1989 őszén a csehszlovák államszocialista rendszer összeomlása Szlovákiában nem egyszerűen a prágai események vidéki visszhangja volt, hanem sajátos szlovák dinamikát követő folyamat, amely 1993-ban az önálló szlovák állam létrejöttéhez vezetett. Az 1989. novemberi bársonyos forradalom, majd az azt követő alkotmányos és nemzeti viták, a Vladimír Mečiar nevéhez köthető átmeneti autoriter tendenciák, végül az európai integrációhoz való visszatérés együttesen rajzolják ki azt az utat, amelyen Szlovákia a szövetségi állam részéből független, majd az Európai Unió és a NATO tagjává vált. E korszak értelmezése mind a mai napig éles emlékezetpolitikai viták tárgya: a függetlenség kikiáltását egyesek a nemzeti önrendelkezés beteljesedéseként, mások a csehszlovák államiság felesleges és konfliktusos felszámolásaként tartják számon.
A csehszlovákiai rendszerváltás kiváltó eseménye az 1989. november 17-i prágai diáktüntetés erőszakos feloszlatása volt. A hír gyorsan eljutott Szlovákiába, ahol a civil társadalom és az ellenzéki csoportok már évek óta szerveződtek, bár kisebb láthatósággal, mint Csehországban. A pozsonyi és más szlovákiai városokban azonban a reakció nem volt azonnali; a szlovák nyilvánosságot kezdetben a csehszlovák állam egységének kérdése és a szlovák nemzeti követelések is foglalkoztatták. A november 17-i eseményeket követően – a dokumentált tények szerint – a prágai rendőri beavatkozásról szóló beszámolók, valamint a Szlovák Kommunista Párt (Komunistická strana Slovenska, KSS) konzervatív vezetésének elutasító magatartása váltotta ki az első nagyobb megmozdulásokat.
November 20-án Pozsonyban megalakult a Nyilvánosság az Erőszak Ellen (Verejnosť proti násiliu, VPN), amely a cseh Polgári Fórum (Občanské fórum, OF) szlovák megfelelőjeként, de attól szervezetileg függetlenül lépett fel. A VPN alapítói között elsősorban értelmiségiek, diákok, művészek és a katolikus ellenzék képviselői szerepeltek. A mozgalom nevében az „erőszak ellen” kitétel egyszerre utalt a november 17-i eseményekre és a kommunista hatalomgyakorlás egészére. A VPN programja három fő célt fogalmazott meg: a politikai pluralizmus megteremtését, a piacgazdaságra való áttérést és a szlovák nemzeti önrendelkezés alkotmányos rendezését a csehszlovák államon belül.
A szlovákiai tömegtüntetések november végétől bontakoztak ki. November 22-én Pozsonyban, majd november 24-én Kassán (Košice) és más nagyvárosokban tüntettek; a rendezvények résztvevői a kommunista párt monopolhatalmának megszüntetését, szabad választásokat és a csehszlovák állam demokratikus átalakítását követelték. A szlovák ellenzéki mozgalom sajátossága volt, hogy a demokratikus követeléseket kezdettől fogva összekapcsolta a szlovák nemzeti identitás nyilvános megjelenítésével. A tüntetéseken a csehszlovák zászlók mellett megjelentek a szlovák nemzeti jelképek is; ez a kettősség a későbbi államjogi viták előjeleként értelmezhető, bár maga a függetlenség követelése 1989 végén még nem volt meghatározó.
A kommunista hatalom átadása Szlovákiában békésen, de nem minden feszültség nélkül zajlott. A szlovák kommunista vezetés, élén Jozef Lenárt utódjaival, merevebben reagált a tüntetésekre, mint a prágai szövetségi vezetés. December elején azonban a tömegnyomás és a prágai események hatására a szlovák pártvezetés is tárgyalóasztalhoz kényszerült. December 9-én a szövetségi elnök, Gustáv Husák – aki maga is szlovák származású volt – lemondott; a szövetségi parlament december 29-én Václav Havelt választotta elnökké, Alexander Dubčeket pedig a szövetségi parlament elnökévé. Dubček személye a szlovák reformkommunista hagyomány és az 1968-as „emberarcú szocializmus” jelképeként hidat képezett a cseh és a szlovák demokratikus erők között, és szerepe is hozzájárult ahhoz, hogy a rendszerváltás Szlovákiában nem vált erőszakossá.
