Az 1965–1966-os kommunistaellenes tisztogatásokat követően kiépülő Új Rend (Orde Baru) rezsimjét, amely Suharto elnök nevéhez fűződött, Az 1965-ös fordulat és Suharto alfejezet mutatta be. Ez a rendszer három évtizeden át páratlan politikai stabilitást és jelentős gazdasági növekedést biztosított Indonéziának, ám mindezt a politikai szabadságjogok súlyos korlátozása, a hadsereg mindenütt jelen lévő társadalmi-politikai szerepvállalása (kettős funkció, dwifungsi), a központosított államhatalom és a rendszeres emberi jogi jogsértések árán. Az 1997-ben kitört ázsiai pénzügyi válság azonban váratlanul és alapjaiban rengette meg ezt az építményt. A válság nem csupán gazdasági összeomlást hozott; felszínre hozta a rezsim mélyen gyökerező strukturális problémáit: a korrupciót, a nepotizmust, a gazdasági hatalom koncentrációját és a politikai intézmények törékenységét. Az 1998 májusában bekövetkezett reformmozgalom (Reformasi) nem egyszerűen Suharto személyes hatalmának végét jelentette, hanem egy radikális politikai átmenet kezdetét, amelynek során Indonézia a világ egyik legautoriterebb rezsimjéből egy dinamikus, bár komoly kihívásokkal küzdő demokráciává vált. Ez az alfejezet az 1998-as válságot, a demokratikus átmenet folyamatát, a decentralizáció jelentőségét, valamint a vallás és a politika összetett viszonyát tárgyalja.
Az 1997 júliusában Thaiföldön kirobbant ázsiai pénzügyi válság gyorsan átterjedt Indonéziára. A rúpia árfolyama összeomlott, a külföldi adósság törlesztése ellehetetlenült, a bankrendszer csőd közeli állapotba került, és a gazdaság 1998-ban a becslések szerint több mint 13%-kal zsugorodott. A Nemzetközi Valutaalap (IMF) által előírt megszorító csomagok – amelyek a támogatások leépítését és a bankok bezárását követelték – azonnali életszínvonal-romlást okoztak, és a szegénységi ráta drámai emelkedéséhez vezettek. Az áremelkedések, a tömeges elbocsátások és az alapvető élelmiszerek hiánya széles körű társadalmi elégedetlenséget szítottak.
Fontos látni, hogy a gazdasági válság önmagában nem volt elégséges oka Suharto bukásának; a rezsim legitimitása már a válság előtt is erodálódott. Az 1990-es években a politikai nyitás iránti igény folyamatosan nőtt, különösen az értelmiség, a diákok és a betiltott ellenzéki csoportok körében. A gazdasági válság azonban megfosztotta a rezsimet a teljesítmény-legitimációjától, és megnyitotta az utat a nyílt politikai tiltakozás előtt. A diákok (mahasiswa) lettek a mozgalom élharcosai; egyetemisták tízezrei vonultak az utcára országszerte, a Reformasi – vagyis a politikai, gazdasági és jogi rendszer átfogó reformja – jelszavával. Követeléseik között szerepelt a korrupció felszámolása, a hadsereg politikai szerepének visszaszorítása, Suharto lemondatása és a demokratikus választások kiírása. A mozgalmat a növekvő árszínvonal és a munkanélküliség miatt a városi szegények és a munkások részvétele is szélesítette.
A helyzet 1998 májusában élesedett tovább. A kormányzat által bejelentett üzemanyagár-emelés újabb tiltakozási hullámot váltott ki. Május 12-én a katonai erők a Trisakti Egyetem diákjai közé lőttek, és négy hallgatót megöltek. Ez a tragédia országos felháborodást és zavargásokat robbantott ki, különösen Jakartában. Az erőszakhullámnak etnikai dimenziója is lett: a fővárosban elsősorban a kínai származású indonéz közösség tulajdonát érték támadások, és a zaklatások, gyújtogatások, valamint a szexuális erőszak áldozatai is közülük kerültek ki. Az események pontos lefolyása és a felelősök kiléte máig vitatott; a hadsereg belső hatalmi harcaitól a provokátorokig több magyarázat is létezik. A nemzetközi közvélemény és az emberi jogi szervezetek a kínai közösséget ért támadásokat a gazdasági válság okozta feszültségre és a kormányzat, illetve a hadsereg felelősségére vezették vissza.
