A müncheni egyezményt követő hónapokban Csehszlovákia belső szerkezete felbomlott, és 1939 márciusában létrejött a német befolyás alatt álló Szlovák Köztársaság (Slovenská republika), a korabeli köznyelvben gyakran szlovák állam (Slovenský štát). Ez az államalakulat a második világháború időszakában, 1939 és 1945 között állt fenn, és szorosan kapcsolódott a nemzetiszocialista Németország külpolitikai és katonai törekvéseihez. A korszak megértése azért is kulcsfontosságú, mert itt sűrűsödik össze a modern szlovák történelem több, máig vitatott kérdése: a nemzeti önrendelkezés és a külső függőség viszonya, a tekintélyuralmi állam természete, a zsidóüldözés és a Holocaust felelőssége, valamint a háború végi ellenállás és annak emlékezete. Az alfejezet a Csehszlovákia létrejötte és a szlovák kérdés című részre épül, és azt vizsgálja, hogyan vált a szlovák autonómia-törekvés egy rövid életű, németbarát állammá, milyen belpolitikai viszonyok jellemezték, és miként zajlott le a zsidó lakosság kifosztása, gettósítása és deportálása.
A müncheni egyezmény (1938. szeptember 29–30.) nyomán Csehszlovákia elveszítette a Szudétavidéket, és a szlovák politikai vezetés számára megnyílt a lehetőség a szélesebb autonómia kivívására. 1938. október 6-án a Zsolna melletti megállapodás értelmében Szlovákia autonómiát kapott, és a prágai kormányzat szövetségi jellegűvé alakult át. Az autonóm szlovák kormány feje Jozef Tiso (1887–1947) lett, aki katolikus papként a Szlovák Néppárt (Hlinkova slovenská ľudová strana, HSĽS) vezetője volt. A pártot eredetileg Andrej Hlinka (1864–1938) alapította, és a szlovák nemzeti mozgalom katolikus-nemzeti irányzatát képviselte. Hlinka 1938 augusztusában bekövetkezett halála után Tiso örökölte a mozgalom politikai vezetését.
A csehszlovák központi kormány gyengeségét kihasználva Berlin 1939 elején fokozta a nyomást. Hitler 1939. március 13-án tárgyalt Tisóval Berlinben, és arra ösztönözte, hogy Szlovákia kiáltsa ki függetlenségét. A dokumentált tények szerint Tiso visszatérve Pozsonyba a szlovák országgyűlés elé terjesztette a függetlenség kérdését. 1939. március 14-én a szlovák országgyűlés – a korabeli jegyzőkönyvek tanúsága szerint – nyilvános szavazással, egyhangúnak feltüntetett döntéssel kikiáltotta a független Szlovák Köztársaságot. Másnap, 1939. március 15-én a Wehrmacht megszállta Csehországot, és létrejött a Cseh–Morva Protektorátus (Protektorat Böhmen und Mähren). A szlovák függetlenség tehát közvetlenül kapcsolódott Csehszlovákia megszűnéséhez.
A Szlovák Köztársaság létrejötte nem volt egyszerűen „német parancs” végrehajtása, de a külső kényszer és a belső autonómia-törekvés összefonódását a történetírásban eltérő hangsúlyokkal értelmezik. A dokumentált tény, hogy a német vezetés a szlovák politikai elitek számára alternatívaként a Magyarországgal való felosztást vagy lengyel–magyar uralom alá kerülést vetítette elő, ami a döntést erősen befolyásolta. Ugyanakkor a szlovák Néppárt egy része már 1938 ősze óta készült a Csehszlovákiától való elszakadásra. A függetlenség tehát olyan államalakulatot eredményezett, amely a náci Németország katonai és gazdasági terében létezett, de amelynek belpolitikai vezetése jelentős mozgásteret kapott az erőszak és a társadalmi átalakítás terén.
A szlovák állam politikai berendezkedése rövid idő alatt tekintélyuralmi jellegűvé vált, és a korabeli európai korporatív (hivatásrendi) elvek, valamint a katolikus társadalomtanítás elemei keveredtek benne a nemzetiszocialista Németország iránti lojalitással. A HSĽS a függetlenség kikiáltását követően fokozatosan felszámolta a politikai versenyt. A szociáldemokrata és kommunista pártokat betiltották, a polgári pártok egy részét beolvasztották, vagy megszüntették tevékenységüket. A politikai élet a HSĽS-n belüli áramlatokra szűkült.
