A horvátországi második világháború nem csupán a megszálló hatalmak és a megszállt lakosság közötti küzdelem volt, hanem párhuzamosan több belső konfliktus – ideológiai polgárháború, etnikai alapú erőszakhullám és a helyi hatalomért folytatott harc – formájában zajlott. A mai Horvátország területe 1941 után három megszállási övezetre oszlott: az északi és északkeleti részek német, a dalmáciai partvidék olasz, míg a Muraköz és a Baranya magyar katonai közigazgatás alá került. A Nezavisna Država Hrvatska (Független Horvát Állam, NDH) a német és olasz zóna közötti területen működött, de szuverenitása erősen korlátozott volt. Ebben a töredezett térben az ellenállás és a kollaboráció formái rendkívül változatosak voltak, és a frontvonalak gyakran elmosódtak. A háború központi kérdése az volt, hogy kié lesz a hatalom a háború után, és milyen alapon szerveződik újjá az állam.
A fegyveres ellenállás legjelentősebb ereje a kommunista partizánmozgalom (szerbül és horvátul: partizanski pokret) volt, amelyet a Jugoszláv Kommunista Párt (Komunistička partija Jugoslavije, KPJ) szervezett. A párt már 1941. június 22-én, a Szovjetunió elleni német támadás napján utasította tagjait a felkelés előkészítésére. Horvátországban a felkelés első hulláma elsősorban a szerb lakosságú vidékeken bontakozott ki, mivel az usztasa rezsim etnikai tisztogató politikája – tömeges gyilkosságok, kitelepítések, kényszerkeresztelések – a szerbeket azonnali életveszélybe sodorta. A Kordun, Banija (Banovina), Lika és a Dalmát Zagora hegyvidéki területein a helyi szerb parasztok tömegesen csatlakoztak a partizánokhoz, kezdetben gyakran puszta túlélési ösztönből, nem ideológiai meggyőződésből. A horvát lakosság körében a partizánok támogatottsága eleinte alacsony volt, mivel az NDH kezdetben élvezte a horvát nacionalista érzelmek egy részének támogatását, és a kommunista párt forradalmi programja sokak számára elfogadhatatlan volt. A mozgalom azonban hangsúlyozta a nemzetek egyenlőségét és a „testvériség–egység” eszméjét, ami hosszú távon lehetővé tette a horvát lakosság bevonását.
A partizánmozgalom katonai szervezete fokozatosan épült ki: először kisebb partizánosztagok (partizanski odredi) alakultak, majd ezekből rendes katonai egységek, a Népi Felszabadító Hadsereg (Narodnooslobodilačka vojska, NOV) és a Népi Felszabadító Partizánkülönítmények (Narodnooslobodilački partizanski odredi, NOP) jöttek létre. A horvátországi partizánok vezetésében a háború első évében meghatározó szerepet játszott Josip Broz Tito, a KPJ főtitkára, aki maga is horvát származású volt. A partizánok 1942-től kezdve felszabadított területeket tudtak ellenőrizni, különösen a nehezen megközelíthető hegyvidékeken, ahol népi bizottságokat (narodni odbori) hoztak létre, előrevetítve a háború utáni hatalmi struktúrát. Ezek a bizottságok a helyi közigazgatás, az ellátás és a propaganda szervezésében is szerepet játszottak, és a partizánok politikai bázisát erősítették.
A másik jelentős fegyveres erő a csetnik mozgalom (csetnik: četnik) volt, amely a szerb monarchista és nacionalista hagyományból táplálkozott. Horvátországban a csetnik egységek elsősorban a szerb többségű területeken szerveződtek, és vezetőjük, Dragoljub „Draža” Mihailović tábornok hívei voltak. A csetnikek hosszú távú célja egy etnikailag homogén szerb állam létrehozása volt, amely magában foglalta volna Horvátország, Bosznia-Hercegovina és más területek szerb lakta részeit. Ez a program eleve konfliktusba került a többnemzetiségű partizánmozgalommal. A csetnikek a háború első hónapjaiban a szerb lakosság önvédelmi szervezeteiként működtek, és sok szerb paraszt számára az egyetlen védelmet jelentették az usztasa terrorral szemben. Azonban hamarosan egyre nagyobb mértékben fordultak a horvát és muszlim civil lakosság ellen, megtorló akciókat hajtva végre az usztasa atrocitásokért. A csetnik egységek nem rendelkeztek központosított irányítással Horvátországban, és a helyi parancsnokok gyakran önállóan döntöttek.
