A spanyol hódítás Nicaraguában nem egyetlen, előre megtervezett hadjárat volt, hanem több, egymással is rivalizáló expedíció, helyi szövetségesekkel kötött megállapodások, járványok és a spanyol korona hivatali harcainak együttes eredménye. A mai Nicaragua csendes-óceáni, középső vidéke 1522–1524 között került spanyol fennhatóság alá, míg az Atlanti-óceáni, karibi partvidék évszázadokon át jórészt kívül maradt a spanyol gyarmati igazgatáson. E kettősség – a spanyol uralom alatt álló „csendes-óceáni magterület” és a vitatott, részben brit befolyás alatt álló karibi part – a későbbi nicaraguai történelem egyik meghatározó szerkezeti eleme lett.
A spanyol hódítás előtt a mai Nicaragua területe nem alkotott egységes politikai vagy etnikai egységet. A csendes-óceáni oldalon a chorotegák, nicaraók és más nahua vagy mezoamerikai kapcsolatú csoportok éltek, míg a középső hegyvidéken és a karibi oldalon más, a mezoamerikai civilizációhoz gyengébb szálakkal kötődő népek, valamint a karibi parton a miszkitók (miskito, illetve a forrásokban gyakran „mosquito” vagy „mosco”) és a sumuk laktak; ezt a kérdést a nicaraguai őslakos népek és a karib partvidék alfejezet tárgyalja részletesen. A spanyolok számára a terület elsősorban a Panama és a mai Mexikó, illetve a Csendes-óceán felé vezető útvonalak és a feltételezett tengeri átjáró miatt volt érdekes.
Kolumbusz negyedik útja során, 1502-ben a mai Nicaragua karibi partjához érkezett, de az expedíció nem hozott létre tartós települést. Az első részletesebb európai ismereteket Gil González Dávila expedíciója szerezte 1522–1523-ban, amikor a spanyolok a csendes-óceáni oldalon – a források szerint Nicarao főnökkel is találkozva – keresztülhaladtak, keresztelésről, adományokról és kisebb katonai összecsapásokról számoltak be. A „Nicaragua” név eredete a szakirodalomban vitatott: egyes magyarázatok a Nicarao nevű helyi uralkodóra, mások a náhuatl nyelvű vízre utaló kifejezésre vezetik vissza, és a 16. századi spanyol források sem adnak egységes magyarázatot. A kortárs krónikák, például Gonzalo Fernández de Oviedo munkája, akit később hivatalos történetíróként is Nicaraguába küldtek, fontos, de érdekektől sem mentes forrása a hódítás időszakának.
A döntő lépést a Panama felől kormányzó Pedrarias Dávila (Pedro Arias de Ávila) tette meg. Ő 1519-ben alapította Panama városát, és a Csendes-óceán felé terjeszkedve küldte ki Francisco Hernández de Córdobát, akit nem szabad összetéveszteni a Yucatánt korábban felfedező azonos nevű spanyol kapitánnyal. Córdoba 1524-ben ért a mai Nicaragua csendes-óceáni medencéjébe, és a hagyományos kronológia szerint két települést alapított: Leónt (a mai León Viejo helyén, a Momotombo vulkán közelében) és Granadát, a Nicaragua-tó partján. Granada alapításának napját a helyi hagyomány 1524. december 8-ára teszi, Leónét gyakran 1524. június 15-ére; a pontos napok azonban a későbbi városi mitológiában is szerepet kaptak, ezért forráskritikával kezelendők. A két alapítás a későbbi nicaraguai történelemben szimbolikus és politikai ellentét kiindulópontjává vált: Granada a nagy földbirtokos, állattenyésztő és konzervatív elit városa lett, León pedig a hivatali, egyházi és liberális értelmiség központja.
Az 1520-as évek Nicaraguában nem a rendezett gyarmati közigazgatás, hanem a rivalizáló spanyol hódítók, a helyi szövetségesek és a korona ellenőrzési kísérletei közötti küzdelem időszaka volt. A spanyolok katonai előnyét elsősorban a fémfegyverek, a lovak és a szövetséges őslakos csapatok adták, de a hódítás korántsem volt egyoldalú. Több dokumentált összecsapás mellett a döntő tényező a fertőző betegségek – himlő, kanyaró, tífusz – megjelenése volt, amelyek a spanyol érkezés előtt nem ismert járványokként söpörtek végig a sűrűn lakott csendes-óceáni völgyeken. A járványok időben gyakran megelőzték a tényleges spanyol katonai jelenlétet, mert a mezoamerikai kereskedelmi és érintkezési hálózatokon terjedtek.