A vezető politikai elit két fő irányzatra oszlott. A mérsékeltebb, Tiso nevével fémjelzett csoport a katolikus-nemzeti hagyományokra épített, és a szlovák önállóság megőrzését a német szövetség keretein belül képzelte el. A radikálisabb, Vojtech Tuka (1880–1946) miniszterelnök és Alexander Mach (1902–1980) belügyminiszter által képviselt irányzat nyíltan nemzetiszocialista mintákat követett, és szorosabb együttműködésre törekedett a náci Németországgal. A két csoport között folyamatos volt a versengés a nácik bizalmi pozícióiért és a belpolitikai erőforrásokért. A németség felé tett gesztusok és a zsidóellenes intézkedések radikalizálódása részben e belső versengés dinamikájából is következett.
A szlovák állam élén Tiso 1939 októberétől mint köztársasági elnök állt. A hatalmi rendszer kereteit a HSĽS monopóliuma, az egypárti parlament, a kormányzati rendeletekkel való kormányzás és a Hlinka-gárda (Hlinkova garda) félkatonai szerepe határozta meg. A Hlinka-gárda a párthoz kötődő, 1938-ban létrejött félkatonai szervezet volt, amely a radikális irányzat bázisaként részt vett a zsidóellenes atrocitásokban, a lakosság megfélemlítésében és a németbarát politika utcai érvényesítésében. A gárda befolyása a háború alatt hullámzott: egyes időszakokban megerősödött, máskor Tiso mérsékeltebb körei visszaszorították.
A korabeli hivatalos ideológia a szlovák nemzetet keresztény-nemzeti alapon határozta meg. Az állami propaganda a „szlovák nemzeti közösség” megteremtését hirdette, amelyből a zsidókat, a romákat és részben a cseheket kizárta. A rendszer nyilvános állásfoglalásaiban a katolikus egyház társadalmi szerepére épített, ugyanakkor a katolikus hierarchia és a papság viszonya a zsidóellenes politikához összetett volt: a püspöki kar egyes tagjai tiltakoztak a deportálások ellen, míg más, alsóbb szintű egyházi személyek a rendszer támogatóiként léptek fel. Az egyházi reakciók skálája tehát a nyílt bírálattól a hallgatásig és az aktív közreműködésig terjedt – ezt a források alapján történészileg ma sem lehet egységes képként ábrázolni.
A Szlovák Köztársaság gazdaságilag erősen kötődött a Német Birodalomhoz. Az 1939-es és 1940-es években aláírt kereskedelmi és pénzügyi megállapodások a szlovák gazdaságot a német háborús konjunktúrához kapcsolták. A fegyvergyártás, a textilipar és a mezőgazdasági export a német hadigazdaság igényeihez igazodott. A középső és nyugati szlovák területeken a Pozsony (Bratislava) központú gazdasági növekedés a háború első éveiben viszonylagos stabilitást teremtett, különösen az észak-nyugati iparvidékeken. A szlovák korona (koruna slovenská) bevezetése 1939-ben a fiskális önállóság jelképévé vált.
A társadalmi viszonyokat a nemzeti homogenizálás programja és a háborús mozgósítás fokozódó terhei alakították. A szlovák lakosság jelentős része számára a független állam kezdetben a csehszlovák időszakban vélt vagy tapasztalt sérelmek orvoslását ígérte. A magyar uralom alatt maradt, 1938–39-ben Magyarországhoz csatolt déli területek elvesztése azonban mélyen érintette a szlovák nacionalista érzékenységet. A bécsi döntések (1938. november 2., illetve 1939. március) értelmében Szlovákia déli sávja, beleértve Kassa (Košice) és Ungvár (Užhorod) térségét, Magyarországhoz került. A szlovák politikai elit ezt a német szövetség ellenére sem tudta visszafordítani, ami a rendszer belső legitimitását gyengítette, és a magyar–szlovák viszonyt a korszakban tovább mérgezte.
A háború alatt a szlovák társadalom egyre inkább érezte a hadigazdasági korlátozásokat: a jegyrendszert, a munkaerő-átirányítást, a mezőgazdasági beszolgáltatást és a németországi munkaszolgálatot. A szlovák kormányzat 1942-től a zsidó lakosság vagyonának kisajátításából is igyekezett bevételeket szerezni, amit a korszak gazdaságtörténeti kutatásai a deportálások egyik mozgatórugójaként azonosítanak. A zsidó vagyon ariánizálása (azaz nem zsidók kezébe adása) a társadalmi mobilitás sajátos, a korszakban nyilvánosan hirdetett eszközévé vált. Az így megszerzett vagyon, műhely, lakás és üzlet egyes társadalmi csoportok – elsősorban a Hlinka-gárda tagjai, a párthoz hű hivatalnokok és a radikális értelmiség – számára gyors felemelkedést tett lehetővé. A folyamat tehát nem csupán ideológiai cél volt, hanem széles körben elosztott anyagi érdekeltséget is teremtett a zsidóellenes politika fenntartásában.
