A Fülöp-szigetek az 1930-as évek közepén nem egyszerűen újabb gyarmati reformot kapott, hanem egy tízéves átmeneti államiságot: az 1935-ben életbe lépő Fülöp-szigeteki Commonwealth (Commonwealth of the Philippines) az amerikai fennhatóság alatt működő, de már saját kormányzattal és alkotmánnyal rendelkező politikai alakulat volt. A második világháború azonban ezt az átmenetet drámai módon törte meg: a japán támadás, a megszállás és a visszafoglaló harcok három éven át tartó erőszakot, éhínséget és intézményi összeomlást hoztak a szigetekre. Az alfejezet a Commonwealth létrejöttétől a japán megszállás végéig, illetve a függetlenség közvetlen előkészítéséig vezeti az olvasót; a hangsúly a háborús tapasztalat, az együttműködés és az ellenállás dilemmáin, valamint a háború utáni önállóság politikai-gazdasági feltételein van. A téma szorosan kapcsolódik Az amerikai gyarmati uralom alfejezethez, és előkészíti A függetlenség és a gazdaság tárgyalását.
Az Egyesült Államok kongresszusa 1934. március 24-én fogadta el a Tydings–McDuffie törvényt (Philippine Independence Act), amely tízéves átmeneti időszakot irányzott elő a teljes függetlenségig. A törvény értelmében a szigetország 1935. november 15-én Commonwealth státust kapott: saját alkotmányt fogadott el, saját elnököt és törvényhozást választott, ugyanakkor az Egyesült Államok megtartotta a külügyi, a pénzügyi és a katonai felső irányítás jogát. Az 1935-ös alkotmányt a Fülöp-szigeteki alkotmányozó konvenció 1935. február 8-án fogadta el, az amerikai elnök, Franklin D. Roosevelt pedig 1935. március 23-án hagyta jóvá. Az első Commonwealth-választásokat 1935. szeptember 17-én tartották; Manuel L. Quezon lett az elnök, alelnöke Sergio Osmeña.
A Commonwealth politikai rendszere formailag követte az amerikai modellt: kétkamarás országgyűlés, erős végrehajtó hatalom és független bíróság. A gyakorlatban azonban a politikai életet továbbra is a földbirtokos elitek és a városi, angolul vagy spanyolul képzett csoportok uralták. A szavazójogot adóreformok és műveltségi feltételek korlátozták, így a paraszti többség politikai részvétele alacsony maradt. Quezon kormánya erőteljesen hirdette a nemzeti nyelv kialakításának programját, amely a tagalog alapú filipínó nyelvtervezéshez vezetett, miközben az angol továbbra is az igazgatás és az oktatás fő nyelve maradt. A korszakban a szociális elégedetlenség sem szűnt meg: az 1935. májusi Sakdal-felkelés a luzoni parasztok elégedetlenségét jelezte, és a központi kormány erővel verte le. Ez a vidéki feszültség később a japán megszállás alatti gerillamozgalmak bázisává vált.
A Commonwealth megalakulása nem jelentette a gazdasági függés megszűnését. Az amerikai piacra irányuló cukor-, kókusz- és dohányexport továbbra is az amerikai kereskedelmi kedvezményekre épült, és ezeket a Tydings–McDuffie törvény fokozatos kvótákkal szabályozta. A Fülöp-szigeteki gazdasági elit számára a függetlenség kérdése ezért gyakran összekapcsolódott az amerikai piac elvesztésétől való félelemmel. Ugyanakkor a Commonwealth éveiben kiépült néhány fontos intézmény: megszervezték a Fülöp-szigeteki hadsereg magját, kiterjesztették az alapfokú oktatást, és létrehozták az állami gazdaságfejlesztési hivatalokat. Ezek az intézmények a háborúban részben szétzilálódtak, részben a megszállás alatti ellenállás és a háború utáni újjáépítés alapját képezték.
Az 1930-as évek végén a csendes-óceáni feszültség növekedésével a Fülöp-szigetek amerikai védelme egyre inkább a japán előretörés elleni stratégiai kérdéssé vált. Az amerikai hadsereg vezérkari főnökeként, majd a United States Army Forces in the Far East (USAFFE) parancsnokaként Douglas MacArthur tábornok kapta a szigetország védelmének megszervezését. MacArthur 1935 és 1941 között a filippínó hadsereg kiképzésére és a partvédelem megerősítésére törekedett, de a feladat meghaladta a rendelkezésre álló költségvetést és időt. A védelmi tervek a Luzon közepén lévő hegyvidékre, Bataan-félszigetre és a Manila-öböl bejáratát őrző Corregidor szigetére összpontosítottak, abból a feltételezésből kiindulva, hogy a japán támadás esetén az amerikai erők itt kitarthatnak, amíg erősítés érkezik.