A politikai szövetségesek, köztük a parlament és a hadsereg vezetői, fokozatosan eltávolodtak Suhartótól. Május 21-én a nyomásnak engedve Suharto lemondott, és alelnöke, Bacharuddin Jusuf Habibie lépett a helyébe. Suharto bukása nem forradalom volt abban az értelemben, hogy az állami intézmények összeomlottak volna; sokkal inkább egy elit által irányított átmenet, amelyet az utcai tömegmozgalom kényszerített ki. A hadsereg szerepe megkerülhetetlen volt: a fegyveres erők vezetői, köztük Wiranto tábornok, biztosították, hogy Suharto távozása ne vezessen az állam széteséséhez, de egyúttal igyekeztek megőrizni saját befolyásukat az új rendszerben.
Habibie elnöksége, bár sokan csak átmenetinek tartották, fordulópontot jelentett az indonéz politikatörténetben. Az új elnök, aki korábban Suharto protezsáltja volt, meglepő módon magáévá tette a reformprogram jelentős részét. Kormánya rövid idő alatt olyan jogszabályi kereteket fogadott el, amelyek lehetővé tették az átmenetet az autoriter rendszerből egy többpárti demokráciába. A politikai pártok alapításának engedélyezése mellett eltörölték a sajtószabadságot sújtó korlátozásokat, és szabad választásokat tűztek ki 1999-re. A politikai foglyokat szabadon engedték, és a szakszervezetek is engedélyt kaptak a működésre. A kormányzat hozzákezdett a gyülekezési és egyesülési jogot korlátozó törvények felülvizsgálatához is.
A Habibie-kormányzat egyik legnagyobb horderejű döntése a kelet-timori népszavazás kiírása volt 1999-re. Kelet-Timor 1975 óta indonéz megszállás alatt állt, amit a nemzetközi közösség nagy része illegitimnek tartott. Habibie a kérdést a régióra vonatkozó önrendelkezési lehetőség felkínálásával próbálta rendezni: a lakosok a teljes függetlenség és az Indonézián belüli autonómia között választhattak. Az ENSZ által felügyelt szavazáson 1999 augusztusában a kelet-timoriak többsége a függetlenségre szavazott. A szavazást követően a megszálló erőkhöz közel álló milíciák és a hadsereg egyes elemei szisztematikus pusztítást és erőszakot követtek el, amelynek során több száz ember meghalt, és az infrastruktúra jelentős része elpusztult. A nemzetközi közösség végül békefenntartó erőket küldött a területre, és Kelet-Timor 2002-ben hivatalosan is függetlenné vált. A kelet-timori események rávilágítottak az átmenet ellentmondásaira: a demokratikus nyitás lehetővé tette a konfliktus rendezését, de a hadsereg és a kapcsolódó milíciák erőszakcselekményeinek felelősei ellen a nemzeti igazságszolgáltatás csak korlátozottan lépett fel.
Habibie uralmának másik meghatározó reformja a hírhedt belső biztonsági törvény hatályon kívül helyezése és a politikai decentralizáció előkészítése volt. A decentralizációs törvények, amelyeket 1999-ben fogadtak el, de hatályba lépésük főként a következő évekre esett, a világ egyik legradikálisabb hatalomátadását jelentették: az egészségügy, az oktatás, a mezőgazdaság és a környezetvédelmi igazgatás mellett számos politikai és költségvetési jogkört delegáltak a körzetek (kabupaten) és a városok (kota) szintjére, nem pedig a tartományokra. A cél az volt, hogy a helyi elitek és közösségek nagyobb kontrollt kapjanak a saját ügyeik felett, és ezzel elejét vegyék a szeparatista törekvések további erősödésének, különösen Aceh, Pápua és más, központellenes érzelmű régiókban.
Habibie elnöksége azonban nem volt hosszú életű. A Népi Konzultatív Gyűlés (MPR) 1999-ben elutasította a beszámolóját, nagyrészt a kelet-timori krízis kezelése miatt. A politikai elit, amelynek egy része továbbra is a régi rendszerhez kötődött, megvonta tőle a bizalmat, és új választásokat sürgetett. Ez a lépés nyitotta meg az utat az első szabad, többpárti választások és az azt követő demokratikus intézményesülés előtt.
