A 12. század végére a Bizánci Birodalom – amely egykor a Földközi-tenger keleti medencéjének meghatározó hatalma volt – mély strukturális válságba került. A Komnénosz-dinasztia 1185-ös bukása után gyors egymásutánban váltották egymást a trónbitorlók, miközben a birodalom peremén új katonai hatalmak – a normann Szicília, a második Bolgár Cárság és a szerb fejedelemségek – egyre nagyobb területeket szakítottak ki. Ebbe a feszültségekkel terhes helyzetbe érkezett 1202–1204-ben a negyedik keresztes hadjárat (Quarta expeditio sacra), amelynek eredeti célja Egyiptom vagy a Szentföld lett volna, de pénzügyi kényszerek és politikai érdekek hatására Velence irányításával Konstantinápoly ellen fordult. A bizánci főváros 1204-es elfoglalása nem csupán a város kifosztását jelentette: a Latin Császárság és a frank fejedelemségek létrejöttével a bizánci állam átmenetileg megszűnt, a helyi ortodox lakosság pedig idegen, katolikus hatalom alá került. A széthullás azonban nem volt teljes: három görög utódállam – a Nikaiai Császárság, az Epiruszi Despotátus és a Trapezunti Császárság – fenntartotta a bizánci politikai és kulturális hagyományt, és közülük Nikaia 1261-ben visszafoglalta Konstantinápolyt. A restaurált Bizánc azonban már csak árnyéka volt korábbi önmagának: a 13–14. században a szerb és bolgár államok a bizánci hanyatlást kihasználva regionális nagyhatalommá nőtték ki magukat, ami hosszú távon a Balkán erőviszonyainak alapvető átrendeződését vetítette előre.
A 12. század nagy részében a Komnénosz-dinasztia (1081–1185) stabilizálta a bizánci államot. I. Alexiosz, II. Ióannész és I. Manuel császár visszaszerezte a kis-ázsiai partvidék egy részét, visszaverte a normann inváziókat, és bonyolult diplomáciai játékot folytatott a keresztes államokkal, Velencével és a Magyar Királysággal. Ez a restauráció azonban törékenynek bizonyult. A dinasztia hatalma nagymértékben támaszkodott a császár személyes presztízsére és a katonai arisztokrácia lojalitására; amint a trónon gyengébb uralkodó ült, a rendszer belső feszültségei felszínre törtek.
1185-ben a Komnénoszok utolsó uralkodóját, I. Andronikoszt megbuktatták, és a trónt az Angelosz-dinasztia szerezte meg. Az Angeloszok uralkodása (1185–1204) alatt a birodalom gyors ütemben veszítette el kohézióját. Két irányból is nyomás nehezedett rá: Bulgáriában 1185–1186-ban felkelés tört ki, amely a második Bolgár Cárság megalakulásához vezetett, és a birodalom elveszítette a Balkán-hegységtől délre eső területek nagy részét; Szerbiában pedig a Nemanjić-dinasztia egyre önállóbb politikát folytatott, kihasználva a bizánci belviszályokat. A Magyar Királyság időnként beavatkozott a balkáni ügyekbe, és elfoglalta Dalmácia egyes részeit, míg a normann Szicília 1185-ben elfoglalta és feldúlta Thesszalonikit, a birodalom második legnagyobb városát.
A belső válságot súlyosbította a pénzügyi kimerülés. A Komnénosz-kor látványos külpolitikai sikereit jelentős költségek árán érték el; az Angeloszok alatt a kinestár kiürült, a hadsereg létszáma csökkent, és a birodalom egyre inkább zsoldosokra szorult. A provinciákban a helyi arisztokrácia egyre inkább saját érdekei szerint cselekedett, és a központi hatalom ellenőrzése meggyengült. Ezt a helyzetet használta ki a IV. Alexios Angelos trónkövetelő, aki 1201–1202-ben nyugatra menekült, és segítséget kért sógorától, Sváb Fülöptől, valamint a keresztes hadjárat vezetőitől.
