A 7. századi iszlám hódítás alapjaiban rendezte át a mai Jordánia területének vallási, nyelvi és politikai térképét. Ahogy Az ókori Transzjordánia című alfejezet bemutatta, a térség korábban a római és bizánci birodalom határvidéke volt, ahol a hellenisztikus városi kultúra, a zsidó és szamaritánus közösségek, valamint a nabateus hagyományokat őrző arab törzsek éltek egymás mellett. A 630-as években Bizánc és a Szászánida Perzsia között új vallási és politikai erő jelent meg az Arab-félszigeten: az iszlám. A térség - amelyet az arab források később al-Balká (al-Balqā’) és Dzsund al-Urdunn (Jund al-Urdunn, azaz Jordánia katonai körzete) néven ismertek - a birodalmi centrumok között feküdt, mégis a zarándokutak, a kereskedelem és a mezőgazdaság révén hamarosan a formálódó iszlám civilizáció szerves részévé vált. Az ezt követő fél évezredben a terület hol tartományi periféria volt, hol a Szíria és Egyiptom közötti hatalmi harc felvonulási területe. A keresztes háborúk idején a mai Jordánia a Jeruzsálemi Királyság és a muszlim birodalmak közti ütközőzónává vált, ahol a katonai erődítmények és a karavánutak stratégiai jelentősége felértékelődött.
A muszlim seregek a 630-as évek elején, Mohamed (Muhammad) próféta halála (i. sz. 632) után nem sokkal érték el a bizánci Palesztina és Transzjordánia határvidékét. A bizánci fennhatóság a térségben ekkor már korántsem volt szilárd: a 6. század végén és a 7. század elején a Bizánci Birodalom és a Szászánida Perzsia között zajló háborúk kimerítették a városokat, a kereskedelmi utakat és az adótermelő vidéki közösségeket. A hódításról szóló muszlim elbeszélő források - például a 9. századi al-Baládzúri (al-Balādhurī) Futúh al-buldán című krónikája - szerint a térségbe vezető hadjáratok a dzsihád (jihād, itt elsősorban katonai erőfeszítés, nem általános „szent háború”) részei voltak, és céljuk a bizánci fennhatóság alatt élő arab törzsek, illetve a városok megnyerése vagy meghódolásra bírása volt. A források hangsúlyozzák, hogy a transzjordániai városok egy része szerződéssel, adófizetés fejében adta meg magát, ami a 7. századi arab hódítás általános mintázatához illeszkedik.
A döntő katonai esemény a jarmúki csata (i. sz. 636) volt, amely a mai Jordánia, Szíria és a Golan-fennsík találkozásánál, a Jarmúk folyó közelében zajlott. A csata a források szerint több napig tartott, és a bizánci hadsereg vereségével végződött. A jarmúki ütközet ténye dokumentáltnak tekinthető, a résztvevők létszámát és a csata pontos helyszínét azonban a források eltérően adják meg, ezért a modern történetírás a kora iszlám hódítások hadtörténetét részben becslések és irodalmi toposzok alapján rekonstruálja. A bizánci vereség után a mai Jordánia területe fokozatosan a formálódó iszlám állam, a kalifátus (khilāfa) fennhatósága alá került. A hódítás nem járt azonnali tömeges áttéréssel: a keresztény, zsidó és szamaritánus közösségek a dhimma (dhimmah) jogi intézménye révén - adófizetés és bizonyos jogi korlátozások elfogadása mellett - megtarthatták vallásukat és vagyonukat. Az iszlamizáció és az arabizáció nyelvi és vallási átrendeződése több évszázados folyamat volt.
Az i. sz. 661-ben Damaszkuszban hatalomra került Umajjád-dinasztia (Banū Umayya) idején a mai Jordánia területe a birodalmi szíriai-palesztinai magterülethez tartozott. A régió az Umajjád kalifák figyelmét elsősorban két okból élvezte: egyrészt a damaszkuszi udvar és a szent városok, Mekka és Medina közötti zarándokút (Darb al-Hadzss) áthaladt a transzjordániai fennsíkon, másrészt a térség urai, a kalifák és helytartók itt alakítottak ki mezőgazdasági birtokokat és reprezentatív épületeket. A mai Jordánia keleti sivatagában fennmaradt sivatagi kastélyok (qusūr, egyes számban qasr) - a legismertebbek Kuszr Amra (Qusayr ’Amra), Kaszr al-Harána (Qasr al-Kharāna) és Kaszr al-Mastá (Qasr al-Mushattā) - az Umajjád-kor leglátványosabb régészeti emlékei közé tartoznak. Ezek az épületek nem csupán vadászlakok vagy pihenőházak voltak, hanem a kalifátus gazdasági és reprezentációs hálózatának csomópontjai is. A történészek egy része szerint az udvar és a szíriai törzsi elitek közötti politikai tárgyalások, valamint a nomád és letelepült lakosság közötti kapcsolattartás színtereiül szolgáltak. Az épületek freskói és mozaikjai hellenisztikus, bizánci, szászánida és arab motívumokat ötvöznek, ami a kora iszlám udvari kultúrájának sokszínűségét mutatja. Fontos hangsúlyozni, hogy a „sivatagi kastély” elnevezés modern tudományos kategória, a források gyakran egyszerűen bádiya típusú birtokoknak vagy mádzsannak (majann) nevezik ezeket a helyeket.
