A mai Kolumbia területén a spanyol hódítás előestéjén nem egyetlen, egységes őslakos társadalom, hanem földrajzilag, nyelvileg és politikailag sokszínű közösségek hálózata létezett. Az Andok északi vonulatai közé ékelődő magasföldek, a karibi partvidék, a Magdalena folyó völgye és az Amazonas-medence peremterületei eltérő környezeti feltételeket kínáltak, amihez a helyi népek eltérő gazdasági, társadalmi és politikai szerveződésekkel alkalmazkodtak. A spanyol hódítás ezt a töredezett világot érte el a 16. század első felében, és néhány évtized alatt alapvetően átalakította. Az alábbi alfejezet először a prekolumbiánus társadalmak – elsősorban a muisca és a tayrona – jellemzőit, az arany és a só szerepét, majd az 1538-as bogotái alapításig vezető spanyol terjeszkedést, végül az encomienda és a gyarmati városok kialakulását tárgyalja.
A mai Kolumbia földrajzi magja három, egymással párhuzamosan futó andoki hegylánc, a Nyugati-, Középső- és Keleti-Kordillerák (Cordillera Occidental, Central, Oriental) által tagolt térség. A hegyek közötti magasföldi medencék, a folyóvölgyek és a karibi partvidék a hódítás előtt sűrűn lakott területek voltak, míg a trópusi esőerdők és az Amazonas felé eső keleti síkságok gyérebb népességűek maradtak. A nyelvi térkép ugyanilyen változatos volt: a chibcha nyelvcsaládhoz tartozó csoportok (muisca, tayrona, tunebo) mellett karib és arawak nyelveket beszélő közösségek is éltek a mai ország területén. A spanyol forrásokban később „indio” gyűjtőnéven emlegetett lakosok tehát nem alkottak közös politikai vagy kulturális egységet.
A régészeti leletek tanúsága szerint a mai Kolumbia területén több, egymástól függetlenül fejlődő kultúra virágzott. A déli San Agustín és Tierradentro környékén monumentális kőszobrok és föld alatti sírkamrák épültek; a mai Quimbaya, Calima és Sinú/Zenú régiókban kiemelkedő minőségű aranytárgyakat, kerámiát és vízrendezési munkákat hagytak hátra. Ezek a kultúrák nem alkottak birodalmat, hanem kisebb-nagyobb főnökségek és helyi közösségek formájában szerveződtek. A politikai hatalom általában egy-egy főnök (spanyolul cacique) kezében összpontosult, akinek tekintélye rokonsági hálózatokon, a termékeny földek ellenőrzésén és a rituális javak elosztásán nyugodott. A főnökség (spanyolul cacicazgo) kifejezés tehát nem egy központosított államot, hanem személyi függőségeken alapuló, gyakran versengő politikai egységeket jelöl.
A hódítás előtti össznépességre vonatkozóan nincsenek megbízható összeírások, csak becslések. A kutatók egy része a mai Kolumbia területének lakosságát 3–8 millióra teszi, mások alacsonyabb vagy magasabb értékeket valószínűsítenek. A bizonytalanság oka, hogy a spanyolok által készített korai adóösszeírások (például az 1560-as évek visitas jegyzékei) már a járványok után készültek, és nem tükrözik a hódítás előtti állapotot. A számokat ezért inkább nagyságrendi jelzésként érdemes kezelni.
A Keleti-Kordillerák magasföldi medencéjében, az ún. Altiplano Cundiboyacense területén élt a chibcha nyelvű muisca (más írásmóddal muysca) népesség. A Bogotá, Tunja és Sogamoso környéki medencék hűvös, csapadékos éghajlata lehetővé tette a burgonya, kukorica, quinoa és más andoki növények termesztését. A mezőgazdasági termelés teraszokon és öntözött völgyekben folyt, a települések sűrűn követték a termékeny magasföldi sávokat. A muisca társadalom egyik legfontosabb erőforrása a só volt, amelyet a mai Zipaquirá, Nemocón és Sesquilé térségében bányásztak. A sót kősóból és sós forrásokból nyerték, majd formázva, tömbökben szállították. A sónak a muisca gazdaságban kettős szerepe volt: egyrészt alapvető élelmiszer-tartósítási és táplálkozási cikknek számított, másrészt széles körben elfogadott csereeszközként funkcionált. A sótömbök a távolsági kereskedelemben más régiók termékeire – például gyapotra, aranyra, tollakra – cserélődtek.
