A mai Ecuador területén a függetlenség nem egyetlen esemény volt, hanem 1809 és 1830 között lezajlott, többszörösen megszakított folyamat. A quitói elitek előbb a spanyol monarchia összeomlása után próbáltak autonómiát szerezni, majd a reconquista évei következtek, végül a térség Simón Bolívar nagy kolumbiai projektjének részeként szabadult fel, hogy aztán annak szétesésével saját államot hozzon létre. Ez a történet egyszerre mutatja a dél-amerikai függetlenségi hullám közös mintáit és a quitói régió sajátos helyzetét: a terület nem rendelkezett erős kikötővárosi burzsoáziával, a kreol elit megosztott volt, a népi rétegek pedig csak korlátozottan vettek részt a politikai döntésekben. A korszak megértése kulcsfontosságú ahhoz, hogy a későbbi ecuadori állam gyengeségeit, regionális feszültségeit és emlékezetpolitikai vitáit értelmezni tudjuk.
A 18. század második felében a spanyol Bourbon-dinasztia modernizációs reformjai mélyen átalakították a quitói audiencia (Real Audiencia de Quito) gazdasági és politikai helyzetét. A textilipar, amely a térség exportjának gerincét adta, versenyhátrányba került az olcsóbb európai árukkal szemben, részben a kereskedelmi korlátozások feloldása miatt. A quitói felföld (Sierra) földbirtokosai, akik a gyarmati rendszerben a hacienda (nagybirtok) és az obraje (textilmanufaktúra) működtetéséből éltek, egyre inkább úgy érezték, hogy a korona gazdaságpolitikája aláássa jövedelmeiket. Ugyanakkor a tribútum (tributo), az őslakos közösségekre kivetett fejadó továbbra is fontos bevételi forrás maradt az állam és a helyi elitek számára is.
A quitói kreol elit (a spanyol származású, de Amerikában született fehér lakosság) a 18. század végén már rendelkezett saját intézményes tapasztalatokkal: a városi tanács (cabildo) tagjai közé kerülhettek, egyetemi képzést szerezhettek, és részt vehettek a helyi közigazgatásban. A Bourbon-reformok azonban a magasabb hivatalokból kiszorították őket a félszigeti spanyolok (az ún. peninsulares) javára. Ez a sérelem, valamint a felvilágosodás eszméinek terjedése – elsősorban a quitói egyetemeken és a nyomdákban – hozzájárult ahhoz, hogy a kreolok egy része a monarchia válsága idején nyitott legyen az autonómia gondolatára.
Az őslakos többség számára a Bourbon-reformok elsősorban a tribútum pontosabb behajtását és a munkakötelezettségek szigorúbb ellenőrzését jelentették. A mita (kényszermunka) intézménye ekkor már a bányászatban kevésbé volt jelentős, de a textil- és mezőgazdasági haciendákon továbbra is léteztek kényszerítő munkaformák. A rabszolgatartó elit főként a partvidéki ültetvényeken és a városi háztartásokban volt jelen; a rabszolgák száma a mai Ecuador területén a 18. század végén néhány tízezerre becsülhető, de a becslés bizonytalan, mivel az összeírások hiányosak.
A napóleoni megszállás 1808-ban megbénította a spanyol monarchiát. VII. Ferdinánd lemondatása és Joseph Bonaparte trónra helyezése vákuumot teremtett a gyarmati igazgatásban. A quitói elit egy része ezt a pillanatot arra használta fel, hogy a helyi hatalmat a maga kezébe vegye anélkül, hogy nyíltan szakított volna a koronával. 1809. augusztus 10-én a városi tanács tagjai és a kreol notabilitások egy junta (kormányzótanács) felállítását jelentették be, amely a „király nevében” vette át a hatalmat. Az esemény később a nemzeti emlékezetben az „első függetlenségi kiáltás” (Primer Grito de la Independencia) nevet kapta, de a korabeli dokumentumok szerint a junta nyilatkozata hűséget fogadott a fogoly VII. Ferdinándnak, és a spanyol hatóságok elmozdítását azzal indokolta, hogy megvédi a monarchia érdekeit a francia bitorlóval szemben.
A junta hatalma azonban törékeny volt. A környező tartományok – Cuenca, Guayaquil, Popayán – nem ismerték el, részben mert saját érdekeiket féltették, részben mert a spanyol hivatalnokok és a hozzájuk hű elitek ellenálltak. A perui alkirályság és az új-granadai alkirályság is katonai erővel fenyegetett. 1810 augusztusában a spanyol csapatok visszafoglalták Quitót, és a junta vezetőit bebörtönözték. A börtönökből kiszabadulni próbáló hazafiakat 1810. augusztus 2-án a laktanyában lemészárolták; a halottak száma a korabeli beszámolók szerint több tucat és néhány száz között mozog, a pontos szám nem ismert. Ez a mészárlás a quitói hazafias narratíva egyik alapítójává vált, de a kortárs források ellentmondásosak arról, hogy a foglyok fegyveresen próbáltak-e kitörni, vagy a katonaság provokálta-e az erőszakot.
