Az 1941. áprilisi szétverést követően Bosznia-Hercegovina területe az újonnan kikiáltott Független Horvát Állam (Nezavisna Država Hrvatska, NDH) része lett. Ez a korszak – ahogyan A jugoszláv Bosznia című alfejezetben látható volt – a két háború közötti jugoszláv állam feszültségeiből, a horvát nemzeti elégedetlenségből és a tengelyhatalmak 1941-es beavatkozásából következett. Az 1941–1945 közötti háború Boszniában egyszerre volt megszállás, polgárháborús jellegű nemzeti-vallási konfliktus és antifasiszta fegyveres ellenállás; áldozatai között a boszniai zsidóság, a szerbek, a romák és a muszlim lakosság egyaránt megtalálható. Az alfejezet az NDH uralmát, a partizánmozgalmat, a jasenovaci tábor szerepét és a boszniai áldozatok kérdését tárgyalja, különös tekintettel arra, hogy a források és a történeti értelmezések mennyire megosztottak.
Jugoszlávia felosztása nyomán Bosznia-Hercegovina gyakorlatilag egész területe az NDH-hoz került. Az 1941. április 10-én kikiáltott horvát állam élén Ante Pavelić és az usztasa (Ustaša) mozgalom állt. A Független Horvát Állam formálisan olasz–német érdekszférákra oszlott: Bosznia nagy része olasz befolyási övezetbe, északi és keleti része német katonai ellenőrzés alá került, de a polgári közigazgatás és a rendfenntartás az NDH szervei kezében maradt. Az NDH alkotmányosnak mondott berendezkedése a totális állam képét mutatta: a rezsim egyszerre szervezte meg saját fegyveres erőit, államvédelmi szerveit és a tömeges erőszakot végrehajtó milíciákat.
A megszálló német és olasz hadsereg jelenléte mellett Boszniában három, egymással is harcoló hazai fegyveres formáció működött. Az NDH hadserege (Hrvatsko domobranstvo) és az usztasa milícia a horvát állam erőszakszervezeteit alkotta. A boszniai szerbek egy része a monarchista csetnikekhez (Četnici) csatlakozott, amelyek a királyi Jugoszlávia visszaállítását tűzték ki célul, de időről időre együttműködtek a megszállókkal a partizánok ellen. A harmadik erőt a Josip Broz Tito vezette partizánmozgalom jelentette, amely – kezdetben kommunista maggal – 1941 nyarától fokozatosan tömegtámogatásra tett szert, éppen a lakosságot ért atrocitások miatt.
Az NDH uralma Boszniában nem egyszerűen idegen megszállás volt, hanem egy olyan állam által gyakorolt hatalom, amely a horvát nemzetállamot kívánta megteremteni, és ennek érdekében a „nem horvát” lakosságot ellenségként kezelte. Ez a hozzáállás a boszniai társadalom soknemzetiségű szerkezetét közvetlenül támadta. A horvát nacionalista ideológia a boszniai muszlimokat „a horvát nemzet virágának” tekintette, ami lehetőséget adott egy részüknek a rezsimbe való integrálódásra, ugyanakkor a szerbeket, zsidókat és romákat faji alapon üldözte.
Az NDH már 1941 tavaszán és nyarán faji jellegű törvényeket hozott, amelyek mintája a náci Németország jogalkotása volt. A faji törvények megtiltották a szerbek, zsidók és romák számára a gazdasági tevékenység jelentős részét, elrendelték vagyonuk elkobzását, és megfosztották őket állampolgári jogaiktól. Boszniában ezek a rendelkezések különösen súlyos következményekkel jártak, mivel a tartomány lakosságának körülbelül fele szerb, jelentős része pedig muszlim és zsidó volt. A zsidó közösség elsősorban Szarajevóban és néhány nagyobb városban élt; 1941 nyarán vagyonukat lefoglalták, majd a lakosságot gettókba és ideiglenes táborokba gyűjtötték.
A legismertebb, dokumentált atrocitássorozat a boszniai szerbek ellen irányult. Az usztasa milícia 1941 nyarán és őszén számos településen hajtott végre tömeges kivégzéseket, kiűzéseket és kényszertérítéseket. A boszniai ortodox szerbeket arra kényszerítették, hogy térjenek át a római katolikus hitre, vagy hagyják el otthonaikat. Az erőszak kiterjedt a vidékre, különösen a Krajina, Kelet-Bosznia és a Drina folyó völgyének településeire. A túlélők beszámolói, a későbbi bírósági eljárások anyagai és a kommunista hatóságok által 1945 után felvett jegyzőkönyvek részletesen rögzítették a gyilkosságokat, a nők elleni erőszakot és a templomrombolásokat. Ugyanakkor a források egy része a háború utáni jugoszláv állam hivatalos, politikailag motivált áldozatszámait tükrözi, ezért a konkrét veszteségek megállapítása ma is vitatott.