Az arany a muisca területen nem volt helyben bányászható nyersanyag; a fém nagyrészt a mai Antioquia és a Magdalena-völgy aranymosó vidékeiről, kereskedelmi úton érkezett. A muisca kézművesek az aranyat viaszveszejtéses eljárással öntötték, és apró, ember- vagy állat alakú felajánlási tárgyakat, ún. tunjókat készítettek belőle. Az arany nem töltött be általános fizetőeszköz-funkciót, hanem elsősorban rituális, presztízs- és társadalmi rangjelző szerepet játszott. A főnökök, papok és előkelők aranytárgyakban kifejezett státusza a közösségi ünnepek és a vallási szertartások során vált láthatóvá. A só és az arany együttes említése tehát nem azt jelenti, hogy a muisca társadalom „pénzgazdaságban” élt volna, hanem azt, hogy a csere és a presztízsjavak két, egymástól eltérő logikájú rendszere párhuzamosan működött.
Politikailag a muisca terület két nagy főnökségi központ köré szerveződött. A déli részt a zipa uralta, székhelye Bacatá (a mai Bogotá elődje) volt; az északi részt a zaque irányította Hunza (a mai Tunja) központtal. Emellett a vallási tekintély egyik fontos központja Iraca (a mai Sogamoso) volt, amelynek főpapja a napkultuszhoz kapcsolódott. A zipa és a zaque főnöksége nem központosított állam volt, mint az Andok déli részén lévő Inka Birodalom, hanem laza, belső rivalizálással terhelt szövetségi hálózat. Az alárendelt helyi főnökök megőrizték viszonylagos autonómiájukat, és a központi hatalom inkább adóztatási, hadi és rituális kötelezettségeken keresztül érvényesült. A spanyol források szerint a muisca társadalom rétegzett volt: elkülönült a főnöki elit, a papok, a harcosok, a köznép és a szolgák/kiszolgáltatottak csoportja, bár a kategóriák átjárhatósága és a kényszermunka mértéke vitatott.
A muisca vallás természeti erőket, égitesteket és mitikus ősöket tisztelt. A legfontosabb kultuszhelyek közé tartozott a Guatavita-tó (Laguna de Guatavita), amelyhez a spanyol krónikák szerint beavatási rítus kapcsolódott: az új uralkodó testét aranyporral borították, és egy tutajon a tó közepére vitték, ahol aranytárgyakat dobáltak a vízbe. Ez a rítus lett az alapja a későbbi El Dorado (spanyolul „az aranyozott”) legendának, amelyet a spanyolok felnagyítottak, és amely évtizedeken át hajtotta a kincskereső expedíciókat. A rítus pontos lefolyása és jelentése azonban csak spanyol közvetítésű, gyakran ellentmondó leírásokból ismert, ezért önálló muisca forrás híján óvatosan kell kezelni.
A karibi partvidék és a mögötte emelkedő Sierra Nevada de Santa Marta hegyvonulat területén a chibcha nyelvű tayrona (más írásmóddal tairona) csoportok éltek. A tayrona települések a termékeny hegyoldalakon teraszos földművelést folytattak, és a meredek lejtőkön kőből épített teraszokkal, lépcsőkkel és csatornákkal tették művelhetővé a talajt. A régészeti feltárások – különösen a Ciudad Perdida (spanyolul „elveszett város”, helyi nevén Teyuna) lelőhelyen – kiterjedt kőépítészetet, utakat, tereket és lakóteraszokat tártak fel. A tayrona társadalom szintén főnökségek hálózatából állt, és a part menti halászfalvak, valamint a hegyvidéki mezőgazdasági települések közötti cserekapcsolatokra épült. A tayrona aranyművesség és kerámia minősége arra utal, hogy a partvidéki kereskedelmi hálózatokban fontos közvetítő szerepet töltöttek be.
A tayrona lakosság a spanyol hódítás után nagyrészt visszavonult a Sierra Nevada magasabban fekvő, nehezen megközelíthető völgyeibe, és ezzel hosszú időre kivonta magát a gyarmati ellenőrzés alól. A mai Kogi, Arhuaco és Wiwa népek magukat a tayrona leszármazottainak tekintik, és a hegyvidéki teraszos földművelés, valamint a rituális hagyományok egyes elemeit a mai napig megőrizték. Ez a folytonosság azonban nem azt jelenti, hogy a tayrona társadalom változatlanul fennmaradt volna; a gyarmati időszak és a későbbi államépítés jelentősen átalakította e közösségek életét.
