A második világháború alatti megszállás és ellenállás feszültségei a felszabadulás pillanatában sem oldódtak fel: Görögországban a baloldali Nemzeti Felszabadítási Front (EAM, Ethnikó Apeleftherotikó Métopo, Εθνικό Απελευθερωτικό Μέτωπο) és Népi Felszabadító Hadserege (ELAS, Ellinikós Laïkós Apeleftherotikós Sztratós, Ελληνικός Λαϊκός Απελευθερωτικός Στρατός), valamint a visszatérő emigráns kormány és a brit támogatást élvező konzervatív–monarchista erők közötti konfliktus 1944 végétől nyílt fegyveres összecsapássá érett. Az 1946-ban kirobbanó görög polgárháború (Emfýliosz Pólemosz, Εμφύλιος Πόλεμος) 1949-ig tartott, és Európa első hidegháborús fegyveres konfliktusává vált. Az alfejezet a konfliktus előzményeit, a fegyveres harc főbb szakaszait, a nemzetközi összefüggéseket – különösen a Truman-doktrínát –, valamint a háború társadalmi és emlékezeti következményeit tárgyalja.
A német csapatok 1944 őszi kivonulása után a görög területek nagy részét az EAM/ELAS ellenőrizte, miközben a brit csapatok – Ronald Scobie tábornok parancsnoksága alatt – partra szálltak, és az emigráns kormány Georgiosz Papandreu (Γεώργιος Παπανδρέου) miniszterelnök vezetésével Athénba költözött. Az 1944. szeptemberi casertai egyezmény formálisan a brit főparancsnokság alá rendelte a görög fegyveres erőket, beleértve az ELAS-t is, ám a tényleges hatalmi viszonyok ennél összetettebbek voltak. A baloldal a felszabadított területeken saját közigazgatást és népi bíróságokat működtetett, amit a konzervatív erők a monarchia és a hagyományos államrend elleni támadásként értelmeztek.
A fegyvernyugvás érdekében 1945. február 12-én Varkizában (Βάρκιζα) a görög kormány és az EAM képviselői egyezményt írtak alá. A megállapodás előírta az ELAS lefegyverzését, általános amnesztiát hirdetett, és ígéretet tett a politikai szabadságjogok helyreállítására, valamint a monarchia kérdésének népszavazással történő rendezésére. Az egyezmény azonban nem hozott stabilitást. A baloldali fegyveresek lefegyverzése után a kormányerők, a csendőrség és a jobboldali milíciák – gyakran a megszállás alatti kollaboránsokból verbuválódva – egyre erőszakosabb fellépést tanúsítottak az EAM-tagokkal és a kommunistákkal szemben. Az 1945–1946-os éveket a kortársak és a történetírás egy része fehérterrorként írja le: több ezer embert gyilkoltak meg, vertek meg vagy zártak el politikai okokból. A baloldali források szerint a fehérterror áldozatainak száma tízezer feletti, míg a konzervatív értelmezés jóval alacsonyabb becsléseket közöl; a ma elfogadott tudományos álláspont szerint a megtorlás széles körű és szisztematikus volt, de a pontos számok nem rekonstruálhatók megnyugtatóan a hiányos iratanyag miatt.
A baloldali erők kiszorultak a politikai életből: a Görög Kommunista Párt (KKE, Kommunistikó Kómma Elládas, Κομμουνιστικό Κόμμα Ελλάδας) bojkottálta az 1946. márciusi parlamenti választásokat, amelyen így a konzervatív-monarchista erők szereztek többséget. Az 1946. szeptemberi népszavazás II. György király visszatéréséről döntött, ám a referendum legitimitása erősen vitatott: a szavazás erőszakos légkörben, a baloldal részvételének korlátozásával zajlott. A monarchia restaurálása és a fehérterror tapasztalata a KKE-t a fegyveres harc fokozása felé terelte. A polgárháború kezdetét egyes történészek az 1946. március 30-i Litohoro elleni gerillatámadáshoz kötik, mások a DSE formális megalakulásához; a szakaszhatár így értelmezési kérdés, nem pedig pontosan rögzített dátum.
