A gyarmati perui társadalom és gazdaság megértése nem választható el a hódítás utáni első évtizedek átmeneti állapotától. Amíg A spanyol hódítás és az alkirályság a hódítás politikai és katonai folyamatát tárgyalta, addig ebben az alfejezetben azt vizsgáljuk, miként szerveződött újra a mindennapi élet: milyen munka-, adó- és kereskedelmi rendszerek alakultak ki, hogyan tagolódott a társadalom, és milyen szerepet játszott az egyház a spanyol uralom megszilárdításában. A perui eset különösen fontos, mert a Limai Alkirályság – spanyolul Virreinato del Perú – a gyarmati időszakban a spanyol Dél-Amerika igazgatási és gazdasági központja volt; az itt kialakult intézmények hosszú időre meghatározták az Andok térségének társadalmi szerkezetét.
A gyarmati perui gazdaság leginkább dokumentált és a kortársak által is középpontba állított ágazata a bányászat volt, mindenekelőtt a Potosí hegyének ezüstbányászata. A mai Bolívia területén fekvő Potosí a 16. század második felétől a birodalom egyik legnagyobb városává nőtt; lakossága az 1600 körüli évekre a becslések szerint 100 000–160 000 fő között mozgott, amivel Európa nagyvárosaival vetekedett. A termelési adatok azonban becslések, mert a kincstári quinto real (a bejegyzett ezüst ötöde) csak a legálisan regisztrált fémre vonatkozott, a csempészet pedig jelentős lehetett. A 16. század végétől a feldolgozást a higanymalom (amalgámozás) eljárás tette nagyiparivá; ehhez a közeli Huancavelica higanybányái biztosították az alapanyagot. A higany és az ezüst párosa a gyarmati gazdaság egyik legismertebb összefüggése, de a bányászat környezeti és munkaegészségügyi ára – például a higanymérgezés – a 20. századi környezettörténeti kutatások óta került be a tankönyvi elbeszélésbe.
A bányamunkaerő megszervezésére a Toledói reformok (1569–1581) vezették be a bányászati mita rendszerét. A szó az inka korabeli rotációs munkára utal, de a gyarmati jogi tartalom jelentősen eltért: a huszonéves férfiakat a kijelölt tartományokból évente rotálva rendelték Potosí és más bányák mellé, meghatározott időre. A 17. századi hivatalos keretszámok szerint a Potosíba rendelt mitayók elvi létszáma évente 13 000–16 000 körül alakulhatott, de a ténylegesen megjelenő munkások száma ennél alacsonyabb volt; a közösségek idővel pénzben válthatták meg a munkajáradékukat. A mita emberi költségeiről a kortárs krónikások – például Guamán Poma de Ayala – drámai képet festettek, és a modern történetírás sem képes pontosan számszerűsíteni a bányavidékre vezető úton és a bányákban elhunytakat. A legtöbb kutató egyetért abban, hogy a bányászati mita a kényszermunka súlyos, a közösségek demográfiai és társadalmi szövetét romboló formája volt; vitatott azonban, hogy a közösségek mennyire tudtak alkudni, családokat kiváltani vagy a rendszeren belül saját érdekeiket érvényesíteni. Az újabb kutatások arra hívják fel a figyelmet, hogy a mita mellett a bányavidéken nagy számban dolgoztak bérmunkások és magánvállalkozók is (mingas, kajchas), így a potosíi munkaerőpiac nem írható le kizárólag a kényszermunka fogalmával.
