Az 1941. áprilisi tengelyhatalmi invázió után nemcsak Jugoszlávia szűnt meg, hanem a mai Szerbia területe is több megszállási övezetre és államalakulathoz tartozó egységre esett szét. A Szerbiát érintő második világháborús eseményeket az előző alfejezet végén tárgyalt első Jugoszlávia felbomlásának közvetlen következményeként kell értelmezni (lásd Az első Jugoszlávia és Szerbia). A szerbiai megszállás azonban nem csupán idegen uralmat jelentett: a német katonai közigazgatás alatt működő kollaboráns adminisztráció, a megszállók elleni fegyveres felkelés, majd a két fő ellenállási mozgalom közötti polgárháború, végül pedig a zsidóság szinte teljes megsemmisítése olyan traumát hagyott hátra, amely a könyv lezárásának 2026-os időpontjában is meghatározza a szerbiai történeti emlékezetet.
A Jugoszlávia elleni német, olasz, magyar és bolgár támadás 1941. április 6-án kezdődött, és a hadsereg összeomlása után, 17-én a kormány aláírta a fegyverszünetet. Szerbia központi területeit a német Wehrmacht szállta meg, és a szerbiai német katonai parancsnok (Befehlshaber Serbien) közvetlen katonai közigazgatása alá helyezte. Ez a terület – a mai Szerbia központi része, Belgráddal, Šumadijával és a Morava völgyével – korlátozott autonómiát kapott, de a tényleges hatalom a német megszálló hatóságok kezében volt.
A mai Vajdaság területe nem tartozott egységesen ide: a Bánság (Banat) formálisan a szerb terület része volt, de a gyakorlatban a helyi német kisebbség (Volksdeutsche) önigazgatást kapott, a Bácska (Bačka) és a baranyai háromszög magyar fennhatóság alá került, a Szerémség (Srem) nagy részét pedig a Független Horvát Állam (Nezavisna Država Hrvatska) csatolta magához. Dél felé a mai Koszovó területének legnagyobb részét Olaszországhoz, az ún. Nagy-Albánia (Shqipëria e Madhe) konstrukciójához kapcsolták, míg Vranje környéke és a mai Észak-Macedónia egy része bolgár megszállás alá esett. A Dél-Szerbia (Južna Srbija) kifejezést a megszállók nem használták, de a kortárs közigazgatás és a későbbi emlékezet ezzel jelöli a bolgár zónát. E felosztás miatt a Nedić-kormány által kormányzott „Szerbia” területe csak a mai szerb állam központi részét fedte le, és nem azonos a mai Szerbiával.
A német katonai közigazgatás 1941 nyarán hívta életre a Nedić-kormányt (Vlada nacionalnog spasa), amelyet Milan Nedić, a jugoszláv királyi hadsereg volt tábornoka vezetett. A kormány 1941. augusztus 29-én alakult meg, és a „Nemzeti Megmentés Kormánya” nevet vette fel. Hatásköre a belső rend fenntartására, az oktatásra, a gazdaság egyes területeire és a szociális ügyekre terjedt ki, de a közbiztonság, a hadiipar és a zsidókérdés a német hatóságok kezén maradt.
A Nedić-rezsim ideológiája a szerb nacionalizmus és az antibolsevizmus volt: a német megszállást a „szerb faj” megmentésének eszközeként állította be, és a kommunizmus elleni küzdelmet hangsúlyozta. A gyakorlatban azonban a kormány a megszállók érdekeit szolgálta: átvette a német rendeleteket, nyilvántartotta a zsidó lakosságot, segítette a munkaszolgálatra való behívást, és saját fegyveres ereje, a Szerb Állami Őrség (Srpska državna straža) részt vett a megszállókkal közös műveletekben. A szélsőjobboldali ZBOR (Jugoszláv Népi Mozgalom Zbor) szervezete, Dimitrije Ljotić vezetésével, önkéntes alakulatokat (Srpski dobrovoljački korpus) állított fel, amelyek szintén a megszállók oldalán harcoltak. A Nedić-kormány és a csetnikek viszonya összetett volt: hivatalosan egymással szemben álltak, mert a csetnikek a londoni emigráns jugoszláv kormányt ismerték el, de a partizánok elleni küzdelemben időnként együttműködtek, és a csetnikek fegyvert, ellátmányt vagy biztonságos átvonulást kaptak a Nedić-féle erőktől.
