Az előző alfejezetben a balkáni zsidóság demográfiai és kulturális jellemzőit tekintettük át. A Holocaust a második világháború alatt ezeket a közösségeket szinte teljesen megsemmisítette, de a pusztítás üteme, módszerei és felelősei területenként eltértek, mert a Balkánt eltérő megszállási rezsimek uralták. Az alábbiakban négy nagy területi egységet vizsgálunk: a Független Horvát Állam (Nezavisna Država Hrvatska, NDH) usztasa rezsimjét, a német katonai közigazgatás alatt álló Szerbiát, a bolgár megszállt Macedóniát és Trákiát, valamint a görögországi deportálásokat. Mindegyik esetben hangsúlyozzuk, hogy az áldozatszámok becslések, és a történeti értékelés máig vitatott.
Az 1941. áprilisi tengelyhatalmi inváziót követően az usztasa (Ustaša) mozgalom kikiáltotta a Független Horvát Államot. Az új rezsim a náci Németország mintájára faji törvényeket vezetett be, amelyek a zsidókat, a romákat és a szerbeket államellenes elemekként definiálták. Az usztasa ideológiája a horvát etnikai tisztaságot hirdette, és a „harmadik elemnek” nevezett zsidókat, valamint az ortodox szerbeket és a romákat ki akarta szorítani vagy meg akarta semmisíteni. A törvények 1941 nyarán léptek életbe, és a zsidókat hamarosan gettókba, majd táborokba zárták.
Az NDH táborrendszere közül Jasenovac (Jasenovac) a legismertebb, de mellette működtek más táborok is, például Stara Gradiška, Đakovo és Jadovno. Jasenovac 1941 augusztusa és 1945 áprilisa között működött, és a foglyok többsége szerb, zsidó és roma volt. A táborban a foglyokat kivégezték, éheztették, kényszermunkára fogták, és gyakran brutális módszerekkel gyilkolták meg. A nürnbergi per és a háború utáni jugoszláv bíróságok dokumentumai, valamint a túlélők vallomásai alapján a táborban elkövetett atrocitások jól dokumentáltak, de az áldozatok összlétszáma vitatott.
A jugoszláv kommunista korszakban Jasenovac áldozatainak számát hivatalosan 700 000-re becsülték, de ezt a számot a modern történetírás túlzónak tartja. A mai konszenzus szerint a jasenovaci táborban meghaltak száma nagyságrendileg 80 000 és 100 000 között lehet, míg az NDH teljes területén a zsidó áldozatok száma körülbelül 30 000, a szerb áldozatoké pedig több százezer (a becslések 300 000 és 500 000 között mozognak). A roma áldozatok száma szintén jelentős, de pontosan nehezen becsülhető. Ezek a számok becslések, és a különböző nemzeti történetírások eltérő hangsúlyokkal kezelik őket. A horvát történetírás egyes képviselői alacsonyabb, a szerb történetírás magasabb számokat támogatnak, ami a jugoszláv háborúk óta emlékezetpolitikai vitává is vált.
A zsidó áldozatok sorsa az NDH-ban különösen tragikus volt, mert a horvátországi zsidó közösség a háború előtt körülbelül 40 000 főt számlált, és ennek nagy része elpusztult. A horvát usztasa rezsim a zsidókat nemcsak Németországnak adta át, hanem saját táboraiban is megsemmisítette. A holokauszt horvátországi szakasza tehát sajátos, mert a helyi fasiszta rezsim aktív közreműködésével zajlott.
Szerbiát 1941 tavaszán a német Wehrmacht foglalta el, és közvetlen katonai közigazgatás alá helyezte. A német hatóságok azonnal megkezdték a zsidó lakosság regisztrációját, megjelölését és gettósítását. A szerbiai zsidóság a háború előtt körülbelül 16 000 főt számlált, főként Belgrádban és a nagyobb városokban élt. A német megszállók a zsidókat a kommunista partizánok és a csetnik ellenállók tevékenységéért is kollektíven felelőssé tették, és tömeges megtorló intézkedéseket hajtottak végre.
1941 őszén a német hadsereg a partizántámadásokra válaszul túszokat ejtett, és tömegesen végzett ki zsidó férfiakat. A legnagyobb ilyen akciók Kragujevacban és Kraljevóban zajlottak, ahol több ezer civilt, köztük sok zsidót lőttek agyon. A szerbiai zsidó férfiak nagy részét 1941 végére meggyilkolták. A nőket és gyerekeket a Belgrád melletti Sajmište táborba (Sajmište) zárták, ahol 1942 tavaszán gázkamionokban (Gaswagen) gyilkolták meg őket. A Sajmište tábor a német megsemmisítő politika egyik korai példája volt, és a szerbiai zsidóság szinte teljes megsemmisítéséhez vezetett.
A becslések szerint a szerbiai zsidók több mint 90%-a halt meg a háború alatt. A túlélők száma kevesebb mint 1 000 főre tehető. A német megszállók a zsidó vagyon elkobzásával és a gettósítással párhuzamosan az úgynevezett „zsidókérdés” minél gyorsabb megoldására törekedtek, és ebben a szerbiai kollaboráns kormány (a Milan Nedić vezette bábkormány) is közreműködött, bár a fő felelősség a német hatóságokat terheli. A szerbiai Holocaust különlegessége, hogy a megsemmisítés nagyrészt a megszállt területen belül, helyi táborokban és kivégzésekkel történt, nem pedig a kelet-európai haláltáborokba való deportálással.
Bulgária 1941-ben csatlakozott a tengelyhatalmakhoz, és jutalmul megkapta a görög Kelet-Macedónia és Trákia, valamint a jugoszláv Vardar-Macedónia egy részét. A bolgár kormány a megszállt területeken a zsidókérdést a náci Németországgal együttműködve kezelte. 1943 tavaszán a bolgár hatóságok összegyűjtötték a macedóniai és trákiai zsidókat, és átadták őket a németeknek, akik Treblinkába deportálták őket. A macedóniai zsidók közül körülbelül 7 000 főt, a trákiai zsidókból körülbelül 4 000 főt deportáltak; túlnyomó többségük a haláltáborban pusztult el.
Ezzel szemben a bolgár anyaországban élő zsidók túlélték a háborút. 1943 tavaszán a bolgár kormány, miután a deportálási tervek nyilvánosságra kerültek, leállította a bolgár állampolgárságú zsidók deportálását. A döntésben szerepet játszott a bolgár ortodox egyház tiltakozása, néhány politikus és a közvélemény ellenállása, valamint a királyi udvar taktikai megfontolásai. A bolgár zsidók így megmenekültek, de a megszállt területek zsidóit ez a védelem nem illette meg.
A történészek vitatják, hogyan értékeljük ezt a kettős politikát. Egyes értelmezések szerint Bulgária a humanitárius hagyományok miatt mentette meg saját zsidóit, mások szerint a döntés elsősorban a német nyomással szembeni politikai manőver volt, és a bolgár állam a megszállt területeken aktívan közreműködött a deportálásban. A vita azért fontos, mert a bolgár „megmentés” narratívája a háború utáni emlékezetpolitikában dominánssá vált, miközben a macedóniai és trákiai zsidók áldozatainak emléke háttérbe szorult. A források egyértelműen dokumentálják, hogy a bolgár hatóságok a megszállt területeken nem tanúsítottak ellenállást a deportálással szemben, sőt aktívan szervezték azt.
Görögországot 1941 tavaszán a tengelyhatalmak három megszállási zónára osztották: a németek ellenőrizték Thesszalonikit és Közép-Macedóniát, az olaszok az ország nagy részét, a bolgárok pedig Kelet-Macedóniát és Trákiát. A görögországi zsidóság a háború előtt körülbelül 72 000 főt számlált, és a legnagyobb közösség Thesszalonikiben élt, ahol a város lakosságának jelentős részét alkották (kb. 50 000 fő). A szaloniki zsidók a 15. század óta folyamatosan jelen voltak, és a város kereskedelmi életének meghatározó szereplői voltak.
A német megszállók 1943 tavaszán kezdték meg a szaloniki zsidók gettósítását, majd 1943. márciusa és augusztusa között vasúti szerelvényekkel Auschwitz-Birkenauba deportálták őket. Összesen körülbelül 45 000 szaloniki zsidót deportáltak, és a közösség több mint 90%-a elpusztult. A deportálások során a görög hatóságok és a helyi adminisztráció is közreműködött, bár a fő felelősség a német megszállókat terheli.
Az olasz megszállási zónában (Athén, Dél-Görögország, a szigetek egy része) a zsidók viszonylag védettebbek voltak, mert az olasz hatóságok nem hajtották végre a náci faji politikát, sőt gyakran akadályozták a deportálásokat. Az olasz kapituláció után azonban 1943 szeptemberében a németek átvették az ellenőrzést, és 1944 tavaszára az athéni és más közösségek tagjait is deportálták. A bolgár megszállási zónában (Kelet-Macedónia és Trákia) a zsidókat szintén összegyűjtötték és átadták a németeknek.
Összességében a görögországi zsidóság körülbelül 80%-a halt meg a Holocaustban, ami az egyik legmagasabb arány a megszállt Európában. A túlélők közül sokan kivándoroltak, főként Izraelbe és az Egyesült Államokba. A görög Holocaust emlékezete a háború után sokáig háttérbe szorult a görög polgárháború és a nemzeti ellenállás narratívái mögött, de az 1990-es évektől a történetírás és a közemlékezet egyre nagyobb figyelmet szentel neki.
A balkáni Holocaust kutatásának elsődleges forrásai közé tartoznak a náci és usztasa adminisztratív iratok, a deportálási listák, a helyi kollaboráns kormányok rendeletei, a német és olasz katonai parancsnokságok jelentései, valamint a háború utáni perek (nürnbergi per, jugoszláviai bírósági eljárások, görög és bolgár bírósági anyagok) dokumentumai. A túlélők visszaemlékezései és a Yad Vashem, a United States Holocaust Memorial Museum és más archívumok gyűjteményei szintén fontos források.
A legnagyobb bizonytalanság az áldozatszámokra vonatkozik. Jasenovac esetében a becslések széles skálán mozognak, és a számok politikai viták tárgyát képezik. A szerbiai zsidó áldozatok száma viszonylag pontosan dokumentált, de a roma áldozatoké kevésbé. A bolgár megszállt területek deportálásainak adatai jól ismertek, de a bolgárországi zsidók megmenekülésének értelmezése vitatott. A görögországi deportálások dokumentációja gazdag, de a szigetek és a vidéki közösségek sorsa kevésbé kutatott.
A történetírásban vitatott, hogy mennyire tekinthető a balkáni Holocaust a náci Németország által irányított egységes folyamatnak, és mennyire volt helyi kezdeményezés. Az usztasa rezsim esetében a helyi elkövetők szerepe egyértelmű, míg Szerbiában a német katonai hatóságok domináltak. Bulgária esetében a kettős politika értelmezése máig vitatott. Emlékezetpolitikai viták is terhelik a témát: a jugoszláv utódállamokban a Holocaust emlékezete összefonódik a nemzeti áldozati narratívákkal, és a különböző etnikai csoportok áldozatainak elismerése egyenlőtlen.