A mai Paraguay területén a gyarmati kor nem a nagy andoki birodalmak meghódításának mintáját követte, hanem hosszú, egyenlőtlen alkuk és fegyveres konfliktusok sorozatát a spanyol telepesek, a guaraní nyelvű faluközösségek és a Chaco más őslakos csoportjai között. Paraguay gyarmati múltját gyakran a „jezsuita missziók országaként” és a „guaraní nyelv hazájaként” szokták bemutatni, ám ez a kép a 19–20. századi nemzetépítés leegyszerűsítése. A jelen alfejezet a legkorábbi ismert társadalmaktól a spanyol Asunción megalapításáig és a jezsuita redukciók kialakulásáig követi a folyamatot, miközben jelzi, hogy a források szinte kizárólag európai szereplőktől származnak, a guaraní és más őslakos hangok közvetlenül nem maradtak fenn. A kontinentális összefüggésekhez lásd A kontinens földrajza és népei és A hódítás és a gyarmati rend.
A guaraní nyelvű csoportok a tupí-guaraní nyelvcsaládhoz tartoztak, és a spanyol hódítás előtti évszázadokban a mai Paraguay keleti, erdős-dombos térségeit, valamint a Paraná és Paraguay folyók völgyeit lakták. A guaraní elnevezés – a nyelven avañe’ẽ, „az emberek nyelve” – a gyarmati forrásokban is megjelenik, de nem jelölt egységes politikai szervezetet: a beszélők regionális, rokonsági és faluközösségi keretekben szerveződtek. A nyelvészeti és régészeti adatok alapján a tupí-guaraní nyelvű népek feltehetően az Amazonas-medence felől vándoroltak délre, ám ennek időrendje és útvonala máig vitatott; a legkorábbi régészeti kultúrák azonosítása bizonytalan, ezért a prekolumbiánus guaraní társadalomról alkotott kép elsősorban rekonstrukció.
A régészeti leletek tanúsága szerint a guaraní közösségek falvakban éltek, égetéses-irtásos földművelést folytattak, maniókát, kukoricát, babot és tökféléket termesztettek, emellett halásztak és vadásztak. A nagy, több családot befogadó házak és a települések időszakos áthelyezése arra utal, hogy a földhasználat és a rokonsági hálózatok együtt szabályozták a mindennapi életet. A falvak élén törzsfőnökök álltak, akiket a spanyol források cacique néven emlegettek; hatalmuk inkább presztízsen, szónoki képességen és a rokoni hálózatok mozgósításán alapult, mint kényszerítő erőn. A guaraní vallási életben fontos szerepet játszottak a karai néven ismert próféták vagy vallási specialisták, akik a közösségek vándorlását és a „romolhatatlan föld” keresését hirdették. Ez a mozgás nem egyszerű menekülés volt, hanem vallási és társadalmi dinamika is, amelyet később a jezsuita hittérítők is értelmeztek és felhasználtak. A guaraní társadalmak tehát nem birodalmat, hanem nyelvileg rokon, de politikailag független faluközösségek sokaságát alkották; ezt a különbséget fontos hangsúlyozni, mert a későbbi paraguayi nemzeti emlékezet gyakran egységes „guaraní nemzetként” ábrázolja őket, ami visszavetíti a 19. századi nemzetfogalmat a prekolumbiánus korba.
A mai Paraguay nyugati részén, a Chaco félszáraz síkságán más nyelvcsaládokhoz tartozó népek éltek, köztük a guaycurú (a forrásokban mbayá vagy caduveo néven is ismert) és a folyó menti payaguá csoportok. A Chaco népei vadászó-gyűjtögető életmódot folytattak, és a spanyolok érkezése előtt kevéssé integrálódtak a guaraní falvak világába. Ez a földrajzi-kulturális kettősség a gyarmati kor egész történetét meghatározta: a spanyol települések a keleti, termékenyebb, folyami közlekedésre alkalmas sávban jöttek létre, míg a Chaco hosszú időre ellenőrizhetetlen határvidék maradt.
