A 18. század végi Bourbon-reformok megerősítették a spanyol állam ellenőrzését az Új-Granada alkirályság (Virreinato de Nueva Granada) területén, ugyanakkor növelték a helyben született kreol (criollo) elit elégedetlenségét, mert a magas hivatalokból továbbra is kiszorultak a Spanyolországból érkezett peninsulares (félszigetiek) javára. A napóleoni háborúk 1808-ban válságba sodorták a spanyol monarchiát: VII. Ferdinánd lemondatása és Joseph Bonaparte trónra kerülése megrendítette a gyarmati hatalom legitimitását. A függetlenségi harc Új-Granadában ezért nem egyetlen, jól szervezett nemzeti mozgalomként indult, hanem regionális elitek, városi rétegek, vidéki csoportok, rabszolgák és őslakos közösségek több irányú konfliktusainak sorozataként. Ez az alfejezet a junták megalakulásától a Gran Colombia kikiáltásáig követi az eseményeket, miközben megkülönbözteti a dokumentált tényeket a tudományos konszenzustól, a vitatott értelmezésektől és a későbbi emlékezetpolitikai állításoktól.
A spanyol monarchia összeomlása 1808-ban az amerikai gyarmatokon is elindította a helyi kormányzótanácsok (juntas) megalakulását. A junták elméleti alapja az a régi spanyol jogelv volt, hogy a király nélkül a szuverenitás visszaszáll a népre, illetve annak közösségeire. Az Új-Granada alkirályságban azonban ez a folyamat nem egységesen zajlott. A főváros, Santa Fe de Bogotá mellett más városok – Cartagena de Indias, Cali, Popayán, Tunja, Antioquia – is saját juntákat hoztak létre, amelyek kezdetben a fogoly VII. Ferdinánd nevében kormányoztak, de gyorsan eltérő politikai irányokat vettek.
Az 1810. július 20-i bogotái események szimbolikus jelentőségűek, de a pontos lefolyás vitatott. A dokumentált tény az, hogy a városi creol elit tüntetést szervezett, amelynek során a spanyol származású kereskedő, José González Llorente ellen fordultak, és megalakították a Legfelsőbb Juntát. A hagyományos elbeszélés szerint a közvetlen ürügy egy virágos váza körüli incidens volt, amely lehetővé tette a tömeg mozgósítását. A modern történetírás azonban rámutat, hogy az esemény részben előre megtervezett elit akció volt, nem pedig spontán népmozgalom; a „virágos váza” epizódját később emlékezetpolitikai céllal emelték ki. A július 20-i dátum ma Kolumbia nemzeti ünnepe, de a kortársak számára még nem jelentett egyértelmű szakítást a monarchiával.
A junták közötti viszony hamar feszültté vált. A fővárosi junta centralista álláspontot képviselt: egy erős központi hatalmat akart, amely az egész alkirályságot kormányozza. Ezt a nézetet elsősorban Antonio Nariño, a korábbi függetlenségi gondolkodó és politikus képviselte. A tartományi junták ezzel szemben föderalista elrendezést szorgalmaztak, vagyis a helyi autonómia megőrzését. 1811-ben a tartományok egy része Új-Granada Egyesült Tartományok (Provincias Unidas de la Nueva Granada) néven föderációt hozott létre, amelynek központja Tunja lett. Bogotá viszont saját államot alakított Cundinamarca néven. A két oldal között fegyveres konfliktus tört ki, amelyet a kortársak és a későbbi történetírók egyaránt Patria Boba (bolond haza) korszaknak neveztek. A kifejezés azonban értékítéletet hordoz: a modern kutatás hangsúlyozza, hogy ezekben az években is zajlottak politikai kísérletek, választások, sajtóviták és alkotmányos tervezetek, így a „bolond haza” elnevezés a káosz mellett a politikai tanulási folyamatot is elfedi.
A belső polgárháború meggyengítette a függetlenségi mozgalmat, miközben a spanyol monarchia 1814-ben visszaállította VII. Ferdinánd trónját. A király nem ismerte el a juntákat, és fegyveres erővel akarta visszaállítani a gyarmati rendet. 1815-ben Pablo Morillo tábornok vezetésével expedíciós sereg érkezett. Morillo először Cartagena de Indias erődített kikötővárosát ostromolta meg. A város hónapokig ellenállt, de 1815 decemberében elesett; a kapituláció feltételeit a spanyolok megszegték, és a város lakosságát súlyos megtorlás érte. Ez a kegyetlenség dokumentált, bár a pontos áldozatszám vitatott.