A megszállás elleni fegyveres felkelés 1941. július 7-én tört ki Belgrádtól délre, és hamarosan két, egymással is versengő mozgalom bontakozott ki. A partizánok (partizani) a Jugoszláv Kommunista Párt (Komunistička partija Jugoslavije) vezetésével, Josip Broz Tito irányításával szerveződtek; céljuk nemcsak a megszállók kiűzése, hanem a társadalmi forradalom is volt. A másik oldalon a csetnikek (četnici) Draža Mihailović vezérkari ezredes parancsnoksága alatt álltak, és a monarchista jugoszláv állam helyreállítását tűzték ki célul; mozgalmuk magja a Ravna Gora-i mozgalom volt, hivatalos nevükön Jugoszláv Hadsereg a Hazáért (Jugoslovenska vojska u otadžbini).
A két erő 1941 őszéig rövid ideig együttműködött, de a német megtorlások és az ideológiai ellentétek felbomlasztották a szövetséget. A Wehrmacht a felkelésre adott válaszként tömeges kivégzéseket hajtott végre, ami a csetnikek stratégiáját megváltoztatta: Mihailović a nyílt harc helyett a szerb lakosság védelmét és a fegyveres erők konzerválását helyezte előtérbe, ami a megszállókkal és a Nedić-kormánnyal való taktikai együttműködéshez vezetett. A partizánok ezzel szemben a harc fokozását hirdették, de 1941 telére Szerbiában visszaszorultak, fő erőiket Boszniába kellett átcsoportosítani. A szerb vidéken a csetnikek váltak a legnagyobb fegyveres erővé, és a Nedić-kormány hallgatólagos támogatásával gyakran a partizánok elleni fellépésre koncentráltak.
A két mozgalom közötti harcot a történetírás polgárháborúnak tekinti, bár a megítélés vitatott: egyes szerzők a csetnikek tevékenységét elsősorban kollaborációként, mások a szerb lakosság védelmére irányuló kényszerpályaként értelmezik. A partizánmozgalom 1943-tól, a szövetségesek támogatásának elnyerésével párhuzamosan erősödött meg újra, és 1944-re már a legjelentősebb ellenállási erővé vált, míg a csetnikek fokozatosan elvesztették a nyugati támogatást.
A szerbiai háború legsúlyosabb atrocitásai a német megtorlási rendelet (Sühnebefehl) nyomán történtek: a Wehrmacht parancsa szerint minden egyes német katonáért 100, minden megsebesültért 50 túszt kellett kivégezni. A tömeges kivégzések elsődleges célpontjai a zsidó férfiak és a romák voltak, később kommunisták és más civilek is. 1941. október 20–21-én a kragujevaci tömegmészárlás (masakr u Kragujevcu) során a leggyakrabban idézett adat szerint 2778 embert öltek meg, köztük több száz diákot; más becslések 2300 és 3000 közötti számot adnak meg. Ugyanebben az időszakban Kraljevóban körülbelül 2000 embert végeztek ki. A kivégzéseket a Wehrmacht alakulatai hajtották végre, de a helyi kollaboráns erők segítségével.
A zsidó férfiak szisztematikus megsemmisítése után a megszálló hatóságok a nőket és gyermekeket a Sajmište-i koncentrációs táborba (németül Judenlager Semlin) zsúfolták, amely Belgráddal szemben, a Száva folyó túloldalán, a Független Horvát Állam területén volt, de a német biztonsági rendőrség (Sicherheitspolizei) működtette. 1942 tavaszán a németek gázkocsikat (Spezialwagen) vetettek be: a tábor foglyait, mintegy 7500–8000 zsidó nőt és gyermeket, valamint sok romát gázzal megölték, a holttesteket pedig a Szávába dobták. A Sajmište-i tábor ezzel a holokauszt történetében az egyik legkorábbi helyszíne lett a gázkocsis tömeggyilkosságnak.