1946 végén a KKE a fegyveres küzdelem mellett döntött, és megalakult a Demokratikus Hadsereg (DSE, Dimokratikós Sztratós Elládas, Δημοκρατικός Στρατός Ελλάδας). Első parancsnoka a veterán ellenálló, Markosz Vafiadisz (Μάρκος Βαφειάδης) lett. A DSE elsősorban Észak-Görögország hegyvidéki régióiban – a Gramosz (Γράμμος) és Vitszi (Βίτσι) hegységekben – épített ki bázisokat, és gerilla-hadviseléssel támadta a kormányerők utánpótlási vonalait, csendőrőrsöket és helyi adminisztrációkat. A kormányerők, amelyeket kezdetben brit, majd 1947-től egyre nagyobb mértékben amerikai katonai tanácsadók és felszerelés támogattak, a DSE-t „banditák” gyülekezeteként kezelték, és ezzel párhuzamosan politikai elnyomást folytattak a baloldali lakossággal szemben: internálótáborokat hoztak létre, például Makroniszosz szigetén, ahol fogvatartottak ezreit tartották embertelen körülmények között, és „átnevelő” programokra kényszerítették őket. A táborok működése dokumentált tény, a visszaélések mértékét azonban a kormányzati iratok hiányosan rögzítik.
A háború jellegét a hegyvidéki terep és a határ menti támogatás határozta meg. A DSE utánpótlása jelentős részben Jugoszláviából, Albániából és Bulgáriából érkezett: ezek az államok katonai eszközöket, élelmiszert és kiképzést biztosítottak, valamint területet a sebesültek és a civil menekültek befogadására. A Szovjetunió ugyanakkor a háború első szakaszában viszonylag óvatos volt: a Joszif Sztálin és Winston Churchill között 1944-ben kötött, úgynevezett százalékos egyezmény értelmében Görögország brit érdekszférába tartozott, ezért a szovjet vezetés nem küldött közvetlen katonai támogatást a DSE-nek. A határon átnyúló segítség tényét a nemzetközi fórumokon a görög kormány bizonyítékként használta fel arra, hogy a polgárháború nem belső konfliktus, hanem a kommunista blokk Görögország elleni agressziója. Ez az értelmezés azonban egyoldalúan hangsúlyozza a külső dimenziót, és kevésbé veszi figyelembe a belső társadalmi törésvonalakat, amelyeket a megszállás alatti kollaboráció és a baloldali ellenállás közötti ellentét mélyített el. A történetírás mai álláspontja szerint a polgárháború egyszerre volt belső osztály- és ideológiai konfliktus, valamint a hidegháború kezdeti szakaszának nemzetközi erőpróbája.
A polgárháború civil lakosságra gyakorolt hatása rendkívül súlyos volt. A DSE és a kormányerők egyaránt kitelepítettek falvakat, hogy megfosszák az ellenséget a helyi támogatástól. A konfliktus egyik legvitatottabb fejezete a gyermekek evakuálása volt: a DSE több ezer gyermeket küldött a keleti blokk országaiba, hogy megóvja őket a háborús övezettől, a görög kormány és a jobboldali sajtó szerint viszont erőszakos „gyermekrablás” (paidomazoma) történt. A mai kutatások szerint az érintett gyermekek száma húszezer és harmincezer közé tehető, de a pontos adatok bizonytalanok, és az evakuálás önkéntes vagy kényszerített jellegének megítélése emlékezetpolitikai vita tárgya. A kormányerők eközben szintén kitelepítéseket hajtottak végre, és a polgárháború alatt több tízezer embert kényszerítettek belső menekülésre vagy internálásra.
1947 elején Nagy-Britannia bejelentette, hogy gazdasági nehézségei miatt nem tudja tovább finanszírozni a görög kormányt és a hadsereget. Ez a vákuum nyitotta meg az utat az Egyesült Államok aktív szerepvállalása előtt. Harry S. Truman amerikai elnök 1947. március 12-i kongresszusi beszédében hirdette meg azt az elvet, amelyet később Truman-doktrínaként ismerünk: a beszéd Görögországnak és Törökországnak nyújtandó összesen 400 millió dolláros katonai és gazdasági segélyt kért, azzal az indoklással, hogy a szabad népeknek segítséget kell nyújtani a „felfegyverzett kisebbségek vagy külső nyomás” ellen. A Truman-doktrína a hidegháború egyik alapdokumentumává vált, és Görögországot az amerikai külpolitika európai prioritásai közé emelte. A Marshall-terv keretében Görögország a későbbiekben további gazdasági támogatásban részesült.
