A spanyol hódítás Hondurasban nem egyetlen, jól szervezett hadjárat volt, hanem több, egymással is vetélkedő konkvisztádori expedíció és a helyi ellenállás évekig elhúzódó ütközetsorozata. A mai Honduras területét a 16. század első felében fokozatosan, három irányból vonták spanyol fennhatóság alá: északról, a karibi part felől; nyugatról, Guatemala irányából; és délről, a mai Nicaragua felől. Az első ismert spanyol partraszállás 1524 tavaszán történt, amikor Gil González Dávila a karibi parton, a mai Puerto Cortés közelében szállt partra, és megalapította San Gil de Buena Vista települést. Ugyanebben az évben Cristóbal de Olid, Hernán Cortés egykori kapitánya, aki Hondurasba érkezve hamarosan szembefordult Cortés fennhatóságával, megalapította a Triunfo de la Cruz települést, majd 1525-ben a mai Trujillo elődjét. A hódítás korai szakaszát tehát nemcsak a spanyolok és az őslakosok közötti harcok, hanem a spanyol hódítók közötti, gyakran fegyveres konfliktusok is jellemezték. Cortés maga is személyesen átkelt a mai Mexikó és Guatemala felől a hondurasi dzsungeleken 1524–1526 között, hogy hűségre kényszerítse a lázadó tiszteket; az expedíció logisztikai nehézségei és emberveszteségei a kortárs beszámolók szerint súlyosak voltak. Pedro de Alvarado, Guatemala meghódítója szintén igényt tartott a területre, és 1536-ban megalapította Gracias a Dios városát a mai nyugati Hondurasban, amely rövid ideig a térség spanyol igazgatási központja lett. A spanyol hódítás dokumentált tényei közé tartozik, hogy a mai Honduras területén több, egymástól eltérő nyelvű és szervezettségű őslakos csoport élt: a nyugati hegyvidéken maja nyelvű chortik és más maja csoportok, a középső hegyvidéken lencák, a karibi partvidéken pedig pech, tawahka és más, az európai forrásokban gyakran pontatlanul összevont csoportok. A mai északnyugati részen a pipilek, a csendes-óceáni partvidéken pedig más, kisebb csoportok éltek. A spanyol hódítók ezeket a közösségeket nem passzív áldozatokként kezelték, hanem adófizető és munkaerő-forrásként kívánták megszervezni; a hódítás éppen ezért nem ért véget a katonai vereséggel, hanem a gyarmati intézmények kiépítésével folytatódott.
A hódítás és a gyarmati intézményrendszer kiépítése ellen az egyik legismertebb, ugyanakkor forráskritikailag legnehezebben megítélhető ellenállási mozgalom a lenca vezetőhöz, Lempirához kötődik. A spanyol források szerint Lempira 1537–1538 között több ezer harcost mozgósított a nyugati hegyvidéken, és a spanyolok által megerősített Cerquín erődjéből támadta a telepeseket. A spanyol krónika szerint Lempirát tárgyalás közben, árulással ölték meg. A mai hondurasi nemzeti emlékezetben Lempira a spanyolellenes ellenállás hőse, aki a nemzeti valuta névadója is. A két narratíva közötti feszültség azt mutatja, hogy a gyarmati kori események értelmezése nem pusztán történészi kérdés, hanem emlékezetpolitikai állítás is: a spanyol források az árulás motívumát hangsúlyozták, hogy csökkentsék a felkelés jelentőségét, míg a modern hondurasi állami emlékezet a hősi ellenállást emeli ki. A dokumentált tények közé tartozik, hogy Lempira felkelése idején a spanyol gyarmati hatóságok ténylegesen katonai veszélyt láttak a nyugati hegyvidéken, és hogy a felkelés leverése után a spanyolok fokozták az encomiendákra épülő ellenőrzést. Azt azonban, hogy Lempira mekkora területet és hány harcost ellenőrzött, a források hiányos volta miatt nem lehet pontosan rekonstruálni; a több ezer fős becslés a spanyol krónikások érdekeit is tükrözheti, akik a győzelem jelentőségét kívánták növelni. A lenca közösségek szóbeli hagyománya ugyanakkor máig őrzi Lempira alakját, ami a dokumentált spanyol forrásoktól független, de azokkal párhuzamos emlékezeti réteg.
