Litvánia 1940 és 1944 közötti története a régió egyik legsűrűbb és legvitatottabb időszaka: a Szovjetunió által annektált köztársaságból német megszállási övezet lett, majd ismét szovjet uralom alá került. Az események nemcsak a litván államiság megszűnését, hanem a litván zsidóság szinte teljes megsemmisítését, a polgári lakosság tömeges elvesztését és az ellenállás korai formáinak kialakulását hozták. Az időszak megértése azért is kulcsfontosságú, mert a mai litván emlékezetpolitika és a nemzetközi történetírás egyaránt folyamatosan újraértelmezi az eseményeket, különösen a helyi kollaboráció és az ellenállás kérdését.
Az 1938-as müncheni egyezmény és a német–szovjet közeledés alapvetően átrendezte a balti térség viszonyait. A Molotov–Ribbentrop-paktum (németül: Deutsch-sowjetischer Nichtangriffspakt; oroszul: Договор о ненападении) 1939. augusztus 23-i titkos záradéka Litvániát először német érdekszférába sorolta, majd az 1939. szeptember 28-i határmódosító jegyzőkönyvben a Szovjetuniónak engedte át. A litván kormányzat erről csak közvetve, a diplomáciai csatornákon szerezhetett tudomást, és 1939 októberében kényszerűen elfogadta a szovjet–litván kölcsönös segélynyújtási szerződést: a Szovjetunió 20 000 katonát állomásoztathatott Litvániában, cserébe Vilniust és a környező területet visszacsatolták a litván államhoz. A dokumentált tények szerint a szovjet erők 1939. november elején bevonultak a bázisokra, de a litván fél valódi mozgástere attól kezdve minimálisra zsugorodott.
Az annexió első hónapjaiban gyors szovjetizálás kezdődött: államosították a nagyipart, a bankokat és a földeket; megkezdték az egyházak visszaszorítását; politikai alapú letartóztatásokat hajtottak végre. A szovjet hatóságok hivatalos adatai szerint 1940–1941 folyamán mintegy 6 000 embert tartóztattak le, de a tényleges szám ennél magasabb lehetett. A terror fokozódását jelezte az 1941. június 14–18. között végrehajtott tömeges deportálás: a becslések szerint 17 000–20 000 litván állampolgárt – köztük a politikai, gazdasági és egyházi elit tagjait, valamint családjukat – hurcoltak a Szovjetunió belsejébe, főként Szibériába. A litván történetírás ezt a mai napig a szovjet megszállás egyik legtraumatikusabb eseményeként tartja számon, az áldozatok pontos létszáma azonban vitatott, mert a szovjet iratok sokáig hozzáférhetetlenek voltak.
Június 22–28. között litván felkelők – a becslések szerint 20 000–30 000 fő – támadták meg a visszavonuló szovjet egységeket és a szovjet intézményeket. Kaunasban június 23-án kikiáltották a független Litván Köztársaságot, és ideiglenes kormányt alakítottak. A német katonai hatóságok azonban nem ismerték el ezt az államalakulatot; augusztusban feloszlatták a kabinetet, Litvániát pedig a Reichskommissariat Ostland alá rendelték, amelyhez Lettországot, Észtországot és a fehérorosz területek egy részét is hozzácsatolták. A litván közigazgatás alsóbb szintjei működhettek tovább, de teljes mértékben a német fennhatóság alatt. Az ideiglenes kormány feloszlatása dokumentált esemény, azonban az, hogy a litván felkelők valódi célja mennyiben volt a nácikkal való együttműködés, ma is vitatott – a litván emigráns hagyomány a függetlenségi törekvést hangsúlyozza, míg a szovjet és egyes nyugati narratívák a kollaborációra helyezik a hangsúlyt.
A német megszállás három éve alatt Litvánia a náci új rend brutális perifériájává vált. A Reichskommissariat Ostland élén Hinrich Lohse, illetve később Erich Koch állt, de a közvetlen helyi ügyekben a német polgári közigazgatás és a litván önkormányzatok párhuzamosan működtek. A litván rendőrség és a segéderők számos litvánt vontak be a megszálló apparátusba. A megszállás gazdaságpolitikája az élelmiszer- és nyersanyagkivitelt, a mezőgazdasági termelés fokozását és a kényszermunka bevezetését szolgálta. A litván férfiakat több szakaszban munkaszolgálatra vitték Németországba, ahol sokan meghaltak; pontos létszámuk máig vitatott.