A spanyol visszafoglalás 1816-ban érte el a belső területeket. Morillo csapatai bevonultak Bogotába, és a királypárti hatóságok hadbíróságokat (Consejo de Guerra) állítottak fel. A függetlenségi mozgalom számos vezetőjét kivégezték, köztük Camilo Torrest, Francisco José de Caldas természettudóst és Policarpa Salavarrieta (La Pola) fiatal varrónőt, aki hírszerzőként segítette a hazafias erőket. A kivégzések ténye jól dokumentált, a megtorlás áldozatainak teljes száma azonban bizonytalan, mert a korabeli összeírások hiányosak. A spanyol terror hatására a függetlenségi mozgalom illegalitásba szorult, és a harc a peremvidékekre tevődött át.
A spanyol visszafoglalás időszakában a függetlenségi mozgalom vezetője Simón Bolívar lett. Bolívar caracasi születésű kreol földbirtokos volt, aki korábban már Venezuelában harcolt a függetlenségért. 1812-ben a venezuelai köztársaság összeomlása után Új-Granadába menekült, ahol megírta a Manifiesto de Cartagena (Cartagena kiáltvány) című elemzését. Ez a szöveg a köztársaságok bukásának okait a föderalista széttagoltságban, a fegyelem hiányában és a papság ellenállásában jelölte meg. Bolívar később visszatért Venezuelába, ahol 1813-ban meghirdette a Decreto de Guerra a Muerte (háború halálig) rendeletét. Ez a rendelet háborús bűncselekményekhez vezetett: a hazafiak a spanyol származású civileket is ellenségként kezelhették. A rendelet megítélése a történetírásban vitatott: egyesek a totális háború logikájának következményét látják benne, mások a későbbi caudillista erőszak előképét.
A spanyol visszafoglalás után Bolívar Jamaica szigetére menekült, ahol 1815-ben megírta a Carta de Jamaica (Jamaicai levél) című programiratát. Ebben a spanyol-amerikai államok jövőjéről elmélkedett, és felvázolta egy föderatív, republikánus berendezkedés lehetőségét. A levél nem hivatalos állami dokumentum, hanem politikai röpirat, de fontos forrása Bolívar gondolkodásának. 1816-ban Haiti elnöke, Alexandre Pétion támogatásával Bolívar partra szállt Venezuelában. A haiti támogatás feltétele a rabszolgaság eltörlésének ígérete volt. Bolívar ezt részben teljesítette: felszabadította a hazafias hadsereghez csatlakozó rabszolgákat, de a teljes emancipációt nem hirdette ki. Ez a kompromisszum a későbbi társadalmi feszültségek egyik forrása lett.
Bolívar 1817-re az Orinoco folyó vidékén épített ki bázist. A llanerók (síkvidéki pásztorok) támogatása döntőnek bizonyult. A llanerók vezére, José Antonio Páez kezdetben a spanyolok oldalán állt, majd átállt a hazafiakhoz. A llanerók szerepe a függetlenségi háborúban vitatott: egyes történészek szerint a népi, félkatonai elem erősítette a mozgalmat, mások szerint elsősorban a helyi hatalmi viszonyok és a zsákmányszerzés motiválta őket. Annyi dokumentált, hogy a llanerók nélkül a hazafiak nem tudták volna fenntartani a háborút a síkságon.
A fordulat 1819-ben következett be. Bolívar az Angosturai Kongresszus (Congreso de Angostura) összehívása után úgy döntött, hogy az Andokon át meglepi a spanyol erőket Új-Granadában. A hadművelet az esős évszakban, a magas hegyi hágókon (Pisba-hágó) keresztül rendkívüli nehézségekkel járt. A hadsereg létszámára vonatkozó becslések 2 000 és 4 000 fő között szórnak; a források ellentmondásosak, mert a menetelés közben sokan meghaltak vagy dezertáltak. A túlélők 1819 júliusában értek le az új-granadai síkságra, és több kisebb összecsapásban meggyengítették a spanyol csapatokat.