A háború előtti hónapokban az amerikai hadsereg és a Fülöp-szigeteki kormány is megkezdte a felkészülést a légitámadások és a partraszállások ellen. Polgári védelmi gyakorlatokat tartottak, és a városi lakosság egy részét vidékre költöztették. A japán diplomáciai kapcsolatok romlása ellenére azonban a támadás időpontja és mértéke meglepte a védekezőket. A filippínó csapatok többsége gyengén felszerelt és kiképzetlen volt, az amerikai légierő pedig a földön szenvedett súlyos veszteségeket a háború első napjaiban. A háborús propaganda mindkét oldalon a saját közösség áldozatkészségét és a másik fél agresszióját hangsúlyozta; a későbbi történetírás azonban rámutatott, hogy a védelmi kudarc okai között szerepelt a megkésett felkészülés, a parancsnoki viták és a szigetvilág hatalmas kiterjedéséből fakadó logisztikai nehézség is.
A japán haderő 1941. december 8-án, a Pearl Harbor elleni támadást követő órákban csapást mért a Fülöp-szigetekre. A dátumvonal miatt a támadás helyi idő szerint december 8-ra esett, amerikai idő szerint december 7-re; ez a kettősség a későbbi emlékezetben is fennmaradt. A japán légierő megsemmisítette az amerikai repülőgépek nagy részét a földön, majd partraszállások következtek Luzon északi részén, Mindanaón és más szigeteken. Manila védelmét a parancsnokság feladta, és 1941. december 26-án nyílt várossá nyilvánította. A japán csapatok 1942. január 2-án vonultak be a fővárosba; a központi kormányzat és az amerikai főparancsnokság előbb a Bataan-félszigetre, majd Corregidorra vonult vissza.
A bataani védelmi harc 1942. január és április között zajlott. A visszavonult amerikai és filippínó erők, valamint a velük menekülő civilek elszigetelve, utánpótlás nélkül védekeztek a túlerőben lévő japán csapatokkal szemben. A védők között betegség, éhezés és lőszerhiány tizedelt, de több mint három hónapig feltartották a japán előrenyomulást. Ez a késedelem a csendes-óceáni háború korai szakaszában stratégiai jelentőségű volt, mert másutt az amerikai erők felkészülhettek a további harcra. A Bataan-félsziget védői 1942. április 9-én kapituláltak; Corregidor szigetén a harc 1942. május 6-ig tartott.
A kapitulációt követően az elfogott katonákat a japán erők gyalogmenetben északra hajtották: ez lett a bataani halálmenet (Bataan Death March). Az esemény dokumentált tény, de az áldozatok számára vonatkozó becslések eltérnek. A legismertebb történeti rekonstrukciók szerint a menet során mintegy 5 000–10 000 hadifogoly halt meg, a kimerültség, a betegség, a kivégzések és a bántalmazások következtében; a menet után a hadifogolytáborokban további tízezrek haltak meg. A halálmenet a filippínó és az amerikai történelmi emlékezetben a japán hadsereg kegyetlenségének egyik központi jelképévé vált, ugyanakkor a túlélők beszámolói és a japán katonai iratok részletei között ma is vita folyik az egyes egységek felelősségéről. A legtöbb történész a japán hadsereg vezetési hibáit, a hadifoglyokkal szembeni rasszista attitűdöket és a logisztikai káoszt együttesen okolja a tömeges halálozásért.
A japán megszállás 1942 és 1945 között nem egységes, hanem szigetenként és időszakonként változó képet mutatott. A japán katonai közigazgatás kezdetben a rend helyreállítását és a gazdasági erőforrások japán célokra való átirányítását tekintette feladatának. A propagandában a Nagy Kelet-ázsiai Közös Virágzás (Greater East Asia Co-Prosperity Sphere) jelszava jelent meg, amely a nyugati gyarmatosítás alóli felszabadítást ígérte, a gyakorlatban azonban a megszállt területek alárendelését és kizsákmányolását valósította meg. A japán hatóságok 1943. október 14-én kikiáltották a japán támogatással működő második Fülöp-szigeteki Köztársaságot (Japanese-sponsored Republic), amelynek elnöke Jose P. Laurel lett. Ez a kormány formálisan szuverén volt, valójában azonban a japán hadsereg ellenőrzése alatt működött.