A konkvisztádorok közötti hatalmi harc 1526-ban Córdoba kivégzésével tetőzött, akit Pedrarias Dávila parancsára lázadás vádjával végeztek ki. Ezt követően Pedrarias Dávila maga vette át Nicaragua irányítását, és a települések megerősítésére, valamint az encomiendák kiosztására törekedett. Az encomienda intézménye a spanyol gyarmati birodalomban azt jelentette, hogy a korona képviseletében egy-egy spanyol (encomendero) egy adott őslakos közösség adójára és munkaerejére kapott jogot, cserébe – elvileg – annak keresztény hitre térítéséért és védelméért felelt. Nicaraguában, mint máshol, ez a rendszer a gyakorlatban gyakran kényszermunkához, túlterheltetéshez és az őslakos közösségek szétzilálásához vezetett. A panaszok és a korona szabályozási kísérletei is dokumentáltak, de a helyi hivatalnokok gyakran maguk is encomenderók voltak, vagy azokkal rokoni, gazdasági viszonyban álltak, ami korlátozta a szabályok érvényesítését.
Az őslakos népesség összeomlása Nicaraguában is bekövetkezett, de a számok – mint általában a prekolumbiánus demográfiai kérdésekben – erősen vitatottak. A 16. század elejére vonatkozó becslések a csendes-óceáni és hegyvidéki területeknél több százezres, egyes módszertani megközelítések szerint akár egymilliós nagyságrendű lakossággal számolnak, míg a század végére az adójegyzékek már ennek csak töredékét mutatják. Ez a visszaesés dokumentált jelenség, de nem írható le kizárólag a spanyol kegyetlenség következményeként; a járványok, a települések összevonása (congregación), a kényszermigráció és a munka- és adórendszer együttesen idézték elő. A mai történetírás ezért általában „népességösszeomlásról” beszél, és kerüli az egyszerű ok-okozati magyarázatot.
Nicaragua a spanyol birodalmon belül kezdetben a Santo Domingói audiencia fennhatósága alá tartozott, majd a 1540-es évektől a Guatemalai audiencia és a Guatemalai főkapitányság (Capitanía General de Guatemala) része lett, amely maga az Új-Spanyolország alkirályságnak volt alárendelve. A mai Nicaragua területe azonban nem alkotott egységes kormányzóságot: a csendes-óceáni oldalon a gobernación vagy provincia kerete érvényesült, míg a karibi partot a spanyol igazgatás soha nem tudta tartósan ellenőrizni. A helyi spanyol hivatali szintek – gobernador, alcalde mayor, corregidor – alatt a városi tanácsok (cabildo) működtek, amelyekben a települések spanyol elitje képviseltette magát. A fontosabb döntések, például az encomiendák újraosztása, az adók kivetése vagy a közmunkák elrendelése a városi elit és a korona hivatalnokai közötti alkuk során születtek.
A 16. század közepén az úgynevezett Új Törvények (Leyes Nuevas, 1542) megpróbálták korlátozni az encomienda örökölhetőségét és mérsékelni az őslakosok terheit. Nicaraguában e reformok kihirdetése komoly feszültséget keltett az encomenderók között, és hozzájárult az 1550 körüli, Contreras testvérekhez köthető lázadáshoz. E lázadás során gyilkolták meg Antonio de Valdivieso püspököt, aki a domonkos rend tagjaként, a las casasi hagyományt követve az őslakosok védelmében lépett fel. A püspök meggyilkolása a gyarmati egyház és a helyi elitek közötti konfliktus egyik legismertebb nicaraguai eseménye; a pontos körülményeket – előre kitervelt merénylet vagy a felkelés pillanatnyi erőszakának része – a források eltérően adják elő, ezért a részleteket a történetírás vitatottként kezeli. Az eset ugyanakkor jól mutatja, hogy a korona jogszabályait a gyarmati periférián csak akkor tudták érvényesíteni, ha a helyi elitek érdekeivel nem ütköztek.
