A harmadik felosztás (1795) nem egyszerűen határváltozást hozott: a Litván Nagyfejedelemség, amely a Lengyel–Litván Köztársaság keleti pólusát alkotta, megszűnt önálló politikai keretként, területének nagy része pedig az Orosz Birodalom része lett. Ez a fordulat a litván társadalom korábbi rendjét – a lengyel nyelvű nemesség dominanciáját, a litván nyelvű parasztság helyzetét, a katolikus egyház szerepét – új birodalmi logika alá helyezte. Az alfejezet azt vizsgálja, hogyan illeszkedett be a volt nagyfejedelemség területe az orosz adminisztrációba, milyen feszültségek keletkeztek a helyi társadalom és a cári hatalom között, és miért váltak a 19. századi felkelések a litván–lengyel viszony és a későbbi litván nemzeti ébredés értelmezésének kulcspontjaivá. A fejezet Lengyel–litván unió és a nemesi köztársaság című előzménye bemutatta a köztársaság belső szerkezetét; itt arra összpontosítunk, mi történt a litván területekkel azután, hogy ez az államalakulat eltűnt a térképről.
A harmadik felosztás során (1795) a Lengyel–Litván Köztársaság maradék területeit Poroszország, a Habsburg Monarchia és Oroszország osztotta fel egymás között. A Litván Nagyfejedelemség magterülete – Vilnius (lengyel: Wilno, orosz: Vilna) és Kaunas (lengyel: Kowno, orosz: Kovno) környéke, valamint a keleti, nagyobbrészt fehérorosz és ukrán nyelvű régiók – az Orosz Birodalomhoz került. A cári hatalom kezdetben nem törekedett a helyi intézmények azonnali felszámolására; az 1795 utáni években átmeneti közigazgatási egységeket hoztak létre, majd 1801-ben a területet kormányzóságokra (orosz: gubernyija) osztották: a litván etnikai magterület elsősorban a Vilnai és a Kaunasi kormányzóság része lett, míg a mai Fehéroroszország és Ukrajna területét más kormányzóságokba szervezték. A közigazgatási határok a későbbiekben többször változtak; 1843-ban például a Kaunasi kormányzóságot leválasztották a Vilnai kormányzóságról. A 19. század folyamán a litván területek az Orosz Birodalom úgynevezett nyugati kormányzóságai közé tartoztak, amelyeket a cári adminisztráció politikai és vallási szempontból is megkülönböztetett a birodalom orosz magterületeitől.
Fontos fogalmi különbség, hogy a mai Litvánia területe nem azonos a volt Litván Nagyfejedelemséggel. A nagyfejedelemség keleti, szláv nyelvű részei (a mai Fehéroroszország és Ukrajna egyes vidékei) szintén Oroszországhoz kerültek, de azok történetét a könyv későbbi fejezetei tárgyalják. Itt a litván nyelvű területek – nagyjából a mai Litvánia és a szomszédos, vegyes lakosságú határvidék – kerülnek előtérbe, mindig jelezve, hogy a korabeli közigazgatási egységek nem követték a nyelvi határokat.
Az orosz uralom kezdetén a litván területeken a társadalom alapvetően rendi jellegű volt. A földbirtokos nemesség – a lengyel–litván hagyományban szlachta (lengyel: szlachta, litván: šlėkta) – nagyrészt elpolonizálódott: bár sok család litván eredetű volt, a 18. század végére a nemesi kultúra nyelve a lengyel lett, és a nemesség a Lengyel–Litván Köztársaság politikai örökségét képviselte. A litván nyelvet ekkor elsősorban a parasztság beszélte; a litván írásbeliség a katolikus egyházi nyomtatványokban élt tovább, de a világi elit körében a litván nyelv presztízse alacsony volt. Ezt a nyelvi–társadalmi megosztottságot a modern nemzeti kategóriákkal nehéz leírni: a 19. század elején a „litván” identitás a nemesség körében inkább területi-politikai, semmint nyelvi-nemzeti jelentést hordozott, míg a parasztság számára a litván nyelv és a helyi szokások adták az önazonosság alapját.