Az 1990. júniusi első szabad választások a VPN és a Kereszténydemokrata Mozgalom (Kresťanskodemokratické hnutie, KDH) sikerét hozták Szlovákiában, míg Csehországban a Polgári Fórum győzött. A választások után a szövetségi állam működése és a szlovák–cseh viszony kérdése gyorsan a politikai napirend élére került. A vita két, egymással összefonódó dimenzióban zajlott: egyrészt a gazdasági reform üteméről, másrészt a szlovák nemzeti önrendelkezés alkotmányos formájáról. A szlovák politikai elit jelentős része úgy érzékelte, hogy a szövetségi állam keretei között a gyors piaci átalakulás – a nehézipar, a fegyvergyártás és a bányászat leépítése – aránytalanul sújtja a szlovák régiókat. Ez az érzékenység nem volt alaptalan: a dokumentált gazdasági statisztikák szerint a szlovákiai munkanélküliség a kilencvenes évek elején gyorsan emelkedett, és meghaladta a csehországi szintet, ami erősítette a szlovák önállóság politikai támogatottságát.
Az 1990 őszén kitört úgynevezett kötőjel-vita vagy gondolatjel-vita (pomlčková vojna) a szlovák és a cseh politikai elit közötti szimbolikus konfliktus első látványos megnyilvánulása volt: a szövetségi parlamentben arról vitáztak, hogy az állam neve „Cseh-Szlovák Szövetségi Köztársaság” vagy „Csehszlovák Szövetségi Köztársaság” legyen. Bár a vita formai részletnek tűnhet, a kortárs szereplők és a történészi elemzések egyaránt a csehszlovák identitás és a szlovák nemzeti szuverenitás közötti mélyebb feszültség felszínre töréseként értelmezik. A szlovák politikusok egy része a szlovák nemzet egyenjogúságának elismerését látta a megkülönböztetett írásmódban; a cseh oldal ezt felesleges komplikációnak tartotta. A kompromisszumos megoldás – „Cseh és Szlovák Szövetségi Köztársaság” – nem oldotta fel a feszültséget, csak elhalasztotta az alapszerződés kidolgozását.
1991-ben a VPN belső feszültségei nyílt szakadáshoz vezettek. A mozgalom liberális, prágai orientációjú szárnyával szemben a Vladimír Mečiar vezette csoport a szlovák nemzeti érdekek erőteljesebb képviseletét és a gazdasági átmenet lassítását követelte. Mečiar 1991 tavaszán kivált a VPN-ből, és megalapította a Demokratikus Szlovákiáért Mozgalmat (Hnutie za demokratické Slovensko, HZDS). A párt programja a szlovák nemzeti identitás megőrzését, a gazdasági reform fokozatosságát és a szövetségi állam szerződéses alapokra helyezését hirdette. A HZDS gyorsan a szlovák politikai élet legerősebb szereplőjévé vált, és Mečiar személyes vezetési stílusa, valamint a médiával való gyakori konfliktusai fokozatosan a demokratikus intézmények és az erőskezű kormányzás közötti feszültség jelképévé tették.
1992 júniusában a szlovákiai választásokon a HZDS a szavazatok mintegy 37 százalékát szerezte meg, Csehországban pedig a Václav Klaus vezette Polgári Demokrata Párt (Občanská demokratická strana, ODS) került ki győztesen. A két győztes párt programja a szövetségi állam jövőjéről alapvetően különbözött: Klaus a szövetségi állam gyors megszüntetését vagy legalább radikális leépítését tartotta kívánatosnak, Mečiar pedig a szlovák nemzeti szuverenitás nemzetközi elismerését követelte, miközben hajlandónak mutatkozott tárgyalni a cseh oldallal. A történészi konszenzus szerint a döntő tényező nem a szlovák társadalom egyértelmű elszakadási igénye volt – a közvélemény-kutatások a függetlenség támogatottságát 20–30 százalék körül mérték –, hanem a két politikai vezető közötti megállapodás hiánya a közös állam fenntartásáról, valamint a cseh oldal azon meggyőződése, hogy a szlovákiai nacionalista erőkkel való kompromisszum hosszú távon destabilizálná a cseh gazdasági reformot.