A zsidó lakosság jogfosztása a szlovák államban nem várt sokáig. Már az autonómia időszakában, 1938 végétől megjelentek a zsidók állampolgári jogait korlátozó intézkedések. A függetlenség kikiáltását követően a jogalkotás szisztematikusan megvonta a zsidó lakosságtól a gazdasági, szakmai és polgári jogokat. A Zsidó Kódex (Židovský kódex) néven ismert, 1941. szeptember 9-i kormányrendelet átfogóan szabályozta a zsidó lakosság helyzetét. A rendelet a zsidóság fogalmát származási alapon határozta meg, és korlátozta a zsidók foglalkoztatását, ingatlanszerzését, oktatási részvételét, házasságkötését és mozgásszabadságát. A zsidókat kötelezték a hatágú sárga csillag viselésére, és vagyonukat zár alá vették.
A zsidó közösség létszáma a szlovák állam területén 1940 körül – az 1930-as csehszlovák népszámlálás adataira és a korabeli becslésekre alapozva – megközelítőleg 85 000 és 90 000 fő között mozgott. A pontos szám bizonytalan, mivel a határmódosítások miatt egyes közösségek Magyarországhoz kerültek, mások onnan érkeztek. A kutatók a legtöbbet idézett becslés szerint mintegy 89 000 zsidó személyt tartanak nyilván a szlovák állam 1939–1945 közötti területén. Ez a szám nem tekinthető pontos népszámlálási adatnak, hanem a korabeli statisztikai és közösségi nyilvántartások alapján rekonstruált összegzés.
Az 1941-es Zsidó Kódex a náci németországi nürnbergi törvények (Nürnberger Gesetze, 1935) mintáját követte, de szlovák kormányzati aktusként, szlovák bürokraták és jogászok közreműködésével jött létre. A jogszabályok kidolgozásában meghatározó szerepet játszott a Tuka-féle radikális kör, de Tiso elnökként jóváhagyta azokat. A törvényi keretek fokozatosan zárultak, és a zsidó lakosságot a szlovák társadalomból való teljes kirekesztés irányába szorították. A korabeli jogi szabályozás a „zsidókérdés megoldását” nemzeti és szociális kérdésként tüntette fel, azonban a jogfosztó intézkedések mögött a faji alapú megkülönböztetés és a vagyon átszármaztatásának kettős logikája állt.
A zsidó lakosság koncentrálása Szlovákiában nem a németországi nagyvárosi gettók mintáját követte, hanem a községi és városi szegregáció, majd az országos deportálás formáját öltötte. 1941 őszétől a szlovák hatóságok megkezdték a zsidók kényszerű kitelepítését a fővárosból és egyes nagyobb városokból, majd munkatáborokat és gyűjtőtáborokat hoztak létre. A legjelentősebb létesítmények közé tartozott a Sereď melletti tábor, a Nováky melletti tábor és a Vyhne melletti tábor, amelyek a későbbi deportálások előtti gyűjtőpontként is szolgáltak. A táborokat a Hlinka-gárda és a szlovák csendőrség őrizte, a munkakörülmények mostohák voltak, és a fogvatartottakat a korabeli leírások szerint rendszeres megaláztatás érte.
A deportálások 1942 tavaszán kezdődtek. A szlovák kormány 1942. március 26-án állapodott meg a német hatóságokkal arról, hogy a szlovák zsidókat a megszállt Lengyelország területén létrehozott megsemmisítő táborokba szállítják. Az első transzportok 1942. március 25-én indultak Auschwitz–Birkenauba (Oświęcim-Brzezinka). A szlovák kormány a fejenkénti „átvételi díjat” fizette a német félnek, ami a deportálások anyagi dimenzióját is jelzi: a szlovák állam fizetett azért, hogy zsidó polgárait elszállítsák, és a Német Birodalom területén „letelepítsék”. Ezt a gyakorlatot a korszak kutatói egyértelműen a nácikkal való aktív kollaborációként értelmezik, bár a felelősség kérdését a szlovák közvéleményben és a történeti emlékezetben sokáig elhallgatták vagy relativizálták.
