A Fülöp-szigetek spanyol uralma nem egyetlen ütközetben, hanem az 1565-ös Legazpi-expedíciótól induló, mintegy fél évszázadon át tartó folyamatban épült ki. A hódítás félrevezető lenne, ha egységes, előre megtervezett katonai hadjáratot értenénk rajta: a spanyol korona a 16. század közepén elsősorban a fűszer- és Kína-kereskedelem elérését kereste, a szigetvilág pedig csak fokozatosan vált a Csendes-óceánon átívelő spanyol birodalom egyik csomópontjává. Ez az alfejezet a korábbi iszlám szultanátusok és tengeri kereskedelmi hálózatok világából indítva tárgyalja, hogyan jött létre 1565-ben egy tartós spanyol telep Cebuban, hogyan lett Manila 1571-től a gyarmat fővárosa, és miként kapcsolta össze a galleon-kereskedelem a szigeteket a mexikói ezüst és a kínai áruk globális körforgásával.
Bár a spanyol gyarmati hódítás kezdetét hagyományosan 1565-re teszik, az előzmények nélkül nehezen érthető a kolónia jellege. Ferdinand Magellán (Fernão de Magalhães) expedíciója 1521-ben érte el a szigetcsoportot. A flotta Cebuba hajózott, ahol a helyi uralkodó, a forrásokban Rajah Humabonnak nevezett datu felvette a keresztséget, és szövetségre lépett a spanyolokkal. A közeli Mactan szigetén azonban az expedíció fegyveres konfliktusba keveredett a helyi vezető, Lapu-Lapu embereivel. A csatában 1521. április 27-én Magellán életét vesztette. Az eseményről Antonio Pigafetta, a hajóút krónikása adott részletes beszámolót, ám a helyi szóbeli hagyomány és a későbbi emlékezetpolitika is sajátos értelmezést alakított ki; Lapu-Lapu ma a gyarmati ellenállás nemzeti jelképe, Magellán megítélése pedig a katolikus hithirdetéstől a hódítóként való elutasításig terjed.
Az első kapcsolatfelvétel nem vezetett azonnali megszálláshoz. A spanyol korona számára a 16. század közepéig a Fűszer-szigetek (Maluku) elérése volt a fő cél, ám az 1529-es Zaragozai szerződés a portugáloknak engedte át a térség kereskedelmi érdekeltségét, a Csendes-óceánon túli útvonal pedig még nem volt kiépítve. Ruy López de Villalobos expedíciója 1542-ben érte el a szigeteket, és a mai Leyte és Samar környékén járt. Villalobos a szigetcsoportot a spanyol trónörökös tiszteletére Las Islas Filipinasnak nevezte el, ami később az egész gyarmat nevére is átöröklődött. Az expedíció azonban nem tudott tartósan megtelepedni, és a visszaút kérdése is megoldatlan maradt.
A spanyol hódítás tehát nem egyszerűen katonai hódítást jelentett, hanem egy olyan útvonal megtalálását is, amely a szigeteket összeköti az új-spanyolországi alkirálysággal. Enélkül a kolónia nem kaphatott volna utánpótlást, katonai védelmet és – ami a legfontosabb – ezüstöt a kínai áruk megvásárlásához. A megoldás kidolgozása a Legazpi-expedícióhoz kapcsolódik.
Miguel López de Legazpi 1564-ben kapott megbízást Új-Spanyolország alkirályától, hogy expedíciót vezessen a Csendes-óceánon átnyugatra. A flotta 1564 novemberében indult el, navigátora Andrés de Urdaneta, egy korábbi hajós és ágostonos szerzetes volt, aki már járt a Fűszer-szigeteken. 1565 februárjában érkeztek meg a mai Fülöp-szigetek középső részére, és a korábbi Magellán-expedíció színhelyén, Cebuban kísérelték meg a letelepedést.
A Cebu-i partraszállás nem volt vértelen. A helyi uralkodó, a forrásokban Rajah Tupas néven ismert datu és közössége ellenállt, de a spanyolok fegyveres erővel kikényszerítették a megegyezést. 1565 júniusában megalakult az első tartós spanyol telep, amelyet a spanyol források Villa del Santísimo Nombre de Jesús néven említettek; a név a Magellán expedíciójától örökölt, máig tisztelt Santo Niño-képre utal. Legazpi az Új-Spanyolországból hozott spanyol gyakorlat szerint városi tanácsot (cabildo) hozott létre, ami a koloniális igény jogi kifejeződése volt.
