A második világháború Kelet-Közép-Európában nem csupán hadműveletek sorozata volt, hanem a megszálló rezsimek, a helyi társadalmak és a nemzeti konfliktusok radikalizálódásának korszaka. Ahogy a Autoriter és jobboldali fordulatok alfejezetben láthattuk, a térség államai az 1930-as évek végére részben tekintélyelvű rendszerekké váltak, és külpolitikailag a náci Németország vagy a Szovjetunió vonzásában mozogtak. A háború kitörése után azonban a régió nagy része közvetlen megszállás alá került: a náci Németország és a Szovjetunió érdekszférákra osztotta, majd egymás ellen fordulva alakította át a terület közigazgatását, gazdaságát és etnikai viszonyait. Az alfejezet a második világháború kelet-közép-európai szakaszát a megszálló rezsimek működésén, a helyi együttműködés és ellenállás formáin, valamint a háború hosszú távú következményein keresztül mutatja be.
A második világháború kelet-közép-európai kereteit az 1939. augusztus 23-án Moszkvában aláírt Molotov–Ribbentrop-paktum (hivatalos nevén német–szovjet megnemtámadási szerződés) teremtette meg. A szerződéshez csatolt titkos kiegészítő jegyzőkönyv – amelynek létezését a szovjet fél hivatalosan 1989-ig tagadta, de ma már elsődleges forrásokkal dokumentált – Kelet-Európát német és szovjet érdekszférákra osztotta. Lengyelországot a Narew, a Visztula és a Szan folyók vonalánál kettéválasztották; a balti államok (Finnország kivételével), valamint Besszarábia a szovjet érdekszférába került. A paktum értelmezése a történetírásban vitatott: egyes értelmezések szerint a Szovjetunió csupán időt akart nyerni a náci Németországgal szemben, míg a régió országainak történetírása és a nyugati szakirodalom többsége a térség felosztásának szándékát hangsúlyozza. Tényként rögzíthető, hogy a paktum megkötése után Németország 1939. szeptember 1-jén megtámadta Lengyelországot, a Szovjetunió pedig szeptember 17-én bevonult Lengyelország keleti területeire, arra hivatkozva, hogy a lengyel állam összeomlása után a helyi ukrán és belorusz lakosságot védi. A két megszálló hatalom szeptember 28-án újabb szerződésben módosította a felosztást: Litvánia a szovjet érdekszférába került, cserébe a Visztulától keletre eső lengyel területek egy része német kézbe jutott.
Lengyelország 1939 őszén ténylegesen megszűnt független államként létezni. Németország a nyugati és északi területeket – így Danzig–Nyugat-Poroszországot, a Warthegau néven elhíresült Nagy-Lengyelországot és Felső-Sziléziát – közvetlenül a Birodalomhoz csatolta. A középső területeken létrehozta a Lengyel Főkormányzóságot (Generalgouvernement), amelyet Hans Frank vezetett, és amely a náci megszállási politika kísérleti terepe lett. A német megszállás célja nem csupán a terület ellenőrzése volt, hanem a lengyel állam és a lengyel értelmiség megsemmisítése: az úgynevezett AB-akció keretében 1940 tavaszán több ezer tanárt, tisztviselőt, papot és politikust végeztek ki. A zsidó lakosságot gettókba kényszerítették; a legnagyobb, a varsói gettó 1940 őszén jött létre. A lengyel lakosságot kényszermunkára hurcolták, és megkezdődött a német telepítések előkészítése.
A szovjet megszállás alá került keleti területeket – amelyeket a szovjet terminológia Nyugat-Ukrajna és Nyugat-Belarusz néven a megfelelő szovjet tagköztársaságokhoz csatolt – hasonlóan erőszakos szovjetizálás jellemezte. Az államosítások, a „osztályellenségnek” minősített csoportok – földbirtokosok, tisztek, értelmiségiek, egyházi személyek – tömeges letartóztatása és deportálása azonnal megkezdődött. A legismertebb bűntett a katyńi vérengzés volt: 1940 tavaszán a szovjet belügyi szervek (NKVD) mintegy 22 ezer lengyel hadifoglyot és civilt végeztek ki, köztük a katyńi erdőben, Harkovban és Tverben. A tömegsírok egy részét a németek 1943-ban fedezték fel és használták fel propaganda céljaira; a szovjet kormány a németeket vádolta. A felelősséget a szovjet vezetés hivatalosan csak 1990-ben ismerte el, a szovjet archívumok részleges megnyitása után. A katyńi vérengzés áldozatainak pontos száma vitatott, de a 21–22 ezres nagyságrend a legtöbb forrás szerint elfogadott.
