A második világháború görögországi szakasza nem csupán katonai epizód, hanem a görög állam, társadalom és emlékezet mélyreható átalakulásának kezdete. Az 1940. októberi olasz támadás, majd az 1941. áprilisi német invázió szétzúzta a A két háború közötti görög állam alfejezetben bemutatott Metaxas-diktatúrát, és háromhatalmi megszállást hozott létre. A megszállás időszakát a példátlan gazdasági összeomlás, a nagyvárosi éhínség, a tömeges deportálások és az ellenállási mozgalmak közötti belső feszültségek jellemezték, amelyek már a polgárháború felé mutattak. Ez az alfejezet a katonai eseményeket, a megszálló rezsimek működését, a társadalmi következményeket és a görög zsidóság tragédiáját tárgyalja, különös figyelmet fordítva a források bizonytalanságaira és az emlékezetpolitikai vitákra.
A második világháború görögországi kezdete szorosan összefüggött Benito Mussolini törekvésével, hogy Olaszország a mediterrán térségben a német szövetségeshez hasonló nagyhatalmi pozíciót érjen el. 1940. október 28-án az olasz nagykövet ultimátumot adott át Joánisz Metaxász (Ιωάννης Μεταξάς) miniszterelnöknek, amely szabad átvonulást követelt az olasz csapatok számára. A görög kormányfő elutasító válasza – amelyet a görög nemzeti emlékezet azóta Ochi (Όχι, „Nem”) néven ismer – a háborúba lépés közvetlen kiváltója lett. Az epizódot ma nemzeti ünnepként tartják számon, de történeti megítélése vitatott: a kortárs források nem erősítik meg egyértelműen, hogy a válasz valóban egyetlen szó volt-e, és az emlékezetpolitikai használat a diktatórikus Metaxász-rendszer örökségét is eltakarja.
Az olasz hadsereg az ultimátumot követően azonnal támadást indított Albánia felől, de a görög erők nemcsak feltartóztatták, hanem ellentámadásba is átmentek. A görög hadsereg decemberre mélyen behatolt Albánia déli részébe, elfoglalva például Korçë (Korytsá) városát. A téli hónapokban a front megmerevedett, de a görög ellentámadás katonai jelentősége abban állt, hogy ez volt az első jelentős szárazföldi győzelem a tengelyhatalmak ellen a második világháborúban. A siker azonban stratégiai következményekkel járt: arra késztette Németországot, hogy biztosítsa déli szárnyát a Szovjetunió elleni tervezett hadjárat előtt, és egyúttal megakadályozza a brit repülőterek létesítését Görögországban, amelyek a romániai olajmezőket fenyegethették volna. A görög hadsereg ugyanakkor súlyos veszteségeket szenvedett, és a hosszú albániai front lekötötte erőforrásait, ami sebezhetővé tette az országot a közelgő német támadással szemben.
A német hadvezetés 1941. április 6-án indította meg a Marita hadműveletet (Unternehmen Marita), amelynek keretében a Wehrmacht egyszerre támadta meg Jugoszláviát és Görögországot. A görög védelem gerincét a bolgár határ mentén kiépített Metaxász-vonal (Γραμμή Μεταξά) erődrendszere képezte, amelyet a német gyalogság frontális támadása több helyen csak súlyos veszteségek árán tudott feltörni. A döntő csapást azonban a Jugoszlávián keresztül előretörő páncélos ékek mérték, amelyek megkerülték a görög védelmi állásokat, és elvágták a görög hadsereg egy részét Albániában. Április 9-én elesett Szaloniki (Θεσσαλονίκη, Thessaloniki), április 27-én pedig a német csapatok bevonultak Athénba.
