A Habsburg Birodalom 1878-as boszniai bevonulása nem egyszerűen egy újabb tartomány megszerzését jelentette, hanem a délkelet-európai nagyhatalmi egyensúly átalakulásának és a helyi társadalmak gyors átalakulásának korszakát nyitotta meg. Bosznia-Hercegovina 1878 és 1918 között az Osztrák–Magyar Monarchia igazgatása alatt állt, miközben formálisan egészen 1908-ig az Oszmán Birodalom szuverenitása alá tartozott. Ez a negyven év a modern közigazgatás, a vasút, az iskolarendszer és a városi infrastruktúra kiépülésének, ugyanakkor a nemzeti mozgalmak megerősödésének és a birodalmi feszültségek kiéleződésének időszaka is volt. A korszak megértése elengedhetetlen ahhoz, hogy a későbbi jugoszláv államiság és a 20. századi konfliktusok gyökereit lássuk.
Az 1878-as berlini kongresszus (június 13. – július 13.) a nagyhatalmak közötti egyensúly jegyében rendezte át a Balkán térképét. A kongresszus záróokmányának 25. cikkelye felhatalmazta az Osztrák–Magyar Monarchiát Bosznia-Hercegovina katonai megszállására és igazgatására, valamint a szandzsáki (Sandžak) helyőrségek fenntartására. A tartomány formális szuverenitása az Oszmán Birodalomnál maradt, ami jogilag kétértelmű helyzetet teremtett: a Monarchia gyakorolta a tényleges hatalmat, de a szultán névleges fennhatósága nem szűnt meg. A Monarchia számára a megszállás elsősorban stratégiai célokat szolgált: megakadályozni Szerbia és Montenegró területi egyesülését, biztosítani Dalmácia hátországát, és ellenőrizni a Balkán belseje felé vezető utakat. A döntést nem előzte meg helyi konzultáció, és a lakosság jelentős része – különösen a muszlimok, akik az oszmán rendhez kötődtek – ellenségesen fogadta.
A katonai okkupáció 1878 nyarán kezdődött, és a vártnál jóval nagyobb ellenállásba ütközött. A Monarchia csapatai – becslések szerint mintegy 80 000 katona – július végétől kezdték meg a bevonulást, de a helyi muszlim fegyveresek, akikhez részben ortodox szerbek és katolikus horvátok is csatlakoztak, több hónapos gerilla-háborút folytattak. A leghevesebb harcok Szarajevó, Tuzla és a kelet-boszniai hegyvidék környékén zajlottak. A Monarchia csak 1878 októberére tudta a tartományt nagyjából ellenőrzése alá vonni, de a fegyveres ellenállás egyes vidékeken 1879 elejéig is elhúzódott. A megszállás emberi költsége mindkét oldalon jelentős volt, bár a pontos áldozatszámok máig vita tárgyát képezik. A Monarchia hivatalos retorikája a „civilizációs küldetést” és a rendteremtést hangsúlyozta, a helyi lakosság egy része azonban idegen hódításként élte meg a bevonulást.
Bosznia-Hercegovina a Monarchián belül sajátos jogállást kapott: nem tartozott sem az osztrák, sem a magyar félhez, hanem a közös pénzügyminisztérium irányítása alá rendelték. A tényleges igazgatást Szarajevóban a tartományi kormány (Landesregierung) végezte. A korszak meghatározó alakja Benjamin Kállay volt, aki 1882 és 1903 között töltötte be a közös pénzügyminiszteri posztot, és így a tartomány legfőbb irányítója lett. Kállay politikájának középpontjában a „bosnyák nemzet” (bosnische Nation) gondolata állt: egy olyan tartományi identitás megteremtése, amely a felekezeti és etnikai különbségek fölé emelkedik, és a Monarchia iránti lojalitást erősíti. Ennek érdekében támogatta a bosnyák nyelv és kultúra ápolását, de egyben korlátozta a szerb és horvát nemzeti mozgalmak térnyerését. A bosnyák nemzetkonstrukció azonban csak részben járt sikerrel: a vallási és nyelvi közösségek a 19. század végétől egyre inkább a szerb, horvát vagy muszlim nemzeti öntudat irányába mozdultak el.