A spanyol hódítás Paraguayban nem közvetlenül a Karib-térség felől, hanem a Río de la Plata és a Paraná–Paraguay folyórendszer feltárásának melléktermékeként indult. A korai expedíciókat az Andokban található ezüst híre mozgatta; a felfedezők és hajósok a nagy folyami utakon keresték az utat a feltételezett gazdagság felé. Juan Díaz de Solís 1516-ban érte el a Río de la Plata torkolatát, de halála megakadályozta a további behatolást. A Paraguay folyó felső szakaszáról szóló első európai beszámolók részben Aleixo Garcia portugál származású utazó 1520-as évekbeli expedíciójához köthetők; Garcia állítólag guaraní kísérőkkel jutott el a mai Paraguay területére, és andoki ezüsttárgyakkal tért volna vissza, ám útjának pontos útvonala és sorsa bizonytalan. 1526 és 1530 között Sebastiano Caboto hajózta a Paraná és Paraguay folyókat, és az ott hallott ezüstlegendák nyomán terjedt el a Río de la Plata („Ezüst-folyó”) elnevezés. A folyami hálózat stratégiai jelentőségét felismerve a spanyol korona 1536-ban Pedro de Mendoza vezetésével expedíciót küldött a térségbe, amely megalapította Buenos Airest a mai Argentína területén. A tengerparti telep azonban éhínség és a helyi őslakos csoportok támadásai miatt hamar összeomlott; a túlélők a folyón felfelé menekültek.
A fordulópontot Juan de Salazar de Espinosa 1537-es útja jelentette. Salazar a Mendoza-expedíció tagjaként élelemért és szövetségesekért indult a Paraguay folyón felfelé, és 1537. augusztus 15-én a folyó keleti partján, a mai Asunción helyén erődített települést alapított, amelyet Nuestra Señora Santa María de la Asunción néven jegyeztek be. A dátum a Nagyboldogasszony ünnepéhez kapcsolódik, és a spanyol források egyértelműen rögzítik. Asunción azért vált a térség központjává, mert a guaraní falvak sűrű övezetében feküdt, termékeny földek vették körül, és a folyón keresztül elérhető volt a Paraná és a La Plata-medence. A település a 16. század közepén a spanyol gyarmati jelenlét bázisává nőtt, és innen indultak később a második Buenos Aires (1580) és más városok alapításai is; a spanyol gyarmati források ezért Asunciót gyakran „a hódítás anyjaként” (madre de ciudades) emlegették. Ez a kifejezés ugyanakkor a spanyol hódítás dicsőítő narratívájának része, amely elhomályosítja a guaraní közösségek saját szerepét és a hódítás erőszakos oldalát.
Asunción túlélése nem magyarázható kizárólag spanyol katonai erővel. A város alapítói kis létszámú, utánpótlásától elvágott csoportot alkottak, ezért a helyi guaraní lakossággal való együttműködés létfeltétel volt. A spanyol férfiak guaraní nőkkel éltek együtt, és ezek a kapcsolatok nem pusztán magánügynek számítottak: a guaraní rokonsági rendszerben a házasság vagy élettársi viszony a férfiakat bekapcsolta a közösség cserébe, munka- és védelmi hálózatába. Ezt a jelenséget a gyarmati források és a későbbi történészek cuñadazgo néven írják le, utalva arra, hogy a spanyolok a guaraní vezető családok sógoraivá (cuñados) váltak. A gyakorlat aszimmetrikus volt: a spanyol férfiak rendelkeztek a politikai és katonai hatalom eszközeivel, a guaraní nők és közösségek viszont ellenőrizték az élelmiszertermelést, a nyelvi közvetítést és a helyi viszonyok ismeretét. A kapcsolat tehát nem volt sem idilli szövetség, sem egyszerű leigázás; a két fél érdekei átmenetileg egybeestek, de a hatalmi egyensúly fokozatosan a spanyolok javára tolódott el. A guaraní nők szerepe a 16. századi túlélésben dokumentált, de a korabeli spanyol források ezt gyakran a nők „engedékenységeként” értelmezték, ami a mai olvasó számára is tükrözi a nemi és gyarmati előítéleteket.