A brit expedíciós erők, amelyeket Winston Churchill kormánya küldött Görögországba, nem tudták megállítani a német előrenyomulást, és megkezdték a tengeri evakuálást. A kivonulás a krétai repülőterek felé irányult, de a sziget hamarosan maga is a harc színterévé vált. 1941. május 20-án a német ejtőernyős és hegyivadász egységek megindították a Merkúr hadműveletet (Unternehmen Merkur), a háború első tisztán légi úton indított invázióját. Kréta (Κρήτη, Kríti) védelmét brit, ausztrál, új-zélandi és görög csapatok látták el, de a malemei repülőtér elvesztése után a helyzet tarthatatlanná vált. Június 1-re a sziget teljes egészében német kézre került. A krétai csata mindkét oldalon rendkívül súlyos veszteségekkel járt, és a német ejtőernyős haderő soha többé nem hajtott végre hasonló méretű légi deszant hadműveletet.
A kapituláció után Görögországot három megszálló hatalom osztotta fel. Németország a stratégiailag legfontosabb területeket tartotta ellenőrzése alatt: Athént és környékét, Szalonikit, a kelet-macedóniai határvidéket, valamint Kréta nyugati részét. Olaszország kapta a legnagyobb összefüggő területet, beleértve Epiruszt, Thesszáliát, a Peloponnészosz nagy részét és a szigetvilág jelentős hányadát. Bulgária – amely a tengelyhatalmak oldalán állt – annektálta Kelet-Macedóniát és Trákiát, bár ezt a területet nemzetközi jogilag nem ismerték el bolgár szuverenitásként, hanem bolgár katonai közigazgatás alatt állónak tekintették.
A megszállás alatt Athénban kollaboráns görög kormányok működtek, előbb Georgiosz Colakoglu (Γεώργιος Τσολάκογλου), majd Konsztantinosz Logothetopulosz (Κωνσταντίνος Λογοθετόπουλος), végül Ioánisz Rallisz (Ιωάννης Ράλλης) vezetésével. Ezek a kormányok formálisan a görög állam folytonosságát képviselték, de tényleges hatalmuk csekély volt, és elsősorban a megszállók utasításainak végrehajtására szorítkoztak. A bolgár zónában a helyzet különösen súlyos volt: a bolgár hatóságok szisztematikus bolgárosítási politikát folytattak, görög iskolákat zártak be, görög papokat űztek el, és a lakosság egy részét kitelepítették. A bolgár annexió következtében több tízezer görög kényszerült elhagyni otthonát.
A megszállás legsúlyosabb humanitárius katasztrófája az 1941–1942 telén tetőző éhínség volt, amelyet a görög történeti emlékezet Megáli Limos (Μεγάλη Λιμός, „nagy éhínség”) néven ismer. Görögország a háború előtt jelentős mértékben élelmiszerimportra szorult, különösen búzára. A német invázió után a szövetséges tengeri blokád, a megszálló csapatok rekvirálásai és a közlekedési infrastruktúra lerombolása együttesen az ellátási láncok összeomlásához vezetett. A kollaboráns kormány tehetetlen volt, a feketepiac pedig csak azokat látta el, akik megengedhették maguknak a csillagászati árakat.
Az éhínség különösen Athénban és más nagyvárosokban szedett tömeges áldozatokat. A halálesetek számát a kutatók erősen vitatottnak tartják: a leggyakrabban idézett becslések 40 000 és 100 000 közé teszik a görögországi éhínség közvetlen halálos áldozatainak számát, de egyes szerzők 300 000-ig terjedő számokat is említenek. A bizonytalanság oka, hogy a háborús körülmények között a polgári halálozási statisztikák hiányosak, és az éhínséghez kapcsolódó betegségek (tífusz, tuberkulózis) áldozatait nehéz elkülöníteni. A Nemzetközi Vöröskereszt és a svéd segélyszervezetek 1942-től jelentős élelmiszersegélyt juttattak az országba, ami enyhítette a válságot, de a megszállás egész időszaka alatt a lakosság nagy része krónikus alultápláltságtól szenvedett. A nők és a gyermekek aránytalanul súlyos terheket viseltek, mivel a férfiak jelentős része fronton, hadifogságban vagy az ellenállásban volt.