A negyedik keresztes hadjárat meghirdetését III. Ince pápa 1198-ban hirdette ki, azzal a céllal, hogy a Szentföldet visszafoglalja a muszlimoktól. A hadjárat azonban már kezdetben pénzügyi gondokkal küzdött: a résztvevő lovagoknak szállítóhajókra volt szükségük, és ezeket a Velencei Köztársaság (Serenissima Repubblica di Venezia) biztosíthatta. A velencei doge, Enrico Dandolo – aki ekkor már idős és vak volt, de rendkívül tapasztalt politikus – hajlandó volt a flottát rendelkezésre bocsátani, de cserébe a kereszteseknek 85 000 ezüstmárkát kellett fizetniük. Mivel a keresztes sereg létszáma a vártnál sokkal kisebb volt, az összeget nem tudták előteremteni.
A velenceiek ekkor alkut ajánlottak: a keresztesek segítsenek nekik elfoglalni a dalmáciai Zára (Zadar) városát, amely a velencei érdekszférába tartozott, de a magyar király hűségére tért. Zára 1202-es ostroma és elfoglalása már önmagában is botrányos volt, mivel a város keresztény közösség volt, és a magyar király szintén keresztény uralkodó volt; III. Ince pápa ezért kiátkozta a kereszteseket és a velenceieket. A kiátkozást később visszavonták, de az eset mutatta, hogy a hadjárat eredeti célja már ekkor háttérbe szorult.
Eközben a trónját vesztett IV. Alexios Angelos herceg megkereste a kereszteseket és Velencét. Azt ígérte, hogy ha visszasegítik a bizánci trónra, akkor: 1) aláveti a görög egyházat Rómának, 2) 200 000 ezüstmárkát fizet, 3) tízezer katonát ad a keresztes seregnek, és 4) részt vesz a Szentföldre induló hadjáratban. Az ajánlat vonzónak tűnt a pénzhiánnyal küzdő keresztesek és a bizánci kereskedelemből nagy hasznot remélő Velence számára. A döntést azonban súlyos belső ellentétek kísérték: a hadjárat egyes résztvevői – köztük Simon de Montfort – tiltakoztak a keresztény hatalom elleni fordulat ellen, és elhagyták a sereget. A többség azonban elfogadta a tervet, így a flotta 1203-ban Konstantinápoly felé indult.
A kortárs források – a bizánci történetíró, Niketasz Khóniatész (Niketas Choniates, 1155 k.–1217) és a nyugati krónikás, Geoffroi de Villehardouin (kb. 1150–1213) – eltérően értékelik a felelősséget. Villehardouin a velencei szempontot védi, és a tervet Isten akarataként állítja be; Niketasz Khóniatész viszont cinikus, kapzsi, hitszegő kalandorokként írja le a támadókat. A modern történetírásban vita van arról, hogy a konstantinápolyi kitérő előre megtervezett volt-e, vagy a körülmények sodorták-e a sereget a bizánci főváros felé. A legtöbb kutató szerint Velence anyagi és kereskedelmi érdekei, valamint a bizánci trónviszály kihasználása döntő szerepet játszott, és a hadjárat már 1202–1203-ban elveszítette szent jellegét.
1203 nyarán a keresztes flotta elfoglalta a Boszporusz partján fekvő Galata negyedet, majd áttörte a főváros felé vezető láncot, és a város ellen vonult. A harcok során III. Alexiosz császár elmenekült, és a trónt rövid időre a visszahelyezett IV. Alexiosz foglalta el. Az ígért fizetség azonban elmaradt: a kinestár üres volt, és a császár nem tudta teljesíteni vállalásait. A helyzet 1204 elején tovább romlott, amikor egy udvari összeesküvés megbuktatta és meggyilkolta IV. Alexioszt. Az új uralkodó, V. Alexiosz Dukasz – akit Murzuphlosz néven is ismertek – mereven elutasította a keresztesek követeléseit, és a város védelmére készült.