Az Umajjád-korban a térség közigazgatása a bizánci és korábbi római mintákat követte, de arab katonai és adózási intézményekkel egészült ki. A Jordán folyótól keletre fekvő területek egy részét a Dzsund Dimask (Jund Dimashq, Damaszkusz katonai körzete), más részüket a Dzsund al-Urdunn (Jund al-Urdunn, Jordánia katonai körzete) fennhatósága alá szervezték. A jordániai késő ókori és kora iszlám kori települések - például Dzsaras (Jarash, az ókori Gerasza), Philadelphia (a mai Ammán) és Umm ar-Raszász (Umm al-Rasās) - a hódítás után is lakottak maradtak, és a templomok egy részét a 8. század folyamán fokozatosan mecsetté alakították, vagy a város új központjában emeltek mecsetet. Umm ar-Raszász régészeti lelőhelyén a Szent István-templom padlómozaikja 785-ös évszámmal keltezett, ami azt mutatja, hogy a keresztény közösségek és liturgikus építészetük az Abbászida-kor elején is virágzott. Ez a lelet fontos bizonyíték arra, hogy a hódítás nem járt azonnali vallási homogenizációval, és a keresztény egyházi intézmények a 8. század végén is aktívak voltak.
Az i. sz. 750-ben hatalomra került Abbászida-dinasztia (Banū l-’Abbās) új fővárost alapított Irakban, Bagdadban (Madīnat al-Salām). A birodalmi súlypont keletre tolódásával a mai Jordánia területe elvesztette a szíriai-palesztinai tartományi elitek korábbi központi szerepét. A térség a 8–10. században elsősorban a Damaszkuszból és Kairóból a Hidzsázba vezető zarándokutak és a mezőgazdasági termelés révén kapcsolódott a kalifátus gazdasági vérkeringéséhez. A hódítás utáni évszázadokban a transzjordániai fennsík falvai és kisebb városai a gabona-, olíva- és szőlőtermelésre épülő településhálózatot alkottak. A bizánci kori településszerkezet helyenként a 9. századig fennmaradt, azonban a 10. századtól számos kis település elnéptelenedett vagy összezsugorodott. A régészeti felmérések szerint a településszám és a településméret csökkenése a 10–11. században felgyorsult, amit a kutatók egy része éghajlati változásokkal, mások adóterhekkel, Bizánc és a muszlim államok határháborúival, illetve a törzsi és politikai átrendeződéssel magyaráz. Egyelőre nincs tudományos konszenzus arról, hogy a csökkenés elsődleges oka melyik tényező volt; a vita jól mutatja, hogy a források hiánya és a régészeti keltezés bizonytalansága miatt óvatosan kell fogalmazni.
A 10. századtól a térség feletti fennhatóság többször is megváltozott. Az Abbászida kalifák hatalmának gyengülésével a térség a kairói székhelyű Fátimida kalifátussal (al-Fātimiyyūn) és a mezopotámiai-szíriai Szeldzsukokkal (Saljūqiyyān) is kapcsolatba került. A két rivális hatalom közötti határvidék gyakran a mai Jordániánál húzódott, ami a helyi erődök és karavánállomások katonai szerepét növelte. A források viszonylag kevés konkrét eseményt rögzítenek ebből a korszakból a mai Jordánia területén, ami a regionális történetírás forráshiányos időszaka. Azt viszont bizonyítják a régészeti és szöveges adatok, hogy a zarándokutak tovább működtek, és a transzjordániai erődített állomásokon - például Karakban (al-Karak) vagy Sóban (al-Salt) - helyőrségek és víztárolók szolgálták az utazókat.
