A 19. századi El Salvador történetét hagyományosan három csomópont köré szokás rendezni: az 1821. évi függetlenség, a Közép-amerikai Egyesült Tartományokhoz fűződő államideál, valamint a kávétermelés révén kialakuló, földbirtokos alapú rend. Ez az alfejezet az 1821 és az 1890-es évek közötti időszakot öleli fel. A korszakhatárok nem maguktól értetődőek: a függetlenség Salvadorban nem fegyveres nemzeti háború volt, hanem a guatemalai városi elitek döntésének helyi elfogadása; a föderáció felbomlása pedig nem egyetlen esemény, hanem 1838–1841 közötti folyamat. A kávégazdaság kibontakozása szintén fokozatos átmenet volt, amelyet a liberális földtörvények gyorsítottak fel. A téma előzménye a gyarmati Salvador társadalma és gazdasága, amelyet a korábbi alfejezet tárgyal.
A guatemalai fővárosban 1821. szeptember 15-én a főkapitányság elitjének képviselői kihirdették a függetlenséget a spanyol koronától. A mai salvadori terület ekkor nem alkotott egységes közigazgatási egységet: San Salvador intendencia, Sonsonate külön alcaldía mayor, a keleti vidékek pedig részben Guatemala felé gravitáltak. A függetlenségi aktát a helyi városi tanácsoknak küldték meg, és azokat a salvadori települések is elfogadták, de a döntés lényegében az elitek közötti hatalomátadást jelentette, nem széles népi mozgalmat. A kérdés hamar az lett, hogy a közép-amerikai tartományok a frissen létrejött Mexikói Birodalomhoz csatlakozzanak-e, vagy önálló szövetséget alkossanak. A guatemalai konzervatív elit egy része Iturbide mexikói császársága felé hajlott; Salvador több városa ezt elutasította. 1822-től a mexikói csapatok – Vicente Filísola vezetésével – bevonultak a térségbe, és San Salvadort is katonai nyomás alá helyezték. A salvadori ellenállás katonailag kudarcot vallott, ám a későbbi nemzeti emlékezet számára fontos hivatkozási ponttá vált. 1823-ban Iturbide bukása után a helyzet megváltozott: a közép-amerikai tartományok képviselői 1823. július 1-jén kimondták a teljes függetlenséget Mexikótól is, és létrehozták a Közép-amerikai Egyesült Tartományokat.
A szövetségi állam 1824-ben elfogadott alkotmánya tagállamként ismerte el Salvadort, amelynek magját San Salvador és Sonsonate 1824 körüli egyesülése alakította ki. A föderáció gyenge központi kormányzattal működött, és állandó vita folyt a vámbevételek, a hadsereg, az egyházi vagyon, valamint a főváros elhelyezésének kérdéséről. A salvadori városi elitek egy része a liberális, föderalista irányzathoz húzott, mások a guatemalai központú konzervatív berendezkedést támogatták. Az 1826 és 1829 között zajló közép-amerikai polgárháborúban a liberálisok Francisco Morazán vezetésével győztek; Morazán 1830-tól a szövetség elnöke lett, és reformokat hirdetett: az egyház kiváltságainak korlátozását, világi oktatást, a föderális intézmények megerősítését. Salvadorban a föderáció korszakának legsúlyosabb vidéki tiltakozása 1833-ban robbant ki a pipil közösségek körében, Anastasio Aquino vezetésével, a Nonualco-vidékről kiindulva. A felkelés a fejadók, a kényszermunka és a földterhek ellen irányult; a kormány katonai erővel verte le, Aquinót kivégezték. A felkelést a fennmaradt katonai jelentések és későbbi krónikák őrzik, de céljainak társadalmi összetételéről a szakirodalom vitatkozik.
A föderáció az 1830-as évek végén felbomlott. 1838-tól Nicaragua, Honduras, Costa Rica, majd Guatemala is kivált, Morazán hatalma összeomlott, és 1841-re El Salvador is önálló szuverén állammá vált. Az új állam határai nagyjából a korábbi salvadori tagállam területét fedték le, de a politikai osztály megosztott maradt: caudillók, városi frakciók, valamint liberális és konzervatív csoportok váltották egymást. A 19. század első felében a legfontosabb exportcikk az indigó volt, amelyet a part közeli és középmagas vidékeken termesztettek. Az indigó világpiaci árának ingadozása állandó bizonytalanságot okozott, a század közepén pedig a szintetikus festékek terjedése a hagyományos termelést fokozatosan visszaszorította.