A Cebu-i telep azonban önmagában nem bizonyult életképesnek. A szigetek tengeri kereskedelmi hálózata nem Cebura összpontosult, hanem északabbra, a Manila környéki folyótorkolatokra és a déli szultanátusok kikötőire. Legazpi 1565 végén és 1566-ban több expedíciót is indított, hogy felmérje a viszonyokat, és fokozatosan kiterjesztette a spanyol befolyást a közeli szigetekre, például Panayra. A Cebu-i támaszpont stratégiailag fontos volt, mert közel feküdt a Cebu-szoroshoz, de a kereskedelmi forgalom később mégis északra húzódott.
A Legazpi-expedíció egyik legfontosabb eredménye nem a hódítás, hanem a visszaút felfedezése volt. Urdaneta 1565-ben a nyugati szelek és az áramlások ismeretében északi szélességeken hajózott vissza Acapulcóba. Ez a manőver tette lehetővé, hogy a Csendes-óceánon állandó kapcsolat jöjjön létre a szigetvilág és Új-Spanyolország között. Az Urdaneta-útvonalnak nevezett hajózási gyakorlat később a galleon-kereskedelem alapjává vált.
A spanyol gyarmati rendszer kiépítésének döntő lépése volt a Luzon-sziget nyugati partján fekvő Manila elfoglalása. A mai főváros területén a 16. század közepén egy kiterjedt, a folyótorkolat és a tengeri kereskedelem által összekötött településhálózat létezett. A spanyol források Maynilának vagy Maniának írják, és a helyi hatalmi központokat, például Tondo és Maynila datu-it említik. Az uralkodók közül Rajah Matanda, Rajah Sulayman és Lakandula neve ismert, bár a források a nevek és a rokoni kapcsolatok tekintetében nem mindig egyértelműek.
A spanyolok először 1570-ben Martín de Goiti vezetésével felderítő expedíciót indítottak. A fegyveres összecsapások után a helyi uralkodók részben elismerték a spanyol fennhatóságot, részben azonban visszavonultak és a folyó menti településeket felégették. 1571-ben maga Legazpi hajózott északra, és júniusban hivatalosan is megalapította a spanyol várost a mai Intramuros területén. A spanyol források a városalapítást a spanyol monarchia iránti hűség és a katolikus misszió retorikájával legitimálták; a helyi hatalmi elitek számára azonban a spanyol jelenlét kezdetben egy újabb szövetséges vagy rivális megjelenését jelenthette a szigetközi politikai versengésben.
Manila azért vált a gyarmat fővárosává, mert a folyótorkolat kiváló kikötőt biztosított, és a település már a hódítás előtt is kapcsolatban állt a kínai, japán, brunei és más délkelet-ázsiai kereskedőkkel. A spanyolok itt nem egy lakatlan területet szálltak meg, hanem egy meglévő tengeri kereskedelmi csomópontot vettek ellenőrzésük alá. A Manila környéki tagalog nyelvű közösségek barangay-szervezete, a helyi adózás és a datu-k szerepe a spanyol közigazgatás alapjává vált, bár a hódítás ezeket a struktúrákat jelentős részben átalakította.
A spanyol Fülöp-szigetek gazdasági alapját nem a gyarmati ültetvénygazdaság, hanem a Manila–Acapulco galleon-kereskedelem adta. Az 1565-ös Urdaneta-útvonal tette lehetővé, hogy évente egy vagy több hajó közlekedjen a Fülöp-szigetek és az új-spanyolországi Acapulco között. A kereskedelem tengelye a következő volt: a spanyolok a mexikói és perui ezüstbányák termeléséből ezüstöt szállítottak Manilába, ahol azzal kínai selymet, porcelánt, lakktárgyakat, fűszereket, gyöngyöt és más árukat vásároltak. A kínai árukat főleg a dél-kínai partokról érkező, szingapúri vagy maláj közvetítésű kereskedők szállították, akiket a spanyol források sangley néven különböztettek meg.
