Az 1821-es függetlenség fordulópontot jelentett a földszoros történetében: a spanyol gyarmati uralom véget ért, de Panama nem vált önálló nemzetállammá. A terület előbb Nagy-Kolumbia, majd annak felbomlása után Új-Granada, később Kolumbia része lett, és a 19. századot a központi hatalomtól való függés, a regionális autonómia ingadozása, valamint a tranzitkereskedelem fellendülése határozta meg. Az alfejezet az 1821-től a századfordulóig tartó időszakot tekinti át; a csatorna építését és az 1903-as elszakadást már A csatorna építése és az 1903-as függetlenség tárgyalja, az előzményekhez pedig A földszoros és a gyarmati kereskedelem nyújt hátteret.
Az 1821-es függetlenség előzményei a spanyol-amerikai függetlenségi háborúkhoz kapcsolódnak. A napóleoni megszállás és a spanyol monarchia válsága a földszoroson is megingatta a gyarmati kormányzás legitimitását. Panama városában a kreol kereskedőelit egy része már az 1810-es években is érdekelt volt a kereskedelmi korlátozások enyhítésében. A döntő fordulatot azonban Simón Bolívar hadjáratainak híre hozta el: amikor a dél-amerikai függetlenségi erők győzelmei nyomán a spanyol katonai erő meggyengült a térségben, a panamavárosi városi tanács és a helyi katonai parancsnok, José de Fábrega egyetértésével 1821. november 28-án kikiáltották a földszoros függetlenségét Spanyolországtól. Ez dokumentált tény: a függetlenségi aktát a városi tanács ülésén fogadták el, és a korabeli jegyzőkönyvek, valamint a spanyol és köztársasági levéltárak iratai őrzik.
A november 28-i esemény megítélése azonban vitatott. Egyes történetírások békés, elitvezérelt átmenetként mutatják be, mások hangsúlyozzák, hogy a vidéki területek – például Veraguas – kezdetben vonakodtak, és a függetlenség elfogadása a városi elitek és a katonai erő nyomása nélkül nem lett volna ilyen gyors. A résztvevők motivációi is eltérőek voltak: a kereskedőréteg a monopóliumok megszüntetését és a szabadabb áruforgalmat várta, a hivatalnokok egy része a kialakuló köztársasági lojalitást követte, a szegényebb városi lakosság és a vidéki közösségek hangja viszont alig jelenik meg a fennmaradt forrásokban. A szóbeli hagyomány szerepe itt korlátozott, mert az esemény elsősorban írott városi forrásokban maradt fenn; a későbbi panamai és kolumbiai nemzeti emlékezet viszont eltérő hangsúlyokkal idézi fel a november 28-i dátumot.
A függetlenség kikiáltása után a földszoros vezetői nem független állam létrehozására törekedtek, hanem csatlakoztak a Bolívar vezette Nagy-Kolumbiai Köztársasághoz. A csatlakozás 1821 decemberében történt; a korabeli elnevezés „Kolumbiai Köztársaság” volt, a történetírás a mai Kolumbiától való megkülönböztetésül használja a „Nagy-Kolumbia” kifejezést. Panama a Nagy-Kolumbia földszoros tartománya lett. Bolívar számára a földszoros stratégiai jelentősége kiemelkedő volt: az Atlanti- és a Csendes-óceán közötti átkelési lehetőség a spanyol-amerikai egység egyik logisztikai kulcsának számított.
Ennek a stratégiai szerepnek a jele volt az 1826-os Panamai Kongresszus (Congreso Anfictiónico de Panamá), amelyet Bolívar kezdeményezett a spanyol-amerikai államok közötti szövetség és együttműködés megteremtésére. A kongresszus 1826 nyarán ült össze Panama városában; résztvevői között Nagy-Kolumbia, Peru, Mexikó és Közép-Amerika képviselői voltak, más államok megfigyelőket küldtek vagy távol maradtak. A kongresszus dokumentált esemény, de hosszú távú hatása korlátozott maradt: a résztvevők közötti érdekellentétek és a távolság miatt a megállapodások nem váltak tartós intézményekké. A kongresszust a későbbi pánamerikanizmus egyik előzményeként tartják számon, ez azonban utólagos értelmezés, nem a korabeli világos intenció.
