Bulgária 1939 szeptembere után ismét stratégiai ütközőzónává vált: a náci Németország délkelet-európai terjeszkedése, az olasz agresszió és a szovjet befolyás növekedése egyaránt korlátozta a bolgár kormány mozgásterét. A [A két háború közötti Bulgária] alfejezetben bemutatott revíziós törekvések – Dél-Dobrudzsa, Nyugat-Trákia, Vardar-Macedónia visszaszerzése – most új esélyt kaptak, de a nagyhatalmi szövetségek ára magas volt. Ebben az alfejezetben a tengelyhatalmi csatlakozást, a megszállt macedón és trákiai területek igazgatását, a zsidó lakosság elleni intézkedéseket és a háború utolsó szakaszát követjük nyomon. A bolgár Holocaust kérdése különösen alkalmas arra, hogy megkülönböztessük egymástól a dokumentált tényt, a tudományos konszenzust, a vitatott értelmezést és az emlékezetpolitikai állítást, mert a bolgár háborús szerepvállalás megítélése a mai napig éles viták tárgya.
Bulgária a két háború közötti időszakban hivatalosan semleges maradt, de a revíziós külpolitika és a nagyhatalmi nyomás fokozatosan a tengelyhatalmak felé sodorta. A Szovjetunió 1939. augusztusi német–szovjet megnemtámadási szerződése után a bolgár kormány egyensúlyozni próbált, de a náci Németország gazdasági befolyása és a területi ígéretek erősödő vonzerőt jelentettek. A craiovai szerződés (1940. szeptember 7.) révén Bulgária visszakapta Dél-Dobrudzsát Romániától, ami a revíziós politika első sikerét jelentette. A német katonai sikerek 1940–1941-ben tovább növelték a nyomást, és a bolgár kormány számára a tengelyhez való csatlakozás egyre inkább elkerülhetetlennek tűnt.
A döntő lépésre 1941. március 1-jén került sor, amikor Bulgária Bécsben aláírta a háromhatalmi egyezményhez való csatlakozás jegyzőkönyvét. A dokumentum aláírásával Bulgária formálisan a tengelyhatalmak oldalára állt. A megállapodás értelmében a német csapatok már másnap, 1941. március 2-án bevonultak Bulgáriába, és az ország területe a délkelet-európai német hadműveletek kiindulópontjává vált. A bolgár kormány a csatlakozást a nemzeti érdekek védelmeként mutatta be, de a lépést a szövetségesek a tengelyhez való csatlakozásként értelmezték. Borisz cár (Borisz III, 1918–1943) személyes szerepe a döntésben vitatott: egyes történészek szerint a cár kényszerhelyzetben volt, mások szerint aktívan törekedett a területi nyereségekre.
Bulgária nem üzent hadat a Szovjetuniónak, és bolgár csapatok nem vettek részt a keleti front harcaiban. Ez a tény a bolgár háborús politika egyik legfontosabb sajátossága. Ugyanakkor Bulgária 1941. decemberében – német nyomásra – hadat üzent Nagy-Britanniának és az Egyesült Államoknak. A bolgár hadsereg nem harcolt a nyugati szövetségesek ellen, de a német hadsereg szabadon használhatta Bulgária területét, vasútvonalait és kikötőit. A bolgár kormány a Szovjetunió elleni hadüzenet elutasítását a szláv testvériségre és az orosz–bolgár történelmi kapcsolatokra hivatkozva indokolta, de a németekkel való együttműködés így is mélyrehatóan meghatározta az ország háborús szerepét. A bolgár külpolitika e kettőssége a háború végéig fennmaradt, és a későbbi emlékezetpolitikában is fontos szerepet kapott.
