A megszállás, az ellenállás és a kollaboráció a második világháború balkáni történetének legösszetettebb, egymással szorosan összefonódó jelenségei. Az 1941 tavaszán bekövetkezett gyors katonai összeomlás után a tengelyhatalmak nem egységes megszállási rendszert hoztak létre; a régiót több állam, több közigazgatási modell és egymással versengő helyi hatalmi központ osztotta fel. A megszállás okozta erőszak és a lakosságot sújtó nélkülözés egyszerre táplálta a fegyveres ellenállást, és hozta felszínre a korábbi etnikai, politikai és ideológiai feszültségeket. E folyamatokban a frontok gyakran nem a megszállók és a megszállottak, hanem a helyi csoportok között húzódtak: a balkáni háborús tapasztalat egyik meghatározó vonása a polgárháborús jelleg, az ellenállás és a kollaboráció közötti képlékeny, sokszor átjárható határ.
A Jugoszlávia és Görögország elleni 1941. áprilisi hadjáratok után a tengelyhatalmak nem törekedtek egységes katonai vagy polgári közigazgatás fenntartására. A megszállt területeket részben annektálták, részben katonai parancsnokságok alá rendelték, részben formálisan független, valójában ellenőrzött kollaboráns államalakulatokra bízták. Ez a tagoltság egészen 1943–1944-ig meghatározta a megszállás természetét, és eltérő feltételeket teremtett az ellenállási mozgalmak számára.
A Német Birodalom közvetlen katonai közigazgatás alá vonta Szerbiát, amelyet a Wehrmacht szerbiai katonai parancsnoka (Militärbefehlshaber in Serbien) igazgatott, élén egy német tábornokkal. Szerbia stratégiai jelentőségét a Belgrád–Nándorláb (ma Niš)–Szaloniki vasútvonal és a Duna-völgy biztosítása adta. A német ellenőrzés alatt álló területhez tartozott a Bánság (Banat) is, ahol a helyi német kisebbség (Volksdeutsche) széleskörű adminisztratív önállóságot kapott, és jelentős szerepet vállalt a megszállási infrastruktúra működtetésében. Szlovénia északi részeit – Alsó-Stájerországot, Felső-Krajnát és a Muravidék egy részét – Németország annektálta, és azonnali germanizáló politikát kezdeményezett: betiltotta a szlovén nyelv nyilvános használatát, tömegesen kitelepített szlovének tízezreit, és német telepeseket költöztetett be. Ez az annexiós politika váltotta ki a leghamarabbi, legelszántabb fegyveres ellenállást a régióban.
Olaszország a szomszédos területek elfoglalásával igyekezett megvalósítani a „Mare Nostrum” törekvéseit. Az olasz érdekszférába tartozott Szlovénia déli része (Ljubljana tartomány), a dalmát partvidék és a szigetek, Montenegró, Koszovó egy része, valamint Albánia és Görögország jelentős területei. Olaszország Dalmáciában az 1918 előtti olasz uralom mintájára annexiós politikát folytatott, míg Ljubljana tartományt formálisan olasz tartományként kezelte, de bizonyos kulturális autonómiát engedélyezett a szlovén nyelv használatában. Montenegrót 1941 nyarán olasz protektorátussá nyilvánították, de a montenegrói felkelés – amelyben a helyi royalisták és a kommunisták is részt vettek – gyorsan megmutatta, hogy az olasz uralom megszilárdítása súlyos katonai feladatot jelent.
Bulgária annektálta Vardar-Macedónia nagy részét, a nyugat-trákiai görög területeket (az Égei-tenger partjáig), valamint a Pirot környéki szerb járásokat. A bolgár kormányzat ezeket a területeket nem megszállási övezetként, hanem a „felszabadított bolgár földek” részeként kezelte, és azonnal megkezdte a bolgár közigazgatás, oktatás és egyházi joghatóság kiterjesztését. A bolgár hadsereg 1941–1943 között részt vett a szerbiai német megszállási rendszer fenntartásában is, bár a német katonai parancsnokság formálisan nem rendelte alá a bolgár csapatokat. Ez a hármas tagoltság – német, olasz, bolgár – kiegészült a magyar megszállással a Délvidéken, a Muravidéken és a Baranyai-háromszögben, valamint a formálisan független Horvát Független Állam (Nezavisna Država Hrvatska, NDH) létrehozásával.
