elsősorban régészeti leletekből, nyelvészeti rekonstrukciókból és a későbbi német krónikákból ismerjük, ezért a határok és a belső tagoltság pontosan nem rekonstruálható.
A 12. századra a keleti szláv fejedelemségek, elsősorban Polock (elfogadott belarusz névalakban Polack) és Novgorod, adóztatták a Daugava menti és az északnyugati területek egy részét. Ezzel párhuzamosan a Balti-tenger nyugati partjairól dán és svéd kereskedők, valamint alkalmi misszionáriusok is megjelentek. A kereskedelemben a viasz, a szőrme, a méz és a rabszolgák játszottak fontos szerepet. A helyi törzsek társadalma rétegzett volt: a régészeti kutatások alapján a 10–12. században már megjelentek a katonai kísérettel rendelkező főnökök, erődített települések és távolsági kereskedelemben részt vevő központok. Ez a kép megcáfolja azt a régebbi, egyoldalúan „primitív” balti társadalmat feltételező nézetet, és a mai történészi álláspont szerint a keresztes hódítás nem egy eleve gyenge, szervezetlen térség ellen irányult.
A hódítás kulcsszereplője az 1199-ben vagy 1200-ban felszentelt Albert von Buxthoeven, aki a brémai egyháztartomány befolyását terjesztette ki északkelet felé. 1201-ben a Daugava torkolatánál megalapította Rigát (lettül Rīga), és 1202-ben létrehozta a Kardtestvérek rendje (latinul Fratres Milicie Christi Livoniae, németül Schwertbrüderorden) nevű lovagrendet, amely a püspök katonai eszközeként szolgált. A pápai udvar a livóniai harcokat a keresztes hadjáratokkal egyenrangú, bűnbocsánatot érdemlő küzdelemként ismerte el, ami folyamatos utánpótlást biztosított a katonai elit és a telepesek számára. A hódítás tehát vallási keretet kapott, ám a püspöki politika és a kereskedelmi érdekek legalább ennyire meghatározták a terjeszkedés irányát.
A keresztes hódítás nem volt gyors és egyirányú folyamat. A lívek és az észtek többször fellázadtak; az 1206-os lív felkelést követően a hódítók kegyetlen megtorlást alkalmaztak, ami a korabeli keresztes gyakorlat része volt. Dánia 1219-ben észak-észtországi expedíciót indított, és a mai Tallinn közelében (a hagyomány szerint Lindanise-nél) kiterjesztette fennhatóságát. A dán és a német hódítók közötti versengés a következő évtizedekben ismétlődő konfliktusokat eredményezett. Az 1220-as évekre a német hódítók megszilárdították uralmukat a mai Lettország és Dél-Észtország nagy részén, míg Észak-Észtország dán fennhatóság alatt maradt. A kortársak közötti megosztást világosan mutatja, hogy a hódítás nem „nemzeti”, hanem dinasztikus és rendi érdekek mentén tagolódott.
A Kardtestvérek rendje a püspökkel való ismétlődő joghatósági viták mellett keleti és déli irányban is terjeszkedni próbált. 1236-ban a mai Litvánia területén, a hagyományosan Saule (Šiauliai) környékére helyezett csatában a litvánok és zemgalok súlyos vereséget mértek a rendre. A csata pontos helyszíne és mérete a mai napig vitatott, de következménye egyértelmű: a Kardtestvérek rendje összeomlott. 1237-ben a maradék lovagrend a Német Lovagrendhez (latinul Ordo fratrum domus Sanctae Mariae Theutonicorum Ierosolimitanorum) csatlakozott, és létrejött a Livóniai Rend (németül Livländischer Orden). A Livóniai Rend formálisan a Német Lovagrend része volt, de saját nagymesterrel (helyesebben mesterrel) és saját birtokterülettel rendelkezett, így a gyakorlatban önálló hatalmi tényezőként működött.
A keleti terjeszkedés határát az 1242-es, a Peipus-tó jegén vívott csata jelölte ki, amelyben a novgorodi sereg Alekszandr Nyevszkij vezetésével megállította a Livóniai Rend előrenyomulását. A csata jelentőségét az orosz és a szovjet emlékezetkultúra később felnagyította; a mai történészi értékelés szerint a katonai jelentőség valós volt, de nem akkora, mint amekkorának a 20. századi nemzeti narratívák beállították. A déli irányban a litván törzsek ellenállása évtizedekre lekötötte a Rend erőit, és a 13. század végéig nem sikerült teljesen megtörni a kurók és zemgalok harcát.