A modernizáció üteme a tartományban látványos volt, de egyenlőtlen. A Monarchia jelentős beruházásokat eszközölt a vasúthálózat kiépítésébe: a keskeny nyomtávú boszniai vasutak összekötötték a főbb városokat és a bányavidékeket, lehetővé téve az ásványkincsek – elsősorban a szén és a vasérc – kitermelésének felfutását. Az erdőgazdálkodás és a faipar szintén fejlődött, részben külföldi tőke bevonásával. Szarajevó, Mostar és Banja Luka városképét új középületek, iskolák, kórházak és kaszárnyák formálták; a historizáló stílus és az orientalizáló elemek gyakran keveredtek. Az oktatás terén a Monarchia állami iskolákat hozott létre, miközben a felekezeti iskolák – muszlim mektebek, szerb ortodox és katolikus horvát intézmények – továbbra is működtek. Az írástudás aránya lassan nőtt, de 1910 körül a lakosság nagy része még mindig analfabéta volt; a pontos arányokról a források eltérő becsléseket adnak.
A gazdasági és társadalmi modernizáció nem számolta fel a régi struktúrákat. A földbirtokviszonyok alapvetően az oszmán kori rendszerre épültek tovább: a muszlim földbirtokos réteg (agák és bégek) megtartotta birtokait, a keresztény jobbágyok (kmetek) pedig továbbra is szolgáltatásokkal tartoztak. A Monarchia óvatosan kerülte a radikális földreformot, mert nem akarta elidegeníteni a muszlim elitet. Ez a megoldatlan agrártársadalmi feszültség – különösen a szerb ortodox parasztság körében – a korszak végéig tartós elégedetlenséget szült.
Bosznia-Hercegovina társadalma a 19. század végén még alapvetően felekezeti alapon szerveződött, de a modern nemzeti eszmék gyorsan terjedtek. Az 1910-es népszámlálás (amelynek pontos adatai a korabeli statisztikai gyakorlat bizonytalanságai miatt óvatosan kezelendők) a lakosság többségét ortodox keresztényként, mintegy kétötödét muszlimként, és körülbelül egynegyedét katolikusként rögzítette; emellett kisebb zsidó és más közösségek is éltek a tartományban. Fontos hangsúlyozni, hogy a felekezeti hovatartozás nem azonos automatikusan a mai nemzeti kategóriákkal. A szerb nemzeti mozgalom elsősorban az ortodox egyházon keresztül szerveződött, a horvát mozgalom a katolikus egyház köré épült, míg a muszlim lakosság identitása vallási és tartományi elemekből állt össze. A „bosnyák” (bošnjak) szó a korszakban elsősorban a tartomány lakóját jelentette, nem pedig mai értelemben vett nemzeti kategóriát.
A szerb nemzeti mozgalom Boszniában a Monarchia számára a legnagyobb kihívást jelentette. A szerb ortodox egyház autonómiájának kérdése, a Prosvjeta kulturális egyesület tevékenysége, valamint a Szerb Királysággal fenntartott kapcsolatok mind a szerb nemzeti öntudat erősödését szolgálták. A Monarchia hatóságai gyanakvással figyelték a szerb értelmiség és az egyházi vezetők mozgását, és időnként korlátozták a szerb sajtót és egyesületeket. A horvát mozgalom a ferences rend és a katolikus hierarchia támogatásával a horvát nemzeti gondolatot terjesztette, hangsúlyozva a tartomány horvát történelmi jogait. A muszlim lakosság politikai szerveződése a 20. század elején indult meg: 1906-ban alakult meg a Muslimanska narodna organizacija (Muszlim Népi Szervezet), amely a muszlim földbirtokosok és a vallási elit érdekeit képviselte. A muszlim értelmiség egy része a bosnyák nemzeti identitás irányába tájékozódott, mások a szerb vagy horvát nemzethez való tartozást hirdették; ez a vita a korszakban nem zárult le.
