Az első Jugoszlávia 1941. áprilisi összeomlása – amelyet az előző alfejezet tárgyalt – nem csupán a délszláv állam végét hozta el, hanem a horvát szélsőjobboldali usztasa mozgalom számára is megnyitotta a hatalom megszerzésének útját. A német csapatok 1941. április 10-i zágrábi bevonulásával párhuzamosan Slavko Kvaternik, az usztasa mozgalom egyik vezetője a rádióban kikiáltotta a Független Horvát Államot (horvátul Nezavisna Država Hrvatska, NDH). Az új állam nevében a „független” jelző azonban megtévesztő volt: az NDH valójában a tengelyhatalmak katonai és politikai ellenőrzése alatt álló bábállamként működött, területét német és olasz megszállási övezetekre osztották, külpolitikáját és gazdaságát Berlin és Róma irányította. Ante Pavelić, aki 1929 óta emigrációban élt – előbb Olaszországban, majd Németországban –, poglavnik (magyarul „vezér”) címmel vette át a hatalmat, és 1941. április 15-én érkezett Zágrábba. Az NDH hivatalosan magában foglalta Horvátország, Bosznia-Hercegovina és a Szerémség nagy részét, de az 1941. május 18-i római egyezményben Dalmácia tengerparti sávját és számos adriai szigetet Olaszországnak engedte át, ami azonnal területi és presztízsveszteséget okozott a rezsimnek.
Az usztasa mozgalom (horvátul Ustaša – Hrvatski revolucionarni pokret) az 1930-as években, a királyi diktatúra és a horvát nemzeti elégedetlenség körülményei között alakult ki. Ideológiája a szélsőséges horvát nacionalizmust ötvözte az olasz fasizmus és a német nemzetiszocializmus elemeivel, de sajátos, kizárólagos horvát nemzetfelfogást hirdetett. A mozgalom a horvát államiságot a középkori horvát királyság örökségéből vezette le, és elutasította a délszláv állami kereteket. Az usztasák a nemzetet etnikailag és fajilag határozták meg; a horvátokat „árja” népnek tekintették, míg a szerbeket, zsidókat és romákat a nemzet ellenségeinek minősítették. A poglavnik köré személyi kultuszt építettek, amely a fasiszta Olaszország duce és a náci Németország Führer tiszteletéhez hasonló volt. A mozgalom fegyveres szárnya, az usztasa milícia, már a hatalomátvétel előtt politikai gyilkosságokat hajtott végre – legismertebb akciójuk Sándor jugoszláv király 1934-es meggyilkolása volt Marseille-ben –, és a hatalom megszerzése után a rezsim legfőbb elnyomó erejévé vált.
Az NDH politikai rendszere totalitárius jellegű volt. A párt és az állam összeolvadt, az usztasa mozgalom kizárólagos hatalmat gyakorolt, minden más politikai szervezetet betiltottak. A közigazgatás, a rendőrség, a bíróságok és a hadsereg élére usztasa káderek kerültek. A rezsim létrehozott egy reguláris hadsereget, a domobránokat (domobrani), de a tényleges elnyomást az usztasa milícia és a politikai rendőrség végezte. A lakosságot megfélemlítéssel, besúgóhálózattal és a politikai ellenfelek internálásával tartották féken. A rezsim a katolikus egyházzal bonyolult viszonyt alakított ki: a horvát katolikus hierarchia egy része üdvözölte a független horvát állam létrejöttét, és a rezsim is a katolicizmust tekintette a horvát identitás egyik alappillérének. Ugyanakkor a kényszerkeresztelések és a tömeges erőszak egyes egyházi vezetők – köztük Alojzije Stepinac zágrábi érsek – részéről tiltakozást váltott ki, bár a bírálat gyakran nem érte el a nyilvánosságot.