Az amerikai beavatkozás katonai téren is növekvő intenzitással érvényesült. 1948-tól James Van Fleet tábornok irányításával amerikai katonai tanácsadó csoport dolgozott a görög hadsereg átszervezésén, kiképzésén és felszerelésén. A görög kormányerők létszáma az 1940-es évek végére százezreket tett ki, miközben a DSE harcoló alakulatainak becsült létszáma 1948-ban húszezer és harmincezer fő között mozgott; a pontos adatok mindkét oldalon vitatottak, mert a hadinaplók és a jelentések torzíthatnak. A kormányerők felszerelése, tüzérsége és légi fölénye fokozatosan növelte a nyomást a DSE-re. A harcok során a görög hadsereg amerikai gyártmányú repülőgépekkel, köztük vadászgépekkel és felderítőgépekkel, valamint páncélozott járművekkel támadta a hegyvidéki állásokat; a bombázások és a tüzérségi támadások súlyos civil áldozatokkal jártak, de ezek számszerűsítése a mai napig nem megnyugtatóan megoldott.
A DSE katonai helyzete 1948-ban viszonylag stabilnak tűnt, de stratégiai hátrányai nyilvánvalóvá váltak. A gerilla-hadviselés nem tudta elfoglalni a nagyvárosokat, a kormányerők pedig folyamatosan erősödtek. A döntő fordulatot azonban nem a görög hadszíntéren, hanem a kommunista világ belső viszonyaiban bekövetkezett változás hozta el. 1948 júniusában a Szovjetunió és Jugoszlávia között kirobbanó, úgynevezett Tito–Sztálin-szakítás a görög kommunista mozgalmat is kettévágta. A KKE vezetősége – Nikosz Zahariadisz (Νίκος Ζαχαριάδης) irányításával – a szovjet oldalra állt, miközben a DSE legfontosabb külső támogatója, Jugoszlávia egyre ellenségesebb viszonyba került a görög kommunistákkal. 1949 júliusában Jugoszlávia lezárta a görög határt, és beszüntette a DSE-nek nyújtott logisztikai és katonai segítséget. Ez megfosztotta a felkelőket a legfontosabb utánpótlási útvonaluktól.
A kormányerők 1949 augusztusában nagy offenzívát indítottak a DSE északi bázisai ellen. A Koronis hadművelet (Epicheírisi Koronís, Επιχείρηση Κορωνίς) keretében a görög hadsereg tüzérséggel és légi támogatással támadta a Gramosz és Vitszi térségében kiépített állásokat. A harcok hevesek voltak, és mindkét oldalon jelentős veszteségekkel jártak. A DSE állásait augusztus végére felszámolták, a megmaradt fegyveresek egy része Albániába menekült. 1949. október 16-án a DSE ideiglenes vezetése rádióközleményben jelentette be a fegyveres harc felfüggesztését. Ezt a napot tekintik a szervezett polgárháborús hadműveletek végének, bár kisebb ellenállási gócok még hónapokig fennmaradtak.
A görög polgárháború közvetlen emberi és anyagi áldozatai rendkívül magasak voltak. A kutatások a polgárháború katonai és polgári halottainak számát ötvenezer és százezer közé becslik, de a megszállás, az éhínség és a háború egymásba fonódó következményei miatt a teljes emberveszteség ennél jóval magasabb is lehet. A konfliktus végén több tízezer baloldali fegyveres, civil és gyermek hagyta el Görögországot: a menekültek elsősorban Albániába, Jugoszláviába, Bulgáriába, majd a keleti blokk más országaiba kerültek. A görög állam hivatalos politikája a háború után hosszú évekig tiltotta a politikai emigránsok hazatérését, sokakat állampolgárságuktól is megfosztottak. A menekültek pontos számát nem ismerjük: a becslések ötvenezer és százezer közötti tartományban mozognak, az iratanyag szétszórt és részben megsemmisült.