A reconquista évei (1810–1812) alatt a quitói hazafiak többször is felkelést kíséreltek meg, de a spanyol hadsereg és a hozzá hű milíciák rendre felülkerekedtek. Az 1812-es vereség után a hazafias mozgalom a föld alá szorult, és vezetői közül sokan Új-Granadába vagy Peruba menekültek. A quitói elitek között a megosztottság nem csupán kreolok és félszigeti spanyolok között húzódott: a felföldi földbirtokosok egy része a rend helyreállításában volt érdekelt, míg a városi értelmiség és a partvidéki kereskedők egy része a nagyobb autonómiát támogatta. Az őslakos közösségek számára a harcok mindkét oldalról rekvirálást, erőszakos besorozást és a termés pusztulását hozták, ezért sokan inkább kivonultak a konfliktusból, vagy lokálisan próbálták megvédeni földjeiket.
A helyzet az 1820-as évek elején változott meg, amikor a függetlenségi háborúk dél-amerikai frontjai összekapcsolódtak. 1820. október 9-én Guayaquil kikötőváros kreol kereskedői és katonatisztjei kikiáltották a város függetlenségét. Guayaquil stratégiai jelentőségét az adta, hogy kikötőjén keresztül érkezhettek utánpótlás és csapatok a perui és a quitói hadszíntérre. A guayaquili junta hamarosan katonai segítséget kért Simón Bolívartól, aki északról, Új-Granada felől nyomult előre. Bolívar egyik legtehetségesebb parancsnokát, Antonio José de Sucret küldte a térségbe, hogy egyesítse a guayaquili erőket és felszabadítsa a quitói felföldet.
Sucre hadjárata 1821–1822 fordulóján bontakozott ki. A hadsereg összetétele vegyes volt: a magva kolumbiai és venezuelai veteránokból állt, de jelentős számban csatlakoztak hozzá guayaquili és felföldi önkéntesek, köztük őslakosok és mestizo (vegyes származású) katonák. A nők elsősorban élelmezési, ápolási és hírszerzési feladatokat láttak el, bár egyes korabeli beszámolók szerint fegyveresen is részt vettek az összecsapásokban; utóbbi állítás dokumentáltsága gyenge, és inkább a későbbi hősi emlékezet terméke. A hadjárat döntő ütközete 1822. május 24-én a Pichincha hegy lejtőin zajlott, a mai Quito nyugati határán. A csata néhány óra alatt eldőlt: a hazafias erők megverték a spanyol királypárti hadsereget, és másnap bevonultak Quitóba. A pichinchai győzelem (Batalla de Pichincha) jelentősége abban állt, hogy megszüntette a spanyol katonai jelenlétet a quitói audiencia központjában, és lehetővé tette a térség csatlakozását a Bolívar által vezetett államalakulathoz.
A győzelem után Quito és a környező tartományok képviselői 1822 júniusában kimondták a terület csatlakozását a Gran Colombiához (hivatalos nevén República de Colombia). Az új állam az 1821-es cúcutai alkotmány alapján centralista berendezkedésű volt, és három nagy közigazgatási egységből állt: Venezuelából, Új-Granadából (a mai Kolumbia magterülete) és a Déli Departmentből (Departamento del Sur), amely a mai Ecuador területét foglalta magában. A csatlakozás nem volt konfliktusmentes: a guayaquili elit egy része önálló államot vagy Perutól való függést fontolgatott, és Bolívar csak 1822 júliusában, személyes quitói látogatása során tudta érvényesíteni a város betagozását. A felföldi elitek számára a Gran Colombia tagság ígérete az volt, hogy védelmet kapnak a perui terjeszkedéssel szemben, és bekerülnek egy nagyobb piacba, ám a gyakorlatban a bogotái kormányzat távolinak és bürokratikusnak bizonyult.
A Gran Colombia időszakában (1822–1830) a mai Ecuador területe a Déli Department részeként működött, de a közigazgatási határok nem estek egybe a későbbi államhatárokkal. A department élén egy prefektus állt, akit a bogotái központi kormány nevezett ki. Az első prefektus maga Sucre volt, aki igyekezett békés viszonyt kialakítani a helyi elitekkel, és mérsékelte a központi adóztatás terheit. Sucre reformjai között szerepelt a tribútum eltörlése – legalábbis papíron –, ami az őslakos közösségek számára enyhülést hozott volna, de a végrehajtás akadozott, és a későbbi kormányok részben visszaállították a terheket. A rabszolgák felszabadítása (manumisszió, manumisión) Gran Colombiában szintén napirendre került, de csak a születés utáni fokozatos felszabadítás formájában, ami a gyakorlatban lassú és részleges volt.