A német vezetés Jugoszlávia és Görögország 1941. áprilisi lerohanása után Bulgáriának ígérte a vitatott területek egy részét. A bolgár hadsereg nem vett részt a tényleges hadműveletekben, de a német győzelem után a bolgár kormányzat közigazgatása alá vonta Vardar-Macedónia nagy részét, Pirot környékét, valamint Nyugat-Trákiát és Kelet-Macedóniát. A bolgár kormány ezeket a területeket annektáltnak tekintette, és a „bolgár egyesítés” (nacionalista narratíva) jegyében bolgár közigazgatást, oktatást és egyházi szervezetet vezetett be. A nemzetközi jog szerint azonban ezek a területek megszállás alatt álltak, mivel annexiójukat a háború utáni rendezés érvénytelenítette.
A megszállt területeken a bolgár hatóságok bolgarizáló politikát folytattak. A szerb és görög intézményeket felszámolták, a helyi elitet megfélemlítették, és a bolgár nyelvet kötelezővé tették az oktatásban és a közigazgatásban. A bolgár kormányzat betelepítésekkel is igyekezett megváltoztatni a területek etnikai összetételét, ami a helyi lakosság ellenállását váltotta ki. A bolgár megszállási politika különösen súlyos következményekkel járt a zsidó lakosság számára, de a nem zsidó lakosság is szenvedett a kényszerintézkedésektől. A bolgár hatóságok által elkövetett erőszak mértékéről a történészek vitatkoznak, de a dokumentált esetek egyértelműen jelzik a megszállás brutalitását. A bolgár uralom emléke a későbbi jugoszláv és görög történetírásban a bolgár nacionalizmus bírálatának egyik központi elemévé vált, míg a bolgár nemzeti emlékezetben sokáig a területi egyesítés pozitív narratívája dominált. Ez a kettősség a mai napig emlékezetpolitikai vita tárgya.
A megszállt területek igazgatása nem volt egységes. Vardar-Macedóniában a bolgár hatóságok a „felszabadítás” retorikáját használták, de a helyi szláv lakosság egy része nem azonosult a bolgár nemzeti projekttel, és a kommunista ellenállási mozgalom hamarosan megjelent. Nyugat-Trákiában és Kelet-Macedóniában a bolgár uralom görögellenes intézkedésekkel járt, ami a görög lakosság elűzéséhez és a terület etnikai átalakításához vezetett. A bolgár kormányzat a zsidó lakosságot a megszállt területeken különösen kiszolgáltatott helyzetbe hozta, mert a bolgár állampolgárságú zsidókkal ellentétben a megszállt területek zsidó lakosait nem védte a bolgár jogrend. Ez a különbségtétel a bolgár Holocaust egyik legfontosabb jellemzője.
A bolgárországi zsidóság lélekszáma a háború előtt mintegy 48 000 főre tehető (becslés, a bolgár statisztikai hivatal és a zsidó közösségi nyilvántartások alapján). A bolgár kormány 1940 decemberében fogadta el a Nemzetvédelmi törvényt (Zakon za zaštita na nacijata), amely a zsidó lakosság jogait fokozatosan korlátozta: korlátozták a gazdasági tevékenységet, a közéleti részvételt, a vegyes házasságokat, és bevezették a zsidó vagyon elkobzásának jogi alapját. A törvény a náci Németország faji törvényeinek mintáját követte, de a bolgár kormány hangsúlyozta, hogy a rendelkezések a bolgár nemzet védelmét szolgálják. A zsidó férfiakat 1941-től kötelező munkaszolgálatra (trudova povinnost) hívták be, ami a deportálások előtti időszak egyik legsúlyosabb intézkedése volt.
A német nyomás a zsidó lakosság deportálására 1942 végétől fokozódott. A bolgár kormány 1943. február 22-én megállapodást kötött a náci hatóságokkal a „zsidókérdés” rendezéséről. A megállapodás értelmében a bolgár hatóságok letartóztatták és átadták a németeknek a megszállt területek zsidó lakosságát. A deportálások 1943. március 4-én és 11-én zajlottak le. A trákiai zsidókat a bolgár hatóságok összegyűjtötték, majd Lom kikötőjéből a Dunán hajóval, később vonaton szállították a német megsemmisítő táborokba. A macedóniai zsidókat Szkopjéből deportálták. Az áldozatok összlétszáma a bolgár és német iratok alapján 11 343 fő volt. Ez a szám dokumentált ténynek tekinthető, bár a forrásokban kisebb eltérések előfordulnak. A deportáltak túlnyomó többségét Treblinkában meggyilkolták; a túlélők száma elenyésző, gyakorlatilag nulla.
