A spanyol hódítás az Andokban nem egy egységes, erős állam ellen indult, hanem egy olyan politikai térben zajlott, amelyet az Inka Birodalom belső válsága már a spanyolok érkezése előtt meggyengített. Az 1520-as évek végén Huayna Capac uralkodó halálát követően fiai, Huáscar és Atahualpa között polgárháború tört ki, amely megosztotta a birodalom elitjét, hadseregét és tartományait. Ez a körülmény alapvetően befolyásolta a hódítás lefolyását, és a modern történetírás konszenzusa szerint a spanyolok gyors katonai sikere elképzelhetetlen lett volna bennszülött szövetségesek és a belső törésvonalak kihasználása nélkül. Ugyanakkor a hódítás eseményeinek rekonstruálása forráskritikai nehézségekkel terhelt: a spanyol krónikák a hódítók nézőpontját rögzítik, míg a fennmaradt őslakos elbeszélések – például Felipe Guaman Poma de Ayala vagy a mestizo Inca Garcilaso de la Vega írásai – saját politikai és családi érdekeik szerint válogatnak. A következőkben a hódítás kezdetétől a gyarmati intézményrendszer kiépüléséig és a bányagazdaság kialakulásáig követjük nyomon a folyamatot, utalva arra, hogy a részletes társadalom- és gazdaságtörténeti elemzést A gyarmati társadalom és gazdaság tárgyalja.
Francisco Pizarro harmadik dél-amerikai expedíciója 1530–1531-ben indult Panamából. A csapat létszámát a források általában 160–170 gyalogosra és lovasra teszik, de a pontos szám vitatott, és valószínűleg a hódítás során további erősítések érkeztek. A döntő eseményre 1532. november 16-án került sor Cajamarca (spanyolul Cajamarca) térségében. Atahualpa éppen a polgárháború északi hadszíntéren elért sikerei után tartózkodott ott, és több ezer fős kíséretével a spanyolokat nem elsődleges katonai fenyegetésként, hanem kis létszámú, különös jövevényekként kezelte. A spanyolok rajtaütöttek, Atahualpát foglyul ejtették, és a kíséretéből sokakat megöltek. A támadás kimenetelében a meglepetés és a lőfegyverek pszichológiai hatása mellett fontos szerepet játszott, hogy a birodalom belső viszályai miatt a helyi lakosság és a Huáscar oldalán álló csoportok nem siettek Atahualpa védelmére. A spanyol krónikák ezt az eseményt dicsőséges győzelemként ábrázolták; az őslakos hagyomány későbbi elbeszéléseiben viszont a megtévesztés és a szövetségi logika hangsúlyozódik.
Atahualpa fogságba esése után tárgyalások kezdődtek a szabadulás feltételeiről. A források szerint az uralkodó felajánlotta, hogy szobáját arannyal és ezüsttel tölti meg; a váltságdíjat részben be is szállították, azonban a spanyolok mégsem engedték szabadon. 1533 júliusában Atahualpát – miután a keresztség felvételére kényszerítették – megfojtották. A per és a kivégzés jogi alapja már a kortársak szemében is kétséges volt, és a spanyol hatóságok egy része élesen bírálta. A hódítók ezután Cuzco felé vonultak, és 1533 végén, illetve 1534 elején elfoglalták az inka fővárost. Több inka uralkodót bábként használtak, miközben a birodalom adó- és munkaszervezetét fokozatosan a spanyol érdekek szolgálatába állították.
A hódítók közötti konfliktusok azonban már ebben a korai szakaszban is gyengítették a spanyol hatalom egységét. Diego de Almagro és Pizarro hívei között a zsákmány és a hatalmi jogkörök elosztása miatt polgárháborús viszonyok alakultak ki. Almagrót 1538-ban kivégezték, Pizarrót pedig 1541-ben Limában gyilkolták meg. A korona ezt követően megkísérelte központi ellenőrzés alá vonni a területet; az első alkirály, Blasco Núñez Vela 1544-ben érkezett, de a telepesek érdekeit képviselő Gonzalo Pizarro fellázadt ellene, és a konfliktus évekig tartott. Núñez Velát megölték, és a korona végül csak katonai erővel és engedményekkel tudta helyreállítani a fennhatóságát. Ezek a belső harcok arra figyelmeztetnek, hogy a gyarmati intézményrendszer kialakulása nem egy lineáris, felülről irányított folyamat volt, hanem a korona, a hódítók és a helyi társadalmak közötti állandó alkudozás eredménye.