A Molotov–Ribbentrop-paktum titkos záradékai alapján a Szovjetunió 1939 őszén nyomást gyakorolt a balti államokra. Észtország, Lettország és Litvánia kényszerű kölcsönös segítségnyújtási szerződéseket írt alá, amelyek lehetővé tették szovjet katonai támaszpontok létesítését. A következő lépés 1940 júniusában következett be, amikor a Szovjetunió ultimátumokat intézett a három kormányhoz, új, szovjetbarát kormányok alakítását követelve. A szovjet csapatok bevonultak, majd a Moszkvából irányított „népi kormányok” megszervezték a „parlamenti választásokat”, amelyeken csak kommunista irányítású jelöltek indulhattak. Az így megválasztott testületek „kérték” a három ország felvételét a Szovjetunióba, amely 1940 augusztusában megtörtént. A nyugati hatalmak többsége – az Amerikai Egyesült Államok, az Egyesült Királyság – az annexiót de jure nem ismerte el, és a balti államokat megszállt országokként kezelte. A szovjet/orosz hivatalos álláspont szerint a balti államok önkéntesen csatlakoztak, míg a balti és a nyugati történetírás, valamint a mai balti államok jogi értelmezése szerint illegális megszállás és annexió történt. A szovjet uralom első hónapjaiban tömeges államosítások, letartóztatások és deportálások zajlottak; 1941 júniusában, közvetlenül a német támadás előtt, több tízezer embert – köztük nőket és gyermekeket – hurcoltak Szibériába.
Hasonló forgatókönyv szerint zajlott Besszarábia és Észak-Bukovina szovjet annexiója. 1940 júniusában a Szovjetunió ultimátumban követelte Romániától a két terület átadását. Románia – amely a nyugati hatalmak támogatását elvesztette, és a német–szovjet paktum miatt nem számíthatott segítségre – engedett. A szovjet csapatok bevonultak, és a terület nagy részét a Moldáv SZSZK-hoz csatolták, míg Észak-Bukovinát és Besszarábia déli részét Ukrajnához. A szovjet hatalomátvétel itt is államosítással, a „burzsoá elemek” üldözésével és deportálásokkal járt.
A megszállt területeken a helyi lakosság reakciói korántsem voltak egységesek. A szovjet uralom alatt elszenvedett elnyomás miatt a balti államokban, Ukrajnában és Fehéroroszországban egyesek felszabadítóként üdvözölték a német csapatokat, és remélték, hogy a nácik lehetővé teszik a függetlenség vagy legalább az autonómia valamilyen formáját. Ez a remény hamar szertefoszlott: a nácik nem hoztak létre valódi független államokat, csupán korlátozott hatáskörű kollaboráns szervezeteket, például litván, lett és észt rendőri egységeket, amelyeket a megszállás adminisztrációjában használtak fel. A kollaboráció mértéke és jellege országonként és csoportonként változott; egyesek aktívan részt vettek a zsidó lakosság üldözésében, míg mások csak a mindennapi túlélésre törekedtek. A háború utáni szovjet történetírás hajlamos volt az egész lakosságot kollaboránsnak bélyegezni, míg a nyugati emigráns közösségek a kollaborációt gyakran elhallgatták – mindkét megközelítés torzít.