A csetnikek egyik legfontosabb jellemzője a taktikai kollaboráció volt a megszálló erőkkel. Mivel elsődleges ellenségüknek a partizánokat tekintették, a csetnik parancsnokok az olasz megszállókkal kötöttek helyi megállapodásokat, amelyek keretében az olaszoktól fegyvert, élelmet és logisztikai támogatást kaptak a partizánok elleni harchoz. Ez az együttműködés a háború előrehaladtával kiterjedt, és 1943-ban az olasz kapituláció után a csetnikek egyes egységei a németekkel is tárgyaltak. A csetnik kollaboráció mértéke vitatott: egyes történészek szerint pusztán taktikai, kényszerű lépés volt a szerb lakosság védelmében, míg mások szerint a csetnik ideológia alapvetően ellenséges volt a horvát és muszlim lakossággal szemben, és a kollaboráció ezt a célt szolgálta. A csetnikek ilyen módon a megszállókkal való együttműködés révén igyekeztek megőrizni erőforrásaikat, miközben a partizánokat tekintették a fő ellenségnek.
A partizánok és a csetnikek viszonya kezdetben együttműködő volt, különösen az 1941. évi szerbiai felkelés idején. Azonban az ideológiai, etnikai és stratégiai különbségek hamarosan szakításhoz vezettek. A partizánok a szocialista forradalmat, a monarchia felszámolását és a nemzetek egyenlőségét hirdették, míg a csetnikek a királyság visszaállítását, a szerb dominanciát és a hagyományos társadalmi rendet védték. A szakítás 1941 novemberében vált véglegessé, amikor a csetnikek hivatalosan is a partizánok ellen fordultak. Ettől kezdve a horvátországi háború kétfrontos jelleget öltött: a partizánok egyszerre harcoltak a megszállók és a csetnikek ellen, míg a csetnikek a partizánok ellen és – taktikailag – a megszállókkal együttműködve. Ugyanakkor a csetnikek is harcoltak az usztasa erők ellen, bár ez a küzdelem másodlagos volt számukra.
A polgárháború különösen brutális formákat öltött. A csetnikek horvát és muszlim falvakat támadtak, lakosokat gyilkoltak le, és etnikai tisztogatást hajtottak végre azokon a területeken, amelyeket szerb többségűvé akartak tenni. A partizánok viszont a szerb nacionalista erőket üldözték, és időnként maguk is felléptek a polgári lakosság ellen, ha azt az ellenség támogatóinak tekintették. A háború így az ártatlan civil lakosság számára folyamatos rettegést jelentett: a falvak többször cseréltek gazdát, és a lakosoknak gyakran kellett választaniuk a különböző fegyveres csoportok között, vagy egyszerűen menekülni. A történészi értékelés szerint a horvátországi háború áldozatainak jelentős része nem a megszállók, hanem a belső fegyveres konfliktusok és az etnikai erőszak következtében halt meg. A partizánok és a csetnikek közötti harc ráadásul gyakran a helyi közösségek megosztottságát mélyítette el, mivel ugyanazon falvakból kerültek ki mindkét oldal harcosai.
A horvátországi kollaboráció nem korlátozódott a csetnikekre vagy az usztasa rezsimre. Az NDH államapparátusa, hadserege (a Hrvatsko domobranstvo, azaz Horvát Honvédség) és csendőrsége széles körben együttműködött a német és olasz megszállókkal. A Domobranstvo soraiban sok egyszerű horvát férfi szolgált, nem feltétlenül meggyőződésből, hanem kényszerből vagy a család védelemének reményében. A háború előrehaladtával a Domobranstvo egységei egyre inkább demoralizálódtak, és tömegesen dezertáltak a partizánokhoz, különösen 1944-től kezdve. Az NDH-ban működő Ustaše milícia (Ustaška vojnica) viszont elkötelezett harcosokból állt, és a legbrutálisabb atrocitások elkövetője volt. Az usztasa rezsim a horvátországi zsidók és romák deportálásában is aktívan részt vett, saját koncentrációs táborhálózatot működtetve.
