A második világháború megszállásai és a helyi közigazgatások együttműködése nyomán Kelet-Közép-Európában a zsidó lakosság elleni üldözés népirtássá, a náci terminológiában végső megoldássá (Endlösung der Judenfrage) szélesedett. Ezzel párhuzamosan a háború utolsó szakasza és a közvetlenül utána következő évek újabb kényszerű népességmozgásokat hoztak: a határok átrendeződése, a győztes hatalmak döntései és a szovjet területi annexiók következtében milliók kényszerültek elhagyni lakóhelyüket. Ez az alfejezet a Holocaust lefolyását és a háború utáni kitelepítéseket, áttelepítéseket tárgyalja, kiemelve a régió országainak eltérő tapasztalatait. A hangsúly a dokumentált tények, a becslések bizonytalansága és a vitatott értelmezések megkülönböztetésén van.
A lengyelországi német megszállás (1939) után a zsidó lakosságot fokozatosan megfosztották jogaitól, majd a nagyobb városokban gettókba (Getto) zárták. A gettókban a zsúfoltság, az éhezés és a járványok már a deportálások előtt tömeges halálozást okoztak; a legnagyobb, a varsói gettó 1941-ben mintegy 400 000 főt zsúfolt össze. A gettósítás nem csupán a zsidók elszigetelését szolgálta, hanem a kényszermunka és a későbbi deportálás előkészítését is. A zsidó közösségek belső igazgatására a német hatóságok zsidó tanácsokat (Judenrat) hoztak létre, amelyeknek szerepe a mai napig vitatott: egyesek a kollaboráció kényszerű eszközét, mások a közösség túlélését szolgáló, korlátozott mozgásterű szervezetet látnak bennük.
A Szovjetunió elleni támadás, a Barbarossa hadművelet (1941. június 22.) után a megszállt szovjet területeken – a mai Ukrajna, Fehéroroszország, a balti államok és Kelet-Lengyelország területén – a német Einsatzgruppen (bevetési csoportok) és a rendőri alakulatok szisztematikus tömeggyilkosságokat hajtottak végre. Az áldozatokat gyakran a helyszínen, gödroknél lőtték agyon; a legismertebb ilyen akció a kijevi Babij Jar (Бабин Яр) volt, ahol 1941. szeptember 29–30-án két nap alatt több mint 33 000 zsidót gyilkoltak meg a német források szerint. A tömeggyilkosságokban részt vettek helyi segédrendőrök, milicisták és önkéntesek is, különösen Litvániában, Lettországban és Nyugat-Ukrajnában. Egyes városokban – például Lvivben (Lwów/Lemberg) és Kaunasban – a német megszállás első napjaiban pogromok is zajlottak, amelyek pontos áldozatszámai és a helyi lakosság felelősségének mértéke a történeti kutatásban vitatott.
A Wannsee konferencia (1942. január 20.) a zsidó lakosság elleni népirtás koordinálását szolgálta; a jegyzőkönyv a „végső megoldás” európai léptékű megszervezését rögzíti. Ezt követően gyorsult fel a gettók felszámolása és a deportálások rendszere: a zsidókat vasúton szállították a megsemmisítő táborokba, illetve a megszállt keleti területeken továbbra is tömeges kivégzésekkel gyilkolták őket. A gettók felszámolása során gyakori volt a helyszíni ellenállás; a legnagyobb fegyveres felkelés a varsói gettófelkelés (1943. április 19. – május 16.) volt, amelyet a német erők leverték, a gettót pedig lerombolták.