A gyarmati intézmények közül az encomienda (spanyolul encomienda) Paraguayban is elterjedt: a korona egy-egy spanyol telepest az őslakos közösség adójának és munkaerejének „gondjaira bízott” azzal az elvvel, hogy cserébe védelmet és hitoktatást nyújt. A gyakorlatban az encomienda kényszermunkát és gyakran kegyetlen bánásmódot jelentett, amit a ferences és jezsuita szerzetesek már a 16. század végétől kritizáltak. A guaraní közösségek válaszai változatosak voltak: egyesek együttműködtek, mások elköltöztek, és többen fegyveresen ellenálltak. A spanyol krónikák csak a legjelentősebb felkeléseket rögzítik, így az ellenállás mértékét nehéz megbecsülni. A 16. század közepén a guaraní lakosság egy része a spanyolokkal szövetségben részt vett a térség más őslakos csoportjai elleni harcokban is, ami arra utal, hogy a gyarmati viszonyokban a helyi érdekellentéteket a spanyolok is felhasználták.
A 17. század elején új szereplőként jelentek meg a Jézus Társaság (jezsuiták) tagjai. A jezsuiták 1609-ben kaptak engedélyt arra, hogy a guaraní lakosság körében önálló missziós falvakat, úgynevezett redukciókat (spanyolul reducciones) hozzanak létre a mai Paraguay északkeleti részén és a Paraná folyó mentén. A „redukció” kifejezés a latin reducere (visszavezetni) szóból ered, és azt a célt jelölte, hogy a szétszórtan élő guaraní közösségeket állandó, keresztény falvakba telepítsék. A missziók a spanyol korona engedélyével működtek, és a jezsuiták kiváltságként elérték, hogy a redukciók lakói ne tartozzanak a magánszemélyek encomiendája alá; ez az egyik oka annak, hogy a guaraní családok egy része önként vagy családi döntés alapján csatlakozott a missziókhoz. A redukciók azonban nem számolták fel a gyarmati alárendeltséget, csak átalakították annak formáját.
A redukciók belső életét a jezsuita páterek irányították, de a mindennapi közigazgatás guaraní tisztségviselők kezében volt. Minden falu rendelkezett saját cabildóval (tanáccsal), amelyben guaraní elöljárók ültek; a spanyol mintájú tisztségek mellett a hagyományos törzsfőnöki tekintély is befolyásos maradt. A gazdaság közösségi és családi földekre oszlott, amelyeket a guaraní nyelvű források tupambaé („Isten földje”) és avambaé („az emberek földje”) néven különböztettek meg. A közösségi földek terménye a falu közös kiadásait, az árvák és özvegyek ellátását, valamint a templom és a milícia fenntartását szolgálta. A redukciók a yerba mate (Ilex paraguariensis) termesztésében és feldolgozásában, a szarvasmarha-tartásban, a mezőgazdaságban és a kézműiparban is jelentős termelést értek el; a yerba mate egyike volt a gyarmati Paraguay legfontosabb kiviteli cikkeinek. A jezsuita jelentések hangsúlyozták a falvak rendezettségét, a zenei és kóruséletet, valamint a mesterségek fejlettségét, ám ezek a beszámolók a missziós siker bemutatását is szolgálták, ezért kritikával kezelendők.
A jezsuiták a guaraní nyelvet használták a hitoktatásban és az igazgatásban, és a 17. század folyamán nyelvtanokat, szótárakat, katekizmusokat adtak ki; e munkák a guaraní nyelv legkorábbi írásos emlékei közé tartoznak, de egyúttal a jezsuita értelmezés nyelvét is rögzítették. Antonio Ruiz de Montoya 1639-ben kiadott Tesoro de la lengua guarani című szótára a korszak egyik legismertebb nyelvi forrása. A nyelvpolitika hozzájárult ahhoz, hogy a guaraní a missziókban és a környező vidéken közvetítő nyelvvé váljon, de a jezsuiták a nyelvet elsősorban az egyházi tanítás eszközének tekintették, nem a guaraní kultúra megőrzésének.