A horvát politikai elit egy része passzív magatartást tanúsított. A Horvát Parasztpárt (Hrvatska seljačka stranka, HSS) vezetője, Vladko Maček a háború alatt házi őrizetben volt, és bár nem támogatta az NDH-t, nem is szólított fel aktív ellenállásra. A katolikus egyház szerepe összetett: Alojzije Stepinac zágrábi érsek kezdetben üdvözölte az NDH létrejöttét, de később tiltakozott a zsidók és szerbek elleni atrocitások ellen. Az egyház egy része aktívan támogatta a rezsimet, míg más papok segítették az üldözötteket. A lakosság nagy része a túlélésre koncentrált, és igyekezett elkerülni a nyílt állásfoglalást. Emellett léteztek más ellenállási formák is: egyes horvát nacionalista erők, amelyek elégedetlenek voltak az usztasa rezsimmel, titkos tárgyalásokat folytattak a szövetségesekkel, de érdemi katonai erőt nem tudtak felmutatni. A boszniai muszlimok egyes vezetői is keresték az autonómiát, hol az NDH-val, hol a megszállókkal tárgyalva. A zsidó és roma lakosság számára azonban nem volt választási lehetőség: az NDH faji törvényei és a megszállók politikája a teljes megsemmisítést célozták. A jasenovaci koncentrációs tábor (Koncentracijski logor Jasenovac) a horvátországi Holocaust és a szerb népirtás központi helyszíne volt, ahol a legóvatosabb becslések szerint is 80 000–100 000 ember halt meg, bár a számok a mai napig politikai viták tárgyát képezik.
A háború fordulópontját az 1943. szeptemberi olasz kapituláció jelentette. Az olasz megszállási zónában a partizánok rövid idő alatt hatalmas területeket szereztek meg, és nagy mennyiségű fegyvert zsákmányoltak az olasz hadseregtől. A németek átvették az ellenőrzést, de a partizánmozgalom addigra már elég erős volt ahhoz, hogy jelentős felszabadított területeket tartson fenn, különösen a dalmát szigeteken és a hegyvidéki régiókban. A partizánok 1943 novemberében Antifasiszta Tanácsot (Antifašističko vijeće narodnog oslobođenja Jugoslavije, AVNOJ) alakítottak, amely kimondta Jugoszlávia föderatív újjászervezését, Horvátországot a leendő jugoszláv föderáció tagköztársaságaként definiálva. Ez a döntés fontos lépés volt a horvát lakosság megnyerésében, mivel a partizánok immár egyértelműen a horvát államiság fenntartását ígérték a szocialista föderáción belül.
1944 folyamán a partizánok számos horvátországi területet felszabadítottak. A horvát lakosság egyre nagyobb számban csatlakozott a partizánokhoz, mivel az NDH rezsim nyilvánvalóan összeomlott, és a német hadsereg visszavonulóban volt. A partizánok 1945 tavaszán indították meg a végső offenzívát. 1945 májusában a partizánok elfoglalták Zágrábot, és az NDH fegyveres erői, valamint a kollaboráns polgári lakosság egy része – becslések szerint több tízezer ember – nyugat felé, Ausztria irányába menekült. A brit hadsereg azonban a bleiburgi mezőn visszaadta a menekülteket a partizánoknak. A partizán hatóságok ezt követően tömeges kivégzéseket hajtottak végre, és a menekülők egy részét kényszermenetekben a halálba küldték. A bleiburgi tragédia (Bleiburški pokolj) áldozatainak száma erősen vitatott: a horvát nacionalista történetírás 50 000–200 000 áldozatról beszél, míg a kritikusabb becslések 30 000–50 000 körülire teszik a kivégzettek számát. Ez a kérdés a mai napig a horvát és a szerb emlékezetpolitika egyik legkényesebb pontja.