A 11. század végén a nyugat-európai keresztes hadjáratok megváltoztatták a levantei és transzjordániai politikai földrajzot. Az első keresztes hadjárat során 1099-ben elfoglalták Jeruzsálemet, és létrehozták a Jeruzsálemi Királyságot, valamint a hozzá kapcsolódó keresztes államokat. A mai Jordánia területe ekkor a Jeruzsálemi Királyság és a fátimida, majd a szíriai-mezopotámiai muszlim hatalmak közötti határzónába került. A keresztesek számára a régió stratégiai jelentőségét a Damaszkuszból a Vörös-tengerhez és a Hidzsázba vezető utak, valamint a Holt-tengertől keletre fekvő termékeny fennsík gabonatermelése adta. A 12. században a keresztesek erődített uradalmakat építettek ki Kerakban (Crac des Moabites), Sóbakban (Montreal) és kisebb mértékben a Jordán-völgy keleti oldalán. Kerak és Sóbak várai a mai napig fennmaradtak, és a keresztes katonai építészet fontos emlékei. A régészeti kutatások szerint a keresztes építkezések a korábbi muszlim és bizánci erődítések maradványait is felhasználták.
A keresztes jelenlétet a latin források - például Türoszi Vilmos (Guilielmus Tyrensis) krónikája - dicsőséges hódításként, a muszlim források - például Ibn al-Kalaniszi (Ibn al-Qalānisī) damaszkuszi krónikája - pedig pusztító invázióként írják le. A történeti kutatás számára ezek a források nem a „mit történt” semleges beszámolói, hanem teológiai, politikai és udvari szempontok szerint alakított elbeszélések. A keresztes uralom valóságát a jordániai latin és muszlim források, valamint a régészeti leletek alapján úgy lehet rekonstruálni, hogy a keresztesek elsősorban a várakban és a közvetlen uradalmi központokban tartották fenn a jelenlétüket, míg a vidéki lakosság többsége továbbra is arabul beszélő muszlim, keresztény és zsidó közösségekből állt. A latin urak adókat vetettek ki, kereskedelmi vámokat szedtek, és időnként rajtaütésekkel fenyegették a muszlim karavánokat. A kortársi muszlim történetírásban a keresztesek megnevezése al-Ifrandzs (al-Ifranj, azaz frankok), ami mutatja, hogy a muszlim szerzők a hódítókat elsősorban politikai-katonai erőként, nem pedig vallási misszióként érzékelték.
A 12. század második felében a muszlim ellenállás Núr ad-Dín (Nūr al-Dīn) majd Szaláh ad-Dín (Salāh al-Dīn, a nyugati irodalomban Szaladin) alatt erősödött meg. Szaláh ad-Dín, az Ajjúbida-dinasztia (al-Ayyūbiyyūn) megalapítója az 1180-as években kulcsfontosságú hadjáratot vezetett a Jordán folyótól keletre eső keresztes erődök ellen. 1187-ben a hattíni csata után elfoglalta Jeruzsálemet, majd 1188–1189-ben Kerak és Sóbak várait is visszafoglalta. A hattíni csata és a keresztes erődök eleste a forrásokban jól dokumentált esemény, a harcok részletei és a hadseregek létszáma azonban a latin és arab krónikákban eltérően jelenik meg. Az Ajjúbidák uralmuk alatt a mai Jordániát elsősorban katonai igazgatási körzetként és a zarándokutak védelmének terepeként kezelték. A család tagjai és helytartói erődöket tartottak fenn, és a latin uradalmak helyét fokozatosan muszlim igazgatási központok vették át. A történészi konszenzus szerint az Ajjúbida-korban a keresztes jelenlétből megmaradt intézmények nagy részét felszámolták vagy muszlim intézményekké alakították, és megerősítették a szunnita jogi és oktatási intézményeket a korábban síita fátimida hatásokkal szemben.
Az Ajjúbida-kort az mamlúk (mamlūk, azaz „birtokolt” vagy katonai rabszolga) katonai elitek államépítése követte. Az 1250-ben hatalomra került mamlúk szultánok 1260-ban az Ajn Dzsálút-i csatában a mongol seregeket is megállították a mai Izrael területén. Ez a győzelem megnyitotta az utat a szíriai-palesztinai régió és a mai Jordánia mamlúk fennhatóság alá vonása előtt. A mamlúk korban a térség a Damaszkuszi szultánság (Mamlūk Szaltana) déli határvidékeként szerveződött, és a Jordánián áthaladó posta- és zarándokutak a birodalom egyik legfontosabb infrastrukturális folyosóját alkották. A mamlúk uralom alatt a mai Jordánia területén jelentős építkezések zajlottak: erődöket, hánokat (khān, útmenti szálláshely) és vízellátó rendszereket építettek. Karak és Sóbak továbbra is tartományi központok maradtak, a mamlúk helytartók pedig a Jordán-völgyben és a fennsíkon adóztatták a paraszti közösségeket és a legelőterületeket.