A városi hálózat a spanyol gyarmati berendezkedés egyik alapköve volt. Granada a Nicaragua-tó mellett a mai csendes-óceáni medence és a tó közötti kereskedelem csomópontjává vált; León az igazgatás és a püspöki székhely szerepét töltötte be. A tengerparti Realejo (a mai Corinto közelében) a 16–17. században jelentős hajóépítő központként működött, ahol a csendes-óceáni spanyol flotta számára készítettek hajókat a közeli erdők fájából. Ez a tevékenység nemcsak a faanyag és az őslakos munkaerő kiaknázásával járt, hanem összekapcsolta Nicaraguát a spanyol birodalom Csendes-óceáni kereskedelmi útvonalaival. A gyarmati Nicaragua gazdasága ugyanakkor nem vált olyan exportsikerré, mint a perui ezüst vagy a későbbi karibi cukor; a helyi gazdagság a 16. században elsősorban a földből, az állattenyésztésből, a kakaóból és az őslakos adóból származott, miközben az arany és ezüst kitermelése korlátozott maradt.
A katolikus egyház a spanyol hódítás kezdettől fogva intézményesen jelen volt Nicaraguában. Az első szerzetesrendek – domonkosok, ferencesek, mercedariusok – a hódítást követő évtizedekben missziós állomásokat hoztak létre az őslakos települések közelében. A püspökség megszervezése is az 1530-as évekre nyúlik vissza; a püspökök közül a legnagyobb hatást Antonio de Valdivieso gyakorolta, akinek prédikációi és írásai az encomienda-rendszerrel szembeni korabeli kritika részét alkották. Az egyház szerepe azonban nem volt egységes: más papok és szerzetesek maguk is részesültek az encomienda jövedelmeiből, illetve a gyarmati társadalom rendjének részeként működtek. A keresztény térítés gyakorlata a helyi kozmológiák és rítusok elnyomásával járt, de egyúttal új, szinkretikus formákat is létrehozott, amelyek a későbbi népi vallásosságban keverték a katolikus szentek tiszteletét a helyi szellemekkel, ünnepekkel és gyógyító eljárásokkal.
A társadalom spanyol uralom alatti átalakulása nem írható le kizárólag spanyol–őslakos ellentétként. A hódítók és a későbbi telepesek gyakran kötöttek kapcsolatokat helyi nőkkel, ami a mesztic (vegyes európai és őslakos származású) lakosság növekedéséhez vezetett. A mesztic kategória a gyarmati rendszerben jogi és társadalmi helyzetet is jelölt: a mesztic férfiak tipikusan a spanyol elitek és az őslakos közösségek közötti köztes térben mozogtak, olykor kisebb hivatalokat, kézműves tevékenységet vagy városi szolgálatot viseltek. A faji és etnikai kategóriák – español, mesztic, indio, mulato – a spanyol korona által fenntartott rendi-korporatív társadalomban rangsort is kifejeztek, de a határok a gyakorlatban átjárhatók voltak, és a helyi társadalmakban a tényleges hatalmi viszonyok gyakran fontosabbak voltak a jogi besorolásnál. Afrikai rabszolgák és szabad feketék is jelen voltak Nicaraguában, de számuk – a karibi ültetvényes gyarmatokhoz képest – a csendes-óceáni oldalon viszonylag alacsony maradt; a rabszolgaság intézménye azonban itt is létezett, és a transzatlanti rabszolga-kereskedelem Nicaraguát sem hagyta érintetlenül, különösen a későbbi századokban.
A spanyol korona és az egyház által meghirdetett „redukciók” (reducciones de indios) az őslakos lakosság területi összevonását célozták. Ennek az volt a célja, hogy az adóztatást, a missziós munkát és a munkaszolgálatot könnyebben lehessen megszervezni. A gyakorlatban ez az őslakos közösségek hagyományos településszerkezetének, földhasználatának és rokoni hálózatainak felszámolását vagy átalakítását jelentette. A későbbi latin-amerikai történetírás ezt a folyamatot az őslakos önállóság egyik legnagyobb csapásaként értékelte, bár az egyes közösségek alkalmazkodási és ellenállási lehetőségei eltérőek voltak. A közösségi földek (ejidos) és a saját önkormányzat bizonyos formái a gyarmati korban is megmaradtak, így az őslakos népek nem váltak teljesen jogfosztottá, de a spanyol hódítás előtti társadalmi-politikai szervezeteik szétestek vagy átalakultak.
A spanyol gyarmati uralom Nicaraguában mindig is a csendes-óceáni oldalra és a belső medencére összpontosult. Az Atlanti-óceáni, karibi partvidék – az esőerdőkkel borított, alacsony, folyókkal tagolt terület – a spanyolok számára sem gazdaságilag, sem katonailag nem volt kellően vonzó. A spanyol korona több kísérletet tett a partvidék ellenőrzésére, de a 16–17. században tartós gyarmati települést nem tudott ott létrehozni. A hódítás előtti és gyarmati kori karibi partvidék népei, mindenekelőtt a miszkitók, saját politikai szervezettel rendelkeztek, és kereskedtek a térségben; a nicaraguai őslakos népek és a karib partvidék alfejezet ezt részletesebben tárgyalja.