A megszállás első hónapjaiban spontán ellenállási gócok alakultak, de a szervezett ellenállás 1941 őszén bontakozott ki. A legnagyobb és legbefolyásosabb szervezet az EAM (Ethnikó Apeleftherotikó Métopo, Εθνικό Απελευθερωτικό Μέτωπο, Nemzeti Felszabadítási Front) volt, amelyet a Görögország Kommunista Pártja (KKE, Κομμουνιστικό Κόμμα Ελλάδας) kezdeményezésére hoztak létre, de széles társadalmi bázist vonzott. Katonai szárnya, az ELAS (Ethnikós Laikós Apeleftherotikós Stratós, Εθνικός Λαϊκός Απελευθερωτικός Στρατός, Nemzeti Népi Felszabadító Hadsereg) a megszállás végére több tízezer fegyverest irányított, és az ország jelentős részén árnyékkormányzatot működtetett.
A nem kommunista ellenállást elsősorban az EDES (Ethnikós Dimokratikós Ellinikós Sýndesmos, Εθνικός Δημοκρατικός Ελληνικός Σύνδεσμος, Nemzeti Köztársasági Görög Liga) képviselte, amelyet Napoleon Zervasz (Ναπολέων Ζέρβας) vezetett, és főként Epiruszban tevékenykedett. Kisebb csoportok, mint a EKKA (Ethnikí kai Koinonikí Apelefthérosis, Εθνική και Κοινωνική Απελευθέρωσις, Nemzeti és Szociális Felszabadítás) is működtek. A britek a SOE (Special Operations Executive) révén támogatták az ellenállást, de fokozatosan egyre nagyobb fenntartásokkal viseltettek az EAM/ELAS kommunista jellegével szemben. Az első nagy közös akció 1942 novemberében a Gorgopotamosz-híd (Γεφύρι του Γοργοποτάμου) felrobbantása volt, amelyet brit ügynökök, ELAS- és EDES-harcosok közösen hajtottak végre, és amely a háború egyik legismertebb szabotázsakciója lett.
Az ellenállási mozgalmak közötti viszony azonban hamar megromlott. 1943-tól az ELAS és az EDES között fegyveres összecsapások törtek ki, amelyek az ellenállás belső polgárháborújává fajultak. A kollaboráns biztonsági zászlóaljak (Τάγματα Ασφαλείας), amelyeket a Rallis-kormány a németek támogatásával hozott létre, több esetben kifejezetten az ELAS ellen harcoltak. Az ellenállási csoportok közötti erőszak megítélése a mai napig éles történészi és emlékezetpolitikai viták tárgya: míg egyes értelmezések a kommunista EAM totalitárius törekvéseit hangsúlyozzák, mások a brit politika megosztó szerepét emelik ki. A megszállás alatti ellenállás és kollaboráció határvonalai gyakran elmosódtak, és a helyi közösségekben a túlélés kényszere sokszor felülírta az ideológiai elkötelezettséget.
A görög zsidóság a háború előtt sokszínű közösséget alkotott: a legnagyobb központ Szaloniki volt, ahol több mint 50 000 fős, többségében szefárd zsidó közösség élt, de jelentős közösségek voltak Athénban, Joáninában (Ιωάννινα), Korfuban (Κέρκυρα) és más városokban is. A teljes görögországi zsidó népességet a háború előtt mintegy 72 000–77 000 főre becsülik, bár a számok pontossága a források hiányossága miatt bizonytalan.
A német megszállás kezdetétől a zsidó lakosságot diszkriminatív intézkedések sújtották, de a tömeges deportálások 1943 tavaszán kezdődtek. A szaloniki zsidókat előbb gettóba kényszerítették, majd 1943 márciusa és augusztusa között mintegy 46 000–49 000 embert deportáltak Auschwitz-Birkenauba. A deportáltak többségét érkezésük után meggyilkolták. A bolgár megszállási zónában a zsidókat is összegyűjtötték, de a bolgár hatóságok végül nem adták át őket a náci megsemmisítő táboroknak, amit egyes kutatók a bolgár politika sajátos kettősségének, mások a helyi ellenállás és a szövetséges nyomás eredményének tulajdonítanak. Ez a kérdés a bolgár Holocaust-emlékezet máig vitatott fejezete.