A megszállási rendszerek keménysége, célja és a lakossággal szembeni politikája jelentősen eltért. A német megszállás Szerbiában a legbrutálisabb formát öltötte. A német katonai parancsnokság a partizán- és csetniktámadásokra „megtorló intézkedésekkel” válaszolt, amelyeket a náci ideológia faji hierarchiája is áthatott: a német hadsereg 1941 őszén szisztematikusan tömeges kivégzéseket hajtott végre, amelyek során meghatározott arányban végeztek ki túsznak vett civileket. A kragujevaci és kraljevói mészárlások (1941. október) több ezer szerb civil halálát okozták; ezek a megtorlások a nemzetközi hadijog nyílt megsértését jelentették. Szerbiában a német hatóságok már 1941 őszén megkezdték a zsidó férfiak tömeges lemészárlását, amit a következő évben a nők, gyermekek és idősek elszállítása követett a belgrádi Sajmište (Zemun) táborba, ahol gázkamionokkal gyilkolták meg őket. Szerbia ezzel a náci megsemmisítő politika egyik legkorábbi helyszínévé vált.
Az olasz megszállás taktikája kevésbé egységes volt. Olaszország a lakosság egy részét a maga oldalára próbálta állítani, különösen a horvát, albán és montenegrói etnikai csoportok egyes rétegei körében. Az olasz zónákban a zsidók üldözése kezdetben kevésbé volt szisztematikus: az olasz hatóságok gyakran megtagadták a zsidók kiadását a németeknek vagy a horvát usztasa hatóságoknak, részben humanitárius, részben presztízs- és szuverenitási megfontolásokból. Görögország olasz megszállási övezetében viszont a megszállás, a tengelyhatalmi blokád és a megszállók rekvirálásai a legsúlyosabb éhínséget idézték elő: az 1941–1942-es nagy éhínség idején Athénban és a szigeteken becslések szerint több tízezer ember halt éhen. Az olasz katonai adminisztráció gyakran kegyetlenül lépett fel a görög ellenállókkal szemben, de a helyi lakossággal való együttműködésre is törekedett.
A bolgár annexiós politika az északi görög területeken és a Vardar-Macedóniában radikális bolgarizálást, a görög és a szerb/macedón nyelvű közösségek tömeges elűzését és a bolgár telepesek betelepítését jelentette. A bolgár hatóságok 1941-ben a Vardar-Macedóniában a helyi lakosságot bolgár nemzetiségűként kezelték, ami a macedón nemzeti identitás elutasítását is magában foglalta. A nyugat-trákiai görög területeken a bolgár megszállás kifejezetten etnikai tisztogató jelleget öltött: görög lakosok tízezreit űzték el, és bolgár családokat telepítettek be. Ugyanakkor a bolgár megszállási övezetekben a zsidó lakosság sorsa eltérően alakult: a bolgár kormányzat a régi bolgár területeken élő zsidókat nem adta át a németeknek, ám a megszállt Vardar-Macedóniában és Trákiában a zsidókat 1943 tavaszán a bolgár hatóságok összegyűjtötték és átadták a német megsemmisítő táboroknak. Ez a különbségtétel a mai emlékezetpolitikai viták egyik kulcskérdése.
A megszállás és az erőszak elleni fegyveres ellenállás szinte minden megszállt területen megjelent, de a mozgalmak jellege, ideológiája és támogatottsága országonként és időszakonként változott. A legnagyobb és a legtöbb nemzetközi figyelmet kiváltó partizánmozgalom Jugoszláviában bontakozott ki. A Jugoszláv Kommunista Párt (KPJ) és vezetője, Josip Broz Tito 1941 nyarán meghirdette a fegyveres felkelést, amelynek célja nem egyszerűen a megszállók kiűzése, hanem egy széles társadalmi forradalom és a föderatív, többnemzetiségű Jugoszlávia újjászervezése volt. A partizánmozgalom 1941–1942 során Szerbiában meggyengült a német megtorlások miatt, de Bosznia-Hercegovinában, Horvátországban és Montenegróban folyamatosan erősödött. A partizánok a többnemzetiségű, antifasiszta programjukkal tudták megszólítani a különböző etnikai csoportokhoz tartozó fiatalokat, parasztokat és munkásokat; a mozgalom hivatalosan a nemzetek közötti egyenlőséget és a nők politikai részvételét hirdette, bár a gyakorlatban a kommunista párt irányítása mindvégig meghatározó volt.