A spanyol gyarmati igazgatás Hondurasban a 16. század közepétől a Guatemalai Főkapitányság (más néven Guatemala királyság) keretében szerveződött. A terület nem volt egységes közigazgatási egység: a nyugati és középső részek Comayagua provincia részei voltak, míg a keleti, karibi partvidék nagy része gyakorlatilag kívül maradt a hatékony spanyol ellenőrzésen. A gyarmati korszak nagy részében Comayagua volt a provincia polgári és egyházi központja; a várost 1537-ben alapították, és a 16. század végétől a kormányzó székhelye lett. A gyarmati igazgatás alapintézményei a spanyol városi tanácsok (cabildók), a corregimientók és az alcaldía mayorságok voltak. A provincia élén a király által kinevezett kormányzó állt, akit a Guatemalai Audiencia, a főkapitány és az újkori spanyol bürokrácia felügyelt. A 18. század második felében a Bourbon-reformok részeként a Hondurasi területet intendencia rangjára emelték, és 1786-ban létrejött a Honduras Intendencia, amely Comayaguától irányította a központi és nyugati területeket. Az intendencia-rendszer célja a jövedelmek növelése, a gyarmati bürokrácia észszerűsítése és a katonai védelem erősítése volt, de a hondurasi periféria számára ez gyakran inkább nagyobb adóterhet és a helyi elitek befolyásának csökkenését jelentette. A karibi partvidék, a mai La Mosquitia, a spanyol fennhatóságot szinte soha nem ismerte el; ott a miszkitó (miskito) közösségek saját politikai szerveződést tartottak fenn, és a 17–18. századtól fokozatosan brit kereskedőkkel és telepesekkel alakítottak ki kapcsolatokat. Ez a kettősség alapvetően meghatározta a gyarmati Hondurast: a belső, hegyvidéki, spanyol ellenőrzésű zóna és a karibi, gyakorlatilag autonóm periféria közötti feszültség a gyarmati kor egyik legfontosabb strukturális jellemzője volt.
A hondurasi gyarmati gazdaság legfontosabb ágazata a 16. század végétől a 17. század közepéig az ezüstbányászat volt. A mai Tegucigalpa környékén, valamint a közép-hondurasi hegyvidék több pontján már a hódítás előtt is ismertek voltak kisebb felszíni érclelőhelyek, de a spanyolok által bevezetett higanyos amalgámozás technikája tette lehetővé a nagyobb mértékű kitermelést. Tegucigalpa, amely a 16. század végén még bányásztelepülés (real de minas) volt, fokozatosan a térség gazdasági központjává vált. A bányászat munkaerőigényét elsősorban a repartimiento (kényszermunka-rendszer) révén elégítették ki, amelynek keretében az őslakos falvakat kötelezték arra, hogy meghatározott időre munkásokat küldjenek a bányákba. Emellett az encomienda, amely az őslakos közösségek adóját és munkaerejét egy spanyol telepesnek (encomendero) juttatta, szintén a bányavidékek felé irányította az erőforrásokat. A 16. század végétől afrikai rabszolgákat is alkalmaztak a bányákban és a hozzájuk kapcsolódó feldolgozó műhelyekben, bár a rabszolgák aránya Hondurasban alacsonyabb volt, mint a karibi ültetvényes gyarmatokon. A hondurasi ezüstbányászat termelése a 17. század közepére jelentősen visszaesett, aminek okai között a munkaerőhiányt, a tőkehiányt, a higanyellátás akadozását és a kalóztámadások okozta bizonytalanságot szokás említeni. A dokumentált tény az, hogy a bányászat hanyatlása után a hondurasi gyarmati gazdaság súlypontja a mezőgazdaság, az állattenyésztés és a kisebb kézműipar felé tolódott; a 18. században a dohánytermesztés és az indigó vált átmenetileg fontos jövedelemforrássá, de egyik sem érte el a korábbi ezüstbányászat jelentőségét.