Nagy-Kolumbia felbomlása 1830–1831-ben új helyzetet teremtett. Bolívar halála és a belső politikai széthúzás nyomán Venezuela és Ecuador kivált, a megmaradt terület pedig Új-Granadai Köztársaság néven szerveződött újjá. Panama ettől kezdve az Új-Granadai Köztársaság, majd a későbbi kolumbiai államalakulatok része lett. A 19. század folyamán a központi állam neve és szerkezete többször változott: 1831–1858 között Új-Granadai Köztársaság, 1858–1863 között Granadai Konföderáció, 1863–1886 között Kolumbiai Egyesült Államok, 1886-tól Kolumbiai Köztársaság. Panama ezekben hol tartományként, hol szövetségi államként, hol departmentként szerepelt.
A kolumbiai kötődés a 19. században nem volt zökkenőmentes. A földszoros elitek egy része többször is nagyobb autonómiát, sőt időleges függetlenséget követelt. 1830-ban és 1831-ben rövid életű elszakadási kísérletek zajlottak, amelyek azonban nem vezettek tartós államalakulathoz. Az 1840–1841-es években Tomás Herrera vezetésével kikiáltották a független Isthmus Szabad Államot (Estado Libre del Istmo), miután Új-Granadát polgárháború sújtotta és a központi hatalom átmenetileg meggyengült. Herrera kormányzata azonban hamarosan tárgyalásokat kezdett, és a földszoros 1841 végén visszatért Új-Granadához. Ezek az epizódok dokumentált események, de értelmezésük vitatott: egyes történészek a korai panamai szeparatizmus bizonyítékait látják bennük, mások szerint inkább a központi hatalom tehetetlenségére és a helyi elitek taktikai manővereire utalnak, nem pedig egy koherens nemzeti mozgalomra.
A 19. század közepén a földszoros gazdasági jelentősége újra megnövekedett. A spanyol flottarendszer megszűnése után a kereskedelem szerkezete átalakult, de a tranzitforgalom továbbra is fontos maradt. A döntő lökést az 1840-es évek végi kaliforniai aranyláz adta: az Egyesült Államok keleti partjáról nyugatra tartó aranyásók tömegei választották a rövidebb tengeri utat, amely a földszoroson átkelést igényelt. Az utasok a Chagres folyón és szárazföldi ösvényeken jutottak át az egyik óceántól a másikig, ami járványoknak és rablásoknak kitett, nehéz utazás volt.
Az 1846-os Mallarino–Bidlack szerződés alapozta meg az Amerikai Egyesült Államok növekvő jelenlétét a földszoroson. Az Új-Granada és az Egyesült Államok közötti megállapodás dokumentált tény: az Egyesült Államok tranzitjogot kapott a földszoroson, cserébe garantálta a terület semlegességét és Új-Granada szuverenitását Panama felett. A szerződés kettős következménnyel járt: egyrészt jogi keretet adott a tranzitforgalom amerikai érdekek szerinti bővítéséhez, másrészt jogalapot teremtett a későbbi amerikai katonai beavatkozásokhoz. A szerződés értékelése a kolumbiai és panamai történetírásban máig vitatott; egyes elemzések a központi kormányzat pragmatikus döntéseként védik, mások a szuverenitás fokozatos feladásának kezdetét látják benne.
A növekvő amerikai jelenlét társadalmi feszültségeket szült. 1856. április 15-én Panamavárosban összecsapás tört ki amerikai állampolgárok és helyi lakosok között, amelyet a történetírás gyakran „görögdinnye-incidensnek” nevez. Az esemény dokumentált: az incidens halálos áldozatokat követelt, és az amerikai haditengerészet rövid partraszállással válaszolt. A részletek és a felelősség kérdése azonban vitatott; az amerikai források a helyiek provokációját hangsúlyozták, a kolumbiai és helyi források a tranzitforgalommal járó feszültségeket és az amerikaiak viselkedését emelték ki. Az incidens jelezte, hogy a földszoros tranzitszerepe nem csupán gazdasági lehetőség, hanem konfliktusforrás is.