július 17-én a szlovák parlament elfogadta a szlovák nemzeti szuverenitás deklarációját, amely az önálló szlovák állam létrehozásának politikai alapját jelentette. A dokumentum a szlovák nemzet önrendelkezésére hivatkozott, de nem mondta ki azonnali elszakadást; a szövetségi állam megszüntetéséről a cseh és a szlovák politikai vezetők július–augusztus folyamán tárgyaltak, és végül a békés szétválás mellett döntöttek. A szövetségi parlament 1992. november 25-én fogadta el a Cseh és Szlovák Szövetségi Köztársaság megszüntetéséről szóló alkotmánytörvényt, amely 1992. december 31-ében határozta meg a szövetségi állam jogutód nélküli megszűnését. A dokumentált tény, hogy sem a cseh, sem a szlovák oldal nem írt ki népszavazást a szétválásról, ami mind a cseh, mind a szlovák politikai elit részéről a képviseleti demokrácia sajátos, de alkotmányos keretek között maradó döntésének tekinthető.
január 1-jén Szlovákia (Slovensko) hivatalosan is független állammá vált, Csehország pedig ugyanettől a naptól kezdve önálló államként működött tovább. A szétválás békés volta – a két állam közötti határok, a szövetségi vagyon megosztása, a katonai eszközök és a közös intézmények felszámolása – a nemzetközi közvélemény és a történészi értékelés szerint is példa nélküli volt a közép-európai régióban. Ugyanakkor a belső társadalmi támogatottság korlátozott maradt; a rendelkezésre álló közvélemény-kutatási adatok szerint a szlovák lakosság többsége 1992 végén is a közös állam fenntartását részesítette előnyben. Ezt a tényt a szlovák függetlenség emlékezetpolitikai megítélése körüli vitákban gyakran felidézik: a függetlenség hívei a nemzeti önrendelkezés történelmi beteljesedését hangsúlyozzák, míg a kritikusok a demokratikus legitimáció hiányát és a cseh–szlovák kapcsolatok szükségtelen megterhelését emelik ki.
A független Szlovákia első kormányzati ciklusát a HZDS és a Szlovák Nemzeti Párt (Slovenská národná strana, SNS) koalíciója határozta meg. 1994 márciusában azonban a parlament megvonta a bizalmat Mečiar kormányától, és átmeneti kabinet alakult. Az 1994. őszi előrehozott választások után Mečiar visszatért a hatalomba, és 1998-ig tartó időszakot a politikatudományi és történeti szakirodalom következetesen a demokratikus intézmények leépítésének, a jogállamiság meggyengítésének és a klienshálózatok kiépítésének időszakaként írja le. A dokumentált események közé tartozik a titkosszolgálat politikai célú felhasználása, a közszolgálati média nyomás alá helyezése, az elnöki jogkörök körüli intézményi konfliktusok, valamint a kormánypártok médiában való túlsúlyának erősítése.
A Mečiar-kormány politikájának egyik legsúlyosabb vitatott eleme a kisebbségekkel szembeni magatartás volt. A szlovákiai magyarság, amely a lakosság körülbelül 10–11 százalékát tette ki az 1991-es népszámlálás adatai szerint, a kilencvenes évek közepén számos olyan intézkedést élt meg, amelyet a kisebbségi jogok csorbításaként értékelt. A nyelvtörvény szigorítása, a magyar nyelvű oktatás finanszírozásának problémái, a településnevek használata körüli viták és a kormánypártok nacionalista retorikája feszültté tette a szlovák–magyar viszonyt. A szlovákiai roma közösség helyzete is romlott; a rendőri brutalitás, a lakóhelyi szegregáció és a munkaerőpiaci kirekesztés tárgyát képezték az emberi jogi szervezetek jelentéseinek. A történészi értékelés szerint a Mečiar-korszak nem volt nyílt diktatúra – a választások formálisan szabadok voltak, és az ellenzéki pártok működhettek –, de a versengő demokrácia minősége jelentősen romlott, és az ország nemzetközi elszigetelődés felé sodródott.
A gazdasági átalakulás a kilencvenes években ellentmondásos eredményeket hozott. A piacgazdasági intézmények kiépültek, de a nagy állami vállalatok privatizációja gyakran átláthatatlan módon, politikai szempontok szerint zajlott. A nehézipari és fegyvergyártási ágazatok leépítése magas munkanélküliséget okozott a kelet-szlovákiai régiókban, míg a főváros és a nyugati országrész gyorsabban alkalmazkodott az új feltételekhez. A regionális különbségek azóta is a szlovák társadalom egyik meghatározó szociális és politikai feszültségforrása.