A gyarmati egyház Hondurasban a spanyol hódítástól kezdve jelen volt, de intézményi kiépülése lassú és egyenetlen volt. Az első szerzetesrendek, elsősorban a ferencesek és a merecedáriusok, már a hódítást követő évtizedekben megjelentek, hogy az őslakos lakosságot a katolikus hitre térítsék. A domonkosok és később a jezsuiták is alapítottak missziókat, különösen a nehezebben elérhető hegyvidéki és keleti területeken. A hittérítés gyakorlata szorosan összekapcsolódott a gyarmati településpolitikával: az úgynevezett congregación vagy reducción révén az őslakos falvakat nagyobb, könnyebben ellenőrizhető településekre vonták össze, ahol a szerzetesek vagy világi papok rendszeresen tanították a keresztény hit alapjait, és egyúttal az adófizetést és a munkaerő-szervezést is nyilvántartották. Az egyház szerepe így kettős volt: egyrészt a spanyol gyarmati uralom legitimációját szolgálta, másrészt egyes szerzetesek – köztük a legismertebb, Bartolomé de las Casas – a gyarmati kizsákmányolás bírálatát is megfogalmazták. Las Casas nem Hondurasban, hanem Guatemalában és Chiapasban tevékenykedett, de írásai és az 1542. évi „új törvények” (Leyes Nuevas) vitája a hondurasi telepesek és szerzetesek körében is visszhangot kapott. Az új törvények az encomienda öröklésének korlátozását és az őslakosok védelmét célozták, és a hondurasi spanyol telepesek egy része hevesen ellenállt nekik. A gyarmati egyházi szervezet hierarchiája a Comayaguai egyházmegyén keresztül kapcsolódott a guatemalai egyháztartományhoz; a plébániák és a doktrínák hálózata azonban a gyarmati kor végéig ritkás maradt, különösen a keleti és karibi területeken. A missziók a 17–18. században is folytatódtak, de a karibi partvidék, a miszkitó területek és a dzsungel egyes részei gyakorlatilag kívül maradtak a katolikus egyház hatókörén, ami a gyarmati államhatalom korlátait is tükrözte.
A helyi lakosság helyzete a spanyol hódítás után drámaian romlott, és a demográfiai összeomlás a gyarmati Honduras egyik legmeghatározóbb folyamata volt. A hódítás előtti népességre vonatkozóan nincsenek megbízható összeírások; a becslések a mai Honduras területére néhány százezertől egymillió főig terjednek, és a bizonytalanságot a források hiánya, a járványok gyors lefolyása és a spanyol adóösszeírások pontatlansága egyaránt növeli. A régészeti és történeti demográfiai kutatások alapján tudományos konszenzus van abban, hogy a 16. században az őslakos népesség drasztikusan csökkent, de a csökkenés mértékének pontos számszerűsítése vitatott. A hódítás utáni fő halálokok a spanyolok által behurcolt fertőző betegségek – elsősorban a himlő, a kanyaró és a tífusz – voltak, amelyek ellen a helyi lakosságnak nem volt immunitása. Emellett a kényszermunka, a táplálkozás romlása, a települések összevonásával járó életmódváltozás és a fegyveres konfliktusok is hozzájárultak a halálozáshoz. A spanyol gyarmati hatóságok az encomienda és a repartimiento rendszerén keresztül súlyos terheket róttak az őslakos közösségekre: az encomendero jogosult volt az adóra és gyakran a munkaerőre, cserébe viszont elvben köteles lett volna védelmet és vallási oktatást biztosítani. A gyakorlatban a kényszermunka, különösen a bányákban, rendkívül magas halálozással járt, és a családok szétválasztása, a falvak kitelepítése a társadalmi szövetet is megbontotta. A spanyol korona többször próbálta korlátozni a visszaéléseket, például az 1542. évi új törvényekkel, de a helyi telepesek ellenállása és a gyarmati ellenőrzés gyengesége miatt a szabályozás gyakran papíron maradt.