A náci Németország által létrehozott megsemmisítő táborok (Vernichtungslager) többsége a megszállt Lengyelország területén működött, mivel ott élt a legnagyobb európai zsidó közösség, és a vasúti infrastruktúra lehetővé tette a gyors szállítást. A táborok közé tartozott Chełmno (Kulmhof), Bełżec, Sobibór, Treblinka, Auschwitz-Birkenau (Oświęcim-Brzezinka) és Majdanek. Közülük Auschwitz-Birkenau volt a legnagyobb, amely egyszerre szolgált koncentrációs tábor, kényszermunkahely és megsemmisítő központ céljára. A táborokban a gyilkolás ipari jellegűvé vált: a deportáltakat gázkamrákban ölték meg, majd a holttesteket krematóriumokban égették el. A táborok működtetésében részt vevő Sonderkommandók (különleges munkacsoportok) – akiket maguk is foglyokból válogattak ki – kényszerűen végezték a holttestek elszállítását és elégetését; közülük többen feljegyzéseket hagytak hátra, amelyek fontos elsődleges források.
A megsemmisítő táborokban elpusztítottak számát a háború utáni bírósági eljárások, a német vasúti dokumentumok és a túlélői vallomások alapján becsülik. A legelfogadottabb becslések szerint Auschwitz-Birkenauban mintegy 1,1 millió ember halt meg, túlnyomó többségükben zsidók, de köztük voltak lengyelek, romák és szovjet hadifoglyok is. Treblinkában a becslések szerint 780 000–900 000, Bełżecben mintegy 430 000–500 000, Sobibórban körülbelül 170 000–250 000 embert gyilkoltak meg. Ezek az adatok a német iratok hiányosságai miatt nem pontosak, és a különböző kutatási iskolák között eltérések lehetnek.
A megsemmisítő táborok működésének megértéséhez hozzátartozik a helyi lakosság és a megszálló hatóságok viszonyának kérdése. A táborok környékén élő lengyel lakosok egy része tudott a gyilkolásról, de a reagálás a segítségnyújtástól a közömbösségen át a feljelentésig terjedt. A lengyel földalatti állam és a zsidó ellenállók kapcsolata is összetett volt; a zsidó partizánok és a varsói gettófelkelés támogatása korlátozott maradt, amit a háború utáni lengyel és zsidó emlékezetpolitika eltérően értékelt. A Yad Vashem által nyilvántartott Világ Igaza (Righteous Among the Nations) cím alapján több ezer lengyel, ukrán, litván és más nemzetiségű személy mentett zsidókat, de a mentők aránya a teljes lakossághoz képest kicsi volt.
A náci faji politika a romákat is üldözte, és a zsidókkal együtt a teljes megsemmisítésre ítélte. A roma közösség saját elnevezése a népirtásra a Porajmos (romani: „elpusztítás”) vagy Samudaripen („tömeges gyilkolás”), bár maga az elnevezés is vitatott a roma értelmiség körében. A roma lakosságot a nürnbergi faji törvények mintájára faji alapon üldözték, gettókba és táborokba zárták, tömeges kivégzéseket hajtottak végre ellenük, és sokan a megsemmisítő táborokban haltak meg. A roma holokauszt áldozatainak száma a legbizonytalanabb becslések közé tartozik; az európai szintű becslések 220 000 és 500 000 között mozognak, a Kelet-Közép-Európai régióban különösen magas volt a veszteség, különösen Lengyelországban, a balti államokban, Romániában és a szovjet területeken.
A romák mellett más csoportok is a náci üldözés áldozataivá váltak: a szovjet hadifoglyok milliói haltak meg a fogolytáborokban, a lengyel értelmiség és a szláv lakosság elleni atrocitások a megszállás mindennapjai közé tartoztak. A fogyatékos emberek elleni eutanáziaprogram (Aktion T4) a régióban is szedett áldozatokat, bár annak központja Németországban volt. A homoszexuálisok, a Jehova tanúi és más „nemkívánatos” csoportok szintén a koncentrációs táborok rabjai közé kerültek. Ezek a csoportok azonban nem alkottak egységes áldozati kategóriát; a Holocaust kifejezést a történeti irodalom elsősorban a zsidók elleni népirtásra használja, míg a roma népirtást gyakran külön tárgyalják, a nácik faji hierarchiájában betöltött eltérő helyük miatt.
A Holocaust lefolyása és a helyi társadalmak szerepe jelentős különbségeket mutatott a régió egyes országaiban.