A 17. századtól a karibi partvidék fokozatosan az angol, később brit befolyás alá került. Ez nem formális gyarmatosítást jelentett, hanem kereskedelmi kapcsolatokat, szövetségeket és a spanyol fennhatóság elleni közös fellépést. Az angolok fegyvereket, textíliákat és más árukat adtak el a miszkitóknak, akik cserébe kalózhajóknak nyújtottak támogatást, faanyagot és helyi ismereteket. A miszkitó közösségek a 17. század folyamán egyre inkább központosított „királyság” formájába szerveződtek, és brit segítséggel a spanyol gyarmati területek elleni támadásokban is részt vettek. A forrásokban „Miskito Királyság” vagy „Mosquito Királyság” néven felbukkanó alakulat nem mai értelemben vett állam volt, hanem patrónus–kliens viszonyok, helyi főnöki tekintélyek és brit politikai érdekek sajátos keveréke. A brit fennhatóság formái is változtak: a 18. században időszakos brit protektorátus, majd a 19. században formálódó brit–spanyol, később brit–nicaraguai viták tárgya lett, amit a függetlenség, a föderáció és a 19. század alfejezet tárgyal majd.
A karibi partvidék spanyol forrásokban való alulreprezentáltsága komoly forráskritikai problémát jelent. A 16. századi spanyol krónikák és hivatali iratok a csendes-óceáni hódításra összpontosítanak, és a karibi partot gyakran csak ellenséges, lakatlan vagy civilizálatlan területként említik. A miszkitók és más karibi partvidéki népek saját írásos hagyománya a 16–17. századból nem, vagy alig áll rendelkezésre, így a történetírás elsősorban későbbi brit hivatali iratokra, útleírásokra, valamint a jelenkori szóbeli hagyományra támaszkodik. Ez azt jelenti, hogy a karibi partvidék gyarmati kori történetének jó része csak töredékesen rekonstruálható, és a jelenkori miszkitó identitáspolitika számára is fontos, hogy a múltat ne kizárólag spanyol, majd brit szemüvegen keresztül lássuk.
A 16. század második felére Nicaragua csendes-óceáni oldala viszonylag stabil gyarmati perifériává vált. A városokat – Granadát, Leónt, Realejót – spanyol telepesek, meszticek, kisebb számú afrikai származású ember és a környék őslakos közösségei lakták. A gazdaságot a nagy kiterjedésű állattartó haciendák, a kakaó- és indigótermelés, a fa és a helyi élelmiszertermelés jellemezte. A spanyol korona által kivetett adók mellett az egyház tizedet és más járulékokat szedett; a kincstár és az egyház bevételei azonban a periférikus helyzet miatt szerények maradtak, így Nicaragua a Guatemalai főkapitányságon belül is a kevésbé fontos tartományok közé tartozott.
A városi politika a cabildók körül szerveződött, amelyekben a helyi spanyol elit – a nagy földbirtokosok, a kereskedők és a hivatalnokok – döntött a helyi ügyekről. Granada és León vetélkedése már a 16. században megmutatkozott: Granada a tóparti kereskedelemre és a földbirtokra építette befolyását, León az igazgatási és egyházi központ szerepét hangsúlyozta. Ez a kettőség a későbbi századokban politikai lojalitássá is vált, és a függetlenség utáni konzervatív–liberális szembenállás földrajzi magja lett. Ezt a folyamatot a függetlenség, a föderáció és a 19. század alfejezet dolgozza ki részletesen.
Az őslakos közösségek számára a gyarmati konszolidáció az adókötelezettségek, a munkaszolgálat és a vallási kötelezettségek intézményesülését jelentette. A közösségek ugyanakkor rendelkeztek bizonyos önkormányzati jogokkal, saját földekkel és képviselőkkel, akik a spanyol hatóságok és a közösség között közvetítettek. A gyarmati bíróságok előtti perek – például földviták, adókorrekciók, encomenderókkal való konfliktusok – dokumentálják, hogy az őslakos közösségek nem voltak passzív elszenvedői a rendszernek, hanem jogi eszközökkel is éltek, ha erre lehetőségük nyílt. Ezek az iratok ma a legfontosabb források közé tartoznak, mert tartalmazzák a helyi elit, a korona hivatalnokai és az őslakos közösségek közötti mindennapi vitákat.