A spanyol hatalomátvétel nem jelentett azonnali, teljes katonai uralmat. A spanyolok által 1533-ban trónra ültetett Manco Inca 1536-ban fellázadt, és hónapokig ostromolta Cuzcót, valamint veszélyeztette a frissen alapított Limát is. Az ostromot a spanyolok és bennszülött szövetségeseik végül visszaverték, de Manco Inca a keleti hegyoldalban, Vilcabamba térségében független inka államot hozott létre. Ez az állam évtizedekig megőrizte az inka politikai és vallási legitimáció egy részét, diplomáciai kapcsolatokat épített ki, és időnként tárgyalt a spanyolokkal. A Vilcabambában fenntartott ellenállás jelentőségét a spanyol krónikák sokáig elhallgatták vagy minimálisnak tüntették fel; a modern kutatás ezzel szemben rámutatott, hogy nem csupán katonai zárványról, hanem az inka államiság folytonosságának kísérletéről volt szó. Manco Inca 1544-es halála után utódai, Sayri Túpac, Titu Cusi Yupanqui és végül Túpac Amaru folytatták az ellenállást. 1572-ben az utolsó uralkodót, Túpac Amarut elfogták, Cuzcóban nyilvánosan kivégezték. Ezzel a spanyol hódítás katonai szempontból lezárult, de az inka ellenállás emléke a későbbi századok lázadásaiban is tovább élt.
A spanyol gyarmati hatalom központja kezdetben Cuzco volt, de a hódítást követően a súlypont a Csendes-óceáni partvidék felé tolódott. Francisco Pizarro 1535. január 18-án alapította meg a Ciudad de los Reyes várost, amelyet ma Limaként ismerünk. A helyválasztást a tengeri összeköttetés és a spanyolországi kapcsolattartás igénye indokolta, de szerepet játszott az is, hogy a tengerparti környezet távolabb esett az inka politikai központ hagyományos befolyási övezetétől. Lima a későbbiekben a perui alkirályság fővárosa és az andoki gyarmati igazgatás legfontosabb csomópontja lett.
Az intézményi keret fokozatosan, koronai rendeletek és a helyi hatalmi viszonyok kölcsönhatásában alakult ki. A Perui Alkirályság (Virreinato del Perú) 1542-ben, a Leyes Nuevas (Új Törvények) néven ismert reformcsomaggal együtt jött létre. Az alkirály a spanyol uralkodót személyesítette meg; hatásköre formálisan rendkívül széles volt, de a gyakorlatban a helyi elitekkel, az egyházzal és a korona tisztviselőivel való alkudozás határozta meg működését. A perui alkirályság kezdetben gyakorlatilag az egész spanyol Dél-Amerikát magában foglalta, de a 18. században az Új-Granada és a Río de la Plata alkirályság leválása csökkentette a területét.
A közigazgatási szervezetben kiemelkedett az audiencia, amely bíróságként és tanácsadó testületként működött. A limai mellett több városban – így Cuzcóban, Quitóban és Charcasban – is létrejött audiencia. A városokban a cabildo (városi tanács) képviselte a helyi spanyol lakosságot, míg a vidéki körzetek élére corregidorokat (körzeti elöljárók) neveztek ki. Ezek az intézmények formálisan a korona fennhatóságát erősítették, ám a gyakorlatban a tisztségek adásvétele, a korrupció és a spanyol telepesek közötti frakcióharcok gyakran kikezdték működésüket.
Az egyik legfontosabb, és a mai napig vitatott megítélésű intézmény az encomienda volt. Ez nem földtulajdon, hanem a korona által adott jog volt arra, hogy a spanyol kedvezményezett (encomendero) egy meghatározott őslakos közösség adóját és/vagy munkáját hasznosítsa, cserébe gondoskodjon annak keresztény hitre térítéséről és védelméről. Az intézmény a Karib-térségből terjedt át az Andokba, ahol a spanyolok az inka adó- és munkaszervezetre építhettek. Az encomienda révén a spanyolok gyakran a korábbi inka tartományi vezetők közvetítő szerepét vették át, miközben az őslakos közösségek belső autonómiáját részben megtartották. Az intézmény megítélése a kortársak és a mai történészek körében is vita tárgya: egyesek a kizsákmányolás és a demográfiai katasztrófa egyik fő eszközét látják benne, mások hangsúlyozzák, hogy az adóalap fenntartásának igénye bizonyos védelemre is késztette az encomenderókat. Az 1542-es Leyes Nuevas megpróbálta korlátozni az encomienda örökletességét és a visszaéléseket, de a perui telepesek ellenállása miatt a korona kénytelen volt engedményeket tenni.