A boszniai zsidóság sorsa különösen tragikus volt. A szarajevói zsidó közösséget, amely a 19. század végétől jelentős szefárd és askenázi elemekkel rendelkezett, 1941 nyarán koncentrálták. Az NDH hatóságai a német megszállókkal együttműködve 1941 őszétől transzportokba szervezték a zsidókat, és a horvátországi táborokba – elsősorban Jasenoac-ba –, illetve a német megsemmisítő táborokba deportálták őket. A szarajevói zsidóság túlnyomó többsége a háború alatt életét vesztette; a pontos számot a kutatás 8 000 és 12 000 fő közé teszi. A túlélők egy része a partizánokhoz csatlakozott, vagy olasz fennhatóság alatt maradt területekre menekült, ahol 1943-ig viszonylagos biztonságban élhetett. A dokumentált történeti tény, hogy az NDH saját közigazgatási és katonai szervei aktívan részt vettek a zsidók deportálásában; ez nem csupán német nyomásra történt, hanem a rezsim saját antiszemita ideológiájából következett.
A romák üldözése ugyancsak szisztematikus volt. Az NDH a cigány lakosságot faji ellenségként kezelte, és 1942-től tömegesen internálta őket. A jasenovaci táborban a roma áldozatok száma a legalaposabb becslések szerint 15 000 és 20 000 között lehet, de a teljes NDH területén a romák elleni népirtás áldozatainak száma ennél magasabb, és a források hiányossága miatt nehezen pontosítható.
A partizánmozgalom 1941. július 4-i általános felkelésre szólító felhívása nyomán Boszniában is megindult a fegyveres ellenállás. A kezdeti felkelők egy része nem kommunista, hanem szerb parasztokból állt, akik az usztasa terror elől a hegyekbe menekültek, és önvédelmi csoportokba szerveződtek. Ezt a spontán felkelést a kommunista párt fokozatosan saját irányítása alá vonta. A boszniai hegyvidék – a Kozara, a Romanija, a Jahorina, a Grmeč és később a Bihácsi Köztársaság térsége – hamarosan a partizánháború legfontosabb bázisává vált.
A partizánok stratégiai sikere Boszniában több tényezőre vezethető vissza. Egyrészt a nemzeti megbékélés jelszava – a „testvériség-egység” (bratstvo i jedinstvo) – vonzó alternatívát jelentett az usztasa és a csetnik mozgalom etnikai kizárólagosságával szemben. A kommunista vezetés azt hirdette, hogy a háború után a délszláv népek egyenrangú föderációban élhetnek; ez a boszniai szerbek, horvátok és muszlimok egy része számára elfogadhatóbb volt, mint a faji tisztogatás. Másrészt a megszállók és a hazai kollaboráns erők által elkövetett atrocitások a lakosságot a partizánok karjaiba hajtották. A német hadsereg 1942-ben Kozara térségében végrehajtott büntetőhadjárata során több ezer civilt gyilkoltak meg, és tízezreket deportáltak munkatáborokba; ez az esemény hosszú távon növelte a partizánok támogatottságát.
A partizánmozgalom boszniai szerepe meghatározó volt az egész jugoszláv háború szempontjából. 1942 novemberében a bihácsi körzetben tartották a AVNOJ (Antifašističko vijeće narodnog oslobođenja Jugoslavije, Jugoszlávia Népfelszabadító Antifasiszta Tanácsa) első ülését, amely a későbbi új jugoszláv állam politikai előfutárának tekinthető. 1943. november 29-én Jajcében tartották meg a második ülést, ahol kimondták Jugoszlávia föderatív alapokon történő újjászervezését. Ez a boszniai város így az új, kommunista Jugoszlávia szimbolikus szülőhelye lett. A dokumentált tény, hogy Bosznia területe adott otthont a jugoszláv partizánmozgalom központi intézményeinek, magyarázza azt is, hogy a későbbi szocialista Jugoszláviában Bosznia-Hercegovina kiemelt szerepet kapott.