Az egyházak – különösen a római katolikus egyház – viszonylag korlátozott működést élvezhettek, de a német hatóságok folyamatosan figyelték a politikai és vallási vezetőket. A litván nemzeti szimbólumok használatát betiltották, a litván nyelvű oktatást visszafogták, a felsőoktatást csak részben hagyták működni. A kulturális élet elsorvadt, a sajtót cenzúrázták. A civilek számára a mindennapokat a nélkülözés, a rettegés és a besúgói rendszer határozta meg. Ezek a tapasztalatok a háború utáni emlékezetben mély nyomot hagytak, de a szovjet propaganda a későbbiekben gyakran elhallgatta a német megszállás alatti litván szenvedéseket, mert saját uralmát akarta igazolni.
A litván zsidóság pusztulása az ország történetének legsúlyosabb traumája, amelynek mélységét csak fokozatosan tárta fel a háború utáni kutatás. 1941-ben körülbelül 208 000 askenázi zsidó élt Litvániában, beleértve a Vilnius és környéke annektálása révén odakerült közösségeket is. A nácik Einsatzgruppen egységei, valamint a litván Ypatingasis būrys (Speciális osztag) és más litván kollaboráns alakulatok 1941 júniusa és decembere között tömeges kivégzéseket hajtottak végre. A legnagyobb vérengzések Kaunas környékén (a VII. erődnél) és Vilnius mellett, a Paneriai (Ponar) erdőben történtek, ahol egyes becslések szerint 70 000–100 000 embert öltek meg, többségükben zsidókat. A pontos áldozatszám a Paneriai kivégzőhelyen vitatott, mert a németek 1943-ban megkísérelték a tömegsírok megsemmisítését.
A vidéki zsidó közösségeket – a shtetlek lakosságát – gyakran már 1941 július–augusztusában, a német megszállás első heteiben kiirtották. A túlélők vallomásai szerint a gyilkosságok egy részében helyi litván civilek is részt vettek, akár önkéntes, akár kényszerített szereplőként. Ez a kérdés a mai napig a litván történelmi emlékezet egyik legérzékenyebb pontja: a litván kollaboráció mértékét és a helyi lakosság felelősségét a rendszerváltás óta heves viták övezik, és a „litvánok mint tettesek vagy mint segítők” kérdésében nincs teljes tudományos egyetértés. A történészi konszenzus annyiban áll, hogy a holokauszt Litvániában nem kizárólag német kezdeményezésre és német végrehajtással zajlott, hanem jelentős litván részvétellel is.
A nagyvárosokban gettókat hoztak létre: Vilniusi gettó (két részre osztva), Kaunasi gettó, Šiauliai gettó. A gettókat 1943 végéig felszámolták; a túlélőket koncentrációs és megsemmisítő táborokba hurcolták, a munkaképteleneket helyben ölték meg. A litván zsidóság becsült vesztesége 190 000–200 000 fő, ami a háború előtti litván zsidó lakosság mintegy 90 százalékát jelenti. Ez a szám nem egzakt mérés, hanem történészi becslés, amely a háború utáni népszámlálási adatok és a túlélői listák összevetésén alapul; a Szovjetunió hivatalos statisztikái hosszú ideig szándékosan pontatlanok voltak. A holokauszt litvániai eseményeit a mai napig rekonstruálják, elsősorban a túlélők visszaemlékezései, a német iratanyag, a perek jegyzőkönyvei és a fényképfelvételek alapján.
A zsidó ellenállás sem maradt el: a Vilniusi gettóban 1943. szeptember 1-jén fegyveres felkelés tört ki, amelyet a náci hatóságok vérbe fojtottak; a túlélők egy része a közeli erdőkbe szökött, és szovjet vagy zsidó partizánegységekhez csatlakozott. A zsidó partizánok a litván és szovjet partizánmozgalom peremén tevékenykedtek, gyakran külön egységekben.
A német megszállás alatt a litván ellenállás két fő irányra szakadt: a szovjetbarát partizánmozgalomra és a litván nemzeti függetlenséget célzó földalatti szervezetekre. A szovjet partizánok már 1941 végétől megkezdték a szervezkedést, elsősorban a keleti és déli erdőségekben, és 1943-tól jelentős erővé váltak, részben a Vörös Hadsereg közeledésével. A litván nacionalista ellenállás központja a Vyriausiasis Lietuvos išlaisvinimo komitetas (VLIK), azaz a Litván Felszabadítás Legfőbb Bizottsága volt, amely 1943-ban jött létre, és a független Litvánia visszaállításáért dolgozott. A fegyveres ellenállás korai formája, az erdőtestvérek (miško broliai) mozgalom is ekkor kezdett kibontakozni: a szovjet megszállás elől bujkáló, később a német megszállás alatt rejtőzködő fegyveres csoportok közös elnevezése. Az erdőtestvérek tömeges mozgalommá csak a háború után, a szovjet újabb megszállás ellen váltak.