A cári hatalom a meghódított területeken a rendi kiváltságokat részben elismerte, de a lengyel–litván nemesség politikai szerepét erősen korlátozta. A nemesség megtarthatta birtokait és jobbágyait, azonban a köztársasági szabadságjogok, a választott királyi tisztségek és a helyi országgyűlések (szejmek) megszűntek. Az orosz bürokrácia fokozatosan átvette az igazságszolgáltatás és a közigazgatás irányítását, bár a helyi nemesi önkormányzat egyes elemei – például a nemesi gyűlések – továbbra is működtek, de csak korlátozott hatáskörrel. A feszültség forrása nem elsősorban a jobbágykérdés volt, hanem a politikai autonómia elvesztése és a lengyel–litván államiság emléke.
A parasztság túlnyomó többsége jobbágyság (orosz: kreposztnoje pravo) alatt élt. A litván parasztok a nemesi birtokokon robotoltak, termény- és pénzadóval tartoztak, és jogilag a földesúr bírói hatalma alá tartoztak. A jobbágyterhek a 18. század végén és a 19. század első felében növekedtek, részben a nemesi gazdaságok árutermelővé válása miatt. A litván falvak társadalma azonban nem volt homogén: a telkes jobbágyok mellett zsellérek, cselédek és szabad paraszti közösségek is éltek. A katolikus egyház plébániái a litván nyelvű közösségi élet fontos intézményei voltak; a papság nagyrészt litvánul beszélt, és a hívek körében a litván nyelv használata megmaradt. A városok – Vilnius, Kaunas, Šiauliai – kisebb lélekszámúak voltak, lakosságuk jelentős része zsidó, valamint lengyel, litván és német elemekből állt. A zsidó közösségekre az Orosz Birodalomban érvényes letelepedési övezet (orosz: cserta oszédlosztyi) szabályai vonatkoztak, amelyek korlátozták a letelepedést, de a litván területeken – a birodalom nyugati peremén – a zsidó lakosság így is jelentős kisebbséget alkotott, különösen a kisvárosokban.
A litván területek 1795 utáni történetét az 1812-es napóleoni hadjárat szakította meg. Napóleon Grande Armée-ja 1812 nyarán átvonult Litvánián, és Vilniusban francia irányítás alatt ideiglenes kormány alakult, amely a Litván Nagyfejedelemség restaurációját hirdette. A helyi nemesség egy része Napóleonban a lengyel–litván államiság visszaállítóját látta, és csatlakozott a felkelő haderőhöz; mások óvatosak maradtak. A hadjárat azonban katasztrófába torkollott: a visszavonuló francia sereg 1812–1813 telén elpusztította a vidék egy részét, és a cári hatalom visszatért. A bécsi kongresszus (1815) megerősítette az Orosz Birodalom uralmát a litván területek felett, és a litván remények szertefoszlottak. A napóleoni epizód ugyanakkor megmutatta, hogy a lengyel–litván nemesség egy része számára a politikai identitás még mindig a régi köztársasághoz kötődött, nem pedig az orosz birodalmi lojalitáshoz.
Az 1830 novemberében Varsóban kirobbant novemberi felkelés (lengyel: powstanie listopadowe) Litvániába 1831 tavaszán gyűrűzött be. A litván területeken a felkelés elsősorban a lengyel nyelvű nemesség és a diákság ügye volt; a litván parasztság nagy része közömbös maradt, vagy éppen a cári ígéretek hatására távol tartotta magát. A felkelők csapatai gerilla-harcmodorban próbálták feltartóztatni az orosz hadsereget, de a cári csapatok fölénye hamar érvényesült. A felkelés bukása után a megtorlás Litvániában is súlyos volt: birtokelkobzások, száműzetések és kivégzések következtek. A cári hatóságok 1832-ben bezárták a Vilniusi Egyetemet, amely a régió szellemi központja volt, és ezzel a lengyel–litván elit kulturális intézményeit is megnyirbálták. A novemberi felkelés tanulsága a litván parasztság számára kettős volt: egyrészt látta, hogy a nemesi vezetésű mozgalom nem oldja meg a jobbágykérdést, másrészt a cári megtorlás tovább növelte a birodalmi elnyomás érzését.