A gyarmati társadalom Hondurasban a spanyol hódítás után erősen rétegzett és etnikailag tagolt volt. A spanyol telepesek és leszármazottaik alkották a politikai és gazdasági elit, bár számuk a gyarmati kor nagy részében alacsony maradt. Az őslakos közösségek, bár jogilag szabad alattvalónak számítottak a spanyol koronában, a gyakorlatban adóval, kényszermunkával és a falvaik feletti ellenőrzéssel szembesültek. A mesztic (spanyol–őslakos) lakosság a gyarmati évszázadok alatt fokozatosan növekedett, és a 18. századra a belső területek vidéki társadalmának jelentős részét alkotta. Az afrikai rabszolgák és szabad fekete közösségek jelenléte Hondurasban elsősorban a bányavidékekhez, a karibi parthoz és a nagyobb településekhez kötődött. A spanyol gyarmati jogrend a faji és etnikai kategóriákat (casta) a társadalmi hierarchia fenntartására használta, de ezek a kategóriák nem voltak rögzítettek; a gyakorlatban a helyi viszonyok, a vagyon és a társadalmi kapcsolatok gyakran felülírták a formális besorolást. A gyarmati Hondurasban a rabszolgaság intézménye jelen volt, de a nagy karibi cukorültetvényes gyarmatokkal ellentétben itt soha nem vált a gazdaság kizárólagos alapjává. A bányászatban és a haciendákon alkalmazott afrikai rabszolgák mellett az őslakos kényszermunka maradt a legfontosabb munkaerőforma a gyarmati korszak nagy részében. A gyarmati társadalmat nem szabad statikus, változatlan rendszerként ábrázolni: a 17–18. században a telepesek és az őslakos elit közötti együttműködés, a mesztic közvetítő réteg erősödése, valamint a karibi partvidék brit befolyás alatti fejlődése mind-mind átalakította a hatalmi viszonyokat.
A gyarmati Honduras történetének fontos, de gyakran háttérbe szoruló szereplői voltak a karibi partvidék miszkitó és más őslakos közösségei, akik a spanyol gyarmati rendszerrel szemben saját politikai és kereskedelmi hálózatokat építettek ki. A spanyol források ezeket a területeket gyakran vad, ellenőrizhetetlen vidékként ábrázolták, ami a gyarmati ideológia részét képezte. Valójában a miszkitó közösségek a 17. századtól brit kereskedőkkel szövetségben aktív szereplői voltak a karibi térségnek, és fegyveres ellenállásuk, valamint a brit árukhoz való hozzáférésük révén sikeresen korlátozták a spanyol terjeszkedést. Ez a helyzet a hondurasi gyarmati állam számára állandó biztonsági és gazdasági problémát jelentett, és a spanyol hatóságok többször is katonai büntetőexpedíciókat indítottak, amelyek azonban tartós eredményt nem hoztak. A miszkitó királyság intézménye, amelyet a brit diplomácia is elismert, a gyarmati kor végére a karibi partvidék sajátos politikai berendezkedésévé vált, és hatása a függetlenség utáni évtizedekre is átnyúlt. Ez is mutatja, hogy a gyarmati Hondurast nem lehet kizárólag a spanyol központú intézmények felől megérteni; a perifériák saját története, a brit jelenlét és a helyi alkalmazkodás egyaránt hozzátartozik a korszak teljes képéhez.
Összességében a spanyol hódítás és a gyarmati Honduras története nem írható le sem a spanyol gyarmati hatalom egyoldalú sikertörténeteként, sem a helyi ellenállás romantikus eposzaként. A hódítás évei alatt a spanyol hódítók közötti vetélkedés, a helyi lakosság ellenállása és a járványok együttesen alakították ki a gyarmati rendet. A gyarmati igazgatás a Guatemalai Főkapitányság részeként, de jelentős helyi sajátosságokkal működött, és a karibi partvidék kívül maradt a hatékony spanyol ellenőrzésen. Az ezüstbányászat a 16. század végétől a 17. század közepéig a leggyorsabb jövedelmet ígérő ágazat volt, de munkaerőigénye súlyosbította az őslakos lakosság terheit, és hanyatlása után a gazdaság a mezőgazdaság felé fordult. Az egyház a hittérítés és a gyarmati ellenőrzés intézményeként egyszerre volt jelen, és bár egyes szerzetesek védték az őslakosokat, az egyházi szervezet maga is a gyarmati rend része maradt. A helyi lakosság demográfiai összeomlása dokumentált folyamat, de pontos mértéke becslések tárgya; a túlélő közösségek alkalmazkodtak, ellenálltak, és a gyarmati társadalom rétegzett, változó viszonyai között keresték a túlélés útjait.
