A szlovén területek a második világháborúban nem egységes hadszíntérként, hanem három különböző megszállási rendszer és egy belső fegyveres konfliktus színtereként élték meg az 1941–1945 közötti éveket. A [Az első Jugoszlávia és Szlovénia] alfejezetben tárgyalt első Jugoszláviában a szlovén nemzeti követelések részben megvalósultak, de a királyi centralizmus és a pártpolitikai válság gyenge alapokat hagyott hátra. Amikor a tengelyhatalmak 1941. április 6-án megtámadták Jugoszláviát, a szlovén terület néhány héten belül három ország – a Német Birodalom, Olaszország és Magyarország – uralma alá került. Ez a felosztás nem csupán katonai megszállást jelentett: valamennyi megszálló hatalom a szlovén nemzeti intézmények felszámolására, a szlovén nyelv és kultúra visszaszorítására, illetve a lakosság áttelepítésére vagy asszimilálására törekedett. A megszállásra adott szlovén válasz – a Felszabadítási Front létrejötte, a partizánmozgalom fegyveres ellenállása, valamint a kollaboráns alakulatokkal vívott elhúzódó polgárháború – a régió egyik legsúlyosabb huszadik századi traumájává tette ezt a korszakot.
A Jugoszláv Királyság felbomlása után a szlovén területet három zónára osztották. A Német Birodalom annektálta Alsó-Stájerországot (németül Untersteiermark, szlovénül Spodnja Štajerska) és Felső-Krajnát (németül Oberkrain, szlovénül Gorenjska), valamint Karintia (Koroška) szlovén lakta határvidékeinek egy részét. Ezeket a területeket közvetlenül a Harmadik Birodalomhoz csatolták, nem megszállási zónaként, hanem német közigazgatás alatt álló annektált területként kezelték. A német hatóságok célja a szlovén lakosság germanizálása vagy kitelepítése volt. A szlovén nyelvű oktatást azonnal betiltották, a szlovén köztisztviselőket és értelmiségieket letartóztatták vagy elbocsátották, a szlovén egyesületeket feloszlatták. A német tervek szerint több tízezer szlovént kívántak áttelepíteni Horvátországba, Szerbiába és a Német Birodalom munkatáboraiba. A tényleges kitelepítések 1941 nyarán megkezdődtek; a korabeli német dokumentumok nagy ívű terveket rögzítenek, a szlovén történetírás becslései a kitelepítettek számát tízezres nagyságrendűre teszik, de a pontos szám a források eltérései miatt bizonytalan. Az erőszakos germanizáció részeként német családokat telepítettek a szlovén falvakba, ami a helyi lakosság fokozott ellenállását váltotta ki.
Olaszország a szlovén terület középső és déli részén hozta létre a Ljubljana tartományt (olaszul Provincia di Lubiana, szlovénül Ljubljanska pokrajina), amely magában foglalta Ljubljanát és a mai Közép- és Dél-Szlovénia jelentős részét. Az olasz fennhatóság alá tartozó szlovén Tengermellék (Primorska) már az 1920-as rapallói szerződés óta olasz ellenőrzés alatt állt, így 1941-ben az olasz zóna a régi olasz–szlovén határvidékkel együtt egy összefüggő, de eltérő közigazgatású területet alkotott. Az olasz hatóságok kezdetben a szlovén lakosság megnyerésére törekedtek: bizonyos fokú kulturális autonómiát ígértek, és a szlovén nyelv használatát az adminisztrációban korlátozottan engedélyezték. Ez a viszonylag engedékeny politika azonban rövid életű volt. 1942-től, amikor a partizánmozgalom megerősödött, az olasz csapatok nagy katonai hadműveleteket indítottak, internálótáborokat hoztak létre, és többezernyi civilt hurcoltak el. A legismertebb internálóhely a Rab szigeti koncentrációs tábor (olaszul campo di concentramento di Arbe) volt, ahol szlovén és horvát civileket tartottak fogva; a táborban éhínség és betegségek következtében több ezer fogoly halt meg, de a halálos áldozatok pontos száma ma is vitatott. Az olasz zóna erőszakossága mérsékeltebb volt a német területekénél, de az olaszosítás, a kitelepítések és a megtorlások itt is súlyos csapást mértek a szlovén társadalomra.