A bolgár állampolgárságú zsidók deportálását 1943 tavaszán leállították. A tervezett deportálás hírére széles körű tiltakozás bontakozott ki. A bolgár ortodox egyház (Bǎlgarska pravoslavna cǎrkva) vezetői, köztük Sztefan metropolita (Stefan) és Kiril plovdivi metropolita (Kiril), nyilvánosan felléptek a deportálás ellen. A parlamenti alelnök, Dimitǎr Pešev (Димитър Пешев) tiltakozó nyilatkozatot szervezett, és több képviselő is csatlakozott. A szakmai szervezetek, értelmiségiek és egyszerű polgárok petíciókat nyújtottak be. Borisz cár végül nem írta alá a deportálási parancsot, és a bolgár zsidók deportálását lefújták. A bolgárországi zsidókat azonban vidékre internálták, vagyonukat elkobozták, és a férfiak egy részét továbbra is kényszermunkára vitték. A túlélés tehát nem jelentette a teljes jogfosztottság megszűnését.
A bolgár zsidók túlélésének okai a történettudomány egyik legvitatottabb kérdései közé tartoznak. A tudományos konszenzus szerint több tényező együttes hatása játszott szerepet: a német hadi helyzet romlása 1943 tavaszán, a bolgár politikai elit óvatossága, a társadalmi ellenállás, az egyház fellépése és a cár személyes döntése. A vita abban áll, hogy melyik tényező volt a döntő, és milyen motivációk álltak a háttérben. Egyes történészek szerint a bolgár elit elsősorban a nemzetközi megítéléstől és a szovjet kapcsolatoktól tartott, mások szerint a társadalmi ellenállás valódi erkölcsi kényszert jelentett. Az emlékezetpolitikában gyakran jelenik meg az a leegyszerűsítő állítás, hogy „Bulgária megmentette zsidóit”, ami figyelmen kívül hagyja a megszállt területek zsidóinak deportálását és a bolgár állam aktív részvételét abban. A történészek ezért hangsúlyozzák, hogy a bolgár Holocaust értékelésekor nem lehet a bolgár állampolgárságú zsidók túlélését a deportáltak sorsától elválasztani.
A bolgár Holocaust emlékezete a kommunista korszakban elnyomott volt, mert a hivatalos ideológia a nemzeti ellenállást és a szovjet felszabadítást helyezte előtérbe. A rendszerváltás után a kérdés újra napirendre került, és a bolgár társadalomban máig éles viták folynak a felelősségről. A „mentés” narratívája a bolgár nemzeti identitás részévé vált, de a megszállt területek zsidóinak deportálása ezt a képet megkérdőjelezi. A történészek feladata ezért a dokumentált tények és a konszenzusos értelmezések elkülönítése az emlékezetpolitikai állításoktól.
A háború utolsó szakaszában Bulgária helyzete gyorsan romlott. A szovjet hadsereg 1944 nyarára elérte a Balkán térségét, és a bolgár kormány hiába próbált tárgyalni a szövetségesekkel. A Szovjetunió 1944. szeptember 5-én hadat üzent Bulgáriának, annak ellenére, hogy Bulgária hivatalosan nem állt hadban a Szovjetunióval. Szeptember 8-án a szovjet csapatok átlépték a bolgár határt, és az ország megszállás alá került. A bolgár kormány kísérlete a semlegesség fenntartására kudarcot vallott, és a politikai válság elmélyült.