Az NDH szinte azonnal hozzákezdett a faji alapú jogrend kiépítéséhez. Már 1941. április 30-án elfogadták a „törvényt a faji hovatartozásról és a horvát vér védelméről”, amely a nürnbergi törvények mintáját követte. A törvény a lakosságot faji kategóriákba sorolta, és a horvát vér „tisztaságának” védelmét hirdette. A zsidókat fajilag idegennek minősítették, és megfosztották őket állampolgári jogaiktól; vagyonukat elkobozták, üzleteiket bezáratták, sárga csillag viselésére kötelezték őket. A törvények a „cigányokat” – ahogy a korabeli szóhasználat a mai roma lakosságot nevezte – hasonlóképpen üldözött csoportként határozták meg. A szerbek ellen nem hoztak ugyan ilyen formális faji törvényt, de a rezsim hivatalos ideológiája őket tekintette a horvát állam belső ellenségének, és a gyakorlatban a szerb lakosságot kollektíven jogfosztották, vagyonukat elkobozták, és tömegesen bocsátottak el az állami és közszolgálati állásokból. A szerbeket arra is kötelezték, hogy kék karszalagot viseljenek, megkülönböztetve őket a többségi lakosságtól.
A faji törvények végrehajtása a mindennapi élet minden területére kiterjedt. A zsidókat és romákat gettókba kényszerítették, majd koncentrációs táborokba hurcolták. A szerb lakosságot tömegesen kitelepítették, vagyonukat elkobozták, és a rezsim nyíltan deklarálta, hogy a szerb kérdést „megoldja”. A hírhedt, Mile Budaknak tulajdonított kijelentés – miszerint a szerbek egyharmadát ki kell irtani, egyharmadát ki kell űzni, egyharmadát pedig katolizálni – szó szerinti hitelessége vitatott, de a rezsim gyakorlata valóban ezt a hármas célt követte: tömeges gyilkosságok, kitelepítések és kényszerkeresztelések egyaránt előfordultak. A faji és nemzeti alapon történő jogfosztás a horvát társadalom egészét átszőtte, és a kollaboráció, a közöny és a mentési kísérletek bonyolult mintázatát hozta létre.
A szerb lakosság elleni erőszak az NDH történetének egyik legsötétebb fejezete. A rezsim a szerbeket a horvát állam belső ellenségeként kezelte, és már 1941 tavaszán megkezdte a tömeges letartóztatásokat, kivégzéseket és falvak felgyújtását. A terror különösen Bosznia-Hercegovinában, a Krajinában és Szlavóniában öltött szélsőséges méreteket. Az usztasa milícia egész falvakat irtott ki, a lakosságot templomokba és iskolákba zárva égette meg, vagy a közeli folyókba és szakadékokba lökte. A túlélőket tömegesen kitelepítették – elsősorban Szerbiába –, illetve kényszerkeresztelésnek vetették alá. A kényszerkeresztelések során a görögkeleti szerbeket formálisan katolikus hitre térítették, ami a rezsim szerint a horvát nemzetbe való beolvasztást szolgálta, a gyakorlatban azonban gyakran csak a kivégzések előtti megalázás eszköze volt. A szerb ortodox egyházat üldözték: püspökeit, papjait és szerzeteseit tömegesen végezték ki vagy deportálták, templomaikat lerombolták vagy katolikus templomokká alakították.
A szerb lakosság elleni terror mértékét a mai kutatások nehezen tudják pontosan rekonstruálni. A háború utáni jugoszláv hatóságok 300 000–400 000 szerb áldozatról beszéltek az NDH területén, de ezek a számok politikai célokat is szolgáltak, és a mai történészek többsége alacsonyabb, 200 000–300 000 közötti áldozattal számol. A pontos szám azért is bizonytalan, mert a rezsim iratai megsemmisültek, a háború utáni népszámlálások pedig a lakosság jelentős elvándorlásával és a háborús halálozással együtt torzítanak. A szerb lakosság elleni terror közvetlen következménye volt az 1941 nyarán kibontakozó szerb felkelés, amely részben a csetnikek, részben a partizánok vezetése alatt állt, és amely a horvát területeken a háború további szakaszának egyik meghatározó tényezőjévé vált.