Magyarország a Muravidéket (szlovénül Prekmurje) csatolta vissza 1941 tavaszán. A Muravidék a trianoni békeszerződés óta a Jugoszláv Királysághoz tartozott, de vegyesen lakott szlovén és magyar anyanyelvű lakosság otthona volt. A magyar hatóságok a területet a Magyar Királyság részének tekintették, és a szlovén nyelvű oktatást, sajtót és egyesületi életet fokozatosan korlátozták. A magyar zóna a némethez képest kevésbé alkalmazott tömeges kitelepítést, de a zsidóellenes törvényeket itt is bevezették, és a muravidéki zsidó közösség tagjait 1944-ben deportálták. A magyar megszállás így nem csupán területi revízió volt, hanem a szlovén nemzeti lét visszaszorításának politikája is, bár az erőszak mértéke eltért a német és az olasz zónában tapasztalhatótól.
A három megszállási rendszer eltérő módszereket alkalmazott, de közös volt bennük a szlovén nemzeti intézmények szisztematikus felszámolása. A szlovén politikai osztály, a tanárok, a papok és az értelmiségiek üldözése mindhárom zónában megfigyelhető. A megszállók célja az volt, hogy a szlovén területet etnikailag átalakítsák, vagy legalábbis megfosszák a lakosságot attól a lehetőségtől, hogy a háború után önálló vagy nagyobb autonómiájú politikai egységet alkosson. Ez a törekvés a szlovén társadalomban már 1941 nyarán ellenállást váltott ki.
A megszállás első heteiben a szlovén politikai elit a korábbi jugoszláv keretek összeomlásával szembesült. A Felszabadítási Front (szlovénül Osvobodilna fronta, rövidítve OF) 1941. április 27-én alakult meg Ljubljanában, közvetlenül azután, hogy a jugoszláv hadsereg kapitulált. Az OF létrehozásában a Szlovén Kommunista Párt (Komunistična partija Slovenije, KPS) játszotta a kezdeményező szerepet, de a szervezet kezdetben széles antifasiszta koalícióként működött: csatlakoztak hozzá keresztényszocialista értelmiségiek, liberális politikusok és a népi kultúra képviselői is. Az OF programja a szlovén terület felszabadítását, a szlovén nemzeti jogok helyreállítását és a háború utáni rendezésben az egyesült Szlovénia (Zedinjena Slovenija) megteremtését hirdette, beleértve a történelmi szlovén területek – így a Tengermellék és a trieszti régió – egyesítését.
A fegyveres ellenállás megszervezése kezdetben lassan haladt. A szlovén kommunisták a Molotov–Ribbentrop-paktum időszakában tartózkodtak a náci Németország elleni nyílt fellépéstől, ezért az OF politikai platformja ugyan már tavasszal létezett, de a fegyveres partizánakciók csak 1941. június 22-e, a Szovjetunió megtámadása után erősödtek fel. 1941 nyarán és őszén a partizán egységek kisebb támadásokat hajtottak végre a megszálló erők, a vasútvonalak és a megszállók kiszolgálói ellen. A népfelszabadító hadsereg (szlovénül Narodnoosvobodilna vojska, rövidítve NOV) fokozatosan szervezett haderővé alakult, amely a terepviszonyok és a helyi támogatás révén képes volt a megszállók által ellenőrzött területek egy részét ideiglenesen felszabadítani.
A partizánmozgalom politikai céljait az 1943-as év döntően alakította. Az olasz fegyverszünetet 1943. szeptember 8-án jelentették be, ami után az olasz csapatok nagy része felbomlott, a szlovén partizánok pedig lefegyverezték a visszavonuló olasz alakulatokat, és jelentős területeket vontak ellenőrzésük alá. A német hadsereg ekkor megszállta az addig olasz zónát, és ezzel a szlovén terület nagyobb része német ellenőrzés alá került. Ez a váltás fokozta a német megszállók brutalitását, de egyúttal a partizánmozgalom számára is új lehetőséget nyitott: a felszabadított területeken a partizánok civil közigazgatást építettek ki, és politikai intézményeket hoztak létre. 1943. október elején Kočevjében ülésezett a Szlovén Nemzeti Felszabadító Tanács (Slovenski narodnoosvobodilni svet, SNOS), amely a szlovén államiságot a föderatív Jugoszlávián belül képzelte el. Az 1943. november 29-én tartott AVNOJ-ülés (Antifašističko vijeće narodnog oslobođenja Jugoslavije, a Jugoszláv Népfelszabadító Antifasiszta Tanács) a szlovén küldöttek részvételével megerősítette a háború utáni föderatív Jugoszlávia alapelveit.