A kávé ezzel párhuzamosan emelkedett fel. A vulkáni lejtők talaja és a középmagas fekvésű termőterületek kedveztek a kávécserjének, és a salvadori kávé minősége a 19. század második felében a nemzetközi piacon is keresetté vált. Az 1850-es évektől a nagyobb haciendák fokozatosan átálltak a kávéra; az 1870-es évektől a kávé az ország meghatározó exporttermékévé nőtt, az 1880-as évekre pedig a salvadori gazdaság vezérágazata lett. A fellendülés azonban nem pusztán mezőgazdasági változás volt: a kávéültetvények föld- és munkaerőigénye miatt átalakította a birtokrendszert, az állam szerepét és a vidéki társadalom viszonyait.
A döntő átalakulást a liberális reformok hozták. Az 1870-es évek elején a liberálisok hatalomra jutottak, és Rafael Zaldívar elnöksége (1876–1885) alatt új földtörvényeket vezettek be. Az 1881. évi törvény a községi közös földeket, az 1882. évi pedig az őslakos közösségi földek nagy részét magántulajdonba adta, a parcellákat egyéni tulajdonosoknak osztva ki. A hivatalos indoklás szerint a rendelkezés a mezőgazdaság korszerűsítését és a tulajdon biztonságát szolgálta; a gyakorlatban azonban a tőkeerős kávétermelők és a városi kereskedők olcsón jutottak földhöz, míg a paraszti közösségek gyakran elvesztették a közös földhasználat biztonságát. A földtörvényekkel párhuzamosan a liberális kormányok a vidéki munkaerő ellenőrzésére is törekedtek. A nincstelen parasztokat, idénymunkásokat és szolgálati viszonyban állókat szabályozó rendeletek a kávéhaciendák munkaerőszükségletét szolgálták ki. A kortársak egy része ezt modernizációnak, más része a paraszti autonómia felszámolásának látta.
A földkoncentráció mértéke a mai napig vita tárgya. A levéltári kutatások egy része szerint a közösségi földek felosztása után a legjobb kávétermő területek gyorsan nagy birtoktestekben egyesültek; más kutatások azt hangsúlyozzák, hogy a törvények nem számolták fel a kis- és középparaszti birtokokat, és egyes közösségek tagjai hivatalos címeket kaptak, noha később eladósodtak. A dokumentumok egybehangzóan jelzik azonban, hogy a kávézónákban a birtokszerkezet erősen egyenlőtlen maradt, és a föld nélküli vidéki népesség aránya növekedett. A kávébirtokokon a tulajdonosok mellett idénymunkások, részesművelők és szolgálati viszonyban álló családok dolgoztak; a munkaviszonyok helyenként adósfüggőséggel párosultak. A kávéelit – ültetvényesek, kereskedők, pénzemberek – a 19. század végére meghatározó politikai erővé vált.
A 19. századi salvadori liberalizmus nem csupán földtörvényekből állt. A kávéexportból származó bevételek lehetővé tették az állam intézményeinek kiépítését: anyakönyvi rendszer, világi oktatás, távíró, utak, később vasútvonalak létesültek. Az egyház hatalmát jogszabályokkal csökkentették, vagyonának egy részét szekularizálták. A századvégi alkotmány a képviseleti kormányzás és a világi állam elveit rögzítette, ám a választójogot a vagyon és a műveltség alapján szűkítette, így a paraszti többség, a nők és a szegényebb városi rétegek kiszorultak a politikai képviseletből. A liberális állam a kávéexport stabilitását katonai erővel és bürokratikus eszközökkel is védte, ami a 20. század elejére a kávéelit, a hadsereg és az államapparátus szoros összefonódását eredményezte.