Lengyelország volt a zsidó népirtás epicentruma. A háború előtt mintegy 3,3 millió zsidó élt az országban, a lakosság körülbelül 10 százaléka. A német megszállás alatt a zsidókat gettókba zárták, majd a megsemmisítő táborokba deportálták. A lengyel zsidóság több mint 90 százalékát meggyilkolták; a túlélők száma a becslések szerint 200 000 és 300 000 között volt, többségük a Szovjetunióba menekült. A lengyel lakosság és a földalatti állam viszonya a zsidókhoz összetett volt: egyesek segítettek, mások együttműködtek a megszállókkal vagy feljelentették a bujkálókat. A háború utáni lengyel történetírás és emlékezetpolitika sokáig a lengyel áldozatiságot hangsúlyozta, a zsidó szenvedést alárendelve annak; ez a vitatott értelmezés a 21. században is feszültségeket okozott, különösen a jedwabnei pogrom (1941) kapcsán, ahol a lengyel szomszédok részvételét dokumentálták.
Litvánia, Lettország és Észtország zsidó közösségei a szovjet megszállás (1940–1941) után a német megszállás alatt szinte teljesen megsemmisültek. A balti országokban a német megszállás kezdetén helyi milíciák és önkéntesek csatlakoztak az Einsatzgruppenhez, és részt vettek a tömeggyilkosságokban. Litvániában a háború előtti mintegy 150 000 fős zsidó közösségből a becslések szerint 90–95 százalék halt meg; Lettországban a 90 000 zsidóból mintegy 70 000–80 000, Észtországban a kisebb, mintegy 4 500 fős közösség nagy része elmenekült a szovjetekkel, a maradékot pedig meggyilkolták. A balti államokban a német megszállás alatti zsidóüldözés a helyi közigazgatás aktív közreműködésével zajlott, ami a háború utáni szovjet és a mai nemzeti történetírásban is vitatott téma.
Ukrajna és Fehéroroszország megszállt területein a Holocaust elsősorban tömeges kivégzések formájában zajlott, nem pedig megsemmisítő táborokban. A német Einsatzgruppen a helyi segédrendőrökkel együttműködve falvanként és városonként gyilkolták a zsidó lakosságot. A Babij Jar mellett hasonlóan nagy tömegsírok találhatók Ukrajnában (például Lviv, Rivne, Odessza térségében) és Fehéroroszországban (például Minszk, Brest). A megszállt szovjet területeken a zsidó lakosság pusztulása a becslések szerint meghaladta az 1,5 millió főt. A zsidó partizánok – például a fehérorosz erdőkben működő csoportok – fegyveres ellenállást tanúsítottak, és sok zsidó csatlakozott a szovjet partizánmozgalomhoz, bár a kapcsolat nem volt mindig konfliktusmentes.
Románia sajátos utat járt be: a román állam szövetségesként, de saját hatóságaival vett részt a zsidók üldözésében. Az Iași-i pogrom (1941. június 27–29.) során a román hatóságok és a helyi lakosság több ezer zsidót gyilkolt meg. A besszarábiai és bukovinai zsidókat a román csapatok és csendőrség Transznisztriába (a Dnyeszter és a Bug közötti megszállt szovjet területre) deportálta, ahol az éhezés, a járványok és a tömeges kivégzések miatt a becslések szerint 150 000–250 000 zsidó halt meg. A Regátban (a romániai ókirályságban) a zsidók többsége túlélte a háborút, mert a román vezetés nem egyezett bele a teljes deportálásba, de ez a politika 1943–1944-ben megváltozott. A román Holocaust emlékezete a rendszerváltás után vált nyilvános viták tárgyává; a román történetírás sokáig alábecsülte a román állam felelősségét.