A bányászati jövedelemhez szorosan kapcsolódott a kereskedelmi monopólium rendszere. A spanyol korona a gyarmatok és az anyaország közötti áruforgalmat a sevillai Casa de Contratación (Kereskedelmi Hivatal) felügyelete alá vonta, és a tengeri szállítást konvojokba szervezte. A perui ezüst java évente, majd a konvojrendszer ritkulásával rendszertelenebbül indult Callao kikötőjéből Panamába, majd a Portobelo vásárra, ahol európai árukkal cserélték el. A monopólium a gyarmati elit egy részének is kedvezett: a limai consulado (kereskedőtestület) tagjai ellenőrizték a belső nagykereskedelmet, és a tengerentúli áruk magas ára biztosította a profitjukat. A monopólium ugyanakkor állandó feszültséget teremtett a vidéki bányavárosok és a fogyasztók körében, mert az árak növekedése és a hiány miatt virágzott a csempészet. A 18. századi „szabad kereskedelemről” szóló Bourbon-reformokig a perui gazdaság formálisan zárt, a gyakorlatban azonban átjárható rendszerben működött.
A bányászati jövedelemből részesedő helyi elit rétegződése nem írható le egyetlen „osztály” fogalmával. A 16. század első felét az encomenderók uralták: ők az encomienda (gondnokság) jogintézményén keresztül őslakos közösségek adóját és munkáját kapták meg, cserébe a keresztény hit oktatását és a védelem megszervezését ígérték. Az encomienda formálisan nem földtulajdon volt – ez a különbségtétel a 20. századi jogtörténeti viták egyik sarokpontja –, ám a gyakorlatban az encomenderók gyakran a közösségi földek mellé is behatoltak. A 16. század második felétől a korona igyekezett visszaszorítani az encomendero réteget, mert az öröklés útján politikai hatalmat is koncentrált. A bányatulajdonosok, a limai nagykereskedők és a corregidor-i hivatalt viselő királyi tisztviselők fokozatosan átvették a gazdasági vezető szerepet. A gyarmati elit belső feszültségeiben a 17. századtól egyre fontosabbá vált a születési hely szerinti különbség: a félszigetről érkező peninsularok és a helyben született kreolok (criollos) között a hivatalviselés és az egyházi javadalmak elosztása körül éleződött ki a versengés. A kreol elit a 18. századra gazdaságilag megerősödött, de a legmagasabb hivatalokból gyakran kiszorult, ami a későbbi függetlenségi mozgalmak egyik előzménye lett.
A bányászat mellett a gyarmati gazdaság másik alapja az Andok mezőgazdasága volt. A hódítás előtti ayllu (nemzetségi alapú közösség) szervezet a gyarmati időszakban részben fennmaradt, de jogi helyzete átalakult. A spanyol hatóságok a 16. század második felétől redukciókba (reducciones) vonták össze a szétszórtan élő őslakos családokat: a cél az adók beszedésének, a munkaszolgáltatásnak és az evangelizációnak a megszervezése volt. A redukciók a dokumentumokban pueblo de indios („indiók falva”) néven szerepelnek; a lakóik a közösségi földek használatáért cserébe tributo nevű fejadót fizettek. A fejadó mértékét a kincstári összeírások rögzítették, de a tényleges behajtás a helyi kacika (cacique, a korabeli forrásokban gyakran curaca) közvetítésén múlt. A kacika réteg a gyarmati társadalom egyik legérdekesebb csoportja volt: a spanyolok az őslakos nemesség egy részét meghagyták a közvetítői szerepben, cserébe a kacikák adót szedtek, munkaerőt állítottak ki, és a közösség és a gyarmati hatóságok között közvetítettek. A kacikák egy része spanyol ruhát viselt, lovat tartott, és a helyi elit alsó pereméhez kapcsolódott; mások szorosabban kötődtek a közösségi hagyományokhoz. A kacikák megítélése a történetírásban vitatott: egyes szerzők a gyarmati rend kiszolgálóiként, mások a közösségek védelmezőiként írják le őket.