A győztes jobboldali állam a polgárháborút követően szisztematikus elnyomást épített ki a baloldallal szemben. A KKE-t betiltották, tagjait és szimpatizánsait bíróságok elé állították, internálták, kivégezték vagy megfosztották állampolgári jogaiktól. A halálos ítéletek száma a háború utáni években százakra tehető, az internáltaké több tízezerre. A görög társadalom mélyen megosztott maradt: a polgárháború emléke évtizedekre meghatározta a politikai életet, és a jobboldal a „nemzeti veszélyeztetettség” narratívájával legitimálta a korlátozó intézkedéseket. A baloldali emlékezet szerint a polgárháború a demokratikus ellenállás és a népi mozgalom megsemmisítése volt, míg a konzervatív értelmezés a kommunista hatalomátvételi kísérletként mutatja be. A történetírás mai álláspontja szerint a konfliktus mindkét oldalán követtek el erőszakos cselekményeket, de az állami megtorlás a háború utáni időszakban a baloldali lakosság szisztematikus üldözésévé vált.
Az emlékezetpolitikai feldolgozás csak az 1980-as években kezdődött meg. 1982-ben a szocialista PASOK-kormány elismerte a nemzeti ellenállás szerepét, és lehetővé tette a politikai emigránsok hazatérését. A polgárháború hivatalos elnevezése korábban „banditaháború” volt, a baloldal viszont mindig „polgárháborúról” beszélt. A terminológia megváltozása maga is emlékezetpolitikai fordulatot tükrözött. A mai görög közbeszédben és történetírásban a polgárháború kifejezés elfogadott, de az áldozatok megítélése, a felelősség kérdése és a kollektív emlékezet továbbra is vitatott. A második világháború és a megszállás alfejezetben tárgyalt megszállás alatti kollaboráció kérdése szorosan összefonódik ezzel a vitával, mivel a polgárháborús megtorlás és a korábbi együttműködés megítélése gyakran ugyanazon családok és közösségek sorsát érinti.
A görög polgárháború kutatása többféle elsődleges forrásra támaszkodik. Brit és amerikai diplomáciai iratok – például a Foreign Office és a State Department levéltári anyagai – részletesen dokumentálják a nagyhatalmi politika döntéseit, a katonai helyzetértékeléseket és a görög kormány támogatásának mértékét. A görög hadsereg hivatalos hadtörténeti kiadványai a kormányerők hadműveleteiről adnak képet, de ezek a DSE-t rendszerint „banditák” összességeként írják le, és a saját túlkapásokat ritkán részletezik. A KKE és a DSE saját iratai, röplapjai és rádióközleményei a baloldali narratívát rögzítik, ám a szervezetek belső vitáiról és az erőszak egyes eseteiről gyakran hallgatnak. Az oral history interjúk, visszaemlékezések és a görög irodalom – például a polgárháborús élményeket feldolgozó regények – a civil lakosság tapasztalatait őrzik, de ezek szubjektív jellege miatt forráskritikával kezelendők.
A legfontosabb bizonytalanságok a számszerű adatokat érintik. A polgárháború halottaira, a menekültekre, a gyermekevakuálásra és a fehérterror áldozataira vonatkozó becslések jelentős szórást mutatnak, mert a korabeli statisztikák hiányosak, torzíthatnak, és a háborús körülmények között sokan nem kerültek regisztrálásra. A konfliktus kezdetének időpontja szintén vitatott: egyes kutatók a Dekemvrianától, mások az 1946-os gerillatámadásoktól számítják a polgárháborút. A brit intervenció értékelése megoszlik a tudományos irodalomban: a klasszikus hidegháborús értelmezés a brit fellépést a kommunista hatalomátvétel megakadályozásaként értékelte, míg a kritikai irányzat a görög baloldal demokratikus mozgásterének felszámolását hangsúlyozza. A DSE külső támogatásának mértéke dokumentált, de a belső társadalmi bázis szerepének súlya máig vita tárgya.