Csehszlovákia területén a zsidóüldözés két különböző keretben zajlott. A Cseh–Morva Protektorátusban (a mai Csehország) a zsidókat koncentrációs táborokba és gettókba zárták; a legismertebb a Theresienstadt (Terezín) gettó volt, amelyet a náci propaganda „mintagettónak” állított be, miközben onnan a zsidók többségét Auschwitzba deportálták. A Szlovák Állam (1939–1945) – amely Németország szövetségese volt – 1942-ben saját törvényei alapján mintegy 58 000 zsidót deportált a megsemmisítő táborokba, majd 1944-ben, a szlovák nemzeti felkelés leverése után további deportálások következtek. A szlovákiai zsidó közösség mintegy 70–75 százaléka halt meg a Holocaustban.
A helyi kollaboráció, a közömbösség és az ellenállás arányai minden országban vitatottak. A háború utáni kommunista történetírás gyakran a „fasiszta megszállók” felelősségét hangsúlyozta, és elhallgatta a helyi hatóságok vagy a lakosság részvételét. A rendszerváltás után a levéltárak megnyitása lehetővé tette az árnyaltabb képet, de az emlékezetpolitikai viták máig tartanak.
A háború végén és a közvetlenül utána következő években Kelet-Közép-Európa etnikai térképe gyökeresen átalakult. A győztes hatalmak, különösen a Szovjetunió és a nyugati szövetségesek a határok átrendezésével és a lakosság áttelepítésével kívánták csökkenteni a nemzetiségi konfliktusokat, de a gyakorlatban a kitelepítések (expulsion) és áttelepítések (population transfer) gyakran erőszakos, embertelen körülmények között zajlottak.
A potsdami konferencia (1945. július–augusztus) a német lakosság „rendezett és humánus” áttelepítését irányozta elő Lengyelországból, Csehszlovákiából és Magyarországról, de a valóságban a kitelepítések során tömeges szenvedés, fosztogatás és halálozás történt. Lengyelország új nyugati határa az Odera–Neisse-vonal (Odra–Nysa) lett, ami a korábbi német területek (Szilézia, Pomeránia, Kelet-Poroszország) jelentős részét Lengyelországhoz csatolta. Az onnan kitelepített németek száma a becslések szerint 3,5 millió körül volt. Csehszlovákiából a Beneš-dekrétumok (Benešovy dekrety) alapján a szudétanémeteket és a magyar lakosság egy részét telepítették ki; a kitelepített németek számát 2,5–3 millióra becsülik. A kitelepítések során elhunyt németek száma erősen vitatott: a becslések 500 000 és 2 millió között szóródnak, a pontos adat a hiányos dokumentáció és az emlékezetpolitikai érdekek miatt nem határozható meg egyértelműen.
A szovjet területi annexiók további áttelepítéseket generáltak. A Szovjetunió 1944–1945-ben annektálta Kelet-Lengyelországot (Nyugat-Ukrajna és Nyugat-Belorusszia), Besszarábiát, Észak-Bukovinát és a balti államokat. Ennek következtében lengyelek, ukránok, litvánok, lettek és észtek tömegei kényszerültek elhagyni otthonukat. A lengyel–szovjet lakosságcsere (1944–1946) keretében mintegy 1,5 millió lengyel települt át a szovjet Ukrajnából és Litvániából a háború utáni Lengyelországba, míg körülbelül 500 000 ukrán ment a Szovjetunióba. A lengyelországi ukrán lakosság ellen irányuló Visztula akció (Akcja Wisła, 1947) során a lengyel kommunista hatóságok mintegy 140 000–150 000 ukránt és ruszint telepítettek ki délkelet-Lengyelországból, és szórták szét őket az ország nyugati és északi területein, ahol addig németek éltek. Az akció célja a partizánmozgalom felszámolása és a nemzeti homogenizáció volt; a mai lengyel és ukrán történetírás eltérően értékeli.