A galleon-kereskedelem állami monopólium volt: a spanyol korona korlátozta a hajók számát, a rakomány értékét és a résztvevők körét, hogy ellenőrizze a jövedelmet és megakadályozza a túlzott ezüstkiáramlást. A gyakorlatban azonban a kereskedelem résztvevői – a manilai spanyol hivatalnokok, a helyi bennszülött és kínai kereskedők, valamint a mexikói üzletemberek – gyakran megkerülték a szabályokat. A hivatalos útvonal mellett illegális, ún. szálkás kereskedelem is folyt; a hajókon utazó magánszemélyek saját árut is felvittek.
A galleon-kereskedelem nem csupán gazdasági, hanem társadalmi és kulturális hatásokkal is járt. A manilai kikötőben és az Intramuros környéki Parián nevű kínai negyedben a kínai kereskedők és kézművesek állandó közösséget alkottak. A spanyolok, a helyi tagalog és pampanga elitek, a kínai bevándorlók, valamint a Mexikóból érkező tisztségviselők és szerzetesek együttélése fokozatosan egy új, városi kultúrát alakított ki. Ugyanakkor a galleon-kereskedelemmel járó gazdagság konfliktusokat is szült: a spanyol anyaországi kereskedők féltékenyen nézték a manilai ezüstforgalmat, a helyi adófizetők pedig a kereskedelem hasznából alig részesültek. A galleon-kereskedelem virágkora a 17. században teljesedett ki, de alapjait már az 1570–1580-as években lerakták.
A spanyol hódítás második fél évszázada a gyarmati intézmények kiépítésével telt. A spanyol korona a helyi lakosság adóztatására építette a gyarmat fenntartását. A korábbi barangay-egységek vezetőiből lettek az adószedés legkisebb egységeinek felelősei; a spanyol források ezeket cabeza de barangaynek nevezték. A tribute nevű fejadót a spanyolok a helyi termelés értéke alapján vetették ki, és kezdetben természetben, később részben pénzben szedték. A gyakorlat azonban hamar visszaélésekhez vezetett: az encomienda rendszerben a spanyol korona egy-egy encomenderónak adta egy meghatározott terület lakosságának adójövedelmét, cserébe a hittérítés és a védelem kötelezettségéért. A rendszer a gyakorlatban gyakran kizsákmányoláshoz vezetett, és a visszaélések már a 16. század végétől tiltakozást váltottak ki egyes egyházi személyek, például Domingo de Salazar manilai püspök részéről.
A spanyol gyarmati hatalom a lakosság térbeli ellenőrzésére is törekedett. A reducción néven ismert gyakorlat során a szétszórt, kisebb településeket nagyobb, templom körüli központokba telepítették át. Ez a folyamat a spanyol forrásokban a hittérítés és a „polgárosítás” retorikájával jelenik meg, de a helyi közösségek számára gyakran erőszakos lakóhely-változtatást, a hagyományos földhasználat feladását és a spanyol hatalomhoz való kényszerű alkalmazkodást jelentett. A reducción és az adóztatás együttesen hozzájárult ahhoz, hogy a falusi közösségek fokozatosan beépüljenek a spanyol gyarmati állam szerkezetébe.
Az egyház szerepe a spanyol hódításban nem csupán vallási volt. A patronato real jogintézménye alapján a spanyol korona kapta a térítés és az egyházszervezés jogát, és ennek fejében az uralkodó nevezte ki a főbb egyházi tisztségeket, illetve gondoskodott a missziók anyagi támogatásáról. Az első szerzetesek az ágostonosok voltak, akik 1565-ben Urdanetával érkeztek. Később a ferencesek (1578), a jezsuiták (1581) és a domonkosok (1587) is megjelentek. A szerzetesrendek nemcsak hitet térítettek, hanem gyakran a helyi nyelveket is megtanulták, katekizmusokat írtak, és az iskolai oktatás kezdeteit is megszervezték. A Doctrina Christiana 1593-as kiadása az egyik legkorábbi, a szigeteken nyomtatott könyv, amely spanyolul és tagalogul is közölt vallási szövegeket. Az egyházi jelenlét ugyanakkor a helyi vallási gyakorlatok elnyomásával is járt; a spanyol missziók szerzetesei a bennszülött rítusokat babonaságnak tekintették, és üldözték azokat, akik a katolikus tanítástól eltérően gyakorolták hitüket.