A mezőgazdasági termelés a közösségi szektor mellett egyre inkább a hacienda (nagybirtok) formájában szerveződött. A hacienda a 17. századtól terjedt el, amikor a bányavárosok és a limai fogyasztópiac felvevőképessége megnőtt; a búza, a kukorica, a cukornád és a szarvasmarha-termelés a tengerparti völgyekben és a hegyközi medencékben koncentrálódott. A hacienda munkaereje vegyes volt: a benne élő állandó munkások (akiket a források yanaconas vagy peones néven említenek) mellett időszakos bérmunkások és adós munkások is dolgoztak a földeken. A hacienda és az őslakos közösségek közötti földviták a gyarmati bírósági iratok egyik leggyakoribb ügytípusát alkották; a közösségek gyakran jogi úton, írásos címekkel próbálták bizonyítani földjeik határait, ami mutatja, hogy a gyarmati jogrendet nemcsak elszenvedték, hanem aktívan használták is.
A textilipar, az obraje, a gyarmati gazdaság harmadik nagy foglalkoztatója volt. Az Andokban az őslakos közösségek hagyományos gyapjú- és gyapotfeldolgozására építve a spanyol vállalkozók műhelyeket hoztak létre, ahol részben kényszermunkával, részben bérezéssel szőtték a durva posztót és vásznat. Az obraje-k a bányavárosok és a vidéki piacok igényeit elégítették ki, és a 17. században Quito, Cuzco és a mai Bolívia területén is nagy számban működtek. A munkakörülményekről szóló egyházi és bírósági panaszok gyakoriak; a kortársak és a modern történészek egyaránt vitatják, hogy az obraje mennyiben volt a rabszolgasághoz hasonló kényszermunka és mennyiben fizetett, szerződéses munka.
A gyarmati perui társadalom leírására a kortárs források és a későbbi történetírás a kasztrendszer (sistema de castas) fogalmát használja. Ez a rendszer a 16. század végétől fokozatosan intézményesült, amikor a korona és az egyház egyre több rendeletben és zsinati határozatban rögzítette a csoportok jogi helyzetét. Alapvető fontosságú, hogy a kasztkategóriák nem egyszerűen „rasszok” voltak a mai értelemben, hanem jogi, adózási és társadalmi státuszokat jelöltek, amelyek a születést, a házasságot, a lakóhelyet és a nyelvet is magukban foglalták. A gyarmati jog a következő fő kategóriákat ismerte: español (spanyol, beleértve a félszigetieket és a kreolokat), indio (az őslakos közösségek tagja), mestizo (spanyol és őslakos szülők leszármazottja), mulato (spanyol és afrikai szülők leszármazottja) és zambo (őslakos és afrikai szülők leszármazottja). Az afrikai rabszolgák és leszármazottaik, akiket a gyarmati források negros vagy morenos néven említenek, a jogi hierarchia alján, de a társadalmi gyakorlatban sokszor a városi háztartások meghatározó tagjaiként helyezkedtek el.
A kasztrendszer merevségéről a történetírásban éles vita folyik. A régebbi szakirodalom hajlamos volt a kasztokat szinte biológiai alapú, átjárhatatlan osztályokként ábrázolni; ez a kép a 18. századi kasztfestmények (pinturas de castas) hatására terjedt el, amelyek a különböző szülőpárokból született gyermekeket taxonómiai rendszerben mutatták be. Az ilyen festmények azonban nem a társadalmi valóság közvetlen leképezései, hanem a gyarmati elit önreprezentációjának és a társadalmi rend ideologikus megerősítésének eszközei. Az újabb kutatások azt hangsúlyozzák, hogy a kategóriák a mindennapi életben rugalmasabbak voltak: a házasság, a lakóhelyváltás, a foglalkozás és a vagyoni helyzet megváltoztathatta az egyén besorolását, bár a jogi korlátok – például a papi pálya vagy az egyetemek tisztasági követelménye – valóban kizárták a nem spanyolok egy részét. A limpieza de sangre („vértisztaság”) elve, amelyet az ibériai félszigetről hoztak, az őslakos vagy afrikai származásúakkal szembeni előítéletet intézményesítette, de a perui gyakorlatban a gazdag mestizo vagy kacika családok időnként spanyolként való elismerésüket is elérték.