A boszniai muszlim lakosság háborús tapasztalata sokszínű volt. Az NDH a muszlimokat horvátnak tekintette, és egyes muszlim vezetők együttműködtek a rezsimmel, ami a későbbi emlékezetpolitikai vitákban a „muszlim kollaboráció” vádját eredményezte. Ugyanakkor sok boszniai muszlim csatlakozott a partizánokhoz, és a háború alatt a muszlim településeket a csetnik milíciák támadták. Különösen Kelet-Boszniában, Foča, Goražde és Višegrad környékén a csetnikek tömeges erőszakot követtek el a muszlim lakosság ellen. Ezek az atrocitások a háború polgárháborús jellegét mutatják, és azóta is a boszniai emlékezetpolitika legérzékenyebb pontjai közé tartoznak.
A jasenovaci koncentrációs tábor az NDH által létesített legnagyobb megsemmisítő komplexum volt, amely a Száva folyó mentén, a mai Horvátország területén működött. Bosznia szempontjából Jasena kiemelt jelentőséggel bír, mert az onnan deportált áldozatok jelentős része boszniai szerb, zsidó és roma volt. A táborrendszer 1941 augusztusától 1945 áprilisáig működött, és több altábort foglalt magában. A foglyokat kényszermunkára, éheztetésre, kivégzésekre és tömeges deportálásokra használták. A jasenovaci őrök és parancsnokok az usztasa mozgalom tagjai voltak; a tábor működtetése az NDH belügyminisztériumának és az usztasa felügyeleti szolgálatnak (Ustaška nadzorna služba, UNS) volt alárendelve.
A jasenovaci áldozatok számának kérdése a délszláv történeti irodalom egyik legvitatottabb témája. A háború utáni jugoszláv hatóságok – elsősorban a kommunista párt és a titói állam – a tábor áldozatainak számát hivatalosan 600 000 és 700 000 közé tették. Ezt az adatot a jugoszláv szocialista történetírás évtizedekig hivatalos tényként kezelte. Az 1980-as évektől a független kutatás – mindenekelőtt a horvát demográfus Vladimir Žerjavić és a szerb Bogoljub Kočović munkássága – sokkal alacsonyabb, 80 000 és 100 000 közötti áldozatszámot valószínűsített. Ezt a tartományt ma a legtöbb nemzetközi kutató – így a jeruzsálemi Yad Vashem és a washingtoni United States Holocaust Memorial Museum munkatársai – elfogadja. A vitatott számok közötti eltérés elsősorban a háború utáni jugoszláv állam propagandacéljaira, a hiányos anyakönyvi adatokra és a háború alatti népmozgások követhetetlenségére vezethető vissza. Fontos hangsúlyozni, hogy a jasenovaci áldozatok döntő többsége szerb, roma, zsidó és horvát antifasiszta volt, de a boszniai szerbek és zsidók aránya az áldozatok között jelentős.
Bosznia-Hercegovina teljes háborús emberveszteségét a második világháború után különböző becslések próbálták meghatározni. A kommunista korszak hivatalos adatai szerint Jugoszlávia 1,7 millió embert vesztett, amiből Bosznia részesedése aránytalanul magas volt. A mai történeti demográfia – ismét Žerjavić és Kočović, majd a későbbi boszniai kutatások – úgy számol, hogy a háború következtében Bosznia-Hercegovina mintegy 300 000–350 000 lakost veszített, beleértve a harcokban elesetteket, az erőszakos halált halt civil áldozatokat és a deportáltakat. Ez a becslés is bizonytalan, hiszen a jugoszláv királyság népszámlálási adatai és a háború alatti nyilvántartások hiányosak. A muszlim lakosság a csetnik atrocitások miatt, a szerb lakosság az usztasa terror miatt, a zsidó közösség pedig a deportálások és a táborok miatt szenvedett aránytalanul nagy veszteségeket.