A fordulópontot 1944. szeptember 9-e jelentette, amikor a Hazafias Front (Otečestven front) fegyveres felkeléssel átvette a hatalmat Szófiában. A Hazafias Front a kommunisták, a baloldali agrárpárti erők, a szociáldemokraták és a katonai ellenzék együttműködéséből jött létre, de a kommunisták hamarosan meghatározó szerephez jutottak. Az új kormány azonnal hadat üzent Németországnak, és a bolgár hadsereg a szovjet hadsereg oldalán bekapcsolódott a németek elleni harcokba. A bolgár csapatok részt vettek Jugoszlávia, Magyarország és Ausztria felszabadításában, és jelentős veszteségeket szenvedtek. A bolgár hadsereg átállása a háború végén hozzájárult ahhoz, hogy Bulgária a szövetségesek oldalán fejezze be a háborút, de ez nem törölte el a korábbi tengelyhatalmi szerepvállalás következményeit.
A háború utáni rendezést az 1947. évi párizsi békeszerződés szabályozta. Bulgária elvesztette a háború alatt megszállt macedón és trákiai területeket, visszaállították a háború előtti határokat, de megtarthatta Dél-Dobrudzsát, amelyet 1940-ben szerzett vissza Romániától. Az országnak jóvátételt kellett fizetnie Görögországnak és Jugoszláviának. A békeszerződés a bolgár háborús részvételt a tengelyhatalmak oldalán elítélte, de a bolgár kommunista kormány a szovjet támogatással hamarosan megszilárdította hatalmát. A háború vége és a hatalomváltás tehát közvetlenül átvezetett a kommunista korszakba, amelyet a [A kommunista hatalomátvétel] alfejezet tárgyal. A bolgár társadalom számára a háború mérlege ellentmondásos volt: a területi nyereségek átmenetinek bizonyultak, a zsidó lakosság egy része túlélte a Holocaustot, de a megszállt területek zsidó közösségei gyakorlatilag megsemmisültek, és az ország a szovjet befolyási övezetbe került.
Az alfejezet fő forráscsoportjai közé tartoznak a bolgár külügyminisztérium és a Minisztertanács iratai, a német külügyi és SS-iratok, a deportálási jegyzőkönyvek, valamint a bolgár ortodox egyház levéltárai. A zsidó közösségek helyi anyakönyvei és a jeruzsálemi Yad Vashem adatbázisa egészíti ki a képet. A deportáltak 11 343 fős számát a bolgár és német hatósági iratok alapján dokumentált tényként tartják számon, de a forrásokban kisebb eltérések előfordulhatnak, ezért a pontos szám becslésnek is tekinthető. A bolgárországi zsidók túlélésének okai vitatottak: a cár szerepe, az egyház és a közvélemény fellépése, valamint a német hadi helyzet súlya között a történészek nem értenek egyet. Nincs tudományos konszenzus abban, hogy mi volt a döntő tényező, és a „mentés” narratívája inkább emlékezetpolitikai állítás, mint történészi értékelés.
A megszállt területek annexiójának jogi megítélése is vitatott: a bolgár kormány annexióként kezelte ezeket a területeket, de a nemzetközi jog szerint megszállás volt, és a háború utáni rendezés érvénytelenítette a bolgár igényeket. A bolgár megszállási politika erőszakos cselekményeinek mértékéről a források hézagosak, mert a bolgár hatóságok iratai nem mindig maradtak fenn, és a helyi lakosság emlékezete erősen átpolitizált. Borisz cár 1943. augusztus 28-án bekövetkezett halálának körülményei továbbra is bizonytalanok: a mérgezés gyanúja nem bizonyított, és a halál okát a történészek vitatják. A kommunista korszakban a Holocaust emlékezete elnyomott volt, ami a források szelektív megőrzéséhez vezetett. A rendszerváltás utáni kutatások sokat feltártak, de a bolgár Holocaust teljes körű feldolgozása még nem zárult le.