A megszállás alatti együttműködés megítélése a háború után is éles viták tárgya maradt. A filippínó politikai elit egy része – köztük korábbi Commonwealth-tisztségviselők – elfogadta a japán hatóságokkal való együttműködést, arra hivatkozva, hogy így védheti a lakosságot a további erőszaktól. Mások aktívan támogatták a japán berendezkedést, vagy gazdasági előnyökért működtek együtt. A vidéki lakosság körében a túlélés gyakran kényszerű alkalmazkodást jelentett: a japán követelések teljesítése, az élelmiszer-beszolgáltatás és a megszállókkal való napi kapcsolat a mindennapi élet része volt. A háború utáni amerikai és filippínó igazságszolgáltatás számos vezetőt hazaárulással vádolt, de az ügyek nagy része amnesztiával zárult, mivel a politikai stabilitás és az elitek közötti megbékélés elsőbbséget élvezett. A történetírás ma nem egyetlen „kollaboráns” vagy „ellenálló” tábort lát, hanem a helyi cselekvések széles skáláját, amelyet a túlélés, a kényszer, a meggyőződés és a személyes érdek egyszerre alakított.
Az ellenállás már a megszállás első hónapjaiban megszerveződött. A legismertebb gerillamozgalom a Hukbalahap (Hukbong Bayan Laban sa mga Hapon, azaz Nép Hadserege a Japánok Ellen) volt, amely 1942-ben alakult Közép-Luzonban, és paraszti bázisra, valamint baloldali vezetőkre támaszkodott. Emellett számos más gerillacsoport is működött, részben az amerikai hadsereg támogatásával, részben helyi vezetők irányításával. A gerillák hírszerzési információkat szolgáltattak a szövetségeseknek, szabotázsakciókat hajtottak végre, és megvédték a vidéki közösségeket a japán rekvirálástól. A megszálló erők válaszul tömeges megtorlásokat, falvak felgyújtását és túszok kivégzését alkalmazták; a Kempeitai (japán katonai rendőrség) kegyetlenkedései széles körben dokumentáltak. A gerillamozgalmak azonban nem voltak egységesek, és a háború vége felé belső vetélkedés is kialakult közöttük, ami a későbbi politikai konfliktusok előzményévé vált.
A megszállás alatti civil lakosság szenvedései súlyosak voltak. Az élelmiszerhiány, az infláció és a japán rekvirálás következtében a városokban éhínség alakult ki; sokan vidékre menekültek, ahol a gerillák vagy a helyi közösségek védelmére szorultak. A japán hadsereg által elkövetett nemi erőszak, valamint a szervezett kényszerprostitúció rendszere (a „comfort women” rendszer) a Fülöp-szigeteken is dokumentált. A becslések szerint több száz vagy több ezer nőt kényszerítettek szexuális szolgáltatásra; a pontos szám ma is vitatott, és a túlélők elismeréséért folytatott küzdelem a japán-filippínó diplomáciai kapcsolatok egyik érzékeny pontja. Az áldozatok elsősorban filippínó nők voltak, de más nemzetiségűek is előfordultak. A japán kormány 1993-ban a Kono-nyilatkozatban ismerte el a hadsereg érintettségét, de a kártérítés és a hivatalos bocsánat kérdésében a viták máig tartanak.
A megszállás alatt a kínai közösség különösen kiszolgáltatott helyzetbe került: a japán hadsereg a kínai lakosságot gyakran kollektívan gyanúsnak tekintette, tömeges letartóztatásokat és kivégzéseket hajtott végre. A moro területeken, Mindanaón és a Sulu-szigeteken a megszállás elleni fegyveres ellenállás a helyi muszlim közösségek hagyományaira is épült, bár a japán erők itt sem tudtak tartós ellenőrzést kiépíteni. A hegyi közösségek, amelyeket a spanyol és az amerikai korszakban is kevésbé vontak be a központi állam alá, a háború alatt sokszor menedéket nyújtottak a gerilláknak és a menekülteknek, de cserébe maguk is ki voltak téve a megtorlásoknak. A megszállás tehát nem egyetlen homogén élmény volt, hanem a helyi társadalmak eltérő lehetőségeit és sérülékenységét tükrözte.