A Gran Colombia belső feszültségei már az 1820-as évek közepén láthatóvá váltak. A quitói elitek nehezményezték, hogy az adóbevételek nagy része a központi kormányzat kasszájába folyt, miközben a helyi infrastruktúra fejlesztésére kevés forrás jutott. A bogotái kormányzat centralista politikája, valamint Bolívar növekvő tekintélyelvűsége – az 1828-as diktatórikus fordulat, amelynek során Bolívar rendkívüli hatalmat kapott – tovább erősítette a szeparatista hangulatot. A Déli Department elitje számára a Gran Colombia ígérete az volt, hogy megszabadul a gyarmati kötöttségektől; a valóságban azonban egy új, távoli központtól függött, miközben a perui fenyegetés továbbra is fennállt.
A Gran Colombia és Peru közötti határvita 1828–1829-ben fegyveres konfliktussá eszkalálódott. A háború közvetlenül érintette a Déli Department területét, mivel a perui csapatok benyomultak a mai Ecuador déli részére, és elfoglalták Guayaquilt. A háborút lezáró Tarquii csata (Batalla de Tarqui) 1829. február 27-én a hazafias (kolumbiai) erők győzelmét hozta, de a békefeltételek nem rendezték véglegesen a határkérdést. A konfliktus tovább növelte a quitói elitek elégedetlenségét, mert a háború költségeit részben a helyi lakosságra terhelték, és a terület védelmét a központi kormány nem biztosította hatékonyan. Sucre 1829-ben a háború hőseként tért vissza, de röviddel ezután, 1830. június 4-én egy leszámolás áldozata lett a Berruecos-hegyi úton; a gyilkosság megbízói és indítékai máig vitatottak, ami jól mutatja a Gran Colombia politikai erőszakának mélységét.
1830 elejére a Gran Colombia szétesése visszafordíthatatlanná vált. Venezuela 1829 végén kimondta elszakadását, és 1830-ban alkotmányozó gyűlést hívott össze. A quitói elitek hasonló lépésre szánták el magukat: 1830. május 13-án a városi notabilitások és a Déli Department képviselői Quitóban kikiáltották az Ecuadori Államot (Estado del Ecuador), kinyilvánítva elszakadásukat Gran Colombiától. Az állam neve az Egyenlítőre (spanyolul ecuador) utalt, és a korábbi „Quito” elnevezést váltotta fel, ami szimbolikusan is jelezte, hogy az új entitás nem csupán a város és közvetlen környéke, hanem egy szélesebb terület felett kíván fennhatóságot gyakorolni. Az első elnök Juan José Flores lett, egy venezuelai születésű katona, aki a függetlenségi háborúkban harcolt, és aki a következő évtizedekben az ecuadori politika meghatározó alakjává vált.
Az elszakadás nem volt egységes folyamat. Cuenca és Guayaquil egy ideig vonakodtak csatlakozni az új államhoz, és a hatalmi viszonyok csak fokozatosan, részben katonai nyomás, részben tárgyalások révén rendeződtek. A Gran Colombia megmaradt része (a mai Kolumbia) nem ismerte el azonnal Ecuador függetlenségét, és a határviták a későbbi évtizedekben is terhelték a két ország viszonyát. Bolívar 1830 decemberében halt meg, alig néhány hónappal azután, hogy lemondott az elnökségről; halálával a nagy kolumbiai projekt véglegesen lezárult.
Az új ecuadori állam területi kiterjedése kezdetben bizonytalan volt. A déli határ Peruval vitatott maradt, és a keleti, Amazonas felé eső területek feletti szuverenitás is papíron létezett csak. A gyarmati közigazgatási határok (a quitói audiencia határai) szolgáltak ugyan hivatkozási alapként, de a tényleges ellenőrzés nem terjedt ki az Amazonas-medence nagy részére. Ez a bizonytalanság a 19. század során többször is háborúkhoz és területi veszteségekhez vezetett, és a mai ecuadori–perui határviták gyökerei is erre az időszakra nyúlnak vissza.