Az 1831 utáni évtizedekben a cári politika a litván területeken a „lojalizálás” és a „beolvasztás” kettős célját követte. A hivatalos retorika a lengyel–litván nemességet a rebellió hordozójának tekintette, ezért a helyi nemesi önkormányzatot tovább szűkítették, a katolikus egyházat pedig szorosabb állami ellenőrzés alá vonták. A litván nyelvű parasztságot ugyanakkor a birodalom potenciális szövetségeseként kezelték: a cári adminisztráció időnként a „lengyel uralom” elleni védelem érvével próbálta a litván parasztokat megnyerni, de konkrét gazdasági engedményeket csak később tett. Az 1830-as években az orosz bürokrácia elkezdte a litván területek oroszosítását: az orosz nyelv lett a közigazgatás és a felsőbb oktatás nyelve, a helyi iskolákban pedig a lengyel nyelv használatát visszaszorították. Ez a politika azonban nem érintette közvetlenül a litván nyelvű lakosságot, mivel a litván nyelvű iskoláztatás ekkor még alig létezett.
A 19. század közepén a jobbágykérdés az Orosz Birodalom egészében égetővé vált. A cári kormányzat 1861-ben hirdette ki a jobbágyfelszabadítást, amely a litván területekre is vonatkozott. A reform jogilag megszüntette a jobbágyságot, de a földet a parasztoknak meg kellett váltaniuk a földesuraktól; az állam előlegezte a váltságösszeget, amelyet a parasztok hosszú törlesztéssel fizettek vissza. A litván parasztság helyzete javult a korábbi robotterhekhez képest, de a földéhség és az eladósodás továbbra is súlyos gond maradt. A jobbágyfelszabadítás társadalmi hatása vitatott: egyes történészek szerint a litván parasztság megerősödött, és a későbbi litván nemzeti mozgalom egyik társadalmi bázisát alkotta; mások szerint a reform a nemesi nagybirtokok gazdasági hatalmát konzerválta, és a paraszti réteg belső differenciálódását gyorsította fel. A cári hatóságok a reformot egyúttal a lengyel–litván nemesség gyengítésére is felhasználták: a földrendezés során a parasztok és a földesurak közötti vitákban gyakran a parasztok oldalára álltak, ami tovább élezte a nemesi–paraszti ellentétet.
Az 1863 januárjában Varsóban kitört januári felkelés (lengyel: powstanie styczniowe) Litvániában a korábbinál szélesebb körű mozgósítást eredményezett. A felkelők – elsősorban a lengyel nemesség és a városi értelmiség – a lengyel–litván államiság visszaállítását tűzték ki célul, és a parasztság megnyerése érdekében földosztást ígértek. A litván vidéken a katolikus papság egy része támogatta a felkelést, és több litván nyelvű paraszti csoport is csatlakozott a gerillaharcokhoz. A litván parasztok részvételének mértéke azonban ma is vitatott: a korabeli orosz jelentések gyakran felnagyították a „lázadás” kiterjedtségét, míg a későbbi litván nemzeti emlékezet a felkelést a litván ellenállás részévé tette. A felkelés Litvániában katonailag 1863 nyarára–őszére összeomlott, bár kisebb csoportok 1864 tavaszáig kitartottak.
A cári hatóságok válasza kettős volt. Egyrészt a parasztok megbékítése érdekében felgyorsították a jobbágyfelszabadítás földrendezését, és kedvezőbb váltságfeltételeket vezettek be a litván területeken; ez a politika valóban csökkentette a felkelés paraszti támogatottságát. Másrészt a megtorlás kegyetlen volt: a felkelés vezetőit kivégezték vagy Szibériába deportálták, birtokokat koboztak el, a katolikus kolostorokat bezárták, és a papságot rendőri felügyelet alá helyezték. Az 1863–64-es felkelés litván emlékezete máig megosztott: a litván nemzeti történetírás hajlamos a litván elem szerepét hangsúlyozni, míg a lengyel történeti hagyomány a felkelést elsősorban a lengyel–litván közös szabadságharc részeként értelmezi. A források arra figyelmeztetnek, hogy a litván paraszti részvétel gyakran szociális okokkal – földéhség, a nemesi terhek csökkentése – magyarázható, nem pedig modern nemzeti elkötelezettséggel.