A horvátországi háború emberi veszteségei rendkívül magasak voltak, de a pontos számok a mai napig vitatottak. A jugoszláv háború utáni hivatalos becslés 350 000 horvátországi halottról szólt, de ezt a számot később sok történész túlzónak tartotta. Az újabb, levéltári kutatásokon alapuló becslések 300 000–500 000 közé teszik a mai Horvátország területén elhunytak számát, beleértve a katonai és polgári áldozatokat, a megszállók áldozatait, a belső konfliktusok áldozatait és a háború utáni megtorlásokat. Az etnikai megoszlás még bizonytalanabb: a szerb lakosság aránytalanul magas veszteségeket szenvedett el, amit az usztasa rezsim szisztematikus üldözése okozott. A zsidó közösség több mint 80%-át megsemmisítették, részben az NDH saját koncentrációs táboraiban. A roma lakosság veszteségei arányaiban hasonlóan súlyosak voltak, de a források hiánya miatt pontos számuk nem ismert.
A háború alatti atrocitások minden oldalon előfordultak. Az usztasa rezsim tömeges gyilkosságai, kényszerkeresztelései és koncentrációs táborai dokumentált tények, de az áldozatok számának politikai felhasználása a mai napig torzítja a történetírást. A csetnikek által elkövetett horvát és muszlim civilek elleni gyilkosságok ugyancsak dokumentáltak, de a kommunista jugoszláv történetírás ezeket gyakran eltúlozta vagy kontextus nélkül mutatta be. A partizánok által elkövetett atrocitásokat, különösen a háború végén, a jugoszláv állami történetírás hivatalosan elhallgatta, és csak az 1990-es évek óta váltak a tudományos kutatás részévé. A horvátországi háború így a mai napig nem csupán történelmi esemény, hanem a nemzeti identitások és a politikai legitimáció harcának terepe.
A horvátországi háború történetének forrásbázisa rendkívül egyenetlen. Elsődleges forrásként rendelkezésre állnak az NDH kormányzati és katonai iratai, a partizánmozgalom belső jelentései, a csetnik parancsnokok utasításai, a német és olasz megszálló hatóságok dokumentumai, valamint a háború utáni bírósági perek anyagai. Emellett fontosak a túlélők visszaemlékezései, naplói és a helyi egyházi anyakönyvek. A kommunista időszakban keletkezett hivatalos történetírás azonban erősen ideologizált volt: a partizánmozgalmat hősiesnek, az összes többi fegyveres erőt kollaboránsnak vagy árulónak mutatta be. A csetnik kollaboráció mértékét gyakran felnagyították, míg a partizán atrocitásokat elhallgatták.
A legnagyobb bizonytalanság az áldozatszámok körül van. A jasenovaci áldozatok számát a szerb nacionalista történetírás hosszú ideig 300 000–700 000 közé tette, míg a kommunista jugoszláv hivatalos adat 70 000–80 000 volt. A független, levéltári kutatásokon alapuló becslések többsége 80 000–100 000 közötti számot valószínűsít, de a pontos érték máig vitatott, és politikai viták tárgyát képezi. A bleiburgi tragédia áldozatszáma ugyancsak erősen vitatott: a horvát nacionalista körök 100 000–200 000 áldozatot emlegetnek, míg a kritikus történészek 30 000–50 000 közé teszik a közvetlenül a bleiburgi visszaadást követően kivégzettek számát. A teljes horvátországi háborús veszteség becslései 300 000 és 500 000 között szóródnak, és az etnikai megoszlás sem ismert pontosan.
A források értelmezése során különösen fontos a reprezentativitás kérdése: a fennmaradt dokumentumok gyakran a győztes partizánok és a kommunista állam szempontjából íródtak, míg az usztasa és csetnik iratok nagy része megsemmisült vagy szétszóródott. A túlélői visszaemlékezések értékesek, de szubjektív jellegük miatt óvatosan kezelendők. A háború utáni bírósági perek jegyzőkönyvei fontos források, de gyakran kényszervallomásokon alapulnak, és a kommunista igazságszolgáltatás politikai céljait szolgálták. A horvátországi háború historiográfiája a mai napig erősen megosztott: a horvát, szerb és bosnyák történészek eltérő nemzeti narratívákat képviselnek, és a közös tudományos konszenzus kialakítása még várat magára.