A függetlenség és az Ecuadori Állam létrejötte nem hozott alapvető társadalmi átalakulást. A kreol elit megőrizte gazdasági és politikai hatalmát, és a gyarmati társadalmi hierarchia – a fehér elit, a mestizo réteg, az őslakos közösségek és a rabszolgák közötti rend – nagyrészt fennmaradt. Az őslakos többség számára a tribútum eltörlésének ígérete csak részben valósult meg; a 19. század folyamán az adóterhek új formákban tértek vissza, és a földkérdés megoldatlan maradt. A rabszolgaság eltörlésére Ecuadorban csak 1851-ben került sor, de a felszabadított rabszolgák sok esetben kényszerű szolgálati viszonyban maradtak, és a társadalmi mobilitás továbbra is korlátozott volt.
A nők politikai jogokat nem kaptak; sem a választójog, sem a hivatalviselés nem illette meg őket. A függetlenségi harcokban való részvételük – főként a hátországban, a családi gazdaságok fenntartásában és a sebesültek ápolásában – a későbbi nemzeti történetírásban alig kapott helyet, és a 20. század közepéig a női emlékezet inkább a családi hagyományokban élt tovább. Az őslakos közösségek emlékezete a háborúkról szintén ellentmondásos: egyes helyeken a hazafias hadseregek rekvirálásai és erőszakos sorozásai mély sebeket hagytak, miközben a nemzeti emlékezet a függetlenséget egyöntetűen felszabadító eseményként ábrázolja.
A politikai rendszer a korai ecuadori államban erősen személyközpontú volt. A caudillismo (katonai vezérek uralma) mintázata már az első években megjelent: Juan José Flores elnöksége alatt a hatalom a hadseregre és a felföldi földbirtokosok támogatására épült, miközben a partvidéki kereskedő elit és a városi értelmiség korlátozott befolyással bírt. A liberális–konzervatív törésvonal, amely a későbbi ecuadori politika meghatározó eleme lett, már ebben az időszakban körvonalazódott, de a fogalmak tartalma még nem felelt meg a 20. századi pártpolitikai jelentéseknek; a viták főként az egyházi kiváltságok, a szabadkereskedelem és a központosítás kérdései körül forogtak.
A korszakra vonatkozó ismereteink alapvetően három forráscsoportra épülnek. Az elsődleges források közé tartoznak a quitói városi tanács és a junták jegyzőkönyvei, a spanyol katonai parancsnokok jelentései, a hazafiak kiáltványai, Sucre és Bolívar levelezése, valamint a korabeli újságok és röplapok. Ezek a dokumentumok azonban egyenetlenül maradtak fenn: a quitói levéltárak egy része a harcok során megsérült, a guayaquili junta iratai pedig csak részlegesen hozzáférhetők. A másodlagos szakirodalom a 19. századi nemzeti történetírás heroizáló narratíváitól a 20. századi kritikai irányzatokig terjed; ez utóbbiak hangsúlyozzák a függetlenségi folyamat elitjellegét és a népi részvétel korlátozottságát.
A legfontosabb vitatott pontok a következők: (1) az 1809-es junta „függetlenségi” jellege – a dokumentált tény az, hogy a junta hűséget fogadott a királynak, és a későbbi „első kiáltás” értelmezése emlékezetpolitikai konstrukció; (2) a pichinchai csata kimenetelének katonai jelentősége – a csata ténye és a hazafias győzelem dokumentált, de hogy a spanyol vereség önmagában döntötte-e el a térség sorsát, vagy a perui front összeomlása is szükséges volt, vitatott; (3) a népi rétegek – különösen az őslakosok – részvétele a függetlenségi harcokban: a korabeli források gyakran hallgatnak róluk, és a későbbi becslések megbízhatatlanok; (4) Sucre meggyilkolásának körülményei: az esemény dokumentált, de a megbízók kiléte és a politikai indítékok máig nem tisztázottak teljes bizonyossággal; (5) az Ecuadori Állam kikiáltásának pontos dátuma és a résztvevők köre – a legtöbb forrás 1830. május 13-át jelöli meg, de egyes helyi jegyzőkönyvek szerint a döntés már hetekkel korábban körvonalazódott, és a tényleges hatalomátvétel fokozatos volt.
A statisztikai adatok – például a lakosság száma, az áldozatok száma, a hadseregek létszáma – a korszakban nem megbízhatók, mivel összeírások csak részlegesen készültek, és a hadseregek mozgása miatt a helyi nyilvántartások torzultak. A szövegben ezért konkrét számok helyett inkább nagyságrendi becsléseket érdemes használni, és minden esetben jelezni kell a bizonytalanságot. A függetlenségi háborúk emberi költségei a mai Ecuador területén a becslések szerint néhány ezer és néhány tízezer közötti halottat és sebesültet jelenthettek, de a számok forráskritikai szempontból rendkívül gyengén alátámasztottak.