A vasútépítés a korszak legnagyobb infrastrukturális vállalkozása volt. A Panama Railroad Company amerikai tőkével alakult, és 1850–1855 között építette meg a vasutat az Atlanti-óceán partján fekvő Colón és Panamaváros között. A vasút hossza mintegy 76 kilométer (47 mérföld) volt. Az építés rendkívüli emberi költséggel járt: a munkásokat kolera, sárgaláz, malária és a trópusi éghajlat viselte meg. A munkások között jamaicai, ír, kínai és helyi munkások dolgoztak. A halálozási adatok bizonytalanok: a társaság nyilvántartásai hiányosak, a kortárs és utólagos becslések több ezerre teszik a halottak számát, de a pontos szám vitatott. Ezt a bizonytalanságot jelölni kell, nem szabad egyetlen kerek számot tényként közölni.
A vasút 1855. januári átadása alapvetően átalakította a földszoros gazdaságát. A tranzitforgalom gyorsabbá és biztonságosabbá vált, ami tovább növelte a Panamán átkelő utasok és áruk számát. A vasút atlanti végállomása mellett kialakult települést a társaság és az amerikai köznyelv Aspinwallnak nevezte, míg a helyi lakosság körében a Colón név terjedt; a hivatalos névhasználat később Colónra egységesült. A vasút bevételei jelentős jövedelmet hoztak, de a tulajdonosi és üzemeltetési jogok nagy része amerikai kézben maradt. A panamai és kolumbiai gazdaság számára a vasút elsősorban szolgáltatási és vámbevételeket jelentett, miközben a tényleges gazdasági irányítás a külföldi társaságé volt.
A 19. század közepén a rabszolgaság eltörlése is érintette a földszoros társadalmát. Új-Granadában 1851-ben törvényt fogadtak el a rabszolgaság felszámolásáról, amely 1852. január 1-jén lépett hatályba. A törvény dokumentált tény, és Panama területére is vonatkozott. A végrehajtás azonban nem jelentett automatikus társadalmi egyenlőséget: a volt rabszolgák és leszármazottaik gyakran kényszerűen alacsony bérű munkát vállaltak, és a faji hierarchiák a gyarmati korszakból örökölt formákban tovább éltek. Az afro-panamai közösségek szerepe a vasútépítésben és a tranzitgazdaságban jelentős volt, de a róluk szóló források gyakran hiányosak vagy a munkaadók szemszögéből íródtak.
A szövetségi korszak Panamának nagyobb formális autonómiát hozott. Az 1850-es évek elejétől Új-Granada fokozatosan föderális irányba mozdult el, és 1855-ben Panama szövetségi állami státust kapott. Az 1863-as Rio Negro-i alkotmány létrehozta a Kolumbiai Egyesült Államokat, amelyben Panama a kilenc szuverén állam egyike lett. Ez a berendezkedés formálisan széles önkormányzati jogokkal ruházta fel a tagállamokat, a gyakorlatban azonban a központi kormányzat adó- és katonai ügyekben gyakran beavatkozott. Az 1886-os centralista alkotmány ezt a korszakot lezárta: a tagállamok önállóságát felszámolta, és Panama departmentté alakult, ami a helyi elitek körében sérelmet váltott ki.
A 19. század utolsó harmadában a földszoros gazdasága továbbra is a tranzitforgalomra és a külföldi kereskedelmi érdekekre épült. A vasút mellett a hajózási társaságok, a kereskedelmi ügynökségek és a vámhivatalok szervezték a mindennapi gazdasági életet. A mezőgazdaság – különösen a belső vidéki területeken – eltartó jellegű maradt, és nem tudott lépést tartani a tranzitgazdaság koncentrált jövedelmeivel. A jövedelmi és regionális egyenlőtlenségek felerősödtek: Panama város és Colón a külföldi kereskedelem csomópontjaivá váltak, míg a vidéki területek, például Veraguas vagy Chiriquí, gyenge infrastruktúrával és korlátozott politikai érdekérvényesítéssel rendelkeztek.
A századvég kolumbiai polgárháborúi tovább mélyítették a panamai sérelmeket. Az 1899–1902 közötti Ezer napos háború (Guerra de los Mil Días) a földszoroson is harcokkal járt, és a központi kormányzat katonai és adóterhei miatt a helyi lakosság jelentős nyomást érzett. A háború megerősítette a panamai elitek kritikáját, akik a központi hatalmat alkalmatlannak tartották a földszoros védelmére és gazdasági fejlesztésére. Ez a tapasztalat közvetlen előzményévé vált a 20. század eleji eseményeknek, de a konkrét elszakadási folyamatot – ahogyan azt a következő alfejezet tárgyalja – elsősorban az amerikai stratégiai érdekek és a csatornaépítés körüli tárgyalások kudarca indította el.