A gyarmati Peru gazdasági szerkezetét egyetlen felfedezés alakította át alapvetően: 1545-ben a mai Bolívia déli részén, a Cerro Rico („Gazdag hegy”) lejtőin felfedezték Potosí hatalmas ezüstérceit. A bányavidék a Perui Alkirályság része volt, és innen származott a spanyol birodalom legnagyobb ezüstbevétele a 16–17. században. Potosí város lakossága a 17. század elején egyes becslések szerint elérhette a 100–160 ezer főt, ami az akkori európai nagyvárosokkal összemérhető volt; a pontos szám azonban bizonytalan, mivel a korabeli összeírások hézagosak.
A termelés fellendüléséhez két tényező járult hozzá: a munkaerő biztosítása és a higany használata az amalgamációs eljárásban. A higanyt a közeli Huancavelica bányáiból szállították; az amalgamáció (spanyolul azogue, higany) technikai újítása az 1550-es évektől tette lehetővé az alacsonyabb fémtartalmú ércek gazdaságos feldolgozását. A bányászati munkaerő megszervezésében a spanyolok az inka mit’a intézményét vették alapul. A mit’a eredetileg az inka állam által szervezett, időszakos közmunka volt, amelynek keretében a közösségek útépítést, mezőgazdasági munkát vagy katonai szolgálatot láttak el. A gyarmati mit’a (spanyol mita) ezt torzítva kötelező bányászati munkaszolgálattá alakította: a kijelölt közösségek férfi tagjainak meghatározott időre, általában évente több hónapra kellett Potosíba vonulniuk. A munkakörülmények rendkívül nehezek voltak: a nagy magasság, a higanygőz, a balesetek és az alultápláltság magas halálozással járt. A bányamunkások elvileg fizetést kaptak, de a reálbér gyakran nem fedezte a megélhetést, és a közösségek adóterhei is növekedtek.
A Potosí termelési adatai körül jelentős szakirodalmi viták folynak. A megbízható bányászati nyilvántartások csak részben maradtak fenn, és a csúcsidőszak éves ezüsttermelésére vonatkozó becslések tág határok között mozognak. Annyi azonban konszenzusos, hogy Potosí a 16. század második felében és a 17. század elején a világ egyik legnagyobb ezüsttermelő központja volt. Ez a kincstermelés alapvetően átalakította a globális fémáramlást, ugyanakkor súlyos helyi társadalmi és környezeti költségekkel járt; a bányászatból származó higanyszennyezés nyomai a jégmagvizsgálatokban is kimutathatók, bár a történeti értelmezésük módszertani viták tárgya.
Az encomienda mellett más munkaerő-mozgósítási formák is léteztek. A repartimiento (spanyol „kiosztás”) rövid távú kényszermunkát jelentett, amelyet a hatóságok mezőgazdasági betakarításra, útépítésre vagy bányászati kiegészítő munkákra rendelhettek el. Az obrajes (textilüzemek) a gyapjú- és pamutszövetek készítésére szerveződtek, és gyakran szintén őslakos munkásokat foglalkoztattak; a munkakörülmények itt is rendkívül rosszak lehettek. A partvidéki területeken, különösen a cukornád-ültetvényeken már a 16. századtól megjelentek az Afrikából behurcolt rabszolgák is, akiknek jogi helyzete és munkakörülményei még kiszolgáltatottabbak voltak. A rabszolgaság elsősorban a tengerparti ültetvénygazdaságokban terjedt el, míg a bányákban a mit’a kényszermunkája dominált.
A gyarmati társadalom rétegződése fokozatosan alakult ki. A felső pozíciókat a Spanyolországban született peninsulares foglalták el, de gyakran a Peruban született criollók birtokolták a vagyon jelentős részét. A mestizo (vegyes származású) lakosság létszáma folyamatosan nőtt, bár jogi helyzete bizonytalan volt. Az indios (őslakosok) a korai gyarmati jog szerint szabad alattvalók voltak, de sajátos alávetett státusszal; közösségeikből adót szedtek, és munkájukat a fent leírt rendszerekben hasznosították. A nők szerepét a gyarmati források sokáig alig rögzítették; a kutatás azonban rámutatott, hogy a bennszülött nők nem csupán a háztartásokban, hanem a piacozásban és a mezőgazdasági munkában is kiemelkedő szerepet játszottak, és a rokonsági hálózatok révén a spanyolok és az őslakos közösségek közötti közvetítés fontos szereplői voltak.