A spanyol hódítás nem egyszerű ellenségeskedés és alávetés volt, hanem a helyi elitek részvételével zajló, alkudozásokkal és szövetségkötésekkel tarkított folyamat. A Manila környéki tagalog datu-k egy része, miután katonailag vereséget szenvedett, elfogadta a spanyol fennhatóságot, megkeresztelkedett, és megtartotta helyi befolyását a cabezas de barangay intézményén keresztül. Más csoportok, például a mai Pampanga tartomány lakói, viszonylag hamar bekapcsolódtak a spanyol hódítás katonai és gazdasági szervezetébe. A spanyol források azt sugallják, hogy a helyi elitek gyakran saját érdekeik szerint használták ki a spanyol jelenlétet a riválisokkal szemben.
Ugyanakkor a spanyol terjeszkedéssel szembeni fegyveres ellenállás sem szűnt meg. Az 1574-es Limahong-támadás nem helyi lázadás, hanem egy kínai kalózflotta támadása volt, amely rávilágított a gyarmati védelem gyengeségére, és a spanyolok a helyi pampanga és tagalog harcosok segítségével verték vissza. Az esemény fontos következménye lett a kínai közösség iránti bizalmatlanság erősödése és a katonai védelem megszervezése. Bár a támadás nem a bennszülött ellenállás példája, a spanyolok és a helyi szövetségesek együttműködését jól mutatja.
A tényleges, tartós ellenállás a szigetvilág déli részén alakult ki. A Sulu és Maguindanao szultanátusok a hódítás előtti iszlám kereskedelmi hálózat részei voltak, és a spanyolok megjelenését nemcsak katonai fenyegetésnek, hanem vallási és kereskedelmi riválisnak is tekintették. A spanyol források ezeket a közösségeket gyakran moro néven említették, ami az Ibériai-félsziget reconquistájának szókincséből származik, és ma már gyarmati kategóriaként problematikus. A spanyol hódítás a déli szigeteken soha nem vált olyan teljessé, mint Luzon északi és középső részén. A konfliktusok a 16. század végétől kezdve fel-fellángoltak, és a „spanyol–moro háborúk” néven ismert sorozat egészen a 19. századig eltartott. A déli szultanátusok megtartották politikai és vallási különállásukat, ami a későbbi Fülöp-szigeteki államon belüli regionális feszültségek egyik történelmi gyökere lett.
A belső területeken is maradtak olyan közösségek, amelyeket a spanyol hódítás nem tudott tartósan ellenőrzés alá vonni. A Luzon északi részén fekvő Cordillera hegyi közösségei, például a mai ifugao és bontoc népek ősei, a spanyol missziók és katonai expedíciók ellenére megőrizték önállóságukat. A spanyol források ezeket a csoportokat gyakran „vad” vagy „pogány” hegyi törzsekként írták le, ami a gyarmati kategorizálás tipikus példája. A hegyi ellenállás és a síksági spanyol ellenőrzés közötti határvonal később is megmaradt.
A 16. század végére a spanyol Fülöp-szigetek gyarmati állama kirajzolódott. Az uralkodót a gobernador general képviselte, aki a gyakorlatban széles katonai, igazgatási és kegyúri jogkörrel rendelkezett. Manila városában működött a cabildo, a spanyol telepesek önkormányzati szerve. A spanyol korona 1583-ban Real Audienciát állított fel Manilában, amely bíróságként és a kormányzó ellenőrzésére szolgáló testületként is működött; működése ugyan megszakításokkal folyt, de a gyarmati jogszolgáltatás intézményes keretét adta. A tartományokban a spanyol hatalom képviselői az alcalde mayorok és corregidorok voltak, akik az adószedést, a rendfenntartást és a helyi szintű közigazgatást felügyelték.