A korszakról szóló források sokrétűek, de egyenetlenül oszlanak meg. A spanyol gyarmati levéltárak (Archivo General de Indias), a kolumbiai és panamai nemzeti levéltárak, a városi tanácsi jegyzőkönyvek és a kormányzati iratok a közigazgatás- és eseménytörténet szempontjából gazdag anyagot kínálnak. A vasúttársaság jelentései, a hajózási társaságok iratai és a kortárs újságok a tranzitgazdaság működéséhez szolgáltatnak adatokat. A szegényebb rétegek, a nők, az afro-panamai közösségek és a vidéki lakosság tapasztalatai azonban a hivatalos iratokban alig jelennek meg közvetlenül; ezek rekonstruálásához a bírósági jegyzőkönyvek, anyakönyvek és a későbbi szóbeli történeti gyűjtések nyújthatnak részleges segítséget.
A számok és becslések terén különös óvatosság indokolt. A vasútépítés halottainak száma, a tranzitforgalom pontos volumene és a rabszolgaság eltörlésének társadalmi hatása mind olyan terület, ahol az adatok módszertani becslésen alapulnak. A halálozási adatokat a források eltérően adják meg; a társaság kimutatásai nem terjednek ki minden munkáscsoportra, ezért a valós áldozatszám csak hozzávetőlegesen becsülhető. A demográfiai adatok szintén hiányosak: a 19. századi népszámlálások nem fedték le egyenletesen a vidéki területeket, és a vándorló munkások egy része nem szerepelt a nyilvántartásokban.
Több állítás vitatott értelmezés alá esik. A panamai függetlenség 1821-es jellege – elitvezérelt vagy szélesebb társadalmi támogatottságú – továbbra is vita tárgya. A regionális szeparatizmus 19. századi gyökereit a modern panamai nemzeti történetírás hajlamos visszavetíteni a korábbi időszakra; a kolumbiai történetírás ezzel szemben gyakran a központi közigazgatás szemszögéből bagatellizálja a helyi sérelmeket. Az Amerikai Egyesült Államok szerepének megítélése szintén erősen vitatott: egyes szerzők a tranzitforgalom modernizáló hatását emelik ki, mások a birodalmi beavatkozás korai formáját látják a Mallarino–Bidlack szerződésben és a vasúti koncesszióban. A november 28-i függetlenségi aktus emlékezetpolitikai állításként is működik: a panamai nemzeti ünnepek sorában a dátum a spanyol uralom alóli felszabadulást jelöli, miközben a Kolumbiához fűződő viszony értékelése a mai napig érzékeny téma marad.
Összességében az 1821 és a századforduló közötti időszak nem egyszerűen a kolumbiai fennhatóság passzív elszenvedését jelentette. A földszoros kereskedelmi és stratégiai szerepe folyamatosan új lehetőségeket és új konfliktusokat teremtett. A spanyol gyarmati uralom vége után a terület a nagy-kolumbiai egység, majd a kolumbiai szövetségi és centralista államalakulatok része lett; közben a tranzitforgalom és a vasút növekvő amerikai jelenlétet hozott, miközben a helyi elitek autonómiatörekvései, a társadalmi egyenlőtlenségek és a kolumbiai belháborúk olyan feszültségeket halmoztak fel, amelyek a 20. század elején a földszoros leválásához vezettek.
Az alfejezet elsődleges forrásai közé tartoznak a spanyol gyarmati és köztársasági levéltárak iratai: a panamavárosi városi tanács 1821. novemberi jegyzőkönyvei, a függetlenségi aktus, a Nagy-Kolumbia közigazgatási iratai, a kolumbiai alkotmányok szövegei, a Mallarino–Bidlack szerződés, valamint a Panama Railroad Company jelentései és a kortárs sajtó. A vasútépítés halálozási adatai és a tranzitforgalom egyes részletei statisztikai becslések, mivel a társasági nyilvántartások hiányosak. A helyi lakosság és a munkások tapasztalatai gyakran csak közvetett forrásokból rekonstruálhatók. Vitatott értelmezést igényel a függetlenség társadalmi bázisa, a szeparatizmus gyökerei, az amerikai szerep megítélése és az 1856-os incidens felelősségének kérdése. A november 28-i dátum emlékezetpolitikai szerepe szintén a történelmi viták része.