A karibi partvidék másik fontos csoportja a zenú (más néven Sinú) volt, amely a mai Córdoba és Sucre megyék mocsaras, alacsony fekvésű területein élt. A zenú közösségek kiterjedt csatorna- és töltésrendszereket építettek, amelyekkel az áradásokat szabályozták, és a mocsaras talajt mezőgazdasági művelésre alkalmassá tették. Aranyművességük, különösen a finom filigrán ötvösmunkák, a kolumbiai prekolumbiánus kultúrák egyik csúcspontját képviselik. A spanyol hódítás ezt a vízrendezési tudást nagyrészt felszámolta, és a zenú lakosság a járványok, a kényszermunka és a kultúraváltás következtében gyorsan megfogyatkozott.
A mai Kolumbia területére az első spanyol hajósok már az 1490-es évek végén eljutottak. Alonso de Ojeda, Juan de la Cosa és Amerigo Vespucci 1499–1500-ban végighajózott a karibi partvidéken, és a mai Kolumbia északi partjait is feltérképezte. A tartós spanyol jelenlét azonban csak a 16. század második évtizedétől alakult ki. A part menti Santa Marta városát Rodrigo de Bastidas alapította 1525. július 29-én, Cartagena de Indias pedig Pedro de Heredia vezetésével jött létre 1533. június 1-jén. Ezek a kikötők kezdetben a karibi kereskedelem és a rabszolga-kereskedelem állomásai voltak, és innen indultak a szárazföld belsejébe vezető expedíciók.
A mai Kolumbia belső területeinek meghódítása több irányból párhuzamosan zajlott. A legjelentősebb vállalkozás Gonzalo Jiménez de Quesada expedíciója volt, amely 1536-ban indult Santa Martából. A csapat a Magdalena folyón felfelé haladva, a trópusi betegségekkel, az ellenséges környezettel és a helyi csoportok támadásaival küzdve 1537-re érte el a Keleti-Kordillerák muisca fennsíkját. A spanyolok kihasználták a muisca főnökségek közötti rivalizálást, és viszonylag gyorsan elfoglalták Bacatát és Hunzát. A hagyományos dátum szerint Santa Fe de Bogotá alapítására 1538. augusztus 6-án került sor, a muisca Bacatá település közelében. A pontos napot egyes krónikák eltérően adják meg, de az 1538-as évszám dokumentált.
Quesada expedíciójával közel egy időben délről Sebastián de Belalcázar érkezett, aki korábban Quito megalapításában vett részt, és 1537-ben Popayán városát hozta létre. Keletről, a mai Venezuela felől pedig a német származású Nikolaus Federmann (spanyolul Nicolás de Federmán) vezetett expedíciót a magasföldekre. A három hódító csapat 1539-ben találkozott a frissen alapított Bogotá környékén. Az eseményt gyakran a hódítás „versenyfutásaként” emlegetik, de a korabeli feljegyzések szerint a spanyolok között nem került sor fegyveres összecsapásra; a terület felosztását a spanyol korona később adminisztratív úton rendezte.
A muisca főnökségek katonai ellenállása a spanyol fegyverek, lovak és acélpengék technikai fölénye, valamint a helyi szövetségi rendszer megosztottsága miatt nem tudta megállítani a hódítást. A spanyolok által behurcolt fertőző betegségek – elsősorban a himlő, később a kanyaró és az influenza – azonban a fegyveres hódításnál is pusztítóbb hatásúak voltak. A járványok gyakran megelőzték a spanyol csapatokat, és a bennszülött lakosság jelentős részét elpusztították, mielőtt azok közvetlen kapcsolatba kerültek volna a hódítókkal. A demográfiai összeomlás mértékét a kutatók többsége 80–90%-os veszteségre becsüli a 16. század folyamán, de a pontos arány régiónként változó, és forrásonként vitatott.
A hódítás egyik legismertebb, ám félreértésekkel terhelt következménye az El Dorado mítosz kialakulása volt. A Guatavita-tónál feltételezett aranykincsről szóló spanyol beszámolók hamar eltúlzott legendává váltak, és a 16–17. században számos expedíció indult a „aranyozott ember” vagy az aranyváros felkutatására. A spanyolok kísérletet tettek a tó lecsapolására is, és bár találtak aranytárgyakat, a várt kincset soha nem lelték meg. A mítosz alapja valós rituális gyakorlat lehetett, de az európai kincskereső narratíva ezt a vallási szokást a puszta kapzsiság tárgyává egyszerűsítette.