A társadalmi hierarchiát a nemek szerinti különbségek is átszelték. A spanyol és kreol nők a jogban a férfi gyám hatalma alatt álltak, de özvegyként jelentős vagyont és befolyást szerezhettek; a limai és cuzcói női kolostorok a vagyonos családok leányainak intézményes pályát kínáltak. Az őslakos nők helyzete kettős volt: a közösségen belül a mezőgazdasági munkában és a textilkészítésben nélkülözhetetlenek voltak, a gyarmati adórendszer azonban őket többnyire a férfiak háztartásához sorolta. A spanyolok és az őslakos nők közötti kapcsolatokból született mestizo gyermekek jogi besorolása gyakran bizonytalan volt, és a családi stratégiáktól függően változott; ez a bizonytalanság a gyarmati iratokban visszatérő viták forrása.
Az egyház a gyarmati társadalom legszervezettebb intézménye volt. A limai püspökséget 1541-ben alapították, majd 1546-ban érsekséggé emelték; a 16. század végére Cuzco, Quito, La Plata (Charcas) és más püspökségek hálózata fedte le az alkirályságot. Az evangelizáció első hullámában a szerzetesrendek – a domonkosok, ferencesek, ágostonosok és a 16. század végétől a jezsuiták – játszották a fő szerepet. A hatóságok a redukciókhoz hasonlóan a hitoktatást is területi alapon szervezték: a doctrina (hitoktató körzet) élén álló doctrinero pap rendszeresen bejárta a falvakat, keresztelt, házasított és temetett. A 16. század végi limai zsinatok – különösen az 1582–1583-as harmadik limai zsinat – a helyi nyelveken történő hitoktatás mellett döntöttek, és létrehozták a quechua és ajmara nyelvű katekizmusokat és imakönyveket. Ez a döntés a nyelvi sokszínűség gyakorlati elismerése volt, de egyúttal a spanyol uralom nyelvi eszköze is: a quechua sztenderdizált, egyházi változata idővel háttérbe szorította a helyi nyelvjárásokat.
Az egyház gazdasági hatalma a tizedből, a miséért fizetett stóladíjakból, a hagyatékokból és a birtokokból származott. A jezsuiták különösen nagy hacienda-hálózatot építettek ki, amelyek jövedelme a rend iskoláinak és misszióinak fenntartását szolgálta. A jezsuita birtokok gazdasági hatékonysága és a rabszolga-munkaerő alkalmazása körüli viták a 18. századi Bourbon-reformok egyik érvévé váltak a rend 1767-es kiutasítása mellett. Az egyházi intézmények közé tartozott az inkvizíció is, amelynek limai törvényszékét 1570-ben állították fel; hatásköre azonban nem terjedt ki az őslakosokra, csak a katolikus hitet elhagyó vagy eretneknek tartott spanyolokra, kreolokra, mestizókra és afrikai származásúakra. Az őslakos vallási gyakorlatokat a helyi egyházi bíróságok és a doctrinero-k ellenőrizték, és a „bálványimádás” visszaszorítására indított kampányok – például a 17. század eleji huacas (szent helyek) elleni akciók – jelentős pusztítást végeztek az andoki vallási anyagi kultúrában. A forrásokból azonban az is kiderül, hogy az andoki közösségek a keresztény szentek és ünnepek rétegében számos régi gyakorlatot megőriztek; ez a keveredés a modern kutatásban nem egyszerűen „ellenállásnak” vagy „szinkretizmusnak” minősül, hanem a helyi vallási tájék folyamatos, vitatott átrendeződésének.