Az amerikai csendes-óceáni offenzíva 1944 őszén érte el a Fülöp-szigeteket. Douglas MacArthur 1944. október 20-án szállt partra a Leyte-öbölben, és híres rádióbeszédében bejelentette: „Visszatértem.” A szigetországi hadjárat stratégiai célja a japán összeköttetések elvágása és a Fülöp-szigetek felszabadítása volt, de a harcok rendkívül súlyosak lettek. Az 1944. október 23–26. között zajló Leyte-öböl csata a második világháború egyik legnagyobb tengeri ütközete volt, amelyben a japán flotta döntő vereséget szenvedett. Ezt követően az amerikai és filippínó erők szigetről szigetre haladtak, miközben a japán helyőrségek gyakran az utolsó emberig védekeztek.
A legnagyobb polgári áldozatot követelő esemény Manila ostroma volt 1945 elején. A japán erők visszavonulásuk során a városban barikádokba szerveződtek, és az amerikai tüzérség, valamint a japán utóvédharc következtében a város nagy része elpusztult. A manilai csata 1945. február 3. és március 3. között zajlott; a becslések szerint mintegy 100 000 civil halt meg, és a város történelmi épületeinek, kulturális intézményeinek jelentős része megsemmisült. A japán csapatok a visszavonulás során számos dokumentált atrocitást követtek el: a civilek tömeges kivégzése, nemi erőszak és a házak felgyújtása a város több kerületében is előfordult. A „Manila mészárlásaként” ismert eseménysor a filippínó történelmi emlékezetben központi trauma, és a japán hadsereg felelősségét a háború utáni tokiói perben és más eljárásokban is tárgyalták.
A Fülöp-szigetek felszabadítása után az amerikai hadsereg és a helyi kormányzat hozzálátott a közigazgatás helyreállításához, de a harcok még 1945 augusztusáig, a japán kapitulációig folytatódtak a szigetek egyes részein. A háború pusztítása óriási volt: a városok mellett a vidéki infrastruktúra, a kikötők, hidak és ültetvények is súlyosan károsodtak. A gazdaság összeomlott, az élelmiszerhiány továbbra is fennállt, és a háborúban elszegényedett lakosság újjáépítése éveket vett igénybe. A felszabadulás tehát nem jelentett azonnali normalitást; a háború utáni időszakot a romok, a betegségek és a társadalmi feszültségek határozták meg.
A háború alatt a Fülöp-szigeteki Commonwealth kormánya előbb Corregidorra, majd az Egyesült Államokba menekült. Manuel Quezon elnök 1944. augusztus 1-jén a száműzetésben halt meg; utódja Sergio Osmeña lett. A japán megszállás alatt a száműzött kormány igyekezett fenntartani a nemzetközi elismerést, és kapcsolatot tartott a gerillamozgalmakkal. A felszabadulás után Osmeña visszatért a szigetekre, és megkezdte a Commonwealth intézményeinek helyreállítását, valamint a függetlenség előkészítését. Az 1946 tavaszán tartott választáson azonban Manuel Roxas, a korábbi Commonwealth-vezető és a japán megszállás alatti politikai szereplő – akinek háborús magatartása miatt utóbb vizsgálat indult, de amnesztiát kapott – lett az elnök, Osmeña legyőzésével. Roxas a japán uralom alatti politikát részben a túlélés és a lakosság védelmének kényszereként magyarázta.
Az Egyesült Államok 1946. július 4-én ismerte el a Fülöp-szigetek függetlenségét, és kikiáltották a Fülöp-szigeteki Köztársaságot. A függetlenség azonban szorosan összekapcsolódott az amerikai gazdasági és katonai érdekekkel. A Bell Trade Act (1946) értelmében az amerikai vállalatok és állampolgárok a filippínókkal egyenlő feltételekkel férhettek hozzá a szigetország természeti erőforrásaihoz (a „parity rights” elve), és a peso-dollár árfolyamot az amerikai döntésekhez kötötték. A törvény elfogadását az amerikai kongresszus a háborús károk megtérítéséhez és a gazdasági segélyhez kötötte, ezért a filippínó politikai elit – bár vitákkal – elfogadta. A kortárs kritikusok és a későbbi történetírás egy része ezt a függetlenség neokoloniális feltételeként értelmezte, míg mások a háború utáni újjáépítéshez szükséges amerikai támogatás reális feltételét látták benne.