A Boyacá-i csata nem jelentette a teljes Új-Granada felszabadítását. A spanyolok továbbra is ellenőrizték a déli területek egy részét (Pasto, Popayán), a karibi partvidéket és más régiókat. A csata mégis fordulópontnak bizonyult, mert a hazafiak bevonultak Bogotába, az alkirály elmenekült, és a spanyol közigazgatás összeomlott a központi területeken. A csata jelentőségét a kortársak is felismerték, de a későbbi nemzeti emlékezet a Boyacá-i győzelmet nagyobb eseménnyé stilizálta, mint amilyen a katonai realitások szerint volt. Ez az emlékezetpolitikai állítás, nem pedig történeti tény.
A Boyacá-i győzelem után a hazafiak politikai konszolidációba kezdtek. 1819 decemberében az Angosturai Kongresszus elfogadta az Alaptörvényt (Ley Fundamental), amely kikiáltotta a República de Colombia államot. Ez az állam egyesítette Venezuela és Új-Granada területét, és a történészek utólag Gran Colombia (Nagy-Kolumbia) néven különböztetik meg a mai Kolumbiától. A kortársak egyszerűen Colombiának nevezték az államot. Az alaptörvény elfogadásának ténye dokumentált, de az állam valós működőképessége már a kortársak körében is vitatott volt. A mesterséges konstrukciót sokan ideiglenesnek tekintették, és a regionális elitek közötti együttműködés hiánya hamar megmutatkozott.
A kongresszus Bolívárt elnökké, Santandert alelnökké választotta. Az állam intézményi kereteit a Cúcuta-i Kongresszus (1821) dolgozta ki. Az elfogadott alkotmány központosított államot hozott létre, amelyben a tartományok korlátozott autonómiával rendelkeztek. Ez a döntés feszültséget szült a föderalista hagyományokkal rendelkező tartományokban. Az alkotmány választójogot csak a vagyonos, írástudó férfiaknak biztosított, ami a lakosság döntő többségét kizárta a politikai részvételből. Ez a dokumentált tény rávilágít a függetlenség elit jellegére.
A Cúcuta-i Kongresszus a rabszolgaság kérdésében is döntött. A képviselők elfogadták a szabad méh (vientre libre) törvényt, amely kimondta, hogy a rabszolgák ezentúl születő gyermekei szabadnak születnek, de meghatározott ideig szolgálniuk kell anyjuk urát. A teljes eltörlést nem hirdették ki. Ez a kompromisszum világosan mutatja, hogy a függetlenségi elit nem akarta megsérteni a rabszolgatartók érdekeit. A rabszolgaság teljes eltörlése Új-Granadában csak 1851-ben valósult meg, tehát a függetlenség után még három évtizedig fennmaradt.
A függetlenségi harc emberi és anyagi költségei hatalmasak voltak. A háború alatt a lakosság jelentős része elmenekült vagy meghalt; a városok elnéptelenedtek, a bányák és ültetvények tönkrementek, a kereskedelem megszakadt. A pontos áldozatszám nem ismert, mert a korabeli összeírások hiányosak, és a háborús körülmények között nem készültek megbízható statisztikák. A modern becslések közvetett forrásokra – egyházi anyakönyvekre, adóösszeírásokra, katonai jelentésekre – támaszkodnak, és széles bizonytalansági sávval rendelkeznek. Ezért minden ma idézett számadat becslés, nem mért adat.
A függetlenség a társadalmi hierarchiákat nem számolta fel. A kreol elit átvette a hatalmat, de a rabszolgák, a szabad színes bőrűek (pardos), az őslakosok és a nők jogi helyzete alig változott. A rabszolgák egy része a királypártiak oldalán harcolt, mert a spanyol hatóságok szabadságot ígértek; a hazafiak is toboroztak rabszolgákat, de a teljes emancipáció elmaradt. A rabszolgák döntése tehát nem ideológiai, hanem pragmatikus volt: mindkét oldalon a szabadság reménye motiválta őket. Az őslakos közösségek formálisan megszabadultak a tributo (fejadó) alól, de a földhöz jutás lehetősége korlátozott maradt, és a közösségi földek fokozatosan a nagybirtokosok kezébe kerültek. A nők a harcban hírszerzőként, futárként, ápolóként vettek részt, de a politikai jogokból kizárták őket; a korabeli források ritkán szólalnak meg a nők tapasztalatairól, így szerepük rekonstrukciója nehéz.