A 13. század közepére a hódított terület politikai térképe bonyolult, egymással csak lazán összekapcsolódó alakulatokból állt. A Livóniai Konföderáció nem volt egységes állam: a Livóniai Rend mellett a Rigai érsekség, a Tartui püspökség (Dorpat), a Saare-Lääne püspökség (Ösel-Wiek) és a Kurlandi püspökség alkotta a fő egyházi hatalmi gócokat. Ehhez járultak a jogilag kiváltságolt városok, amelyek közül Riga, Tallinn (akkoriban Reval) és Tartu (Dorpat) emelkedett ki. 1346-ban a dán korona eladta észak-észtországi birtokait a Német Lovagrendnek, amely azokat a Livóniai Rend igazgatása alá helyezte. Ezzel a dán jelenlét megszűnt, és a terület gyakorlatilag teljes egészében a Livóniai Rend, illetve a hozzá kapcsolódó püspökségek és városok fennhatósága alá került.
A Konföderáció belső viszonyait a 13–15. században gyakori torzsalkodások jellemezték. A Rigai érsekség és a Livóniai Rend között időről időre fegyveres konfliktusok robbantak ki, mert mindkettő saját fennhatóságát akarta kiterjeszteni a városra és a kereskedelemre. A széttagoltság ellenére a hatalmi elit nyelvében, jogrendjében és vallásában egységes volt: a hivatali írásbeliség nyelve a latin mellett a közép-alnémet (mittelniederdeutsch) lett, a világi és egyházi irányítók pedig a Németországból érkezett, vagy már a helyi viszonyokba betagozódott nemesi-polgári rétegből kerültek ki. A mai történetírás ezt a csoportot gyakran balti németnek nevezi, de fontos hangsúlyozni, hogy a kifejezés a 19. századi önmeghatározásból származik, és visszavetítése a középkorra félrevezető. A 13–15. századi szereplők magukat elsősorban a rend, az egyház, a város vagy a rendi állás felől azonosították, nem pedig „balti németként”.
A hódítás egyik legmaradandóbb következménye Riga városiasodása és bekapcsolódása a balti-tengeri kereskedelembe. A város már a 13. század első felében a Daugava vízi útján érkező keleti áruk – viasz, szőrme, fa, hamuzsír, méz, valamint a kelet-európai mezőgazdaság terményei – gyűjtő- és elosztópontjává vált. Nyugatról só, posztó, bor, fémfeldolgozási termékek érkeztek. A távolsági kereskedelem megszervezését a Hanza (németül Hanse) kereskedőhálózata biztosította, amely a 13. század második felétől egyre inkább a Balti-tenger és az Északi-tenger közötti forgalom uralkodó intézménye lett. A livóniai városok nem egyszerre és nem hivatalos aktussal csatlakoztak a Hanza-szövetséghez; a hálózat fokozatosan épült ki, és Riga, Tallinn és Tartu a 14. századra a Hanza kelet-balti ágának legfontosabb tagjai közé tartoztak.
A Hanza-kereskedelem nem csupán gazdasági tevékenység volt, hanem jogi és politikai intézményrendszer is. A hanzás városok közösen léptek fel a vámokkal szemben, tárgyaltak a dán, svéd és orosz fejedelmekkel, és kereskedelmi kiváltságokat szereztek. Riga esetében a városi tanács a közép-alnémet nyelvet használta hivatalos írásbeliségében, és a polgárjogot – legalábbis a teljes jogút – elsősorban német nyelvű keresztény kereskedők és kézművesek nyerhették el. Ez a helyi lakosság és a betelepülők közötti etnikai és jogi választóvonalat erősítette. A helyi lakosok részt vehettek a piacokon és a szolgáltató tevékenységekben, de a városi önkormányzatból, a céhekből és a nagykereskedelemből jobbára kiszorultak. Ez a városi etnikai munkamegosztás a kora újkorig fennmaradt.
A hódítás nyomán a földbirtokok jelentős része a fordulat előtti helyi előkelőktől a Livóniai Rend, a püspökségek és azok vazallusai kezébe került. A hódítók által betelepített, katonai szolgálatot vállaló nemesek adták a vidéki hatalom bázisát. Alárendelt helyzetben a korábbi szabad balti és finnugor paraszti közösségek maradtak, amelyek földhasználati joga fokozatosan szűkült. A 13. század második felében a függőség még nem volt azonos a késő középkori, intézményesült jobbágysággal, amely csak a 14–15. században vált általánossá. A parasztoknak terményadóval, robotmunkával és egyházi tizeddel kellett szolgálniuk; mozgási szabadságuk idővel korlátozódott, és a helyi paraszti földközösségek a földesúri allódiumokhoz kapcsolódtak.