A szerbiai zsidóság pusztulása rendkívül gyors volt: a háború előtt a megszállt Szerbia és a Bánság területén élő zsidók számát mintegy 33 000 főre becsülik, és a háború végére a túlélők aránya alacsony maradt; a kutatók szerint a szerbiai zsidók legalább 80–90 százaléka életét vesztette. A roma lakosság elleni atrocitások kevésbé dokumentáltak, de a becslések több ezer szerbiai roma halálát valószínűsítik. A Nedić-kormány szerepe a Holocaustban kettős: a zsidóellenes rendeletek végrehajtásában és a zsidók nyilvántartásában, összegyűjtésében együttműködött, de a tömeggyilkosságok tervezését és végrehajtását a német megszálló hatóságok irányították.
A háború utolsó szakaszában a partizánmozgalom megerősödött, és a Vörös Hadsereg 1944. szeptemberi közeledésével a német megszállás Szerbiában összeomlott. A Belgrádi hadművelet keretében a partizánok és a szovjet csapatok 1944. október 20-án foglalták el a fővárost. A Nedić-kormány és a csetnik erők elmenekültek, illetve felbomlottak. A háború utáni megtorlások – a partizánok által felállított katonai bíróságok és a tömeges kivégzések – a legyőzött erőkkel szemben további erőszakot jelentettek. Draža Mihailovićot 1946-ban Belgrádban bíróság elé állították, halálra ítélték és kivégezték; a per a kommunista állami narratíva egyik alapja lett. A „felszabadítás” fogalma is vitatott: a kommunista emlékezet központi eseményként ünnepelte, míg a vesztes csoportok emlékezetében új elnyomásként rögzült. A háború alatti polgárháború és a Holocaust emlékezete a 2020-as években is viták tárgya Szerbiában.
A szerbiai megszállás és a Holocaust kutatása elsődleges források széles körére támaszkodik: a Wehrmacht és a német biztonsági rendőrség irataira, a Nedić-kormány rendeleteire, a Sajmište-i tábor adminisztratív dokumentumaira, a háború utáni jugoszláv bírósági perek jegyzőkönyveire, valamint a túlélők vallomásaira. A források azonban egyenetlenül maradtak fenn: a német megsemmisítő akciók iratait részben megsemmisítették, a Sajmište tábor nyilvántartásai hiányosak.
A másodlagos szakirodalomban a szerbiai Holocaustról Christopher Browning, Walter Manoschek és Milan Koljanin munkái alapvetőek; a megszállás és a kollaboráció kérdésében Holm Sundhaussen, Jovan Byford és Milan Ristović tanulmányai relevánsak. A partizán–csetnik polgárháború értelmezése régóta vitatott: a háború utáni jugoszláv történetírás a partizánokat idealizálta, a csetnikeket kizárólag kollaboránsnak mutatta, míg az 1990-es évek szerbiai emlékezetpolitikája a csetnikek rehabilitációját kísérelte meg. A két szélsőség közötti, forráskritikai konszenzus szerint mindkét mozgalomban voltak hősies és bűnös cselekedetek, és a civilek szenvedései mindkét oldalról dokumentálhatók.
A legfontosabb bizonytalanságok az áldozatszámok: a kragujevaci és kraljevói mészárlások esetében a számok hozzávetőlegesek, a Sajmište-i tábor áldozatainak összlétszáma 7500 és 8000 közöttire becsülhető, de a teljes szerbiai zsidó áldozatszám 14 000 és 16 000 között mozog, és a roma áldozatok száma még ennél is kevésbé pontos. A Nedić-kormány felelősségének mértéke szintén vitatott: a dokumentált együttműködés tény, de annak minősítése – bűnrészesség vagy kényszerpálya – a mai napig emlékezetpolitikai kérdés.