A partizánok mellett a jugoszláv terepen a csetnikmozgalom (Četnički pokret) jelentette a másik jelentős fegyveres erőt. A csetnikek Draža Mihailović ezredes vezetésével a jugoszláv királyi hadsereg maradványaira épültek, és a londoni emigráns jugoszláv kormányhoz hűnek vallották magukat. A csetnikek célja a monarchia visszaállítása és a szerb lakosság védelme volt, de a mozgalom etnikailag szinte kizárólag szerb bázisra épült. A csetnikek a háború alatt taktikai együttműködést alakítottak ki az olasz, később német megszállókkal a partizánok ellen; ez az együttműködés a helyi hatalmi versengés és a megszállók megtorlásainak mérséklésére irányuló törekvés keveréke volt. A csetnikek emellett számos alkalommal követtek el atrocitásokat horvát és muszlim civil lakosság ellen Bosznia-Hercegovinában és a szandzsáki térségben, ami a mozgalmat a háború során egyre inkább a szerb nacionalista erőszak hordozójává tette.
Görögországban a fegyveres ellenállás fő ereje a Görög Nemzeti Felszabadítási Front (EAM) és annak katonai szárnya, a Görög Népi Felszabadító Hadsereg (ELAS) volt. Az EAM 1941 őszén alakult, és bár a Görög Kommunista Párt kezdeményezésére jött létre, széles baloldali antifasiszta koalícióként működött. Az ELAS 1943-ra az ország jelentős részén ellenőrizte a hegyvidéki területeket, és az olasz megszállási zóna összeomlása után 1943 őszén nagy mennyiségű fegyverhez jutott. Az EAM/ELAS mellett kisebb, republikánus vagy royalista irányultságú ellenállási csoportok is működtek, mint az EDES és az EKKA. A görög ellenállás azonban a megszállók elleni harc mellett belső polgárháborúba torkollott: az ELAS és a royalista EDES között 1943 végétől fegyveres összecsapások zajlottak, amelyek a brit támogatás politikáját is befolyásolták.
Albániában az ellenállást a Nemzeti Felszabadítási Front (Fronti Nacional-Çlirimtar, NFÇ) szervezte, amelyet a kommunisták vezettek, de a nacionalista szervezetekkel is kereste az együttműködést. Az albán ellenállás a német és olasz megszállás ellen irányult, ugyanakkor az 1943-as olasz kapituláció után a németek által támogatott Balli Kombëtar (Nemzeti Front) egyes csoportjaival is konfliktusba került. Az albán ellenállás sajátossága volt, hogy a területi követelések – különösen Koszovó és a nyugat-macedóniai albán lakta területek – körüli viták átjárták a mozgalmat: az NFÇ hivatalosan nem ismerte el a háború alatt megnövelt albán államterületet, ami egyes nacionalista körökben ellenállást váltott ki.
A fegyveres ellenállás méretét és hatékonyságát a megszállók megtorlási politikája is befolyásolta. A német hadsereg Szerbiában a „közvetlen katonai megtorlás” elvét alkalmazta, ami a civil lakosság tömeges kivégzését jelentette minden egyes német katona haláláért vagy megsebesüléséért. Ez a politika Szerbiában átmenetileg visszavetette a fegyveres ellenállást, de hosszú távon növelte a partizánok toborzási bázisát. Boszniában és Horvátországban, ahol az usztasa rezsim a szerb lakosság ellen folytatott tömeges erőszakot, a partizánmozgalom a szerbek jelentős részének a túlélést kínálta; emiatt a partizánok etnikai összetétele a háború során folyamatosan változott, és a szerbek aránya jelentősen megnőtt az NDH területén.