A gyarmati állam fenntartása a helyi lakosság munkájára is támaszkodott. A polo y servicio néven ismert kényszermunka keretében a falusi férfiakat meghatározott időre közmunkára, hajóépítésre, erődítési munkákra vagy más állami feladatokra rendelhették. Ez a rendszer a spanyol gyarmati hatalom gazdasági alapját képezte, ugyanakkor a helyi közösségek számára súlyos terhet jelentett. A 16. század végi spanyol szerzetesek közül többen – köztük a jezsuita misszionáriusok – kritizálták az encomendero-k és hivatalnokok visszaéléseit, ami azt mutatja, hogy a gyarmati rendszeren belül is voltak viták a hódítás és az adóztatás erkölcsi határairól.
A gyarmati állam kiépülésének folyamatában a spanyol hatalom nem egyoldalúan a „spanyol” kultúrát ültette át a szigetekre. A spanyolok, a helyi tagalog, bisaya és más nyelvű közösségek, a kínai kereskedők, valamint a Mexikóból érkező hivatalnokok és szerzetesek közötti folyamatos interakció egy új, kreol kultúra kialakulásához vezetett. A Manila környéki konyha, nyelv, vallási gyakorlat és társadalmi szerkezet egyaránt ennek a keveredésnek a nyomait viseli. Ez azonban nem feledtetheti, hogy a gyarmati rendszer alapvetően erőszakkal és kényszerrel tartotta fenn magát, és a hódítás emberi és társadalmi költségei a helyi lakosságot sújtották.
A spanyol hódítás történetének rekonstrukciója elsősorban spanyol nyelvű elsődleges forrásokra támaszkodik. A Magellán-expedícióról Antonio Pigafetta krónikája, a Legazpi-expedícióról pedig többek között a spanyol tisztek jelentései, a királyi rendeletek és a manilai hatóságok levelezése adnak képet. A galleon-kereskedelem működésére vonatkozóan az Archivo General de Indias sevillai gyűjteménye számos hajórakomány-jegyzéket, engedélyt és pert őriz. A déli szultanátusok történetéhez a tarsila néven ismert, arab írással írt maláj nyelvű genealógiai és uralkodói krónikák is fontos források, bár ezeket is a spanyol uralom alatt, többnyire később jegyezték le.
A források egyoldalúsága miatt a helyi közösségek szemszögét gyakran csak közvetve, a spanyol leírásokból vagy a későbbi etnográfiai és régészeti kutatásokból ismerjük. A hódítás előtti népesség nagyságára vonatkozó becslések rendkívül bizonytalanok; a spanyol adóösszeírások és a missziós jelentések alapján csak hozzávetőleges, széles sávban mozgó adatokat lehet közölni. A Manila körüli barangay-ok számáról, a helyi adózás pontos mértékéről és a hódítással járó demográfiai változásokról a tudományos becslések eltérnek, és ezeket nem szabad pontosan mért adatként kezelni.
Vitatott értelmezés a spanyol hódítás kulturális örökségének megítélése is. A gyarmatosítás korabeli és későbbi apologetikus elbeszélései gyakran hangsúlyozták a kereszténység, az írásbeliség és az egységes államiság bevezetését mint „civilizációs” hozadékot. A modern posztkoloniális történetírás ezzel szemben a hódítás erőszakos jellegét, a helyi autonómiák felszámolását és a gazdasági kizsákmányolást helyezi előtérbe. A két megközelítés nem egyszerűen ténykérdés, hanem különböző történelmi és emlékezetpolitikai keretek közötti vita. A mai Fülöp-szigeteki közbeszédben a spanyol hódítás egyszerre jelenik meg a katolikus hit és a nemzeti identitás forrásaként, valamint a bennszülött közösségek elnyomásának kezdeteként.
A hódítás katonai részleteiben is maradnak bizonytalanságok. A csaták lefolyása, a részt vevő harcosok száma és a helyi elitek közötti szövetségek természete a spanyol beszámolók alapján rekonstruálható, de ezek a források gyakran eltúlozták a spanyol győzelmeket, és a vereségeket kisebbítették. A mai történetírás ezért a spanyol katonai jelentéseket nem tekinti semleges forrásnak, hanem a hódítók érdekeit tükröző konstrukcióként elemzi.