Az ellenállás több formában jelentkezett. Lengyelországban a Honi Hadsereg (Armia Krajowa) a londoni emigráns kormányhoz hűen szervezett földalatti államot, és 1944-ben kitört a varsói felkelés, amelyet a németek levertek, miközben a szovjet Vörös Hadsereg a Visztula túlpartján várakozott. A szovjet partizánmozgalom Fehéroroszországban és Ukrajnában kommunista irányítás alatt állt, és a német hadsereg hátországában hajtott végre szabotázsakciókat. Az ukrán Ukrán Felkelő Hadsereg (UPA) egyszerre harcolt a nácik és a szovjetek ellen, de tevékenysége etnikai tisztogatásokkal is járt: 1943–1944-ben Volhíniában és Kelet-Galíciában az UPA és a lengyel ellenállók kölcsönös mészárlásokat hajtottak végre, amelyekben elsősorban lengyel civilek, kisebb számban ukránok estek áldozatul. Az áldozatok számát 50 és 100 ezer közé teszik, de a pontos adatok erősen vitatottak, és a mai ukrán–lengyel emlékezetpolitika egyik legérzékenyebb pontját alkotják. A balti államokban a háború után bontakozott ki az erdei testvérek (észtül metsavennad, lettül mežabrāļi, litvánul miško broliai) fegyveres ellenállása a szovjet uralommal szemben, amely az 1950-es évekig tartott.
A sztálingrádi csata (1942–1943) után a keleti fronton a stratégiai kezdeményezés a Szovjetunióhoz került. 1944-től a Vörös Hadsereg fokozatosan kiszorította a német erőket a régió nagy részéről. A balti államok, Kelet-Lengyelország, Románia, Bulgária, Magyarország és Csehszlovákia fokozatosan szovjet megszállás alá került. A szovjet hatóságok azonnal hozzáláttak a szovjet rendszer restaurálásához: visszaállították a kommunista irányítású közigazgatást, üldözték a „kollaboránsokat”, és megkezdték a gazdaság államosítását. A balti államokban, Nyugat-Ukrajnában és Nyugat-Belaruszban a szovjet hatalommal szembeni fegyveres ellenállás még évekig folytatódott, de a túlerővel szemben esélytelen volt. A háború utolsó szakaszában a szovjet megszállás jellege eltért a náci megszállástól: bár súlyos elnyomással, deportálásokkal és a civil lakosság szenvedésével járt, nem irányult egy etnikai vagy vallási csoport kiirtására; célja a szovjet államhatalom helyreállítása és a terület tartós bekebelezése volt. A történészek között vita folyik arról, hogy a náci és a szovjet megszállás párhuzamba állítható-e – az úgynevezett kettős megszállás tézise –, vagy a náci megszállás egyedülállóan pusztító jellege miatt a párhuzam félrevezető. A vita különösen a balti államokban és Lengyelországban élénk, ahol a két megszállás egyaránt a nemzeti lét megsemmisítésére irányult, még ha eltérő eszközökkel is.
A második világháború végére Kelet-Közép-Európa államai közül egyedül Csehszlovákia nyugati része került amerikai megszállás alá, de a szovjet befolyás ott is meghatározóvá vált. A háború alatti megszállások hosszú távú következményei – a határok átrajzolása, a lakosság kitelepítése, a kommunista hatalomátvétel előkészítése – a következő fejezetek tárgyát képezik.
Az alfejezet elsődleges forrásai közé tartoznak a Molotov–Ribbentrop-paktum és titkos kiegészítő jegyzőkönyve, a megszálló hatalmak rendeletei és katonai dokumentumai, valamint a túlélők naplói, levelei és a háború utáni tanúvallomások. Különösen fontosak a szovjet archívumokból az 1990-es években előkerült NKVD-dokumentumok, amelyek a katyńi vérengzés és a deportálások felelősségét igazolták. A másodlagos szakirodalom bőséges, de a témák egy része – például a kollaboráció mértéke, az UPA szerepe, a szovjet annexió legitimitása – mindmáig élénk történészi és emlékezetpolitikai viták tárgya. Az áldozatszámok (így a katyńi áldozatok, a volhíniai mészárlás vagy a deportáltak száma) becsléseken alapulnak, és forrásonként eltérhetnek. A „kettős megszállás” koncepciója értelmezési keret, nem tényállítás; használata a szerző álláspontját tükrözi. A balti államok annexiójának jogi megítélése a mai napig eltér a szovjet/orosz és a nyugati álláspontok között.