A boszniai áldozatok ügye a háború utáni emlékezetpolitika központi elemévé vált. A szocialista Jugoszlávia a „fasiszta terror áldozatai” közös narratíváját hirdette, és a nemzeti sérelmeket igyekezett a föderatív egység érdekében visszafogni. A partizán harc emlékművei, a közös megemlékezések és a „népfelszabadító háború” hivatalos kultusza mind azt a célt szolgálták, hogy a veszteségek fölötti nemzeti vitákat elnyomják. Ez a politika azonban csak részben tudta feldolgozni a háború valós etnikai dimenzióit. Az 1990-es évek boszniai háborújában az 1941–1945 közötti emlékezet ismét felszínre tört: a szerbek a jasenovaci szenvedést hangsúlyozták, a horvátok az NDH áldozataiként elszenvedett partizán megtorlásokat, a bosnyákok pedig a csetnik atrocitásokat. A háborús emlékezet tehát nem múlt el 1945-ben, hanem újraértelmeződött a későbbi konfliktusokban.
A háború utolsó szakaszában, 1944–1945-ben a partizánok fokozatosan felszabadították Boszniát. A Vörös Hadsereg 1944 őszi balkáni előrenyomulásával párhuzamosan a jugoszláv partizánok nagy offenzívákat indítottak. Az NDH hadserege és az usztasa erők visszavonultak, de 1945 tavaszán még tartották a főváros, Szarajevó egyes részeit. A város felszabadítása 1945. április 6-án fejeződött be, ami a szocialista Jugoszláviában hivatalos ünnep lett. A visszavonuló NDH csapatok és a velük menekülő civilek tömege Ausztria felé indult; a háború utáni megtorlások – amelyeket Bleiburg neve alatt ismer a történeti irodalom – elsősorban Horvátországhoz kötődnek, de a boszniai muszlim és horvát menekültek egy része is érintett volt. Ezeknek a megtorlásoknak a dokumentálása hosszú ideig tabunak számított, és a mai napig éles történeti és politikai viták tárgya.
A partizán győzelem Boszniában egyúttal a kommunista hatalomátvétel előkészítését is jelentette. A föderatív Jugoszlávián belül Bosznia-Hercegovina önálló köztársaság státuszt kapott, ami – tekintettel a háború alatti etnikai feszültségekre – politikai kompromisszumot tükrözött. A tartományi határokat lényegében a monarchikus Jugoszlávia belső határai mentén állapították meg, de a háborús választóvonalak és az áldozati emlékezet mély nyomokat hagytak a lakosságban.
A második világháborús boszniai eseményekre vonatkozó forrásanyag rendkívül gazdag, de egyenetlen. Elsődleges forrásnak számítanak az NDH törvényei és rendeletei, az usztasa és a partizán katonai parancsnokságok jelentései, a német és olasz megszálló szervek dokumentumai, valamint a háború utáni bírósági perek anyagai. A jasenovaci tábor működéséről fennmaradtak fogolylisták, őrségi jelentések és a túlélők visszaemlékezései, de a tábor adminisztrációjának nagy részét a háború végén megsemmisítették. A zsidó áldozatok számát a jeruzsálemi Yad Vashem és más intézmények által összegyűjtött névlisták alapján pontosítják, de a roma áldozatok esetében a forráshiány súlyosabb.
A legnagyobb bizonytalanság a teljes boszniai emberveszteség mértékét érinti. A kommunista korszak hivatalos jugoszláv adatai – amelyek az 1,7 milliós országos áldozatszámot állították – a mai kutatás szerint jelentősen túlzóak, részben azért, mert a háború utáni jóvátételi igények és a nemzeti áldozatkép politikai céljait szolgálták. Az 1980-as évek demográfiai revíziója ugyanakkor maga is vitákat váltott ki, különösen a jasenovaci számok ügyében; a horvát és a szerb történeti irodalom máig eltérő hangsúlyokat képvisel. A tudományos konszenzus a jasenovaci áldozatok 80 000–100 000 fős tartományában van, de ez az érték továbbra is becslés, mert a hiányzó anyakönyvek miatt a pontos szám nem állapítható meg.
Az emlékezetpolitikai állításoktól meg kell különböztetni a dokumentált tényeket. Dokumentált tény, hogy az NDH törvényei és szervei üldözték a szerbeket, zsidókat és romákat, és hogy a jasenovaci táborban tömeges gyilkosságok történtek. Vitatott értelmezés viszont, hogy a partizánmozgalom mennyire volt képes meghaladni a nemzeti ellentéteket, és hogy a háború alatti etnikai erőszak milyen mértékben volt előzménye az 1990-es évek konfliktusainak. A „fasiszta terror” jugoszláv emlékezete és a „hazaáruló” NDH képe olyan emlékezetpolitikai állítás, amelyet a rendszerváltás utáni történetírás részben felülvizsgált, de a társadalmi nyilvánosságban ma is erős maradt.