A keresztesek és a velenceiek ekkor megegyeztek, hogy erővel elfoglalják Konstantinápolyt, és a birodalmat maguk között felosztják. 1204. április 12–13-án a támadók betörtek a városba. A három napig tartó fosztogatás során felbecsülhetetlen értékű műkincsek semmisültek meg vagy kerültek nyugatra; a kortársak szerint a keresztesek kifosztották a templomokat, megszentségtelenítették az oltárokat, és meggyalázták a sírokat. A lakosság egy részét lemészárolták, sokakat megerőszakoltak, és az értékeket elrabolták. Niketasz Khóniatész leírása szerint még a muszlimok is emberségesebben viselkedtek volna. A város eleste után a bizánci elit nagy része elmenekült; a birodalom területét a győztesek Partitio Romaniae néven ismert szerződésben osztották fel.
A létrejött Latin Császárság (Imperium Romaniae) élén I. Balduin flandriai gróf állt, akit 1204. május 16-án császárrá koronáztak. A császárság közvetlen irányítása alá a Konstantinápoly környéki területek és Trákia egy része tartozott, míg a birodalom többi része hűbéri viszonyban álló latin államokra bomlott: a Szaloniki Királyságra, az Akháj Fejedelemségre, az Athéni Hercegségre, a Naxoszi Hercegségre és más kisebb birtokokra. Velence nem hódított nagy területeket, de megszerezte a legfontosabb kikötőket és szigeteket – köztük Krétát, Euboiát és a Peloponnészosz partvidékét –, és ezzel ellenőrzése alá vonta a keleti kereskedelem útvonalait. A pápa, III. Ince, hivatalosan elítélte a keresztesek Konstantinápoly elleni támadását, de később elfogadta a Latin Császárságot, remélve, hogy az egyházi unió megvalósulhat.
A Partitio Romaniae értelmében a görög területek nagy része latin hűbéres fejedelemségekbe került. A Szaloniki Királyság (Regnum Thessalonicae) a frank nemes, Montferrati Bonifác vezetése alatt jött létre, aki Thesszáliát, Makedóniát és a mai Görögország északi részét ellenőrizte. Az Akháj Fejedelemség (Principauté d’Achaïe) a Peloponnészosz nagy részét foglalta magában, és a francia Villehardouin család irányította; ez a fejedelemség rendkívül jól dokumentált, és a latin uralom egyik legstabilabb államalakulata volt. Az Athéni Hercegség (Ducat d’Athènes) kezdetben burgundiai Frank családok kezén volt, és a 14. században katalán zsoldosok vették át az irányítást, akik sajátos katonai szervezetet működtettek. A Naxoszi Hercegség (Ducato di Nasso) a velencei Sanudo család birtoka lett az Égei-szigeteken.
A frank uralom alatt a görög lakosság jogilag alávetett helyzetbe került. A latin hatalom bevezette a nyugati típusú hűbériséget, a földbirtokok a latin bárók kezére kerültek, a görög ortodox papságot pedig nagyrészt kiszorították. A katolikus egyház hierarchiája latin püspököket állított a görög püspökök fölé, és az ortodox lakosságot eretnekként kezelte. Ez a vallási és társadalmi elnyomás hosszú távon megerősítette a görög identitás ellenálló vonásait: a helyi lakosság számára a bizánci (római) identitás és az ortodox vallás a latin uralommal szembeni önmeghatározás alapja lett. Ugyanakkor a latin uralom nem volt teljesen egységesen elnyomó: egyes latin bárók pragmatikus együttműködésre törekedtek a görög földbirtokosokkal, és a velencei kereskedelem bizonyos görög városoknak gazdasági fellendülést hozott. A források szerint a vegyes házasságok és a mindennapi érintkezés ellenére a két közösség közötti társadalmi határ tartós maradt.