Az NDH a zsidó lakosság ellen a nürnbergi törvényekhez hasonló faji törvényeket léptetett életbe, és a horvátországi holokauszt a náci Németország „végső megoldásának” sajátos, helyi változataként értelmezhető. A horvátországi és boszniai zsidóság nagy része szefárd és askenázi közösségekből állt; Szarajevóban, Zágrábban, Eszéken és más városokban éltek. A rezsim 1941 nyarától gettókba zárta őket, vagyonukat elkobozta, és munkaszolgálatra kényszerítette. 1942 augusztusában az NDH megállapodott a német hatóságokkal a zsidók átadásáról, és a horvát területen elfogott zsidókat a nácik megsemmisítő táboraiba – elsősorban Auschwitzba – deportálták. Ugyanakkor az usztasa rezsim saját megsemmisítő táborokat is működtetett, ahol zsidókat is gyilkoltak; a Jasenovac-i táborrendszerben a zsidó foglyok jelentős részét már a deportálások előtt meggyilkolták. A horvátországi zsidó közösség csaknem teljesen elpusztult; a háború előtti mintegy 25 000–30 000 fős zsidó lakosság túlnyomó többsége a holokauszt áldozatává vált, a túlélők száma néhány ezerre tehető.
A roma lakosság elleni üldözés szintén faji alapú volt, és a roma holokauszt (más néven porajmos) részeként értelmezendő. Az NDH a romákat a zsidókhoz hasonlóan fajilag idegennek minősítette, és tömegesen internálta őket. A Jasenovac-i táborrendszerben, valamint a kifejezetten gyermekek számára létrehozott jastrebarskói táborban romák ezrei haltak meg éhezés, betegségek és közvetlen gyilkosságok következtében. A roma áldozatok számának becslése különösen bizonytalan: a háború előtti népszámlálások alulregisztrálták a roma lakosságot, a háború utáni dokumentáció pedig hiányos. A kutatások becslései tág határok – néhány ezer és néhány tízezer között – mozognak, és a roma holokauszt emlékezete a mai napig kevésbé feldolgozott, mint a zsidó áldozatoké.
Az NDH elnyomó gépezetének központi intézménye a Jasenovac-i koncentrációs táborrendszer volt, amelyet 1941 augusztusában hoztak létre a Száva folyó mentén, a Zágráb–Belgrád vasútvonal közelében. A táborrendszer több altáborból állt: a fő tábor mellett Stara Gradiška, Đakovo és Jastrebarsko is az NDH megsemmisítő hálózatához tartozott. A táborokban a rezsim által üldözött csoportok – szerbek, zsidók, romák, horvát kommunisták, antifasiszták és a partizánmozgalom támogatói – tömegesen pusztultak. A gyilkosságok módszerei brutálisak voltak: a foglyokat lőfegyverrel, késekkel, kalapácsokkal, fojtogatással, éheztetéssel és járványok előidézésével ölték meg. A tábor parancsnoka, Vjekoslav “Maks” Luburić, a rezsim egyik legkegyetlenebb alakja volt, aki a megsemmisítés hatékonyságát a náci táborokkal versengve szervezte. A Jasenovac-i táborrendszer a holokauszt és a szerbek elleni genocídium egyik legfontosabb helyszíne lett.
A Jasenovac áldozatainak száma a mai napig a történészi vita és az emlékezetpolitikai összecsapások egyik központi kérdése. A háború utáni jugoszláv hatóságok hivatalosan 700 000 áldozatot emlegettek, de ezt a számot a mai kutatások túlzónak tartják. A jelenlegi történészi konszenzus szerint a Jasenovacban meggyilkoltak száma 80 000 és 100 000 között mozog, bár egyes becslések ettől eltérnek. A pontos szám azért nem ismert, mert a tábor iratait a háború végén megsemmisítették, a túlélők beszámolói pedig eltérő adatokat tartalmaznak. A horvát és a szerb emlékezetpolitikában a Jasenovac-kérdés ma is feszültséget okoz, és a számok gyakran politikai viták tárgyává válnak.