A megszállás alatt létrejött helyi kollaboráns rezsimek nem egyszerűen a megszállók eszközei voltak; saját politikai céljaik, ideológiájuk és etnikai programjuk is formálta működésüket. A legfontosabb kollaboráns államalakulat a Horvát Független Állam (NDH) volt, amelyet 1941. április 10-én, a német bevonulás napján kiáltottak ki. Az NDH területe magában foglalta Horvátország nagy részét, Bosznia-Hercegovinát és a Szerémséget, de a tengerpart egyes részeit Olaszország annektálta, ami az NDH és Olaszország közötti állandó feszültség forrása volt. Az NDH élén Ante Pavelić usztasa (Ustaša) vezető állt; a rezsim a fajelméletre és a horvát nemzeti tisztaságra hivatkozva rendkívül brutalitással lépett fel a szerb, zsidó és roma lakosság ellen. Az usztasak által létrehozott koncentrációs és haláltáborok – mindenekelőtt Jasenovac – a náci megsemmisítő gépezettel párhuzamos, de attól részben függetlenített horvát genocid politikát valósítottak meg. Az NDH-ban a szerbek tömeges erőszakos áttérítése, kiűzése és meggyilkolása már 1941 tavaszán elkezdődött, és a háború végéig tartott.
Az NDH kollaborációjának jellege kettős volt: egyrészt a német megszálló hatalommal való együttműködésben látta a horvát államiság megőrzésének lehetőségét, másrészt saját etnikai-nemzeti programját a megszállás teremtette vákuumban akarta végrehajtani. Az usztasak az olasz megszállókkal is harcban álltak a dalmáciai területek hovatartozása miatt, miközben mindkét tengelyhatalommal szövetségesi viszonyban maradtak. Az NDH belpolitikája erősen személyes diktatúra volt, amely a valós népszerűség helyett a horvát nacionalista szervezetek hálózatára támaszkodott; a lakosság jelentős része a háború végére egyre inkább a partizánmozgalom felé fordult.
Szerbiában a kollaboráció formája a Milan Nedić tábornok vezette „Nemzeti Megmentés Kormánya” volt, amely 1941 augusztusában alakult meg. A Nedić-rezsim nem rendelkezett önálló államisággal, hanem a német katonai közigazgatás alárendelt polgári segédszerve volt. Nedić konzervatív, antikommunista és antiszemita programot hirdetett, és a szerb nemzeti identitás megőrzését a német megszállókkal való együttműködéssel próbálta összekapcsolni. A szerb kollaboráció további szereplője volt Dimitrije Ljotić fasiszta jellegű szervezete, a ZBOR, valamint a Belgrádban és a Bánságban működő németbarát gazdasági és adminisztratív elit. A Nedić-rezsimnek volt egy fegyveres testülete is, a Szerb Állami Gárda, amely a német megtorlásokban és a zsidók összegyűjtésében is részt vett.
Görögországban a megszálló hatóságok – előbb az olasz, majd a német – együttműködtek a helyi kollaboráns kormányokkal, amelyeket nyugalmazott katonatisztek és politikusok vezettek. Az első ilyen kormányt Georgiosz Colakoglou tábornok alakította 1941 őszén; őt követően a kollaboráns adminisztráció az ország északi területein a bolgár annexiós politikával párhuzamosan működött. A görög kollaboráns rezsimek legfőbb problémája a lakosság széleskörű ellenszenve volt; a kormányok az antikommunizmus és a rend helyreállításának ígéretére építettek, de a valóságban a megszállók utasításait teljesítették. A görög kollaboráció része volt a „biztonsági zászlóaljak” felállítása, amelyek a német megszállók utasítására a baloldali ellenállókkal szemben léptek fel, és számos atrocitásért felelősek.