A frank fejedelemségek azonban folyamatos katonai nyomás alatt álltak. Az Epiruszi Despotátus északról, a Nikaiai Császárság keletről támadta őket, és a bolgár cár, Kaloján 1205-ben győzelmet aratott a latin seregen, elfoglalva a Latin Császárság trákiai területeit. A 13. század folyamán a latin államok lassan zsugorodtak, és 1261 után már csak a Peloponnészosz, Athén és néhány sziget maradt latin kézen, ám ezek is egyre inkább a bizánci restauráció és később a török terjeszkedés fokozatos fenyegetése alá kerültek.
A görög ellenállás három központja jött létre. A Nikaiai Császárság (Basileia tōn Rhōmaiōn, Nikaia) Kis-Ázsia északnyugati részén alakult ki, és a Laskaris, majd a Palaiologosz család irányította. Nikaia fokozatosan a bizánci restauráció legerősebb bázisává vált: megőrizte a bizánci államigazgatás, a hadsereg és az egyház folytonosságát, és aktív külpolitikát folytatott mind a latin hatalmak, mind a szeldzsuk szomszédok ellen. Az Epiruszi Despotátus (Despotaton tes Epeirou) Epirusz és Thesszália területén szerveződött meg, és a Dukasz, majd az Orsini család irányította; ez az állam időnként riválisa volt Nikaiának a bizánci trón igényében, és 1224-ben elfoglalta Thesszalonikit, bár a város később visszakerült a latinokhoz, majd a nikaiaiakhoz. A Trapezunti Császárság (Basileia tōn Megalōn Komnēnōn) a Fekete-tenger partján, a Komnénoszok leszármazottai irányításával jött létre, és a távolabbi régióban még évszázadokig fennmaradt, de a fő bizánci politika alakulásában csak korlátozottan vett részt.
A restauráció központi alakja VIII. Mikhaél Palaiologosz (1259–1282) volt. 1259-ben a Nikaiai Császárság hadvezére, majd társuralkodója legyőzte az Epirusz és az Akháj Fejedelemség koalícióját a Pelagoniai csatában, ami megtörte a latin államok katonai erejét. 1261-ben nikaiai csapatok – kihasználva, hogy a latin császár serege északon harcolt – bevonultak Konstantinápolyba, és visszaállították a bizánci uralmat. VIII. Mikhaél 1261. augusztus 15-én vonult be a városba, és császárrá koronázták. A Latin Császárság gyakorlatilag megszűnt; a száműzött latin császár és utódai címüket megtartották, de hatalmuk már csak néhány szigetre korlátozódott.
A restauráció azonban nem hozta vissza a régi Bizáncot. A birodalom területe töredékére zsugorodott, a főváros gazdasága kimerült, a hadsereg gyenge volt, és a nyugati hatalmak – különösen a nápolyi Anjou-királyság – folyamatosan fenyegették. VIII. Mikhaél kénytelen volt kompromisszumot kötni a pápasággal: 1274-ben a lyoni zsinaton elfogadta az egyházi uniót, hogy elhárítsa a nyugati invázió veszélyét. Ez a döntés azonban hatalmas ellenállást váltott ki a bizánci egyházban és társadalomban, és az unió végül nem valósult meg. A Palaiologosz-kor (1261–1453) tehát a hanyatlás és a széthúzás időszaka volt: a birodalom kis-ázsiai területei fokozatosan a török bejliknek estek áldozatul, a balkáni provinciákban pedig a szerb és bolgár államok erősödtek meg.
A bizánci hanyatlás lehetőséget teremtett a balkáni szláv államok terjeszkedésére. A második Bolgár Cárság (Bǎlgarsko tsarstvo) a 13. század elején, Kaloján (1197–1207) és II. Iván Aszen (1218–1241) uralkodása alatt a régió legerősebb hatalmává vált: elfoglalta Trákiát, Makedóniát és Epirusz egy részét, és átmenetileg a Latin Császárság legjelentősebb szárazföldi területeit is ellenőrizte. A bolgár cári udvar Bizánc mintájára szerveződött, és a bolgár egyház ismét patriarchátusi rangot kapott. A 13. század közepén a bolgár hatalom meggyengült, mivel belső viszályok és a tatár inváziók gyengítették.