A deportálások első hulláma 1942. március és október között zajlott. Ez idő alatt – a legszélesebb körben elfogadott becslések szerint – mintegy 57 000–58 000 zsidó személyt toloncoltak ki Szlovákiából. Az áldozatok pontos számát a szakirodalomban eltérően adják meg, mivel a transzportlisták hiányosak, és a magyar fennhatóság alatt álló déli területek lakosainak sorsa részben külön nyilvántartást igényel. A deportáltak túlnyomó többségét Auschwitz–Birkenauba, valamint a lublini körzet táboraiba, például Sobibórba és Majdanekbe szállították. A megsemmisítő táborokba érkezők nagy részét röviddel megérkezésük után gázzal meggyilkolták.
A deportálások 1942 őszi leállítása mögött több, egymással összefüggő tényező állt. A szlovák katolikus egyház egyes vezetői, köztük Pavol Jantausch nagyszombati apostoli adminisztrátor és más püspökök, tiltakoztak a transzportok ellen. A nemzetközi zsidó szervezetek és a vatikáni diplomácia is nyomást gyakorolt. Emellett a szlovák közvélemény egy részében a deportálások brutalitása és a táborokból visszaszivárgó hírek nyugtalanságot keltettek. A szlovák kormány végül a további transzportokat felfüggesztette, arra hivatkozva, hogy a zsidók maradékának „munkavégzésre” van szüksége. Ez a szünet mintegy két évig tartott, és körülbelül 20 000–25 000 zsidó személy maradt az országban, többségük munkatáborokban vagy rejtőzve.
A háború menetének fordulásával párhuzamosan a szlovák állam belső válsága is elmélyült. A keleti front összeomlása, a német vereségek és a szövetséges légitámadások meggyengítették a rezsim legitimitását. A zsidó lakosság helyzete azonban nem javult érdemben: a munkatáborokban fogva tartottak továbbra is embertelen körülmények között éltek, és a kormányzati propaganda a zsidóságot továbbra is ellenségként ábrázolta.
A német megszállás és a szlovák nemzeti felkelés 1944 augusztusa és októbere között gyökeresen átalakította a helyzetet. A szlovák hadsereg egyes egységei és a polgári ellenállási csoportok 1944. augusztus 29-én besztercebányai (Banská Bystrica) központtal felkelést indítottak a Tiso-rendszer és a német megszállás ellen. A felkelésben részt vett a szlovák hadsereg egy része, valamint kommunista és polgári ellenállók, továbbá szökött hadifoglyok és partizánok. A felkelés a szlovák történelem egyik legfontosabb fegyveres ellenállási epizódja, amelyet a háború utáni hivatalos emlékezetpolitika sokáig a kommunista hősök szerepére szűkített le, jóllehet a felkelés politikai összetétele sokszínű volt.
A Wehrmacht 1944. augusztus végén megszállta Szlovákiát, és a felkelést 1944. október végére felszámolta. A megszállás alatt a német biztonsági erők, a Sicherheitspolizei és a Sicherheitsdienst, valamint a velük együttműködő szlovák egységek újraindították a deportálásokat. A második deportálási hullám 1944. szeptember végétől 1945. március végéig tartott, és mintegy 12 000–13 000 zsidó személyt szállítottak el Auschwitzba, Theresienstadtba (Terezín) és más táborokba. Ebben a szakaszban a német hatóságok közvetlenül irányították a műveleteket, a szlovák bürokraták szerepe pedig a logisztikai együttműködésben és a helyi közigazgatás biztosításában állt. A deportáltak nagy részét meggyilkolták.
A háború végére a szlovák állam területén élő zsidó közösség döntő hányada elpusztult. A legelfogadottabb összesítések szerint a szlovákiai zsidóság mintegy hetven százaléka vált a Holocaust áldozatává. Ez a becslés a deportáltak és a helyben, illetve a munkatáborokban elhunytak számát együttesen veszi figyelembe. A pontos összesített áldozatszámot a források töredékessége miatt a kutatók 60 000 és 70 000 fő közé teszik. A túlélők jelentős része a rejtőzködők, a nem zsidó családok által bújtatottak, a felkelésben részt vevők, illetve azok közül került ki, akiket a deportálási szünet alatt nem szállítottak el.
A Vörös Hadsereg 1944 őszén elérte a kelet-szlovákiai területeket, és a front 1945 tavaszára fokozatosan nyugatra tolódott. A szlovák állam kormányzati és pártvezetése a német csapatokkal együtt menekült. Tiso 1945. május 8-án a bajorországi Altöttingben amerikai fogságba került, majd kiadták Csehszlovákiának. 1947. december 3-án a pozsonyi Nemzeti Bíróság köztörvényes bűnösként halálra ítélte, és ítéletét december 18-án végrehajtották. Tuka 1946-ban, Mach hosszabb börtön után bocsánattal szabadult; a felelősségre vonás tehát a szlovák állam elitjén belül is eltérő mértékű volt.