A zsidó közösség helyzete a Monarchia alatt javult. A szefárd zsidók, akik az oszmán idők óta éltek a tartományban, gazdasági és kulturális életükben megerősödtek; az askenázi zsidók bevándorlása a Monarchia más részeiből tovább növelte a közösség sokszínűségét. Szarajevóban a zsidó hitközség iskolákat és jótékonysági intézményeket tartott fenn. A tartomány vallási sokszínűsége – muszlimok, ortodoxok, katolikusok és zsidók együttélése – a korszak egyik legfontosabb társadalmi jellemzője volt, de a nemzeti konfliktusok fokozatosan erodálták a hagyományos együttélés kereteit.
A Monarchia 1910-ben korlátozott alkotmányos rendtartást léptetett életbe, amely létrehozta a tartományi gyűlést (Sabor). A választójog szűk és cenzusos volt, a gyűlés pedig felekezeti-nemzeti alapon szerveződő pártokra oszlott. A politikai életben a szerb, horvát és muszlim pártok versengése tükrözte a társadalom megosztottságát, és a tartományi gyűlés soha nem vált a birodalmi integráció hatékony eszközévé.
A Monarchia 1908. október 6-án jelentette be Bosznia-Hercegovina annexióját, vagyis a formális szuverenitás megszerzését is. A döntés közvetlen előzménye az ifjútörök forradalom volt, amely 1908 nyarán alkotmányos reformokat kényszerített ki az Oszmán Birodalomban, és ezzel veszélyeztette a Monarchia tartós megszállásának jogi alapját. A Monarchia vezetői attól tartottak, hogy az oszmán alkotmányos rend visszaállítása lehetőséget adhat a boszniai muszlimok és szerbek számára a Habsburg-uralom megkérdőjelezésére. Az annexió előkészítése során a Monarchia és Oroszország titkos tárgyalásokat folytatott; a részletek – különösen a bucsinai egyezmény tartalma – a történészek között vitatottak, mert a felek eltérően értelmezték a kompromisszumot.
Az annexió súlyos nemzetközi válságot robbantott ki. Szerbia és Montenegró tiltakozott, mert a tartományt saját nemzeti területének tekintette, és a szerb kormány mozgósítást is fontolóra vett. Oroszország kezdetben támogatta Szerbiát, de a Német Birodalom határozott diplomáciai nyomása – a híres „páncélos ultimátum” – visszavonulásra kényszerítette. Az Oszmán Birodalom kárpótlást kapott a Monarchiától, Szerbia pedig kénytelen volt elismerni az annexiót. A válság azonban tartósan megmérgezte a Monarchia és Szerbia viszonyát, és hozzájárult a nagyhatalmi szövetségi rendszerek megmerevedéséhez. A boszniai lakosság egy része – különösen a szerbek – az annexiót nemzeti sérelemként élte meg, ami tovább erősítette a radikális ifjúsági mozgalmakat.
A szarajevói merénylet (1914. június 28.) nem légüres térben született: az annexiós válság, a szerb nemzeti mozgalom elnyomása és a délszláv egységtörekvések radikalizálódtak a tartományban. A merénylet elkövetői a Mlada Bosna (Ifjú Bosznia) nevű, laza szerveződésű forradalmi csoporthoz tartoztak, amely szerb, horvát és muszlim diákokból állt. A mozgalom eszmei gyökerei sokrétűek voltak: az olasz risorgimento (nemzeti egyesítés), az orosz narodnyik terrorhagyomány, a szerb nacionalizmus és a jugoszláv egység gondolata egyaránt hatott rájuk. A merénylők – köztük Gavrilo Princip – Szerbiában kaptak kiképzést és fegyvereket, de a szerb kormány felelőssége a mai napig vitatott. A történészi konszenzus szerint a szerb kormány nem rendelte el a merényletet, ám egyes szerb katonai és hírszerzési körök – így a Fekete Kéz (Crna ruka) nevű titkos szervezet – támogatták a merénylők felkészítését és felszerelését. A Monarchia vezetése a merényletet ürügyként használta fel a Szerbiával szembeni leszámolásra.