A partizánmozgalom növekedése mögött nem csupán a kommunista ideológia, hanem a megszállók erőszakossága is állt. A német és olasz megtorlások – falvak felégetése, túszok kivégzése, internálások – a lakosság széles rétegeit a partizánok felé terelték. A partizánok a háború előrehaladtával egyre nagyobb területeket ellenőriztek, és 1945 elejére a szlovén terület jelentős része gyakorlatilag felszabadultnak volt tekinthető. A háború utolsó szakaszában a szlovén partizán egységek más jugoszláv erőkkel együtt nyomultak északnyugat felé, és 1945. május 1-jén elérték Triesztet (olaszul Trieste, szlovénül Trst), ami a nyugati szövetségesekkel való későbbi területi konfliktusokhoz vezetett. Ljubljanát a jugoszláv erők 1945. május 9-én szabadították fel, de a szlovén terület egyes részein a harcok csak a német fegyverletétel után fejeződtek be.
A szlovén ellenállás nem volt egységes. A megszállók megjelenésétől kezdve a szlovén társadalom egy része a megszállókkal való együttműködést választotta, részben kommunistaellenességből, részben a rend és a stabilitás reményéből. Az olasz zónában már 1941–1942-ben létrejöttek a Fehér Gárda (Bela garda) néven ismert félkatonai alakulatok, amelyeket az olasz hatóságok szerveztek és fegyvereztek fel a partizánok ellen. A fehérgárdisták főként katolikus, konzervatív szlovénekből álltak, akik a partizánmozgalmat nemzeti és vallási szempontból is elfogadhatatlannak tartották.
A kollaboráció új szakasza 1943 őszén kezdődött, amikor a német megszállók a szlovén területen is létrehozták a Szlovén Domobránságot (Slovensko domobranstvo), ismertebb nevén a Domobranci alakulatait. A Domobranci a német SS és rendőri erők alárendeltségében működő, rendszeres szlovén katonai erő volt, amelynek elsődleges célja a partizánmozgalom felszámolása volt. A Domobranci létszáma a háború utolsó szakaszában elérhette a 15 000 főt, bár ez a szám a forrásoktól függően változik. A Domobranci tagjai katonai hűségesküt tettek, és a német parancsnokság alatt részt vettek a partizánok elleni hadműveletekben, valamint atrocitásokban is. A Domobranci politikai támogatottsága a szlovén papság egy részétől érkezett; Gregorij Rožman ljubljanai püspök nyilvánosan támogatta a kollaboráns erőket, ami a mai napig éles szlovén történeti és emlékezetpolitikai viták tárgya. Leon Rupnik tábornokot, aki 1944-ben a németek által kinevezett ljubljanai tartományi kormányzó lett, a háború után háborús bűnösként kivégezték.
A partizánok és a kollaboráns erők közötti harc nem csupán a megszállókkal szembeni ellenállás, hanem a szlovén társadalmon belüli polgárháború jelleget öltött. Mindkét oldal követett el erőszakot a polgári lakossággal szemben. A partizánok 1941–1942-ben politikai ellenfeleket ítéltek el és végeztettek ki rögtönítélő eljárásokban, különösen azokban a térségekben, ahol a fehérgárdista vagy Domobranci tevékenység erős volt. A kollaboráns oldal pedig a megszállókkal együtt hajtott végre megtorlásokat: feljelentettek partizánokat és támogatóikat, túszokat adtak át, és részt vettek a civilek elleni atrocitásokban. A megszálló hatalmak – különösen a németek – szándékosan szították a szlovén társadalmon belüli ellentéteket, mert így kívánták gyengíteni az ellenállást. A polgárháborús erőszak legsúlyosabb következménye az volt, hogy a szlovén áldozatok egy része nem közvetlenül a megszállóktól, hanem más szlovén csoportoktól származott.
A háborús erőszak részeként kell tárgyalni a szlovén zsidóság sorsát is. A szlovén zsidó közösség a háború előtt kis létszámú volt, becslések szerint 1 500–2 000 fő, főként Ljubljanában és a Muravidéken. A német megszállás alatt a szlovén zsidókat 1941-től fokozatosan elszigetelték, vagyonukat elkobozták, majd 1944-ben a megmaradt közösség nagy részét deportálták a megsemmisítő táborokba. A szlovéniai zsidóság túlélési aránya rendkívül alacsony, a közösség gyakorlatilag megsemmisült. A romák üldözése szintén sok áldozatot követelt, bár a szlovéniai roma közösség kisebb volt, mint a régió más területein. A Holocaust szlovén vonatkozásait a A Holocaust és a népességáttelepítések fejezet tárgyalja részletesebben, itt azonban jelezni kell, hogy a szlovén területen a megszállók zsidóellenes intézkedései mindhárom zónában, de eltérő ütemben és intenzitással valósultak meg.