A szlovák állam megítélése a történetírásban és a közéletben máig élénk viták tárgya. A kérdés lényege, hogy miként viszonyuljunk egy olyan államalakulathoz, amely egyszerre testesítette meg a szlovák nemzeti önrendelkezés évszázados igényét, és ugyanakkor a nemzetiszocialista Németország kiszolgálójaként részt vett a Holocaustban. A háború utáni csehszlovák historiográfia a szlovák államot egyszerűen „klerofasiszta bábállamként” jellemezte, és ezt a keretet a kommunista propaganda is átvette. A rendszerváltás utáni szlovák történetírás árnyaltabb képet rajzol: egyrészt feltárja a saját államiság intézményi teljesítményét és a társadalom egy részének vonzalmát a függetlenséghez, másrészt egyértelművé teszi, hogy a zsidóüldözés a szlovák politikai elit aktív döntése volt, nem pusztán külső kényszer.
A szlovák állam emlékezetpolitikai súlya a 21. században is érezhető. Egyes szélsőjobboldali csoportok Tisót a nemzeti függetlenség mártírjaként próbálják bemutatni, míg a demokratikus közvélemény és a nemzetközi tudományos konszenzus szerint a rezsim felelőssége a zsidó lakosság üldözésében és deportálásában vitathatatlan. A katolikus egyház szerepének értékelése szintén árnyalt megközelítést igényel: a püspöki kar tiltakozásai és a helyi papok egy részének közreműködése egyszerre jellemezte az egyházat. A történettudománynak a dokumentált tények és a fennmaradt források alapján kell rekonstruálnia a felelősségi láncokat, anélkül, hogy a kortárs politikai célokat szolgáló ítéleteket vetítene vissza a múltba.
A szlovák állam történetének kutatása több, egymástól eltérő típusú forrásra támaszkodik. A legfontosabbak a kormányzati és parlamenti jegyzőkönyvek, a párthivatali iratok, a bírósági periratok, a deportálási listák, a német megszálló hatóságok iratai, valamint a zsidó közösségek saját nyilvántartásai és a túlélők visszaemlékezései. Az elsődleges források nyelve szlovák, német és magyar, ami a kutatást nyelvi szempontból is összetetté teszi.
A legnagyobb bizonytalanság a deportáltak és a halottak pontos számában áll fenn. A transzportjegyzékek több esetben hiányosak vagy elvesztek, és a zsidó lakosság pontos létszámának meghatározását a háború alatti vándorlás, a határmódosítások és a népszámlálási kategóriák is nehezítik. Emiatt a szakirodalomban 50 000 és 70 000 közötti áldozatszámokkal találkozni; a legmegalapozottabb becslések 60 000 körülire teszik a szlovákiai Holocaust áldozatainak számát. A munkatáborokban elhunytak arányát a kutatók szintén becsléssel állapítják meg, mivel a tábori halotti anyakönyvek nem teljesek.
Viták övezik a deportálások leállításának okait is. A hagyományos nacionalista narratíva szerint a leállítás kizárólag a szlovák kormányzat humanitárius belátásából következett, azonban a mai történetírás ezt árnyalja: a döntésben szerepet játszott a nemzetközi nyomás, az egyházi tiltakozás, a hazai közvélemény hangulatváltozása és a német féllel való alkudozás is. A Tiso szerepét érintő történészi álláspontok a háború után óta megoszlanak; az uralkodó tudományos konszenzus szerint Tiso nem volt passzív szemlélő, hanem a zsidóellenes politika legfőbb állami felelőse.
A legproblematikusabb emlékezetpolitikai állítások a szlovák állam „autonómiáját” és a nemzeti ellenállás homogén jellegét hangsúlyozzák. A korszak kutatójának ezért mindig el kell különítenie a dokumentált tényeket (például a kormányrendeleteket, a deportálási adatok trendjét, a felkelés időpontjait) a politikai narratíváktól (például a rezsim nemzeti jellegének dicsőítésétől vagy a felelősség teljes elutasításától). A forráskritika különösen fontos a túlélői visszaemlékezéseknél, amelyek pótolhatatlan tanúságtételek, de szubjektív jellegük miatt nem mindig tekinthetők a statisztikai adatok pótlására alkalmas forrásnak.