A kávé „aranykora” tehát egyidejűleg teremtett modernizációs eredményeket és mélyülő társadalmi különbségeket. A kávéár világpiaci ingadozása közvetlenül áthatotta a vidéki béreket, a hitelviszonyokat és az állami adóbevételeket. Az 1890-es évekre a földéhség, az adóterhek és a kényszerű idénymunka miatt helyi zavargások törtek ki; ezek a 20. századi salvadori konfliktusok előfutárai. A század végén El Salvador kis, sűrűn lakott agrárállam volt, amelyet a kávéexportból élő elit uralt, de társadalmi alapjai már feszültségekkel telítettek. A földkérdés és a vidéki tiltakozás örökségét a későbbi korszakok tárgyalása viszi tovább.
Az 1821-es függetlenség és a közép-amerikai föderáció története elsődlegesen a guatemalai fővárosban keletkezett jegyzőkönyvekből, a városi tanácsok irataiból, a mexikói katonai parancsnokok jelentéseiből, valamint az 1824-es szövetségi alkotmány szövegéből ismerhető meg. A salvadori helyi eseményekre a San Salvador-i és Sonsonate-i városi iratok adnak töredékes képet; a föderáció időszakának központi levéltára a háborúk és a székhelyváltozások miatt hiányosan maradt fenn. A függetlenség szeptember 15-i napját a mai államok nemzeti ünnepként ünneplik, ezért annak utólagos értelmezése gyakran nemzeti küzdelemként mutatja be azt, ami eredeti formájában elsősorban elitpolitikai döntés volt. A mexikói annexióval szembeni salvadori ellenállás mértékét ugyancsak a nemzeti és a föderalista emlékezet erősíthette fel; a levéltárak szerint a városi tanácsok álláspontja sem volt egységes.
A föderáció bukásának okaira több magyarázat verseng: a konzervatív–liberális szembenállás, a tartományi elitek adó- és vámvitái, a külső nyomás, valamint a közlekedési nehézségek egyaránt szerepelnek a szakirodalomban. Az 1833-as Aquino-felkelésről katonai jelentések, kormányzati iratok és későbbi krónikák maradtak fenn; a felkelés társadalmi bázisának és követeléseinek értelmezése vitatott, mert a források többsége a felkeléssel szemben álló hatalom nézőpontját tükrözi.
A kávétermelés és a földkoncentráció kutatását nehezíti, hogy a 19. századi birtoknyilvántartások hiányosak, az exportstatisztikák pedig gyakran csak kikötői összesítésekből származnak, ezért becslésnek minősülnek. A községi és közösségi földek felszámolásának társadalmi hatásairól eltérő számok keringenek: a földvesztés mértéke, a törvények végrehajtásának gyorsasága és a paraszti tulajdonlás aránya helyenként más-más képet mutat. A kávéelit zárt csoportként való leírása – a közismert „tizennégy család” toposz – elsősorban emlékezetpolitikai szimbólum, nem levéltári pontossággal igazolható, rögzített lista; a gazdasági hatalom koncentrációja ugyan dokumentálható, de a családi hálózatok folyamatosan változtak. A 19. századi liberalizmus megítélésénél érdemes megkülönböztetni a törvényszövegek hivatalos célját, a végrehajtás gyakorlatát és a vidéki lakosság által elszenvedett következményeket, mert ezek nem feltétlenül estek egybe.
Az 1821. évi guatemalai függetlenségi nyilatkozatot a salvadori városi elitek elfogadták, de az önállóság formája vitatott maradt. A mexikói annexióval szembeni salvadori ellenállás, majd Iturbide bukása vezetett 1823-ban a Közép-amerikai Egyesült Tartományok létrejöttéhez, amelyben Salvadort 1824-től tagállamként ismerték el. A föderációt belső politikai és gazdasági feszültségek bomlasztották; a vidéki elégedetlenséget az 1833-as Aquino-felkelés jelezte, majd az 1838–1841 közötti folyamatban El Salvador önálló állammá vált. A század második felében a kávé vált a meghatározó exporttermékké. A liberális földtörvények 1881-ben és 1882-ben felszámolták a községi és őslakos közösségi földek nagy részét, ami a kávéültetvények terjeszkedését és a földkoncentrációt gyorsította, egyúttal növelte a vidéki szegénységet. A kávéexportból épülő liberális állam modernizálta az intézményeket, de a politikai képviseletet szűken tartotta, és a század végére a földkérdést a 20. századi konfliktusok örökségévé tette.