A Mečiar-kormány időszakában Szlovákia lemaradt a közép-európai országok integrációs folyamatában. Míg Lengyelország, Csehország és Magyarország 1997-ben meghívást kapott a NATO-ba, Szlovákia kimaradt; az Európai Unió 1997-es bővítési jelentése pedig Szlovákiát a politikai feltételek nem teljesítése miatt nem sorolta az első csatlakozási körbe. A demokratikus deficit és a kisebbségi feszültségek miatt a nemzetközi szervezetek és a nyugati partnerek kritikája felerősödött, ami a belső ellenzék és a civil társadalom mozgósításához is hozzájárult.
Az 1998-as parlamenti választások a szlovák demokrácia szempontjából sorsfordítónak bizonyultak. Az ellenzéki pártok – köztük a KDH, a liberálisok és a szociáldemokraták – széles koalíciót alakítottak, és a HZDS a választásokon a legtöbb szavazatot megszerezte ugyan, de nem tudott kormányt alakítani. A kormányváltás után Mikuláš Dzurinda vezetésével reformkoalíció alakult, amely a demokratikus intézmények helyreállítását, a piacgazdaság átláthatóvá tételét és a nyugati integrációt tűzte ki célul. A dokumentált tény, hogy a 2002-es választások után a Dzurinda-kormány második ciklusát is megerősítették; a reformok – a versenyképesség javítása, az adórendszer átalakítása, a közigazgatás decentralizációja – a szlovák gazdaság gyors növekedését indították el.
Az integrációs folyamat felgyorsult: Szlovákia 2004. március 29-én csatlakozott a NATO-hoz, majd 2004. május 1-jén az Európai Unióhoz. A csatlakozás a szlovák politikai elit, a civil társadalom és a lakosság többsége számára a nyugati demokratikus normákhoz való visszatérést és a Mečiar-korszak elszigetelődésének lezárását jelentette. A csatlakozási szerződés aláírása és a feltételek teljesítése mellett a szlovák társadalomban a modernizáció és a fogyasztói társadalom kialakulása is erősítette az EU-párti közvéleményt. Ugyanakkor a régiók közötti gazdasági különbségek, a roma közösség társadalmi kirekesztése és a nacionalista pártok tartós támogatottsága azt jelezte, hogy az integráció nem oldotta meg az összes strukturális problémát.
Az 1989 és 2004 közötti szlovák történelem forrásai elsősorban írott dokumentumok: pártprogramok, parlamenti jegyzőkönyvek, alkotmánytörvények, választási eredmények, újságcikkek, naplók, visszaemlékezések és a korszakban készült közvélemény-kutatások. A szövetségi állam megszüntetésének jogi folyamata jól dokumentált; a csehszlovák szövetségi parlament döntéseiről hivatalos jegyzőkönyvek állnak rendelkezésre. Ugyanakkor a bársonyos forradalomhoz és a szétváláshoz vezető politikai döntések belső motivációi, valamint a Mečiar-korszak egyes intézkedéseinek háttere vitatott. A résztvevők visszaemlékezései – például a HZDS és az ellenzéki vezetők memoárjai – értelemszerűen elfogultak, és a korszak levéltári anyagai még nem teljes körűen hozzáférhetők. A titkosszolgálati iratok, a privatizációs ügyletek dokumentumai és a pártfinanszírozás részletei továbbra is kutatási hiányosságokat jelentenek.
A közvélemény-kutatási adatokra vonatkozóan fontos hangsúlyozni, hogy a kilencvenes évek elején a szlovák lakosság államjogi preferenciáit mérő felmérések módszertanilag eltérőek voltak, és a válaszok erősen függtek a kérdésfeltevéstől. A függetlenség támogatottsága a 20–30 százalékos sávban mozgott, de ezt a számot nem lehet pontos tényként kezelni; a politikai elit döntése és a társadalmi támogatottság közötti különbség azonban a szakirodalomban konszenzusosnak tekinthető. A Mečiar-korszak minősítése – „demokratikus deficit”, „illiberális demokrácia” vagy „autoriter tendencia” – a politikatudományi szakirodalomban vitatott értelmezési kategória, nem pedig dokumentált tény.
A szlovák–magyar viszony megítélése a korszakban erősen átpolitizált, és a szlovák és magyar történetírás hangsúlyai eltérnek. A nyelvtörvény és a kisebbségi intézkedések ténybeli rekonstrukciója viszonylag stabil, de az értékelés – hogy azok a demokratikus normáktól való eltérésnek vagy a nemzetállam-építés legitim eszközeinek tekintendők-e – emlékezetpolitikai vita tárgya.