A háborús örökség a belpolitikában is mély nyomot hagyott. A Hukbalahap gerillák, amelyek a japánok elleni harcban jelentős szerepet játszottak, a háború után nem kapták meg az amerikai és a filippínó kormány által más gerillacsoportoknak juttatott hivatalos elismerést; vezetőik egy részét a felszabadulás után letartóztatták, mert baloldali nézeteik veszélyeztették a hidegháborús rendet. Ez a meg nem békélés hozzájárult ahhoz, hogy a Hukbalahap az 1940-es évek végén újra fegyvert fogott – immár a filippínó állam ellen. Ez a konfliktus A függetlenség és a gazdaság alfejezet tárgyához vezet át, és a hidegháború délkelet-ázsiai logikájának egyik korai példája.
A japán megszállás alatti kollaboráció megítélése a háború utáni évtizedekben is vitatott maradt. A Jose P. Laurel és más japán támogatással működő vezetők ellen indított eljárások nagy része amnesztiával zárult, mivel az amerikai hatóságok és a filippínó elitek a politikai stabilitást és a kommunistaellenes egységet fontosabbnak tartották a múlt feltárásánál. A japán háborús bűnök áldozatai, különösen a „comfort women” túlélői, évtizedekig nem kaptak nyilvános elismerést. Az 1990-es évektől kezdődően a társadalmi mozgalmak és a nemzetközi emlékezetpolitika nyomására a kérdés újra napirendre került, de a japán és a filippínó kormányok közötti tárgyalások továbbra is érzékenyek maradtak.
A Commonwealth és a japán megszállás időszaka tehát kettős örökséget hagyott a Fülöp-szigetekre. Egyrészt létrejött a független államiság intézményi alapja, és a háború alatti közös szenvedés erősítette a nemzeti identitás egyes elemeit. Másrészt a háború felszínre hozta a társadalmi egyenlőtlenségeket, az elit és a parasztság közötti szakadékot, a kollaboráció és az ellenállás megítélésének feszültségeit, valamint az Egyesült Államoktól való gazdasági függés új formáit. A Commonwealth és a japán megszállás alfejezet ezeket a folyamatokat a maguk időrendjében mutatta be; az értelmezési vitákat a következő szakasz foglalja össze.
Az alfejezet a Fülöp-szigeteki történelem egyik legjobban dokumentált, ám mégis számos bizonytalanságot hordozó időszakát tárgyalja. A legfontosabb elsődleges források közé tartoznak az amerikai hadsereg katonai iratai, a japán hadsereg megszállási dokumentumai, a Fülöp-szigeteki kormány hivatalos közleményei, a gerillavezérek jelentései és a túlélők visszaemlékezései. A felszabadulás után felállított amerikai és filippínó vizsgálóbizottságok, valamint a tokiói háborús bűnper jegyzőkönyvei szintén elsődleges források. A másodlagos szakirodalomban Teodoro Agoncillo, Reynaldo Ileto, David Steinberg, Richard Connaughton és John Dower munkái meghatározóak; ezek egy része a japán megszállás társadalomtörténetére, más része a katonai-politikai folyamatokra helyezi a hangsúlyt.
A bizonytalanságok főként az áldozatok számaira és a megszállás alatti egyes események értelmezésére vonatkoznak. A bataani halálmenet áldozatainak száma, a manilai csata civil áldozatainak becslése és a „comfort women” rendszerben érintett nők létszáma mind forráshiányos, ezért a szakirodalom a becslések széles tartományát adja meg. A japán hadsereg megszállási politikájának céljai is vitatottak: egyes történészek a katonai kizsákmányolást, mások a pánázsiai propaganda és a helyi elitekkel való együttműködés kettősségét hangsúlyozzák. A kollaboráció kérdése a háború utáni politikai leszámolások miatt szintén nem tekinthető lezártnak; a levéltári források egy része ma is hozzáférhetetlen vagy megsemmisült.
Különösen fontos elkülöníteni a dokumentált tényt a becsléstől és az emlékezetpolitikai állítástól. A japán támadás, Bataan eleste, a manilai mészárlás és a függetlenség 1946-os kikiáltása dokumentált esemény; az áldozatszámok esetében azonban becslésekről van szó, amelyek a források és a módszertan függvényében változnak. A „kollaboráns” és „ellenálló” minősítések történelmi vitákat tükröznek, és nem tekinthetők objektív kategóriáknak. A japán megszállás alatti nemi erőszak rendszerének minősítése a nemzetközi jogban és a történettudományban konszenzuson alapul, de a jogi és politikai következmények máig vitatottak.