Montenegróban az olasz protektorátus alatt a helyi kollaboráns Nemzeti Tanács, később a német megszállás alatt a zöld mozgalom (zelenaši) próbált meg együttműködni a megszállókkal a partizánok ellen. Koszovóban és a nyugat-macedóniai albán területeken a megszállók az albán lakosság egy részét a helyi szerb és montenegrói uralom felszámolására használták fel: több albán politikai szervezet, köztük a második Prizreni Liga, a német és olasz megszállókkal együttműködve tömegesen űzte el a szerb és montenegrói lakosságot, és a területet az albán állam részének tekintette. Ez a kollaboráció etnikai tisztogatásokkal járt, amelyek emlékezete a későbbi jugoszláv konfliktusokban is visszhangzott.
A második világháború balkáni szakaszában a megszállók elleni harc és a belső polgárháború gyakran elválaszthatatlanul összefonódott. A jugoszláv partizánok és csetnikek közötti konfliktus 1941 őszén vált nyilvánvalóvá, miután a csetnikek egyre nyíltabban a megszállókkal szembeni fegyveres harc helyett a kommunista partizánok elleni fellépést választották. A két mozgalom közötti háború során mindkét oldal követett el tömeges erőszakot civilek ellen, és a megszállók gyakran kihasználták a belső megosztottságot. A német hadsereg például 1943-ban a csetnikekkel együttműködött a Neretva és Szutjeszka folyók menti partizánellenes hadműveletekben, amelyek során a partizánok súlyos veszteségeket szenvedtek, de a megsemmisítésükre irányuló német kísérlet kudarcot vallott.
Hasonló polgárháborús dinamika alakult ki Görögországban, ahol az ELAS és az EDES közötti konfliktus 1943–1944 során a baloldali és a konzervatív/royalista erők közötti ideológiai és társadalmi törésvonalat erősítette fel. A szembenállás a megszállók elleni harc mellett a háború utáni politikai rendről szólott, és ez a feszültség a felszabadulás után a görög polgárháborúban (1946–1949) csúcsosodott ki. Albániában az NFÇ és a Balli Kombëtar között a koszovói kérdés és a szovjet befolyás körüli ellentét szintén polgárháborús jellegű összecsapásokhoz vezetett.
A kollaboráció és az ellenállás közötti határ gyakran a helyi viszonyok függvényében mozgott. A csetnikek például kezdetben fegyveres ellenállókként indultak, de a német megtorlások hatására és a politikai ellenségeskedés miatt fokozatosan a kollaboráció felé csúsztak; a görög EDES egyes szakaszai hasonlóan taktikai együttműködést kerestek a németekkel a kommunista partizánok ellen. A helyi lakosság számára a választás gyakran nem ideológiai, hanem praktikus volt: a túlélés, a család védelme, a megszállók megtorlásának elkerülése. Ez a bizonytalanság megnehezíti a mai utólagos moralizáló ítélkezést, és arra figyelmeztet, hogy a „kollaboráns” és „ellenálló” kategóriái a háború alatt korántsem voltak merevek.
A megszállás, az ellenállás és a kollaboráció együttes hatása a balkáni társadalmak mélyreható átalakulását eredményezte. A német, olasz és bolgár megszállási rendszerek, a helyi kollaboráns rezsimek és a polgárháborús erőszak a térség lakosságának jelentős részét érintették közvetlenül. A jugoszláviai veszteségek – amelyek a partizán- és csetnikharcok, a megszállási megtorlások, az usztasa genocídium és a kollaboráns atrocitások együttes következményei – a legmagasabbak közé tartoztak a megszállt európai régiókban. Görögországban a háború alatt a lakosság éhínséget, tömeges elhurcolást és a bolgár annexióval járó etnikai tisztogatást szenvedett el. Albániában a háború a hagyományos klán- és régióközi feszültségeket erősítette fel, és lehetővé tette a kommunista párt későbbi hatalomra jutását.