Az NDH terrorja nem csupán az áldozatok szenvedését jelentette, hanem mélyen átalakította a horvát és boszniai társadalmat is. A szerb lakosság elleni erőszak fegyveres felkeléshez vezetett, amely 1941 nyarán a partizánmozgalom megerősödésének alapjává vált. A zsidó és roma lakosság elpusztítása a horvátországi és boszniai sokszínű társadalom visszafordíthatatlan felszámolását eredményezte. Az usztasa rezsim a háború éveiben egyre inkább a német megszálló hatalom eszközévé vált, és a belső ellenállás erősödésével párhuzamosan fokozta a terrorintenzitást. Az NDH ugyanakkor nem volt monolitikus: a horvát társadalom egy része kollaborált, mások közömbösek maradtak, és voltak, akik zsidókat, szerbeket és üldözötteket mentettek – de a mentők aránya a rezsim brutalitásához képest csekély maradt. A katolikus egyház szerepe ma is vitatott: egyes papok és szerzetesek aktívan részt vettek a kényszerkeresztelésekben és a terrorban, míg mások – köztük Stepinac érsek – bizonyos esetekben menedéket nyújtottak és tiltakoztak, de a nyilvános egyházi ellenállás rendszerszerűvé nem vált.
Az NDH kudarca és bűnei a háború utáni horvát történeti emlékezetben hosszú ideig elfojtott, majd a 20. század végén újra felszínre törő témává váltak. A jugoszláv kommunista rezsim hivatalos narratívája a horvát nacionalizmust az usztasa örökséggel azonosította, ami a horvát társadalomban részben ellenreakciót váltott ki. A mai Horvátországban az NDH megítélése továbbra is emlékezetpolitikai vita tárgya, különösen a Jasenovac-emlékhely kapcsán. A tudományos kutatás azonban egyértelműen dokumentálta a rezsim faji alapú tömeggyilkosságait, és a nemzetközi történetírás az NDH-t a második világháború egyik legbrutálisabb kollaboráns rendszereként tartja számon.
Az NDH történetének rekonstrukciója többféle forrástípusra támaszkodik, amelyek eltérően világítják meg a rezsim működését. Az elsődleges források közé tartoznak az NDH hivatalos közlönyében megjelent törvények és rendeletek, az usztasa hatóságok belső iratai, a német és olasz megszálló hatóságok jelentései, valamint a háború utáni jugoszláv és nemzetközi bírósági perek anyagai. A túlélők visszaemlékezései – különösen a Jasenovacból és más táborokból szabadultak beszámolói – pótolhatatlan források, de az emlékezet torzíthat, és az egyéni beszámolók nem mindig egyeztethetők össze a dokumentumokkal. A II. világháború utáni jugoszláv hatóságok által felállított bizottságok becslései politikai célokat is szolgáltak, ezért az áldozatszámok tekintetében óvatosan kezelendők.
A mai kutatásban a legnagyobb bizonytalanság az áldozati számok körül van. A Jasenovac áldozatainak száma, a szerb, zsidó és roma áldozatok összesítése, valamint a kényszerkeresztelésekben érintettek köre mind vitatott. A horvát és a szerb történetírásban, valamint a két ország emlékezetpolitikájában eltérő számok és értelmezések élnek egymás mellett. A tudományos konszenzus annyiban áll fenn, hogy a rezsim szisztematikus tömeggyilkosságokat követett el, és a szerb, zsidó és roma lakosságot célzott, faji alapú üldözésnek vetette alá. A részletek – különösen a helyi atrocitások pontos lefolyása és az egyes elkövetők felelőssége – további kutatásokat igényelnek. A katolikus egyház szerepének megítélése szintén vita tárgya, és az újabban megnyílt vatikáni levéltári anyagok tovább árnyalhatják a képet.