A missziók megítélése a történeti irodalomban erősen vitatott. Egyes értelmezések szerint a redukciók viszonylag védett teret nyújtottak a guaraní közösségeknek a spanyol encomienda és a rabszolgavadászok ellen, és lehetővé tették a nyelv és a közösségi szervezet fennmaradását. Mások szerint a jezsuita irányítás alapvetően korlátozta a guaraní autonómiát, áthelyezte a családokat, és alárendelte őket egy európai egyházi és gyarmati projektnek. A guaraní szereplők nem passzív befogadók voltak: a missziókba költözés, a tisztségviselés, a milíciában való részvétel és a szökések egyaránt a saját érdekek és a túlélés stratégiái szerint értelmezhetők. A források hiánya miatt azonban a guaraní nézőpont gyakran csak közvetve, a jezsuita jelentések kritikai olvasatán keresztül rekonstruálható. Az összehasonlító kerethez lásd A gyarmati társadalom, egyház és kasztrendszer.
A redukciók történetének egyik legvéresebb szakasza a bandeiranték (portugálul bandeirantes) támadásaihoz kötődik. A bandeiranték főként São Paulo környéki, vegyes portugál–őslakos származású telepesek voltak, akik a 17. században expedíciókat, bandeirák-at szerveztek a belső területekre; céljuk elsősorban őslakos emberek elfogása és rabszolgaként való eladása volt. 1628 és 1632 között több bandeira betört a Guairá és a Paraná menti jezsuita missziókba, felgyújtotta a falvakat, és a becslések szerint több ezer, egyes források szerint több tízezer guaranít hurcoltak el. A számok erősen bizonytalanok, mert a jezsuita jelentések az elszenvedett pusztulás mértékét hangsúlyozták, míg a portugál források alig tárgyalják. A túlélő guaraní közösségek a jezsuitákkal együtt délkeletre, a mai Paraguay déli része, valamint a mai Argentína Misiones tartománya és a mai Brazília határvidéke felé vonultak. A missziók így a spanyol–portugál határvidék legfontosabb védelmi intézményeivé váltak; a spanyol korona felfigyelt arra, hogy a redukciók akadályozhatják a portugál terjeszkedést, és engedélyezte a guaraní milíciák felfegyverzését. A guaraní harcosok részvételével 1641-ben a Mbororé folyó menti ütközetben sikerült visszaverni egy nagyobb bandeirante támadást; az eseményt a jezsuita és későbbi nemzeti elbeszélések a guaraní ellenállás szimbólumává tették, bár a csata pontos lefolyása és résztvevői létszáma vitatott. Az 1641-es győzelem után a bandeirante támadások intenzitása csökkent, de a rabszolgavadászat és a határ menti csetepaték nem szűntek meg teljesen.
A határvidéken a spanyol települések és a missziók nemcsak a portugál fenyegetéssel néztek szembe. A Chaco peremén a guaycurú és payaguá csoportok a 16–18. században folyamatosan támadták a spanyol farmokat, karavánokat és folyami hajókat; a lovat hamar átvették, és a nyílt síkságon mozgékony, nehezen ellenőrizhető erővé váltak. Paraguay gyarmati története ezért nem egyirányú hódítástörténet, hanem hosszú, változó intenzitású határháborúk sorozata, amelyben a spanyol uralom csak a keleti folyami sávra és a missziós falvakra terjedt ki megbízhatóan. E határvidéki állapot a későbbi gyarmati Paraguay gazdaságát és településszerkezetét is meghatározta; lásd A gyarmati Paraguay.