A hódítást követően a spanyol korona a meghódított területek igazgatására és a munkaerő megszervezésére az encomienda intézményét vezette be. Az encomienda (spanyolul „megbízatás”) formálisan azt jelentette, hogy egy spanyol telepes, az encomenderó, megkapta egy adott őslakos csoport adójának beszedési jogát, cserébe köteles volt a rábízott közösség keresztény hitre tanítását és védelmét előmozdítani. A gyakorlatban az encomienda a bennszülött munkaerő és termékek kisajátításának intézményesült formája volt. Az encomenderók széles körben kényszermunkát alkalmaztak, a bányákban, mezőgazdasági birtokokon és háztartásaikban, és a korona által előírt védelmi és vallási kötelezettségeket gyakran figyelmen kívül hagyták. Az 1542-ben kiadott Leyes Nuevas (Új törvények) megkísérelte az encomienda öröklésének korlátozását és a visszaélések visszaszorítását, de a gyarmati elitek ellenállása miatt a végrehajtás a mai Kolumbia területén is részleges maradt.
A spanyol gyarmati uralom térbeli keretét a gyarmati városok adták. A legfontosabb korai alapítások – Santa Marta (1525), Cartagena de Indias (1533), Popayán (1537), Santa Fe de Bogotá (1538) és Tunja (1539) – a hódítás katonai és adminisztratív bázisai voltak. A városok elrendezése a spanyol gyarmati mintát követte: a központi főtér (plaza mayor) körül helyezkedett el a székesegyház, a kormányzói palota és a városi tanács, a cabildo épülete; a lakónegyedek sakktáblaszerű utcahálózatot alkottak. A városi tanács a spanyol telepesek helyi önkormányzati szerve volt, amely a földosztás, a piacok és a közrend ügyeiben járt el, de a bennszülött lakosok számára politikai részvételt nem biztosított.
A városok lakossága a 16. század folyamán gyorsan keveredett. A spanyol telepesek mellett afrikai rabszolgák, bennszülött munkások és fokozatosan növekvő számú kevert (mesztic) lakosság élt a településeken. A városokban koncentrálódott a hatalom, az egyház és a kereskedelem, míg a vidéki őslakos közösségek fokozatosan beékelődtek a gyarmati gazdaság perifériájára. A korábbi muisca, tayrona és zenú településhálózat nem tűnt el nyomtalanul, de a spanyol városi rendszer új térbeli és társadalmi hierarchiát hozott létre, amely a következő évszázadokban a kolumbiai állam és társadalom alapjává vált.
A prekolumbiánus Kolumbia és a spanyol hódítás megismerésének forrásai több típusba sorolhatók. Az írott elsődleges források szinte kizárólag spanyol szerzőktől származnak, és a hódítók, hivatalnokok vagy egyházi személyek nézőpontját tükrözik. Ilyen például Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés Historia general y natural de las Indias című krónikája, Juan de Castellanos verses krónikája (Elegías de varones ilustres de Indias) és Pedro Simón ferences szerzetes 17. század eleji Noticias historiales című munkája. Ezek a szövegek gazdag részleteket közölnek a muisca és tayrona szokásokról, azonban a hódítást legitimáló retorikával, a bennszülöttek ábrázolásában elfogultsággal és gyakran pontatlan számadatokkal dolgoznak. Az őslakos népek saját írásos forrásai ebből az időszakból nem maradtak fenn, így a prekolumbiánus társadalmak megismerése közvetett.
A régészeti források – különösen a bogotái Museo del Oro gyűjteménye, a Zipaquirá sóbányái, a Ciudad Perdida feltárása és a San Agustín-i kőszobrok – pótolják az írott források hiányait, de értelmezésük gyakran vitatott. A leletek keltezése, a települések funkciója és a társadalmi rétegződés rekonstrukciója régészetenként eltérő lehet. A prekolumbiánus népességszám becslései ugyancsak széles sávban mozognak; a muisca lakosságot egyes kutatók 500 000 és 1,5 millió közé teszik, mások ennél óvatosabbak. A hódítás okainak értelmezésében is vita van: egyes történészek a spanyol katonai fölényt és a helyi szövetségeket hangsúlyozzák, míg mások szerint a járványok voltak a döntő tényezők, amelyek nélkül a spanyol hódítás nem járt volna ilyen gyors sikerrel.
Az El Dorado mítosz forráskritikája különösen tanulságos. A Guatavita-tónál leírt rítusról szóló beszámolók későbbi másolatokban és átdolgozásokban maradtak fenn, és nehéz elkülöníteni a megfigyelt eseményt a hódítók kincsvágyától és a későbbi legendaképzéstől. A spanyol források gyakran összemossák a muisca vallási szokást az általános „aranyváros” képzetével, ami a későbbi expedíciók téves célkitűzéseit táplálta. Ezért az El Dorado-történet vizsgálata egyszerre régészeti, történeti és emlékezettörténeti feladat.