A merénylet időpontjának szimbolikus jelentősége is volt. A trónörökös, Ferenc Ferdinánd főherceg 1914. június 28-án, a Vid-nap (Vidovdan) ünnepén látogatott Szarajevóba. Ez a nap a szerb nemzeti emlékezetben az 1389-es rigómezei csata évfordulója volt, amelyet a szerb történeti tudat a középkori szerb állam bukásának és az oszmán uralom kezdetének szimbólumaként őrzött. A látogatás időzítése így a szerb lakosság egy részét provokációnak tekintette. A merénylet során Princip – miután az első merénylő kísérlete kudarcot vallott – a főherceget és feleségét, Chotek Zsófiát halálosan megsebesítette. Az elkövetőket gyorsan elfogták, és a per során a Monarchia igyekezett bizonyítani a szerb állami szervek érintettségét. A periratok és a kihallgatási jegyzőkönyvek ma is elsődleges forrásai az eseményeknek, de értelmezésük a nemzeti történetírásokban erősen eltérő.
A merénylet következményei ismertek: a Monarchia 1914. július 23-án ultimátumot intézett Szerbiához, amelynek feltételeit a szerb kormány csak részben fogadta el. A Monarchia hadüzenete nyomán robbant ki az első világháború. Bosznia-Hercegovina a háború alatt hadműveleti hátországgá vált; a hatóságok internálásokkal, a szerb lakosság elleni atrocitásokkal és a politikai szabadságjogok felfüggesztésével válaszoltak a nemzeti mozgalmakra. A tartomány társadalmát a háború súlyosan megterhelte, és a Monarchia összeomlása 1918-ban új korszakot nyitott: Bosznia-Hercegovina a délszláv államalakulat részévé vált.
A Habsburg-uralom történetének forrásai viszonylag gazdagok, de értelmezésük erősen vitatott. Az elsődleges források közé tartoznak a berlini kongresszus záróokmánya, a Monarchia törvényei és rendeletei, a tartományi statisztikai évkönyvek, Kállay Benjámin levelezése és feljegyzései, valamint a szarajevói merénylet periratai. A korabeli statisztikák – például a népszámlálási adatok – pontossága korlátozott, mert a felekezeti besorolás módszerei változtak, és a nemzeti hovatartozást a hatóságok gyakran a felekezetből vezették le. Az okkupáció során elszenvedett áldozatok számát illetően nincs megbízható, konszenzusos adat; a szakirodalomban eltérő becslések szerepelnek.
A történetírásban élénk vita folyik arról, hogy a Habsburg-uralom mennyiben volt modernizációs siker vagy éppen egyfajta gyarmati jellegű függés. A monarchia-kori modernizációt hangsúlyozó szerzők a vasút, az iskolák és a városi infrastruktúra kiépítését emelik ki, míg a kritikusabb értelmezések a megoldatlan agrárkérdést, a politikai jogok korlátozását és a nemzeti elnyomást helyezik előtérbe. A boszniai muszlimok identitásának alakulása szintén vitatott: egyes történészek a „bosnyák nemzet” gondolatának gyökereit a Kállay-korszakba vezetik vissza, mások szerint a modern bosnyák nemzeti tudat csak a 20. század második felében szilárdult meg. A szarajevói merénylet értelmezése a nemzeti történetírásokban a mai napig erősen polarizált: a szerb narratíva a szabadságharcos hagyományt, a Habsburg-narratíva a terrorizmus elleni fellépést hangsúlyozza. A modern történettudomány a merényletet a korabeli nemzetközi feszültségek és a helyi radikalizmus összefüggésében vizsgálja, elutasítva az egyoldalú heroizálást és a démonizálást egyaránt.