A demográfiai katasztrófa mértékét nem lehet pontosan számszerűsíteni. A spanyol érkezés előtti andoki népességre vonatkozó becslések tág tartományban mozognak, 6 és 15 millió fő között, a forrásoktól és a módszertantól függően. A hódítást követő első száz évben a népesség számottevően csökkent; egyes becslések 80–90%-os visszaesést valószínűsítenek. A fő okok között az eurázsiai eredetű járványok (himlő, kanyaró, majd később más betegségek), a hódítás során alkalmazott erőszak, a munkaterhek és a közösségi élet felbomlása együttesen szerepelnek. A tudományos konszenzus abban van, hogy a járványok játszották a legnagyobb szerepet, de az egyes okok súlyáról viták folynak. Ezt a katasztrófát a gyarmati hatóságok hivatalos retorikájukban gyakran természeti csapásként vagy az őslakosok „érzékenységeként” ábrázolták, ami a felelősség kérdését is érinti.
A spanyol korona a hódítást alapvetően vallási misszióként is legitimálta. A katolikus egyház az alkirályságban nem csupán lelki gondozást végzett, hanem oktatási, jogi és adminisztratív feladatokat is ellátott. A ferences és domonkos szerzetesek már a hódítás első évtizedében megjelentek; a jezsuiták (Compañía de Jesús) 1568-ban érkeztek Limába, és a következő évtizedekben iskolákat, kollégiumokat alapítottak. Az egyház hatása kettős volt: egyrészt a keresztény liturgiát, a spanyol nyelvet és a nyugati írásbeliséget terjesztette, másrészt aktívan részt vett a gyarmati rend fenntartásában, például a tizedek és egyéb egyházi adók beszedésében.
Az egyház belső vitái is fontosak. Egyes szerzetesek, mint Bartolomé de las Casas, a spanyol gyarmati gyakorlatot és az encomienda visszaéléseit élesen bírálták, és jogi reformokat követeltek. Vele szemben más teológusok, például Juan Ginés de Sepúlveda, az őslakosok állítólagos természeti alávetettségét hirdették. A vita a salamancai teológiai iskola és a korona udvarában is visszhangra talált, és hozzájárult a Leyes Nuevas korlátozó intézkedéseihez, bár a gyakorlati végrehajtás messze elmaradt a normatív céloktól. Az egyház a helyi közösségek életében ellentmondásos szerepet töltött be: a térítés gyakran erőszakosan vagy a helyi vallási szokások elnyomásával járt, ugyanakkor egyes szerzetesek lejegyezték a helyi nyelveket, krónikákat írtak, és óhatatlanul megőriztek történeti ismereteket. A limai inkvizíció 1570-es felállítása után az egyház a hitbeli eltéréseket és a lelki ügyeket is büntető jogkörrel vizsgálta, bár az őslakosokra formálisan nem terjedt ki a hatásköre; a gyakorlatban a hittérítés és a fegyelmezés határai elmosódtak.
A 16. század végére a Perui Alkirályság intézményi szerkezete megszilárdult, bár a hatalmi gyakorlat továbbra is vitákkal és érdekellentétekkel terhelt volt. A királyi jövedelmek jelentős részét az ezüstbányászat adta, ezért a korona kiemelt figyelmet fordított Potosíra és a kincstári ellenőrzésre. A quinto real (királyi ötöd) elvben a bányászati termelés 20%-át tette ki, de a tényleges bevétel a csempészet, a korrupció és az adókedvezmények miatt alacsonyabb volt. Az alkirályság területén belül kialakult egy olyan gazdasági magterület, amely Potosítól a limai kikötőig húzódott, és amelyhez kiterjedt mezőgazdasági és állattenyésztési körzetek kapcsolódtak. Ez a struktúra a későbbi gyarmati századokban is meghatározó maradt.
Fontos észrevenni, hogy a gyarmati intézmények nem egyszerűen a spanyol gyarmatosítás felülről irányított építményei voltak, hanem a helyi társadalmakkal és gazdasági viszonyokkal való állandó alkudozás termékei. A spanyol hatalom a 16. században soha nem volt olyan totális, mint amilyennek a későbbi birodalmi retorika vagy egyes nacionalista elbeszélések láttatják; az őslakos közösségek gyakran rendelkeztek bizonyos mozgástérrel a belső ügyeikben, és a spanyolok is rá voltak szorulva a helyi közvetítőkre, vezetőkre és munkaerő-szervezőkre. Ennek a dinamikának a részletesebb elemzését a gyarmati társadalom és gazdaság fejezete végzi el.
A hódítás és az alkirályság történetének rekonstruálása számos forrástípusra támaszkodik, de mindegyiknek megvannak a maga korlátai.
Főbb viták: