A Jugoszláv Szocialista Szövetségi Köztársaság (szerbül: Socijalistička Federativna Republika Jugoslavija, rövidítve SFRJ) felbomlása nem volt szükségszerű: a 20. század végén több kelet-európai államban is békésen vagy viszonylag kevés erőszakkal zajlott a rendszerváltás. 1991-ben azonban Szlovéniában, majd Horvátországban fegyveres konfliktus tört ki a szövetségi hadsereg, a Jugoszláv Néphadsereg (szerbül: Jugoslovenska narodna armija, JNA) és a köztársasági erők között. Ez a folyamat a hidegháború végének geopolitikai környezetében, de elsősorban a jugoszláv belső nemzeti és politikai válság következtében zajlott, ahogyan azt az előző alfejezet A hidegháború vége a régióban bemutatta. Az alábbiakban a háborúk kirobbanásának 1991-es szakaszát tárgyaljuk: a szlovén tíznapos háborút, a horvátországi harcok első évét, a JNA szerepét, valamint a nemzetközi közösség reakcióit és az elismerési folyamatot.
Az 1980-as években a SFRJ gazdasági és politikai válsága mélyült el. Tito 1980-as halála után a föderáció rotációs elnöksége és a köztársasági pártvezetések közötti viták felerősödtek. A legfőbb feszültségforrás a szerbiai politikai vezetés, különösen Slobodan Milošević (szerbül: Slobodan Milošević) 1987 utáni felemelkedése volt, aki a szerb nemzeti sérelmeket (különösen Koszovó autonómiájának 1989-es csökkentését) és a föderáció központosítását hirdette. Ezzel szemben a szlovén és horvát kommunista vezetők a piaci reformok és a nagyobb köztársasági autonómia mellett foglaltak állást. Az 1990-es többpárti választásokon Szlovéniában és Horvátországban nacionalista, de demokratikus legitimációt szerző ellenzéki pártok győztek: Szlovéniában a Szlovén Demokrata Ellenzék (szlovénül: DEMOS) koalíció, Horvátországban a Horvát Demokratikus Közösség (horvátul: Hrvatska demokratska zajednica, HDZ) Franjo Tuđman (horvátul: Franjo Tuđman) vezetésével. A horvátországi szerb lakosság körében ezzel párhuzamosan megerősödött az autonómiát követelő Szerb Demokrata Párt (szerbül: Srpska demokratska stranka, SDS), amelyet Belgrád támogatott.
A JNA ebben a helyzetben nem volt semleges: a tisztikar jelentős része szerb nemzetiségű volt, és a hadsereg vezetése a föderáció egységét, gyakorlatilag a szerb politika céljait támogatta. A JNA a köztársasági területvédelmi erőket (amelyeket a központi irányítás alól próbáltak kivonni) fenyegetésként kezelte. 1991 tavaszán a horvátországi szerbek által lakott területeken (a későbbi Krajina néven ismert régióban) fegyveres incidensek robbantak ki, amelyekben a JNA már beavatkozott. A szlovén és horvát vezetés 1991. június 25-én kikiáltotta a függetlenséget, miután a szövetségi tárgyalások kudarcot vallottak. A JNA ezt a szövetségi alkotmány semmibevételének tekintette, és katonai akciót indított, először Szlovéniában.
Szlovénia függetlenségi nyilatkozatát követően a JNA 1991. június 27-én megindította hadműveletét a köztársaság nemzetközi határátkelőinek és repülőterének ellenőrzésére. A szlovén Területi Védelem (szlovénül: Teritorialna obramba, TO) és a rendőrség előkészült ellenállást tanúsított: a szlovén erők gerillataktikával, útlezárásokkal és tüzérségi csapásokkal támadták a JNA konvojait. A harcok a szlovéniai határok mentén és néhány város környékén zajlottak, és a JNA katonai túlereje ellenére sem tudta gyorsan megtörni az ellenállást. A JNA veszteségei – a szlovén becslések szerint mintegy 19 szlovén és 44 JNA katona halt meg, a pontos számok bizonytalanok – rávilágítottak a hadsereg felkészületlenségére egy nem konvencionális harcmodorú ellenféllel szemben. Fontos megjegyezni, hogy a JNA hadműveleteit korlátozta a sorozott katonák alacsony harci morálja, a szlovén lakosság többségének ellenséges hozzáállása, és a nemzetközi diplomáciai nyomás is.
A harcok 1991. július 7-én a brioni megállapodás (szlovénül: Brionska deklaracija, horvátul: Brijunska deklaracija) aláírásával értek véget, amelyet az Európai Közösség (EK) közvetített. A megállapodás három hónapos moratóriumot rendelt el a függetlenségi nyilatkozatok érvényesítésére, és a JNA kivonult Szlovéniából. Ez a kivonulás gyakorlatilag lehetővé tette Szlovénia tényleges elszakadását, miközben a JNA figyelme Horvátország felé fordult. A szlovén háború a maga rövidsége és viszonylag alacsony áldozatszáma ellenére fordulópont volt: megmutatta, hogy a JNA nem képes erővel fenntartani a föderációt, és bátorította a horvátországi és később boszniai erőszakot.
Horvátországban a függetlenségi nyilatkozat után gyorsan nyílt háborúvá szélesedett a konfliktus. A horvátországi szerbek, akiket az SDS és Belgrád támogatott, 1991 tavaszán már kikiáltották a Szerb Krajina Köztársaságot (szerbül: Srpska Krajina), amelyet a horvát kormány illegitimnek tekintett. A JNA kezdetben „békefenntartó” szerepet igyekezett felmutatni, de gyakorlatilag a szerb felkelők oldalán avatkozott be. 1991 nyarán és őszén a harcok a horvát–szerb lakosságú területeken, különösen Kelet-Szlavóniában, a Krajinában és Dalmáciában általánossá váltak.
A horvátországi háború egyik legmeghatározóbb eseménye Vukovár (horvátul: Vukovar) ostroma volt, amely 1991. augusztus végétől november 18-ig tartott. A JNA és a szerb félkatonai erők heves tüzérségi bombázása és az utcáról utcára zajló harcok után a város elesett. A horvát védők és a civil lakosság közül sokan meghaltak; a város elfoglalása után a szerb erők több mint 200 sebesült horvát katonát és civilt végeztek ki a vukovári kórházból, amit a későbbi hágai háborús bíróság (ICTY) háborús bűnként dokumentált. A pontos áldozatszám vitatott, de a város ostroma és a kórházi mészárlás a horvát nemzeti emlékezet központi traumájává vált.
Ezzel párhuzamosan a JNA 1991. októberétől ostrom alá vette Dubrovnikot (olaszul: Ragusa, horvátul: Dubrovnik), amely Horvátország déli, történelmileg fontos kikötővárosa. A város tüzérségi bombázása nagy nemzetközi felháborodást keltett, mivel Dubrovnik az UNESCO világörökség része, és a civil lakosság elleni támadás a háború brutalitását jelezte. A JNA hivatalosan azzal indokolta a támadást, hogy a horvátok katonai állásokat létesítettek a városban; a horvát források ezt tagadták. Az ostrom 1992 tavaszáig tartott, és a város jelentős károkat szenvedett.
A horvátországi háború 1991. évi szakaszában a becslések szerint több tízezer ember halt meg, és több százezren váltak menekültté, illetve belső kitelepítetté. A JNA és a szerb félkatonai erők által elfoglalt területeken a nem szerb lakosság elleni etnikai tisztogatás kezdődött, amelynek során horvátokat és más nem szerbeket űztek el otthonaikból. Horvát erők is követtek el atrocitásokat szerb civilek ellen, bár a konfliktus e szakaszában az erőviszonyok és a felelősség megítélése erősen vitatott. A háborús bűnök dokumentálása már ekkor megkezdődött, de a szisztematikus jogi eljárások csak a háború után indultak meg.
A JNA szerepe 1991-ben összetett volt. A hadsereg vezetése kezdetben a föderáció megőrzését tűzte ki célul, és elvileg minden köztársaság ellen fellépett, amely szecesszióra törekedett. Azonban a szlovén kivonulás után a JNA gyakorlatilag Szerbia és a horvátországi szerbek oldalára állt. Az 1991 őszi sorozások csökkentek, a nem szerb köztársaságokból származó katonák tömegesen dezertáltak vagy hazatértek, és a hadsereg egyre inkább szerb nemzeti haderővé vált. A horvátországi harcokban a JNA tüzérségi és páncélos fölénye ellenére sem tudott tartós győzelmet aratni, mert a horvát erők – a szlovén minta alapján – gerillataktikát alkalmaztak, és a nemzetközi közösség fegyverembargója ellenére is jutottak fegyverhez.
A JNA 1992 elején, a Vance-terv és az ENSZ békefenntartás bevezetése után formálisan kivonult Horvátországból, de a horvátországi szerb területeken a fegyveres jelenlétét a „Krajina szerb hadsereg” néven létrehozott, Belgrád által támogatott milíciák vették át. A JNA neve 1992. májusban Jugoszláv Hadseregre (szerbül: Vojska Jugoslavije, VJ) változott, jelezve, hogy a hadsereg immár a szerbiai és montenegrói állam hadereje, nem pedig a föderációé.
A nemzetközi közösség 1991-ben megosztottan és késlekedve reagált a jugoszláv válságra. Az Európai Közösség, amely a hidegháború után Európa biztonsági szerepét próbálta növelni, eleinte a jugoszláv egység megőrzését támogatta, mert tartott a határok megváltoztatásának precedensétől. Az USA, különösen a Bush-kormány idején, szintén az egységes Jugoszlávia mellett foglalt állást, de a figyelme elsősorban a Szovjetunió felbomlására összpontosult. Az EK 1991. júniusban figyelmeztetést adott ki, majd július 7-én a brioni megállapodással elérte a szlovén harcok befagyasztását, de ez nem állította meg a horvátországi háborút.
1991 novemberében az EK létrehozta az ún. Badinter-bizottságot (francia alkotmánybíró, Robert Badinter vezetésével), amelynek feladata a jugoszláv utódállamok elismerésének jogi feltételeit volt meghatározni. A bizottság 1991 decemberi véleményeiben megállapította, hogy a SFRJ a felbomlás állapotában van, és a köztársaságok jogutódok lehetnek. Ugyanakkor Horvátország esetében kifogásolta a szerb kisebbség jogainak alkotmányos biztosítását, amit a horvát kormány később részben orvosolt.
A legnagyobb hatású nemzetközi lépés Németország gyors elismerési politikája volt. A német kormány, amely belső nyomás alatt állt, 1991. december 23-án egyoldalúan elismerte Szlovéniát és Horvátországot. Németország hivatalosan azzal érvelt, hogy a horvátországi szerb erők és a JNA agressziója ellenére a tagköztársaságoknak joguk van az önrendelkezésre. Ez a lépés megosztotta az EK-t: Franciaország és az Egyesült Királyság attól tartott, hogy a gyors elismerés tovább szítja a konfliktust. Végül az EK 1992. január 15-én közösen elismerte mindkét köztársaságot, miután a horvát kormány elfogadta a kisebbségi jogokra vonatkozó követeléseket. A nemzetközi elismerés időzítése és következményei azóta is vitatott kérdés: a német támogatói szerint a lépés elismerte a realitást és a JNA agresszióját, míg a kritikusok szerint hozzájárult a háború eszkalációjához, különösen azért, mert a horvátországi szerb területek lakói fenyegetésként értelmezték.
Az ENSZ 1992 elején lépett a békefenntartás felé: a Vance-terv (amerikai diplomata Cyrus Vance nevéhez fűződően) tűzszünetet és az ENSZ védett övezetek felállítását javasolta a horvátországi szerb területeken. A tervet 1992 februárjában a BT 743. számú határozata jóváhagyta, és létrehozták az UNPROFOR (United Nations Protection Force) békefenntartó erőt. Az UNPROFOR feladata a tűzszünet ellenőrzése és a védett övezetek demilitarizálása volt, de a gyakorlatban tehetetlennek bizonyult a folyamatos etnikai tisztogatásokkal szemben. A fegyverszünet a horvátországi frontokon 1992 elején nagyrészt életbe lépett, de a konfliktus ekkor már átterjedt Bosznia-Hercegovinára.
Az 1991-es harcok jellegének megítélése a történetírásban és az emlékezetpolitikában erősen vitatott. A horvát és szlovén hivatalos narratíva a nagy-szerb agresszió (szerbül: Velikosrpska agresija) fogalmát használja: eszerint a JNA és a szerb vezetés katonai támadást indított a demokratikusan megválasztott kormányok ellen, és a cél a szerbek által lakott területek elcsatolása volt. A szerb és a nemzetközi kritikai diskurzus egy része viszont polgárháborúként értelmezi az eseményeket, hangsúlyozva a horvátországi szerb kisebbség valós vagy vélt sérelmeit, valamint a horvát nacionalista politika diszkriminatív intézkedéseit (például az 1990-es alkotmányból kikerült a szerbek államalkotó státusza). A tudományos konszenzus e két szélsőség között helyezkedik el: a konfliktus egyszerre volt belső polgárháború és a JNA, majd Szerbia által támogatott külső beavatkozás. Az ICTY későbbi ítéletei számos JNA-tiszt és szerb politikai vezető felelősségét állapították meg, de horvát elkövetőket is elítéltek. A háborúk „jugoszláv háború” elnevezése is vitatott, mert a harcok nem általában a jugoszláv népek, hanem elsősorban a szerb és horvát (később bosnyák) felek között zajlottak.
Az 1991-es háborúk humanitárius következményei súlyosak voltak. A becslések szerint 1991 végéig több mint félmillió ember vált lakóhelyét elhagyni kényszerülté Horvátországban, és továbbiak menekültek Szlovéniából, illetve a későbbi harcok elől. A Vukovár-ostrom és a dubrovniki bombázás a nemzetközi közvéleményt megrázta, és a „balkáni háborúk” képét a 90-es évek médiája tartósan meghatározta. A menekültáradat a szomszédos országokat (különösen Németországot és Ausztriát) is érintette, és hozzájárult az európai biztonságpolitika átalakulásához.
Az 1991-es események rekonstruálásához rendelkezésre állnak a szövetségi és köztársasági kormányok határozatai, a JNA belső utasításai, az ENSZ és az EK dokumentumai, a Badinter-bizottság véleményei, valamint a helyi és nemzetközi sajtó tudósításai. Különösen értékesek a későbbi hágai bíróság (ICTY) eljárásai során nyilvánosságra került katonai iratok és a túlélők vallomásai. Ugyanakkor a konfliktus résztvevőinek visszaemlékezései gyakran elfogultak, a hivatalos statisztikák hiányosak, és a harci események leírása a szemben álló felek narratíváiban eltér.
A legnagyobb bizonytalanság az áldozatok számát érinti. A szlovén háború halottainak száma viszonylag jól dokumentált (kevesebb mint száz), de a horvátországi 1991. évi harcok áldozataira a becslések széles skálán mozognak. A horvát hivatalos adatok szerint az 1991-es évben több mint tízezer horvát halt meg, a szerb források ugyanezen időszakra más összeállításokat közölnek. A Vukovárnál elkövetett mészárlás áldozatainak pontos száma (a leggyakrabban hivatkozott 200–264 fő) továbbra is vitatott, mivel a tömegsírok feltárása és az azonosítás hosszú folyamat volt. Hasonlóképpen vitatott a JNA szlovéniai hadműveletének szándéka: egyes elemzők szerint a JNA csak a határok biztosítására törekedett, mások szerint már a szlovén vezetés letartóztatása és a függetlenség katonai megtörése volt a cél.
A nemzetközi elismerés megítélése is tudományos vita tárgya. Nincs consensus abban, hogy Németország egyoldalú lépése (1991. december 23.) mennyiben gyorsította a horvátországi harcok végét, vagy éppen ellenkezőleg, hozzájárult a boszniai háború kirobbanásához. A Badinter-bizottság jogi érvelése ugyan megalapozott, de a politikai döntések nem mindig követték a jogi ajánlásokat. Az emlékezetpolitikai viták a mai napig meghatározzák a háborúk megnevezését, a hősök és az áldozatok emlékezetét, és a jugoszláv utódállamok történetírását.