A háború a gazdasági szerkezetet is átalakította. A spanyol monopólium megszűnt, de a brit kereskedelem dominanciája erősödött. A belső vámhatárok és a regionális elitek közötti harcok továbbra is akadályozták az egységes piac kialakulását. A háború alatt megerősödött caudillók (regionális katonai vezetők) a későbbi politikai instabilitás forrásai lettek. A caudillismo megítélése a történetírásban vitatott: egyesek a központi hatalom gyengeségének következményét látják benne, mások a helyi társadalmak belső viszonyainak kifejeződését.
A függetlenség emlékezete is vitatott terület. A 19. század végétől a kolumbiai állam a Boyacá-i csatát nemzeti alapító eseményként ünnepelte, Bolívárt hősként állította be. Ez az emlékezetpolitikai állítás elhallgatta a rabszolgák, az őslakosok és a nők szerepét, és a háború erőszakos, megosztó jellegét. A mai történetírás igyekszik ezt a képet árnyalni, és a függetlenséget nem egységes nemzeti diadalként, hanem többirányú konfliktusként értelmezni. Bolívar személye is vitatott: egyesek diktatórikus hajlamait hangsúlyozzák, mások a republikánus eszményekért tett áldozatait. A Gran Colombia szétesése (1830–1831) pedig azt mutatja, hogy a függetlenségi egység törékeny volt.
A függetlenségi harc eseményeit elsősorban korabeli katonai jelentésekből, jegyzőkönyvekből, kiáltványokból és levelekből ismerjük. Bolívar írásai, a junta jegyzőkönyvek, Morillo jelentései és a kortárs sajtó alapvető források. A spanyol és a hazafias beszámolók gyakran ellentmondanak egymásnak; a hadtörténeti események rekonstrukciója ezért vitákkal terhelt. A Boyacá-i csata lefolyásának részletei például eltérően szerepelnek a résztvevők emlékirataiban. Továbbá a korabeli források többsége az elit nézőpontját tükrözi, így az alulról jövő részvétel – a rabszolgák, a szabad színes bőrűek, az őslakosok és a nők szerepe – dokumentálása hiányos. Ezt a hiányt a modern történetírás részben más forrástípusokkal – egyházi anyakönyvekkel, adóösszeírásokkal, bírósági iratokkal – próbálja pótolni.
Az áldozatok számáról nincs megbízható adat. A korabeli összeírások hiányosak, a háborús években a közigazgatás összeomlott. A ma idézett becslések általában közvetett forrásokra épülnek, és széles bizonytalansági sávval rendelkeznek. A háborús pusztítás mértéke is csak részben rekonstruálható, mert a háború alatt keletkezett dokumentumok jelentős része elveszett.
A „Patria Boba” kifejezés értékelése vitatott: egyesek a junták időszakának káoszát hangsúlyozzák, mások a politikai kísérletezés és a helyi autonómia jelentőségét. A modern kutatás inkább az utóbbi értelmezést támogatja, de a kérdés nincs lezárva. Hasonlóképpen a Gran Colombia megítélése is vita tárgya: egyes történészek szerint mesterséges képződmény volt, amelyet Bolívar személyes ambíciója tartott össze; mások szerint a regionális elitek közötti együttműködés kísérlete, amely a spanyol fenyegetés megszűnése után bomlott fel. A kérdés összekapcsolódik a nemzeti mítoszokkal, ezért ma is érzékeny.
A llanerók szerepének értelmezése sem egységes. A korabeli források gyakran barbárnak, fegyelmezetlennek ábrázolják őket; a későbbi nacionalista történetírás viszont a népi ellenállás hőseivé emelte. A modern kutatás igyekszik a llanerókat saját társadalmi logikájuk szerint értelmezni, nem pedig külső kategóriákkal. Mindez arra figyelmeztet, hogy a függetlenségi harc története nem választható el a forráskritikától és az emlékezetpolitika elemzésétől.