Az 1999-es parlamenti választások voltak az első szabad választások Indonéziában 1955 óta. Több mint 48 párt indult, és a részvétel magas volt. A választásokat a Megawati Sukarnoputri vezette Indonéz Demokrata Párt a Küzdelemért (PDI-P) nyerte, de nem szerzett abszolút többséget. A kormányalakítási tárgyalások eredményeként a mérsékelt iszlamista Nemzeti Ébredés Pártjának (PKB) vezetője, Abdurrahman Wahid (ismertebb nevén Gus Dur) lett az elnök, Megawati pedig az alelnök. Wahid elnöksége (1999–2001) a demokratikus konszolidáció viharos időszaka volt. A kormányzat folytatta a reformokat, de szembesült a szeparatista konfliktusokkal (Aceh, Pápua), a vallási alapú erőszakkal, a hadsereg átalakításának nehézségeivel és a parlamenttel való állandó politikai harcokkal. Wahid megkísérelte a hadsereg politikai befolyásának további csökkentését, és előmozdította a vallási és etnikai kisebbségek jogainak védelmét. Ugyanakkor a kormányzati stílus és a gazdasági nehézségek miatt politikai támogatottsága gyorsan apadt. 2001 júliusában a parlament alkotmányos eljárás keretében leváltotta, és alelnöke, Megawati Sukarnoputri követte az elnöki székben.
Megawati elnöksége (2001–2004) alatt a demokratikus intézmények kiépülése folytatódott. Az MPR 1999 és 2002 között radikális alkotmányos reformokat hajtott végre, amelyek közül a legfontosabb a közvetlen elnökválasztás bevezetése volt 2004-től. Az új alkotmány létrehozta az Alkotmánybíróságot, megerősítette az emberi jogi garanciákat, és véglegesen megszüntette a parlament azon jogát, hogy az elnököt politikai alapon leváltsa. A hadsereg szerepe is alapvetően átalakult: a dwifungsi doktrínáját hivatalosan eltörölték, és a katonák parlamenti képviseletét fokozatosan megszüntették. A rendőrséget különválasztották a hadseregtől, és a belső biztonsági feladatokért a civil rendőri erők lettek a felelősek. Ez a folyamat nem volt zökkenőmentes: a hadsereg megőrizte befolyását bizonyos üzleti érdekeltségekben és a politikában, de az intézményes kiváltságai jelentősen csökkentek.
A közvetlen elnökválasztás bevezetése új szakaszt nyitott a demokratikus konszolidációban. A 2004-es választásokat a Demokrata Párt jelöltje, Susilo Bambang Yudhoyono nyerte, aki korábban tábornokként és kormányzati tisztviselőként is dolgozott. Yudhoyono elnöksége (2004–2014) a viszonylagos politikai stabilitás és a lassú, de kitartó gazdasági növekedés időszaka volt. Kormánya alatt folytatódott a korrupció elleni harc intézményesülése (különösen a Korrupcióellenes Bizottság, KPK tevékenysége révén), és az ország visszanyerte a nemzetközi befektetők bizalmát. Ugyanakkor a demokratikus minőség kérdései – a korrupció, a helyi elitek hatalomkoncentrációja, a vallási kisebbségek elleni erőszak – továbbra is napirenden maradtak.
Az 1999-ben elfogadott, majd 2001-től ténylegesen életbe lépő decentralizációs törvények alapvetően újrastrukturálták az indonéz állam működését. A hatalom és a költségvetés jelentős része a központi kormányzattól a körzetek és a városok szintjére került. Ez a big bang decentralizációnak nevezett folyamat a világ egyik legnagyobb ilyen reformja volt, és célja kettős volt: egyrészt a közösségek bevonása a döntéshozatalba, másrészt a szeparatizmus kockázatának csökkentése azzal, hogy a helyi eliteket érdekeltté teszi az állami keretek fenntartásában.
A decentralizáció kétségtelen eredménye, hogy a közszolgáltatások, különösen az oktatás és az egészségügy, közelebb kerültek a helyi közösségekhez, és a helyi választások bevezetése (2005-től) megnövelte a politikai részvételt. A helyi vezetők – polgármesterek, körzeti tanácselnökök – közvetlen választása új politikai osztály felemelkedését hozta, és megerősítette a helyi identitások és érdekek megjelenítését. Ugyanakkor a reform jelentős költségekkel is járt. A helyi elitek számos esetben a demokratikus választások és a decentralizált intézmények segítségével építették ki saját politikai-gazdasági hálózataikat. A korrupció, a nepotizmus és a járadékszerzés nem szűnt meg, hanem sok szempontból új szintekre helyeződött át. A kutatók egy része decentralizált korrupcióról, mások a helyi oligarchák megerősödéséről beszélnek. A források egy részének helyi szintű elosztása feletti kontroll megszerzése gyakran vált politikai versengés tárgyává, ami bizonyos régiókban etnikai és vallási feszültségek kiéleződéséhez is hozzájárult.
Különösen fontos volt a decentralizáció és a különleges autonómia összekapcsolása a konfliktusövezetekben. Aceh tartomány 2001-ben kapott különleges autonómia jogkört, amely kiterjedt oktatási, vallási és költségvetési önállóságot biztosított. Ez a lépés azonban önmagában nem hozta el a békét; a szeparatista Szabad Aceh Mozgalom (GAM) és a kormányerők közötti harcok egészen a 2004-es cunamit követő békefolyamatig tartottak. A 2005-ös helsinki békeszerződés politikai megoldást hozott: a GAM lemondott a függetlenség követeléséről, cserébe a tartomány széles körű autonómiát és helyi politikai pártok alapításának jogát kapta. Aceh azóta a decentralizáció egyik sokat vitatott példájává vált, ahol a helyi vallási jog (saría) bizonyos elemei érvényesülnek, és a politikai életet a helyi pártok dominálják.
Pápua tartomány esetében a konfliktus nem ért véget. A különleges autonómia jogi keretei megmaradtak, de a megvalósítás hiányosságai, a térség militarizáltsága, a gazdasági erőforrások elosztása körüli viták és az emberi jogi jogsértések továbbra is feszültséget szülnek. A pápuai önrendelkezés kérdésében a nemzetközi közösség és a jakartai kormányzat álláspontja alapvetően eltér, és a térségben időszakosan erőszakos incidensek is előfordulnak.
A Reformasi egyik legösszetettebb következménye a vallás és a politika viszonyának átalakulása volt. Suharto Új Rendje alatt az iszlám politikai erejét igyekeztek korlátozni és a rezsim ellenőrzése alá vonni. Az 1998 után bekövetkezett politikai nyitás azonban lehetővé tette az iszlamista és a mérsékelt iszlám politikai erők újbóli megerősödését. Ez a folyamat nem egységes: a legtöbb muszlim szavazó mérsékelt, pragmatikus pártokat támogatott, de a nyilvános térben megjelentek a saría (iszlamikus jog) bizonyos elemeinek állami bevezetését szorgalmazó csoportok is.
A demokratikus átmenet során a Pancasila – az öt alapelv, amely a vallási pluralizmust és az egységes Indonéziát hangsúlyozza – viták kereszttüzébe került. Egyes iszlamista csoportok a Pancasila újraértelmezését vagy az iszlám jog nagyobb szerepét követelték, míg a nacionalista és a kisebbségi vallási közösségek a pluralista államideológia védelme mellett érveltek. A viták a parlamentben és a társadalomban is élesek voltak. A 2000-es években több, saría alapú rendeletet fogadtak el helyi szinten, különösen Acehben, de részben más tartományokban is. A helyi szabályozások érintették az öltözködést, a nyilvános erkölcsöt, a vallási gyakorlatot és a kisebbségek jogait. E rendeletek alkotmányosságát és a vallásszabadsághoz való viszonyát mind a nemzeti, mind a nemzetközi emberi jogi fórumokon vitatják.
A vallási feszültségek az átmenet első éveiben erőszakos konfliktusokba torkolltak. A legjelentősebbek közé tartozott az 1999 és 2002 közötti poso-i és amboini felekezetközi erőszak, amelyben muszlim és keresztény közösségek csaptak össze, és több ezer ember halt meg. A konfliktusok okai összetettek voltak: politikai és gazdasági versengés, a régi rend biztonsági erőinek provokációi, valamint a helyi migrációs folyamatok egyaránt szerepet játszottak. A békefolyamatokban a kormányzat, a vallási vezetők és a civil szervezetek mellett a nemzetközi közvetítők is részt vettek. A 2002-es bali robbantás – amelyet a radikális iszlamista Jemaah Islamiyah hálózatnak tulajdonítanak – új dimenziót adott a vallási radikalizmus és a terrorizmus elleni küzdelemnek. A támadásban több mint 200 ember halt meg, többségük külföldi turista. Az esemény rávilágított arra, hogy a demokratikus átmenet és a politikai nyitás nem szüntette meg a szélsőséges erőszak lehetőségét; éppen ellenkezőleg, a nyitott társadalom új kihívásokkal szembesült.
A terrorizmus elleni fellépés során a kormányzat és a rendőrség jelentős sikereket ért el a Jemaah Islamiyah felgöngyölítésében. Számos merényletet akadályoztak meg, és a csoport vezetőit letartóztatták vagy megölték. Ugyanakkor a fellépés emberi jogi aggályokat is felvetett, különösen a tárgyalás nélküli fogva tartás és a kínzás vádjai miatt. A terrorizmus elleni harc, a vallási radikalizmus és a vallásszabadság közötti egyensúly megteremtése a demokratikus Indonézia egyik legnehezebb feladata maradt.
A vallási politika másik fontos kérdése a kisebbségi vallási közösségek helyzete volt. A hivatalosan elismert vallások (iszlám, protestantizmus, katolicizmus, hinduizmus, buddhizmus, konfucianizmus) mellett számos kisebb közösség, például az ahmadiyya és a síita kisebbség, valamint a hagyományos helyi vallások követői, rendszeres diszkriminációnak és erőszaknak voltak kitéve. A radikális csoportok gyakran a vallásgyalázás vádjával nyomást gyakoroltak a hatóságokra, hogy korlátozzák e közösségek működését. A vallásszabadság helyzete az évek során romlott, és több nemzetközi emberi jogi szervezet, valamint kormányzati jelentés is aggodalmának adott hangot az erőszakos fellépések és a diszkriminatív szabályozások miatt. A blaszfémiatörvény alkalmazása és a kisebbségi vallási csoportok elleni támadások a demokratikus jogállamiság határait feszegették.
A vallási szervezetek és a politika viszonya a demokratikus átmenet során folyamatosan változott. A mérsékelt tömegszervezetek, mint a Nahdlatul Ulama és a Muhammadiyah, hagyományosan a társadalmi és vallási élet meghatározó intézményei, fontos szerepet játszottak a társadalmi békét erősítő kezdeményezésekben és a demokratikus intézmények támogatásában. Ugyanakkor a politikai versenyben az iszlamista pártok és csoportok is teret nyertek. A Prosperous Justice Party (PKS) és más, részben iszlamista platformmal induló pártok a szavazatok jelentős részét megszerezték, bár soha nem tudtak tartós parlamenti többséget alkotni. A vallási retorika és a saría-kérdés a választási kampányokban rendszeresen napirendre került, ami mutatja, hogy a vallás és a politika határai a demokratikus Indonéziában képlékenyek és vitatottak.
Az 1998-as Reformasi és a demokratikus átmenet történetének rekonstrukciója során a források sokfélék, de minőségük és elérhetőségük egyenlőtlen. Az események alapvető kronológiája – Suharto lemondása, a választások időpontja, a törvényi reformok – viszonylag jól dokumentált hivatalos jegyzőkönyvek, parlamenti akták és újságcikkek alapján. Az IMF és a Világbank globális jelentései a gazdasági válság számszerűsíthető adataihoz nyújtanak alapot, ám a GDP-becslések és a szegénységi ráták adott évekre vonatkozó pontossága módszertani és politikai okokból is vitatott.
Jelentős bizonytalanság övezi azonban az 1998 májusi zavargások és a kelet-timori erőszak áldozatainak pontos számát, valamint a felelősök kilétét. Az emberi jogi szervezetek – köztük az indonéz és a nemzetközi civil szervezetek – részletes jelentéseket közöltek, amelyek a hadsereg és a milíciák felelősségét hangsúlyozzák. Ugyanakkor a hivatalos indonéz állami vizsgálatok gyakran korlátozott hatáskörrel működtek, és kevés elítélés született. A történészek és jogtudósok között mind a mai napig vita folyik arról, hogy a kelet-timori erőszak egyes elemei milyen mértékben voltak szisztematikusak, és milyen szerepet játszott a politikai és katonai vezetés. A témában bevett, attribúcióval ellátott megnevezések a „megszálló erők által elkövetett emberi jogi jogsértések” és a „milícia-erőszak”.
A decentralizáció értékelése körül is élénk szakmai vita zajlik. A mérhető indikátorok – például a helyi költségvetések aránya, a közszolgáltatások elérhetősége – viszonylag stabil statisztikai alapot kínálnak, de az értelmezésük korántsem egységes. Egyes kutatók a reform sikerét a részvétel növekedésében és a helyi demokrácia megerősödésében látják, míg mások a korrupció lokalizálódásának veszélyeire és a helyi oligarchiák megszilárdulására figyelmeztetnek. A kérdés tudományos konszenzusa nem zárult le.
A vallás és a politika viszonyát illetően a legvitatottabb kérdés a saría-alapú helyi rendeletek hatása és a vallási kisebbségek jogainak alakulása. Az emberi jogi jelentések és a vallásszabadság-indexek komoly romlást mutatnak, de az adatgyűjtés módszertana és a politikai elfogultság vádja ezen a területen sem elhanyagolható. Az iszlamista erők befolyásának növekedése dokumentálható a választási eredmények és a pártprogramok alapján, ám a muszlim lakosság vallásosságának és politikai preferenciáinak mintázatai sokkal összetettebbek annál, mintsem hogy a „növekvő iszlamizálódás” egysíkú narratívájával leírhatók lennének. A források itt is gyakran politikai, felekezeti és emlékezetpolitikai elfogultsággal terheltek.