A spanyol hódítás és a gyarmati Honduras megismerésének elsődleges forrásai a spanyol krónikák, a királyi és egyházi levéltárak iratai, valamint a korai gyarmati városi tanácsok jegyzőkönyvei. A legfontosabb elbeszélő források közé tartozik Hernán Cortés ötödik levele, amely a hondurasi expedíciójáról tudósít, valamint Bernal Díaz del Castillo történeti munkája, amely az Új-Spanyolország meghódításáról szóló beszámolóban érinti a hondurasi eseményeket is. Bartolomé de las Casas írásai, különösen az „Apologética historia” és a „Brevísima relación”, a gyarmati kizsákmányolás bírálatát tartalmazzák, de nem kifejezetten Hondurasra összpontosítanak. A spanyol krónikások szövegei azonban nem tekinthetők semleges beszámolóknak: szerzőik gyakran saját szerepüket igyekeztek igazolni, a helyi lakosságot pedig a spanyol korona érdekei szerint ábrázolták. A levéltári források, elsősorban az Archivo General de Indias (Sevilla) és a közép-amerikai nemzeti levéltárak anyagai – adóösszeírások, periratok, egyházi anyakönyvek, bányászati jelentések – lehetővé teszik a gyarmati intézmények működésének rekonstruálását, de ezek is hiányosak, különösen a 16. század első felére és a periférikus területekre vonatkozóan. A karibi partvidék miszkitó és más közösségeinek története elsősorban brit kereskedői és diplomáciai forrásokból, valamint a későbbi néprajzi és szóbeli hagyományból ismert; a spanyol források e területeket gyakran csak ellenséges, leegyszerűsítő módon említik.
A legnagyobb bizonytalanság a hódítás előtti és a gyarmati kori őslakos népesség számát övezi. A 16. századi adóösszeírások nem fedték le a teljes lakosságot, a járványok gyors lefolyása miatt pedig a kortárs megfigyelők is eltérő számokat közöltek. A modern történeti demográfiai becslések széles sávban mozognak: a mai Honduras területére vonatkozó hódítás előtti népességet egyes kutatók néhány százezerre, mások egymillió fölé teszik. A demográfiai összeomlás ténye tudományos konszenzus, de a csökkenés pontos üteme és mértéke vitatott értelmezés. Hasonlóképpen a bányászati termelésre vonatkozó adatok is hiányosak: a hivatalos királyi ötöd (quinto real) elszámolásai nem tartalmazzák a csempészett ezüstöt, amelynek aránya a becslések szerint jelentős lehetett. A Lempira-felkelés értelmezésében a spanyol források árulásnarratívája és a modern hondurasi emlékezetpolitikai hőskép közötti feszültség mutatja, hogy ugyanazok az események eltérő bizonyítékok és érdekek alapján különbözőképpen mesélhetők el. A gyarmati egyház és a missziók hatásának megítélése ugyancsak vitatott: egyes értelmezések a hittérítést a kulturális pusztítás eszközének tartják, mások a szerzetesek védőtevékenységét hangsúlyozzák. A tankönyv ezeket a vitákat nem dönti el, hanem rámutat arra, hogy a források természete és a kutatói álláspontok egyaránt befolyásolják a múlt rekonstrukcióját.
A spanyol hódítás a mai Honduras területén 1524-től több, egymással vetélkedő expedíció és a helyi ellenállás éveken át tartó konfliktusai révén ment végbe. A terület a Guatemalai Főkapitányság része lett, központja Comayagua volt, de a karibi partvidék és a miszkitó területek kívül maradtak a hatékony spanyol ellenőrzésen. A gyarmati gazdaság legfontosabb ágazata a 16. század végétől a 17. század közepéig az ezüstbányászat volt, amely főként a repartimiento és az encomienda kényszermunka-rendszereire támaszkodott, és súlyosbította az őslakos lakosság terheit. A katolikus egyház a hittérítés és a gyarmati ellenőrzés intézményeként működött, a missziók a redukciók révén a településszerkezetet is átalakították. A helyi lakosság demográfiai összeomlása dokumentált, de pontosan nem számszerűsíthető folyamat; a túlélő közösségek alkalmazkodása és ellenállása – például Lempira felkelése – a gyarmati rend korlátait is megmutatta.