Az 1863–64-es megtorlás egyik legismertebb és legmesszebb ható intézkedése az 1864-es litván nyomtatási tilalom volt. A cári hatóságok betiltották a litván nyelvű könyvek és folyóiratok latin betűs nyomtatását, és a litván nyelvű írásbeliség számára a cirill ábécét próbálták kötelezővé tenni. Az intézkedés célja a litván nyelvű lakosság elszigetelése volt a lengyel kulturális befolyástól, valamint a litván nyelvű nemzeti mozgalom kibontakozásának megakadályozása. A litván társadalom azonban nem fogadta el a tilalmat: a litván nyelvű könyveket a szomszédos porosz területen nyomtatták, majd a határon át könyvcsempészek (litván: knygnešiai) juttatták be az országba. Ez a titkos hálózat a litván nyelvű oktatás és az egyházi élet fenntartásában is szerepet játszott, és a későbbi nemzeti ébredés egyik alapintézményévé vált. A nyomtatási tilalom 1904-es eltörléséig tartott, és hatása a litván identitás formálódására jelentős volt; ezt a következő alfejezet A litván nemzeti ébredés tárgyalja részletesen.
A felkelés utáni években a cári adminisztráció a litván területeken fokozta az oroszosítást: az orosz lett a hivatalos nyelv, a katolikus egyházat szigorú állami ellenőrzés alá vonták, a lengyel nyelvű iskolákat bezárták. A litván parasztság azonban – a nemességgel ellentétben – nem a lengyel államiság visszaállítását tekintette fő céljának, hanem a földhöz jutást és a helyi közösségek autonómiáját. Ez a szociális és nyelvi különbség a 19. század végén a litván nemzeti mozgalom önállósodásának egyik hajtóereje lett.
Az 1795–1864 közötti litván történelem forrásai jelentős részben cári adminisztratív iratok: kormányzósági jelentések, rendeletek, bírósági jegyzőkönyvek és adóösszeírások. Ezek a források a hatalom szempontjából rögzítik az eseményeket, és gyakran elfogultak a felkelésekkel és a litván nyelvű lakossággal szemben. A felkelők oldaláról kiáltványok, röplapok, visszaemlékezések és egyházi anyakönyvek maradtak fenn, de a litván paraszti perspektíva közvetlen hangja ritka. A 19. századi népességi adatok becslések; a litván területek etnikai összetételére vonatkozóan csak későbbi, az 1897-es orosz népszámlálás körüli adatok állnak rendelkezésre, ezért a korábbi évtizedekre visszavetített etnikai arányok óvatosan kezelendők.
A felkelések áldozatszámai és részvételi arányai vitatottak. A novemberi felkelés litvániai kiterjedtségét a cári hatóságok jelentései túlbecsülhették, hogy a megtorlást igazolják; a januári felkelés paraszti bázisát pedig a lengyel és a litván nemzeti történetírás eltérően értékeli. A litván parasztság motivációi – szociális vagy nemzeti indíttatás – szintén vitatottak. A jobbágyfelszabadítás hatásairól szóló értékelések sem egységesek: egyes kutatók a litván paraszti társadalom önállósodásának kezdetét látják benne, mások a földesúri nagybirtokok továbbélését és a paraszti eladósodást hangsúlyozzák. A litván nyelvű nyomtatási tilalom hatása a litván nyelv fennmaradására és a nemzeti mozgalomra szintén értelmezési kérdés: a tilalom rövid távon korlátozta a litván írásbeliséget, hosszú távon azonban a könyvcsempészet és a titkos oktatás a litván ellenállás szimbólumává vált.