A mamlúk források - például al-Makrízi (al-Maqrīzī) és Ibn Ijász (Ibn Iyās) krónikái - arról tudósítanak, hogy a 14–15. században a térségben időnként törzsi lázongások, beduin rajtaütések és járványok zavarták meg a zarándokutak forgalmát. A mamlúk szultánok ezért megerősítették a karavánok kíséretét, és a helyi törzsfőkkel szerződéseket kötöttek az utak védelmére. Ez a gyakorlat nem „örök törzsi anarchiát” jelentett, hanem a mamlúk állam és a helyi arab törzsi elitek közötti tárgyalásos hatalommegosztást. A mai Jordánia területén élő törzsek - amelyek egy része magát a Dzsuhajna, a Banu Szahr vagy a Banu Lam csoportokhoz kötötte - a mamlúk időszakban fokozatosan a letelepült földművelő falvakkal szomszédos legelőterületeket ellenőrizték. A törzsi hovatartozás a 14–15. században politikai és adózási kategória is volt, ezért a modern „etnikai” vagy „nemzeti” címkék visszavetítése félrevezető.
A 14. század közepén a pestisjárvány (a forrásokban al-Vabá vagy al-Táún) elérte a térséget, és a városi és vidéki lakosság számottevő részét elpusztította. A demográfiai adatok a mamlúk kori Jordániában is bizonytalanok, mivel a források ritkán adnak összeírható lélekszámot, a régészeti bizonyítékok pedig nehezen keltezhetők. A szakirodalom általában feltételezi, hogy a 14. század második felében a településhálózat visszaesett, a mezőgazdasági művelés alá vont terület pedig csökkent. A visszaesés okai között a járványt, a mamlúk adóterheket, a rablóhadjáratokat és az éghajlati változást egyaránt tárgyalják, de nincs egyetértés abban, hogy melyik tényező volt meghatározó. A vitatott értelmezések között az is szerepel, hogy a mamlúk állam vidéki adópolitikája mennyire tette lehetővé a paraszti közösségek fennmaradását, illetve mennyire ösztönözte a beduin törzsi adóztatók előretörését.
A mamlúk kor végére, a 15. században a mai Jordánia területe kettős arculatot mutatott: a városok és erődök a damaszkuszi és kairói központokhoz kötődő hivatalnokok és helyőrségek otthonaiként őrizték az iszlám birodalmi kereteket, a vidéki területeken pedig a legeltető törzsi csoportok és a falusi parasztok közötti gazdasági és politikai alkuk határozták meg a mindennapokat. A 16. század elején az Oszmán Birodalom (Devlet-i Aliyye) terjeszkedése éppen ezt a kettős szerkezetet örökölte meg: a mamlúk örökséget, a keresztes korból fennmaradt erődített helyeket, a zarándokúti hálózatot és a törzsi-politikai viszonyokat.
A mai Jordánia területének 7–15. századi története forrásadottság szempontjából egyenetlen. Az iszlám hódításról és az első kalifátusokról szóló narratív források - al-Baládzúri, at-Tabari (al-Ṭabarī), Ibn al-Kalaniszi - a 9–12. században íródtak, tehát az események után évszázadokkal rögzítették a hódítás történetét. Ezek az elbeszélések jogi, teológiai és politikai célokat is szolgáltak, ezért a modern történetírás a bennük szereplő adatokat forráskritikával kezeli. A régészeti leletek - különösen az Umajjád-kori sivatagi kastélyok, a mozaikpadlók és a kerámiaanyag - a településtörténet biztosabb keretét adják, de a keltezés sok esetben tág, és a lelőhelyek egy része nem szisztematikusan kutatott. A keresztes jelenlét eseménytörténetét latin és arab krónikák egyaránt dokumentálják, azonban a helyi paraszti lakosság nézőpontja, a nők, a zsidó és keresztény közösségek mindennapjai ezekből a forrásokból csak töredékesen rekonstruálhatók. A mamlúk korszakra vonatkozóan a krónikák mellett adóösszeírások, zarándokút-leírások és építési feliratok állnak rendelkezésre, de a vidéki társadalom történetéről, a törzsek mozgásáról és a demográfiai folyamatokról csak becslések lehetségesek. A források hiánya miatt nem tudjuk pontosan, mikor és milyen ütemben vált a lakosság többsége muszlimmá és arab nyelvűvé; ezt a folyamatot a kutatók lassú, évszázadokon át tartó átrendeződésként írják le, de a részletek vitatottak.