A szovjet belső deportálások is a kényszerű népességmozgások közé tartoztak. A krími tatárok tömeges deportálása 1944. május 18–20-án történt, amikor a szovjet hatóságok az egész krími tatár lakosságot – becslések szerint 190 000–200 000 főt – Közép-Ázsiába szállították, azzal az indokkal, hogy együttműködtek a német megszállókkal. A deportálás során a halálos áldozatok aránya magas volt, bár a pontos szám vitatott. A balti államokban a szovjet hatalom visszatérése után 1949-ben újabb tömeges deportálásokat hajtottak végre, amelyek a „burzsoá nacionalisták” és családjaik ellen irányultak; a litván, lett és észt lakosság összesen több tízezrével került Szibériába.
A Holocaust túlélői számára a háború vége nem hozott azonnali biztonságot. A zsidó túlélők gyakran visszatértek korábbi lakóhelyükre, ahol ellenséges fogadtatással találkoztak, és több helyen pogromok törtek ki; a legismertebb a kielcei pogrom (1946. július 4.) volt, ahol 42 zsidót gyilkoltak meg. A lengyelországi, romániai, szlovákiai és más országokbeli zsidó túlélők jelentős része ezért kivándorolt, főként a brit mandátum alatt álló Palesztinába, később Izraelbe, vagy Nyugat-Európába és Amerikába. A zsidó közösségek a régió nagy részén a háború előtti töredékükre zsugorodtak.
A „népességáttelepítés” fogalma a kortárs dokumentumokban gyakran eufemizmusként szolgált olyan folyamatok leírására, amelyeket a mai kutatás részben etnikai tisztogatásnak (ethnic cleansing) vagy kényszermigrációnak nevez. A fogalomhasználat maga is vitatott: egyes történészek a háború utáni kitelepítéseket a nemzetközi jog által akkor még nem tiltott, de erkölcsileg elítélhető gyakorlatnak tekintik, míg mások a modern kori népirtás egyik formájaként elemzik. A nemzetközi jogban az 1948-as népirtás-egyezmény (Genocide Convention) és az 1949-es genfi egyezmények utólag, a kitelepítések után születtek, így azok jogi megítélése a korabeli keretek között nem volt egyértelmű.
A Holocaust és a kitelepítések történetének forrásai sokrétűek, de egyenetlenül maradtak fenn. A legfontosabb elsődleges források közé tartoznak a német hatósági iratok, az Einsatzgruppen-jelentések, a vasúti szállítási dokumentumok, a zsidó tanácsok feljegyzései, a túlélői visszaemlékezések és naplók, a fényképek, valamint a tömegsírok régészeti feltárásának eredményei. A szovjet levéltárak részleges megnyitása az 1990-es évektől lehetővé tette a keleti fronton elkövetett tömeggyilkosságok pontosabb dokumentálását, de sok anyag továbbra is hozzáférhetetlen vagy megsemmisült.
A másodlagos szakirodalomban a Holocaust-kutatás nemzetközi kánonja (például Raul Hilberg, Christopher Browning, Timothy Snyder munkái) mellett egyre nagyobb szerepet kapnak a regionális tanulmányok, amelyek a helyi kollaborációt, a zsidó ellenállást és a túlélők tapasztalatait vizsgálják. A becslések bizonytalanságát növeli, hogy a háború alatt a népszámlálási adatok hiányosak voltak, a megszálló hatóságok gyakran nem vezettek pontos nyilvántartást, és a háború utáni káoszban sok dokumentum eltűnt.
A legfontosabb vitatott kérdések közé tartozik a megsemmisítő táborok áldozatszámainak pontosítása, a helyi kollaboráció mértékének megítélése az egyes országokban, a zsidó tanácsok szerepének erkölcsi értékelése, valamint a szovjet megszállás és a Holocaust közötti összefüggések elemzése. A kitelepítések esetében a halálos áldozatok becslései a német és a közép-európai történetírásban, valamint az emlékezetpolitikai diskurzusban erősen eltérnek; a német „kiűzetés” (Vertreibung) és a cseh/szlovák, illetve lengyel „áttelepítés” kifejezések maguk is politikai állásfoglalást hordoznak. A roma holokauszt áldozatszámainak bizonytalansága különösen nagy, mivel a roma közösségek dokumentálása a háború előtt és alatt minimális volt.