A perui gyarmati hatalomgyakorlás nem volt egyirányú: a korona, az egyház, a városi elitek és az őslakos közösségek közötti alkuk és konfliktusok alakították a mindennapokat. A cabildo (városi tanács) a spanyol városokban a helyi elit önkormányzati testülete volt; a tisztségek egy részét a 16. század végétől pénzért árulták, ami a kreol és peninsular családok közötti versengést intézményesítette. A vidéki őslakos közösségek a kacikákon keresztül kapcsolódtak a gyarmati igazgatáshoz; a közösségi vezetők a tizedek és a fejadó behajtásában közreműködtek, de bírósági perekben is képviselték a falut. A gyarmati rend stabilitása azonban nem jelentett társadalmi békét: a 17. és 18. században a dokumentumok számos helyi lázadást, adómegtagadást és corregidor elleni panaszt rögzítenek. A legnagyobb ilyen események – például az 1780–1782 közötti Túpac Amaru II-felkelés – a gyarmati korszak vége felé mutattak előre, de az itt tárgyalt munka- és adórendszerek folyamatos feszültségei már korábban is jelen voltak.
A kasztrendszer, a bányászati mita és az egyházi ellenőrzés együttesen a perui gyarmati társadalom három, egymást erősítő pillérét alkották. A gazdaság a bányászati exportra és a belső mezőgazdasági, textil- és szolgáltatószektorra épült; a munkaerőt a kényszermunka, a bérmunka és az adós függőség változó kombinációi biztosították; a társadalmi rendet pedig a jogi kasztkategóriák, a vallási intézmények és a helyi közvetítők hálózata tartotta fenn. E szerkezet részleteit a későbbi függetlenségi korszak fejezetei A függetlenség és a 19. századi Peru tárgyalják majd, amikor a gyarmati intézmények válsága és a kreol elitek politikai céljai kerülnek előtérbe.
A gyarmati perui társadalom és gazdaság kutatása elsősorban a spanyol gyarmati adminisztráció iratanyagára támaszkodik: kincstári összeírásokra, adójegyzékekre, bányászati jelentésekre, cabildo-jegyzőkönyvekre, egyházi anyakönyvekre és bírósági periratokra. Az őslakos közösségek saját hangját gyakran közvetítőkön keresztül, például a kacikák spanyolul rögzített beadványain vagy a visitas (felülvizsgálati jelentések) tanúvallomásain keresztül ismerjük. A legfontosabb elbeszélő források közé tartozik Guamán Poma de Ayala El primer nueva corónica y buen gobierno című, 1615 körül befejezett képes krónikája, amely azonban vitairat is, nem semleges leírás; a szerző a gyarmati visszaélések bírálatára használta fel az andoki múltat és a keresztény erkölcsöt.
A legnagyobb bizonytalanság a prekolumbiánus és a korai gyarmati népesség számát övezi. A 16. századi demográfiai összeomlás – amelyet a járványok, a munkarendszerek és a társadalmi széthullás együttesen okoztak – mértékéről nincs tudományos konszenzus; a kutatók a hódítás előtti andoki népességet 4 millió és 12 millió közé teszik, a 17. század eleji adófizető őslakosok számát pedig jóval alacsonyabbra, de a globális becslés minden változata erős extrapolációt tartalmaz. A bányászati termelési adatok a quinto real bevételeiből következtetettek, ezért alulbecsülhetik a valós kitermelést; a huancavelicai higanybányák termelési görbéje ugyanakkor viszonylag jól dokumentált, mert a higany állami monopóliumnak számított.
A társadalmi kategóriák használatával kapcsolatban a modern történetírásban alapvető módszertani vita folyik. A korabeli jogi kategóriák lefordítása a mai „etnikum” vagy „rassz” fogalmaira anakronisztikus lehet, mert a gyarmati besorolás a jogi státuszhoz, az adókötelezettséghez és a társadalmi helyzethez kötődött, nem egyszerűen a származáshoz. Hasonlóképpen vitatott a „kasztrendszer” kifejezés pontossága: egyes kutatók szerint a gyarmati társadalom inkább laza, többszörösen rétegzett hierarchia volt, mint szigorú kasztok rendszere. A tankönyvi egyszerűsítések ezért óvatosságra intenek; a perui gyarmati társadalom leírása mindig forráshoz kötött állításokból indul ki, és jelzi, ha az adott megállapítás becslés, konszenzus vagy vitatott értelmezés.