1945 tavaszára a német hadsereg és a szlovén kollaboráns erők egyre szorultabb helyzetbe kerültek. A partizánok és a szovjet, brit és amerikai erők előrenyomulása miatt a kollaboráns egységek – köztük a Domobranci – 1945 májusában Ausztria felé vonultak vissza, abban a reményben, hogy a szövetségeseknek megadva magukat elkerülhetik a partizánok bosszúját. A visszavonuló oszlopokban civilek – a kollaboránsok családtagjai és félelmükben menekülő szlovének – is tömegesen vonultak. A szlovén kollaboráns erők és a hozzájuk csatlakozó civilek egy része a ausztriai Bleiburg (szlovénül Pliberk) környékén érte el a brit csapatokat. A britek azonban nem fogadták el a kapitulációt, hanem a fegyvereseket visszaadták a jugoszláv hatóságoknak. Ez a döntés a háború utáni megtorlások kezdetét jelentette.
A visszaadott szlovén kollaboránsokat a partizán hatóságok részben helyben, részben a szlovén területen lévő gyűjtőhelyeken kivégezték. A legismertebb tömegsírok a Kočevski Rog (Kočevje környéki erdős terület) mélyén találhatók, ahol több ezer kivégzett áldozatot ástak el. A háború utáni megtorlások áldozatainak pontos száma mindmáig vita tárgya; a szlovén kutatások a szlovén területen kivégzettek számát hozzávetőleg 10 000–15 000 közé teszik, de ez a becslés a módszertantól és a források értelmezésétől függően jelentősen eltérő lehet. A megtorlások nem csupán a kollaboráns katonákat, hanem civil személyeket is sújtottak, ami a háborús erőszak utolsó, legsúlyosabb epizódjaként maradt fenn a szlovén emlékezetben. A háború utáni elszámoltatást és annak társadalmi következményeit a A szocialista Szlovénia alfejezet tárgyalja részletesen, mert a kommunista hatalomátvétel és a megtorlás összefonódott.
A szlovén terület felszabadítása 1945 májusában tehát nem hozta el azonnal a békét; a harcok utolsó szakasza és a háború utáni leszámolások egyaránt azt mutatták, hogy a szlovén társadalom kettészakadása mélyebb volt, mint ami egy egyszerű megszállási történetben elmesélhető lenne. A háború vége a szlovén politikai életben a kommunista erők dominanciáját erősítette meg, és a polgárháborús szembenállás emléke a későbbi évtizedekben is meghatározó maradt.
A szlovén 1941–1945 közötti történet kutatása egyszerre támaszkodik a megszálló hatalmak, a partizánmozgalom, a kollaboráns szervezetek és a nemzetközi szereplők dokumentumaira. Az elsődleges források közé tartoznak a német és olasz katonai iratok, a szlovén partizán- és Domobranci-sajtó, a háború utáni népbírósági perek jegyzőkönyvei, valamint a túlélők visszaemlékezései. A másodlagos szakirodalomban a szlovén történetírás a kommunista korszakban egyoldalúan, a partizánmozgalom hősies képét hangsúlyozva mutatta be a háborút; a kollaboráns erők és a háború utáni megtorlások tárgyalása sokáig tabunak számított. A 2000-es évektől a szlovén kutatók új módszerekkel, tömegsírfeltárásokkal és levéltári kutatásokkal kezdték újraértékelni a korszakot, ami jelentős ismereteket hozott felszínre, de a nyilvános emlékezet és a történeti ítélkezés továbbra is erősen vitatott.
A legfontosabb bizonytalanságok a háborús áldozatok számait érintik. A partizánok, a civilek, a kollaboránsok és a háború utáni kivégzések áldozatainak összesítése a mai napig nem rendelkezik megbízható, konszenzusos eredménnyel. A szlovén történetírásban a második világháború teljes szlovén emberveszteségét általában 30 000–40 000 főre becsülik, de ez a szám magában foglalja a különböző kategóriákat, és a becslés módszertana változó. A Domobranci megítélése is vita tárgya: egyes kutatók a kollaboráció súlyos eseteként, mások a kommunista hatalomátvétel miatti védekező reakcióként értékelik, de a megszállókkal való szoros együttműködés ténye dokumentált. A háború utáni megtorlások áldozatainak száma különösen vitatott; a Kočevski Rog-i tömegsírok feltárása folyamatos, a korábban elhallgatott adatok ma is új vitákat gerjesztenek. Az emlékezetpolitikai állítások gyakran a történeti kutatás eredményeit felülírva használják a háborús szenvedést; a szlovén társadalomban a „nemzeti megbékélés” kérdése a 21. században is éles politikai és kulturális viták tárgya.