A társadalmat a rendi elkülönülés mellett nyelvi-kulturális hierarchia is tagolta. A hivatalos írásbeliség latin és közép-alnémet volt, a helyi nyelvek – a lett előzményeinek tekinthető latgal, a lív, az észt – a paraszti és alávetett rétegek beszélt nyelveként maradtak fenn. A keresztény hittérítést folytató papok egy része helyi nyelveken is kommunikált, de a források ezt csak esetlegesen rögzítik. A nők szerepe a krónikákban szinte nem jelenik meg; a paraszti nők a mezőgazdasági munkában és a háztartásban egyaránt dolgoztak, de jogi pozíciójukról csak közvetett, későbbi forrásokból tudhatunk. A városi nők közül az özvegyek esetenként folytathatták férjük mesterségét, ám ez nem változtatott a férfiak dominálta céhrendszeren.
A balti német uralom tehát a hódítás eredményeként kialakult, többrétegű és változékony rendszer volt. Nem beszélhetünk egységes nemzeti elnyomásról, mert a korabeli jogi és társadalmi kategóriák nem etnikai alapon szerveződtek; ugyanakkor a nyelvi választóvonal élesen elválasztotta az uralkodó eliteket a parasztságtól és a városi alsóbb rétegektől. Ez az alapállapot a kora újkorban a svéd, lengyel és orosz hódítás után is fennmaradt, és a balti német elitek egészen a 19–20. századig megőrizték domináns helyzetüket a térségben.
A hódítás történetére vonatkozó legfontosabb elsődleges forrás a Henrik Livóniai krónikája (latinul Heinrici Chronicon Livoniae), amely az 1180-as évektől 1227-ig tárgyalja az eseményeket. A krónika egyházi szerzője a hódítás résztvevőjeként írt, és a keresztény terjeszkedés szempontjából ítélte meg a történteket, ezért a helyi lakosság ellenállását gyakran egyoldalúan, a megtérítendő „pogányság” keretében ábrázolja. A 13. század végi Livóniai Rímes Krónika a Livóniai Rend szemszögéből, lovagi-udvari stílusban mondja el a korai történetet. A okleveles anyag, a városi könyvek és a hanzás iratok a jogi és gazdasági viszonyokra adnak részletesebb képet, de ezek is a hódítók intézményeinek termékei.
A legnagyobb bizonytalanság a helyi, nem német lakosság nézőpontjának rekonstruálásában van. A lívek, lettek, észtek és más balti csoportok nem hagytak hátra saját írásos elbeszélést ebből a korszakból; nyelveik írásbelisége csak a reformáció után bontakozott ki. A régészeti feltárások és nyelvészeti adatok fontos kiegészítést nyújtanak, de az egyes csaták méretére, a lakosság számára és a hódítás áldozataira vonatkozóan nincsenek megbízható számok. A Saule-i csata pontos helyszíne és a szemben álló felek tényleges erőviszonyai is vitatottak. Hasonlóképpen bizonytalan, milyen mély volt a keresztény hit felvétele a paraszti közösségekben; a későbbi források arra utalnak, hogy a pogány szokások egy része sokáig fennmaradt.
A mai történészi értelmezések megoszlanak abban, hogy a livóniai eseményeket mennyiben érdemes keresztes háborúként vagy inkább gyarmatosító hódításként olvasni. Egyes értelmezések a pápai bullák és a lovagrendek vallási retorikáját hangsúlyozzák, mások a gazdasági motivációkat, a földéhséget és a Hanza-kereskedelem érdekeit helyezik előtérbe. A konszenzusos álláspont szerint a két tényező nem választható szét: a hódítás vallási igazolást kapott, de anyagi és hatalmi céljai legalább olyan erősen formálták a folyamatot. Az emlékezetpolitikai használat is eltérő: az észt és lett nemzeti elbeszélés a 19. század óta a „700 éves német iga” képét hangsúlyozta, míg a balti német emlékezet sokáig a kultúráltató és civilizáló küldetést emelte ki. A mai történetírás mindkét egyoldalú képet kritikusan kezeli.