Szerbia ezzel párhuzamosan lépett elő regionális hatalommá. A Nemanjić-dinasztia uralkodói – I. Stefan Nemanja (1166–1196) és utódai – fokozatosan kiterjesztették uralmukat Dél-Szerbia, Koszovó és a tengerparti területek felé. A 13. század végén és a 14. század elején a szerb királyság meghódította Észak-Makedóniát, és beavatkozott a bizánci belviszályokba. A folyamat csúcspontja IV. Stefan Dušan (más számozás szerint Dušan cár, 1331–1355) uralkodása alatt következett be: Dušan elfoglalta Epiruszt, Thesszáliát és Makedónia nagy részét, és 1346-ban Szkopjéban császárrá (cárrá) koronáztatta magát, megalapítva a Szerb Császárságot (Srpsko carstvo). A szerb császár önmagát a „szerbek és görögök császára” címmel ruházta fel, ami egyértelmű kihívást jelentett a bizánci császári ideológiával szemben. Dušan törvénykönyve, a Dušan törvénykönyve (Dušanov zakonik, 1349 és 1354) a korabeli jogi gondolkodás fontos emléke, és a szerb középkori államiság egyik alappillére.
A bolgár és szerb terjeszkedés térképe a 14. század közepén rendkívül töredezett volt: Bizánc területe a fővárosra és néhány part menti városra zsugorodott, a bolgár cárság belső válságokkal küzdött, a szerb császárság pedig nem élte túl Dušan halálát, és részekre bomlott. Ez a fragmentált politikai tér magyarázza, hogy miért tudott a 14. század közepén megjelenő Oszmán Birodalom viszonylag gyorsan teret nyerni a Balkánon: a szembenálló államok képtelenek voltak közös fellépésre, mert egymás ellen harcoltak, és mindegyik a bizánci örökség jogutódjának tekintette magát. A középkori balkáni államalakulatok története így közvetlen előzménye az oszmán hódításnak, amelyet a következő fejezetek tárgyalnak.
A negyedik keresztes hadjárat eseményei viszonylag jól dokumentáltak, de a források elfogultak. A nyugati krónikák – elsősorban Villehardouin és Clari Róbert – a keresztesek szemszögéből írnak, és gyakran igazolni igyekeznek a Konstantinápoly elleni fordulatot. A bizánci oldalt Niketasz Khóniatész képviseli, akinek beszámolója részletes, de erősen érzelmi töltetű, és a latin uralom iránti gyűlölet hatja át. A későbbi bizánci restauráció történetét főként Georgiosz Akropolitész és Georgiosz Pakhümerész krónikái alapján ismerjük, akik a Nikaiai Császárság, majd a Palaiologosz-kor hivatalos történetírói voltak. A latin uralom görög társadalmi hatásairól kevés közvetlen forrás áll rendelkezésre; a kutatók főként oklevelekből, birtoklistákból és egyházi iratokból tudnak következtetni.
A vitatott kérdések közé tartozik a velencei szerep megítélése: egyes történészek szerint Velence tudatosan terelte Konstantinápoly ellen a hadjáratot, mások szerint a döntés a körülmények kényszeréből, nem pedig hosszú távú tervből fakadt. A frank uralom görögországi jellegét illetően szintén vita folyik: egyes kutatók a latin hódítást pusztító megszállásként értelmezik, mások hangsúlyozzák, hogy a frank fejedelemségek hoztak magukkal bizonyos nyugati kormányzati és jogi intézményeket, amelyek hosszú távon hatottak a régió fejlődésére. A 13–14. századi szerb és bolgár terjeszkedés kronológiáját és az etnikai viszonyokat a források gyakran ellentmondásosan írják le; a modern történetírásban továbbra is vita, hogy milyen mértékben nevezhető „nemzeti” államnak a középkori Szerbia vagy Bulgária, és mennyiben volt dinasztikus-birodalmi képződmény.