A nicaraguai spanyol hódításról és a korai gyarmati korról szóló ismeretek alapvetően négy forráscsoportból származnak. Az első a spanyol krónikás irodalom, elsősorban Gonzalo Fernández de Oviedo „Historia general y natural de las Indias” című műve, amely azért különösen értékes, mert szerzője az 1520-as években Nicaraguában is járt, és hivatalos megbízásból írta le a hódítást és a gyarmati viszonyokat; ugyanakkor Oviedo a spanyol korona nézőpontját képviselte, és a konkvisztádorok közötti vitákban is állást foglalt. A második csoport a közigazgatási és jogi iratok, így az Archivo General de Indiasban (Sevilla) őrzött audiencia-akták, adójegyzékek, periratok és kinevezési oklevelek. Ezek a dokumentumok tényeket rögzítenek, de keletkezésük, megőrzésük és értelmezésük is hatalmi viszonyokhoz kötött.
A harmadik forráscsoport az egyházi iratok: püspöki jelentések, szerzetesrendi krónikák, zsinati határozatok és anyakönyvek. Az őslakos népek szempontjából ezek különösen fontosak, mert a keresztelési, házassági és halotti anyakönyvek – bár töredékesen – rögzítik a helyi közösségek egyes tagjait, neveit és családi viszonyait. A negyedik csoport a régészeti anyag, mindenekelőtt a León Viejo (Régi León) romjainál végzett ásatások, amelyek 2000-ben UNESCO világörökségi védelmet is kaptak. A régészeti leletek lehetővé teszik a spanyol alapítású városok anyagi kultúrájának, az európai és helyi technikák keveredésének, valamint a mindennapi életnek a vizsgálatát.
Számos bizonytalanság terheli ezt a történeti időszakot. A prekolumbiánus népesség nagysága és a 16. századi demográfiai összeomlás mértéke módszertani vita tárgya; a különböző becslések eltérő kiindulási adatokat és halálozási arányokat használnak. A hódítás eseménytörténetének egyes részletei – például a León és Granada alapításának pontos dátuma, a Córdoba elleni vádak természete vagy a Valdivieso-gyilkosság körülményei – ellentmondásosak a fennmaradt forrásokban. A karibi partvidék gyarmati kori múltja pedig alapvetően forráshiányos terület; a miszkitó és más közösségek 16–17. századi története a szóbeli hagyomány és a későbbi európai beszámolók egybevetésével csak részlegesen rekonstruálható.
A „hódítás” és a „gyarmati erőszak” fogalmai is értelmezési vitákhoz kötöttek. A modern történetírás jellemzően nem használja a „civilizációs misszió” korábbi retorikáját, és a spanyol gyarmati rendszert strukturális erőszakkal, kényszermunkával és az őslakos társadalmak megbontásával jellemzi. Ezzel együtt hangsúlyozza a helyi csoportok aktív szerepét: a hódításban részt vevő szövetséges őslakos csapatokat, a tárgyalásokat, az alkalmazkodást és a jogi ellenállást. A nemzeti romantikus narratíva Nicaraguában is hajlamos volt a spanyol gyarmati kort egysíkúan sötét időszakként, a függetlenségi korszak hőseit pedig előzmény nélküliként ábrázolni; a forráskritikai megközelítés ezt a képet árnyalja.
Nicaragua spanyol meghódítása 1522–1524 között, panamai kiindulással zajlott, és Gil González Dávila, majd Francisco Hernández de Córdoba expedíciói nyomán vezetett Granada és León megalapításához. A hódítás nem volt egységes hadjárat: a spanyol hódítók közötti rivalizálás, a helyi szövetségesek és a járványok egyaránt alakították. Nicaragua a Guatemalai főkapitányság része lett, de a spanyol gyarmati igazgatás elsősorban a csendes-óceáni medencére korlátozódott. A gazdaság az állattartásra, a kakaóra, a hajóépítésre és az encomienda intézményére épült; a 16. századi népességösszeomlás után a korai gyarmati társadalom spanyol elitekből, meszticekből, őslakos közösségekből és kisebb számú afrikai származású emberből állt. Az egyház, különösen Antonio de Valdivieso püspök fellépése révén, belső kritikát is megfogalmazott, de intézményként része volt a gyarmati rendnek. A karibi partvidék kimaradt a spanyol ellenőrzésből, és a 17. századtól brit befolyás alatt a miszkitó királyság sajátos, nem spanyol gyarmati pályát alakított ki. Ez a kettősség a későbbi nicaraguai államiság egyik alapvető feszültségforrása maradt.