A litván polgári lakosság a német megszállás alatt is súlyos veszteségeket szenvedett. A megtorlások, a kényszermunka, az élelmiszerhiány és a hadműveletek következtében több tízezer litván halt meg vagy tűnt el. A német hatóságok 1944 tavaszán, a visszavonulás előtt erőszakos sorozásokat hajtottak végre; a litván fiatalokat részben önkéntesként, részben kényszerből a német hadseregbe vagy a munkaszolgálatba vitték. A litván nemzeti ellenállás és a szovjetbarát erők közötti feszültség már a háború alatt is érezhető volt, és ez a későbbi polgárháborús jellegű konfliktus alapját képezte.
1944 nyarán a Vörös Hadsereg nyugat felé nyomulva visszafoglalta Litvániát. Júliusban esett el Vilnius és Kaunas, augusztusra a német erők kiszorultak az ország területéről. A szovjet visszatérés újabb megtorlásokat hozott: a szovjet hatóságok tömegesen tartóztatták le azokat, akiket „kollaboránsnak” vagy „osztályidegennek” minősítettek, és újraindultak a deportálások. Sok litván – a hivatalos becslések szerint több tízezer ember – nyugatra menekült, elsősorban Németországba és Svédországba. A szovjet hatalom helyreállítása a Litván SZSZK formájában 1944–1945 folyamán megtörtént, de a fegyveres ellenállás, az erdőtestvérek mozgalma még évekig folytatódott.
A szovjet visszatérés ténye dokumentált, azonban a szovjet korszak hivatalos litván történetírása évtizedekig elhallgatta vagy torzította az 1940–1941-es szovjet terror és az 1944 utáni megtorlások mértékét. A litván emigráns történetírás ezzel szemben a nemzeti ellenállást hangsúlyozta, és gyakran egyoldalúan ítélte meg a holokauszt eseményeit. A Szovjetunió összeomlása után a litván történetírás fokozatosan nyitott a kritikai szemlélet felé, de a kollaboráció kérdése továbbra is érzékeny emlékezetpolitikai ügy.
Az 1940–1944 közötti litvániai események rekonstrukciója több forrástípusra támaszkodik. Elsődleges forrásként szolgálnak a szovjet és német hivatalos iratok, a katonai parancsnokságok jelentései, a helyi közigazgatás feljegyzései, valamint a háború utáni bírósági perek jegyzőkönyvei – különösen a náci háborús bűnösök és a litván kollaboránsok elleni eljárások. A litvániai holokauszt dokumentumai között kiemelkednek a túlélők visszaemlékezései, a gettókban keletkezett naplók, a földalatti sajtótermékek és a fennmaradt fényképek. A litván emigráció – főként az Egyesült Államokban és Nyugat-Európában – már az 1940-es évek végétől gyűjtötte a szemtanúk beszámolóit.
A főbb bizonytalanságok a következők. Először, az áldozatok létszáma minden szakaszban becslésen alapul: a szovjet deportálások, a holokauszt, a polgári veszteségek és az 1944-es menekültek pontos száma nem ismert egzakt módon. A szovjet és a német statisztikák egyaránt propagandacélokat szolgáltak, és utólag gyakran meghamisították őket. Másodszor, a litván kollaboráció mértéke – különösen a holokausztban való részvétel – heves viták tárgya: a litván történetírás egy része az egyéni felelősséget hangsúlyozza, míg mások a német nyomás és a háborús körülmények szerepét emelik ki. A „litvánok mint tettesek” és a „litvánok mint áldozatok” narratívája közötti feszültség a mai litván emlékezetpolitikát is megosztja. Harmadszor, a szovjet megszállás és a német megszállás közötti időszak értelmezése a rendszerváltás óta politikai küzdelmek tárgya: a baloldali és oroszbarát erők hajlamosak a szovjet szerep tisztára mosására, míg a jobboldali és nacionalista körök a litván kollaborációt minimalizálják. A történészi konszenzus annyiban létezik, hogy mindkét megszálló hatalom bűnös volt, és a litván társadalomnak mindkettő alatt jelentős veszteségeket kellett elviselnie.