A háború utolsó szakaszában, 1943–1945 között a balkáni hadszíntér fokozatosan a szovjet és a brit–amerikai érdekszférák ütközőpontjává vált. 1944 őszén a szovjet Vörös Hadsereg romániai előretörése lehetővé tette Bulgária átállását, és a Vörös Hadsereg 1944 őszén elérte a jugoszláv határt. A belgrádi hadműveletben (1944. október) a partizánok és a szovjet csapatok együtt foglalták vissza Szerbiát, majd a partizánok 1945 tavaszára a nyugati szövetségesek támogatását is megszerezve az NDH területét és Szlovéniát is elfoglalták. Görögországban a brit csapatok 1944 őszén szálltak partra, és a kollaboráns rezsimek összeomlása után a baloldali és royalista erők közötti konfliktus azonnal kiújult. A megszállás vége nem hozott automatikusan békét; a háború alatt felhalmozódott erőszak és gyűlölet a következő években – a görög polgárháborúban, a jugoszláv kommunista hatalomátvételben és a hidegháborús szembenállásban – folytatódott.
A megszállási rendszerek, az ellenállás és a kollaboráció történetének forrásanyaga rendkívül gazdag, de egyenetlen. Elsődleges forrásként a megszálló hatalmak katonai és polgári iratai, a helyi kollaboráns rezsimek rendeletei és törvényei, a partizánmozgalmak parancsai és brosúrái, a naplók és levelek, valamint a háború utáni bírósági perek anyagai szolgálnak. A német, olasz és bolgár katonai archívumok mellett a jugoszláv, görög és albán állami levéltárak is jelentős iratanyagot őriznek, de ezek hozzáférhetősége és rendezettsége országonként eltérő.
A legfontosabb bizonytalanságok és vitatott kérdések közé tartoznak az áldozatszámok. A jugoszláviai háborús emberveszteségre vonatkozó becslések 1 millió és 1,7 millió között szóródnak; a legszélesebb körben idézett, a jugoszláv hatóságok által 1946-ban készített becslés 1,7 millió, de ezt a modern történetírás módszertani fenntartással kezeli. A jasenovaci tábor áldozatainak száma a horvát és a szerb történetírásban a legélesebben vitatott adat: a becslések 80 000 és 700 000 között mozognak, a legutóbbi, több forrást ötvöző kutatások 80 000–100 000 közötti tartományt valószínűsítenek, de a pontos szám a dokumentáció hiányosságai miatt nem állapítható meg egyértelműen. A görögországi megszállás alatti éhínség áldozatainak számát 100 000 és 300 000 közé teszik, a bolgár annexiós politikával összefüggő görög és szerb polgári áldozatokra vonatkozóan szintén csak becslések léteznek.
A csetnikmozgalom és Mihailović ellenállási vagy kollaboráns jellegének megítélése erősen vitatott. A szocialista Jugoszlávia történetírása a csetnikeket egyértelműen kollaboráns és áruló mozgalomként ábrázolta, míg a szerb emigráns és a 21. századi szerb revíziós irányzatok nemzeti ellenállóként próbálják rehabilitálni őket. A nemzetközi szakirodalom a csetnikek tevékenységét inkább a megszállókkal való taktikai együttműködés felé hajló, de saját hatalmi céljaikat követő mozgalomként írja le. Hasonló vita övezi a bolgár megszállási politika értékelését: a bolgár történetírás hosszú ideig annexióként ünnepelte a nyugat-trákiai és macedóniai területek „felszabadítását”, míg a macedón és görög történetírás brutális megszállásként és etnikai tisztogatásként tartja számon. A kommunista partizánmozgalmak háborús szerepének megítélése sem egységes: a szocialista korszak hagiografikus ábrázolása mellett a posztkommunista nemzeti történetírások gyakran a partizánok által elkövetett atrocitásokat és a forradalmi célok autoriter vonásait hangsúlyozzák.
A nők, a parasztok, a romák és a kisebb etnikai csoportok háborús tapasztalataira vonatkozó források jóval szegényesebbek, mint a katonai és politikai elitek dokumentumai. A roma lakosság üldöztetése a megszállt Jugoszláviában, Görögországban és a bolgár területeken kevésbé kutatott, pedig a roma áldozatok száma a térségben jelentős. A helyi lakosság emlékezetét gyakran csak a háború utáni, politikai célokkal használt visszaemlékezések közvetítik. A történetírás ezért a forráskritika alkalmazásakor különösen ügyel arra, hogy a háborús emlékezet és a politikai ítélkezés ne keveredjék a dokumentált ténnyel.