A kontaktus előtti népességről nincs megbízható adat. A mai Paraguay területén a régészeti lelőhelyek és a kora gyarmati becslések alapján a guaraní nyelvű lakosság a keleti erdős övezetben koncentrálódott, míg a Chaco népei kisebb népsűrűségben éltek. A spanyol gyarmatosítás, az európai járványok – elsősorban a himlő és a kanyaró –, valamint az encomienda és a rabszolgavadászat a 16–17. században jelentős népességcsökkenést okozott. A redukciókba tömörített lakosságot a járványok ugyancsak sújtották, bár a missziós falvak egyes időszakokban ellenállóbbnak bizonyultak a szétszórt közösségeknél. A számok azonban becslések, és a források gyakran egymásnak ellentmondanak; a történész feladata itt nem a pontos áldozatszám meghatározása, hanem a pusztulás mechanizmusainak leírása. A jezsuita missziókban a 17. század közepén egyes becslések több tízezer lakost említenek, de a korabeli összeírások pontossága kétséges, és a járványok miatti ingadozás nagy volt.
A guaraní nyelv a gyarmati korban nem tűnt el, hanem a spanyol mellett a mindennapi érintkezés nyelvévé vált Asunciónban és a keleti vidéken. A jezsuita nyelvpolitika, a guaraní nők mint anyanyelvi közvetítők szerepe és a mestizo lakosság növekedése egyaránt hozzájárult ahhoz, hogy a guaraní nyelv a gyarmati Paraguayban széles körben használatos maradt. Ez a jelenség a későbbi paraguayi állam és a mai kétnyelvűség egyik gyökere, de a gyarmati kori nyelvi helyzet nem azonos a mai nemzeti identitással: a guaraní nyelvű beszélők akkor elsősorban helyi közösségekhez, missziós falvakhoz vagy családi hálózatokhoz kötődtek, nem egy modern nemzethez. A nyelv fennmaradása tehát nem a nemzeti folytonosság bizonyítéka, hanem a gyarmati társadalom sajátos, többnyelvű és többkultúrájú berendezkedésének következménye.
A spanyol hódítás és a jezsuita missziók eseményei elsősorban európai szereplők által készített elsődleges forrásokból ismertek: hivatalos jelentések, városi tanácsi jegyzőkönyvek, krónikák (például Ruy Díaz de Guzmán 17. század eleji műve), valamint a jezsuiták rendszeres cartas anuas (éves levelei) és missziós leltárai. Ezek a források részletesek az alapítás dátumaira és az intézményi szabályozásra nézve, de szerzőik gyakran érintettek voltak a gyarmati vitákban, és a guaraní szereplőket alárendelt vagy megtérítendő csoportként ábrázolták. A guaraní közösségek írásos önéletrajzokat nem hagytak hátra; hangjukat közvetve, a jezsuita jelentések idézetein, a tárgyi kultúrán és a nyelvészeti adatokon keresztül lehet rekonstruálni. A prekolumbiánus társadalomra vonatkozó ismeretek régészeti feltárásokból és nyelvészeti rekonstrukciókból származnak, ezért a guaraní társadalom működéséről alkotott kép szükségképpen hipotetikus.
A legfontosabb viták a következők: a kontaktus előtti guaraní társadalmak politikai szervezettségének foka; a redukciók jellege – védelmi alternatíva volt-e a jezsuita rendszer vagy a gyarmati kontroll eszköze; a bandeirante támadások áldozati számai; az 1641-es Mbororé csata jelentősége; és a guaraní részvétel mértéke a missziók igazgatásában. A modern paraguayi emlékezetpolitika gyakran a jezsuita missziókat és a guaraní múltat pozitív nemzeti alapként kezeli, amit a történettudomány részben alátámaszt, részben árnyal. A jelen fejezet ezért a dokumentált eseményeket (mint Asunción 1537-es alapítása) elválasztja a vitatott értelmezésektől (például a missziók „idilli” jellegétől), a régészeti becsléseket pedig nyíltan becslésként kezeli. A jezsuita missziók későbbi, 18. századi válsága és 1767-es kiűzése a következő alfejezet témája.