Az olasz megszállási zónában a zsidók viszonylag védettebb helyzetben voltak, mivel az olasz katonai hatóságok nem hajtották végre a náci típusú deportálásokat. 1943 szeptemberében, Olaszország kapitulációja után azonban a németek átvették az irányítást ezeken a területeken is, és a deportálások itt is felgyorsultak. Athénban a zsidó közösség egy részét sikerült elrejteni, részben a Damaskinosz (Δαμασκηνός) athéni érsek és Angelosz Evert (Άγγελος Έβερτ) rendőrfőnök által kiadott hamis keresztlevelekkel, de ennek a mentési erőfeszítésnek a tényleges mértéke és hatékonysága vita tárgya. A fővárosi zsidóság nagy részét 1944 tavaszán deportálták. A görög zsidóság összességében mintegy 80–90 százalékát veszítette el a Holocaust során, ami az egyik legmagasabb arány a megszállt európai országok között. A pontos áldozatszám becslése a források és a háború utáni népmozgások bizonytalansága miatt nehéz.
1944 nyarán-őszén a szovjet előrenyomulás és a balkáni stratégiai helyzet megváltozása miatt a német csapatok megkezdték a kivonulást Görögországból. 1944 októberében a Wehrmacht elhagyta Athént, és a brit csapatok, valamint a görög emigráns kormány visszatértek az országba. A megszállás végét nem követte stabilizáció, mert a felszabadult területeken az ELAS és a kormányerők közötti feszültség azonnal kiéleződött. 1944 decemberében Athénban fegyveres összecsapások törtek ki a brit csapatok és az ELAS között, amelyeket Dekomvriana (Δεκεμβριανά, „decemberi események”) néven ismer a történetírás. Ez a konfliktus a görög polgárháború első nyílt szakaszának tekinthető, és a megszállás alatt kialakult politikai törésvonalak közvetlen folytatása volt. A megszállás tapasztalata – az éhínség, a kollaboráció, az ellenállás hősiessége és a belső erőszak – mély nyomot hagyott a görög társadalomban, és évtizedekre meghatározta a nemzeti emlékezetet.
A görögországi második világháború és megszállás történetének rekonstruálása több forrástípusra támaszkodik. Az elsődleges források közé tartoznak a német és olasz katonai iratok, a görög kollaboráns kormányok hivatalos dokumentumai, az ellenállási szervezetek belső anyagai és sajtótermékei, a Vöröskereszt és más nemzetközi segélyszervezetek jelentései, valamint a zsidó közösség anyakönyvei és túlélői visszaemlékezései. A brit SOE iratai szintén fontosak, bár ezek sokáig titkosak voltak, és hozzáférésük korlátozott.
A legfontosabb bizonytalanságok közé tartozik az éhínség halálos áldozatainak száma: a becslések 40 000 és 300 000 között szórnak, és a módszertani alapok eltérőek. A Holocaust görögországi áldozatainak száma szintén becslés, mivel a deportálási listák nem teljesek, és a háború utáni népmozgások tovább bonyolítják a számítást. Viták övezik a kollaboráció mértékét és jellegét, különösen a biztonsági zászlóaljak szerepét, valamint a bolgár zóna zsidómentésének megítélését. Az ellenállási mozgalmak közötti konfliktusok értelmezése a mai napig erősen átpolitizált: a kommunista EAM/ELAS szerepét a hidegháború idején egyoldalúan értékelték, és az emlékezetpolitikai viták a 21. században is folytatódnak. Az „Ochi” napjának nemzeti ünneppé nyilvánítása például eltakarja a Metaxász-diktatúra autoriter jellegét, amit a történészek egy része kritikusan hangsúlyoz.