A gyarmati rend szétesése Peruban nem hozott azonnali állami és társadalmi stabilitást. Az 1820-as évek elején a függetlenség kikiáltása külső katonai expedíciók eredménye volt, nem pedig a perui kreol elit egységes politikai projektje. A limai és a partvidéki kereskedőréteg sokáig a spanyol koronához húzott, miközben a déli és északi tartományokban, valamint a hegyvidéki városokban egymástól eltérő helyi érdekek mozogtak. Az ezt követő évtizedeket a caudillismo (katonai-politikai vezérek uralma) és a régiók közötti hatalmi harc jellemezte. A század közepén a guano (madárürülék) exportja példátlan állami bevételeket teremtett, ám a források felhasználása körüli viták máig meghatározzák a 19. századi Peru megítélését. A csendes-óceáni háború (1879–1884) azután kíméletlenül leleplezte a gazdasági és katonai modernizáció korlátait, és mély társadalmi tragédiát okozott. Ez az alfejezet a függetlenségtől a századvégig vezető utat mutatja be, különös tekintettel arra, hogy a dokumentált események hogyan váltak el a nemzeti emlékezet későbbi elbeszéléseitől.
Peru függetlensége a latin-amerikai függetlenségi hullám egyik utolsó állomása volt. A mai Peru területén a spanyol uralom elleni lázadások – így Túpac Amaru 1780–1781-es andoki felkelése – kudarcot vallottak, és a kreol elit sem indított széleskörű függetlenségi mozgalmat a napóleoni háborúk idején. A változást a délről érkező José de San Martín (1778–1850) expedíciója hozta el. San Martín az argentin függetlenségi harcok veteránjaként, Chilét 1818-ban felszabadítva, 1820. szeptember 8-án szállt partra a mai Pisco közelében egy argentin–chilei hadsereggel. A hadművelet célja az volt, hogy Lima elfoglalásával és a spanyol haderő elszigetelésével politikai nyomást gyakoroljon a perui elitekre. San Martín kerülte a nyílt összecsapást, inkább tárgyalásos úton próbálta a spanyol tiszteket és a limai kereskedőket átállítani. 1821. július 28-án Limában kikiáltották Peru függetlenségét, San Martín pedig protektorként (jefe supremo) átvette a végrehajtó hatalmat. Ez a függetlenség azonban a partvidékre és Lima politikai terére korlátozódott; a hegyvidéken és a déli területeken a spanyol hadsereg továbbra is jelen volt.
A protektorátus rövid életűnek bizonyult. San Martín és a helyi elit közötti konfliktusok, a gazdasági nehézségek és a katonai helyzet bizonytalansága miatt 1822-ben a protektor lemondott, és elhagyta az országot. A hatalmat egy alkotmányozó kongresszus vette át, amely republikánus államformát hirdetett, de nem tudta megoldani a spanyol ellenőrzés alatt maradt területek kérdését. A döntő katonai szakasz Simón Bolívar (1783–1830) beavatkozásával kezdődött, aki 1823-ban érkezett meg. A kongresszus rendkívüli hatalommal ruházta fel. Bolívar és tábornoka, Antonio José de Sucre a hegyvidéki hadjárat során 1824. augusztus 6-án a juníni csatában lovassági rohammal verte meg a spanyol erőket, majd 1824. december 9-én az ayacuchói csatában a spanyol hadsereg főerői megadták magukat. Az ayacuchói kapituláció a spanyol uralom végét jelentette nemcsak Peruban, hanem a dél-amerikai kontinensen is. Felső-Peru, a mai Bolívia területe ezután szakadt el, és 1825-ben önálló állammá vált, így Peru végleges határai a gyarmati Río de la Plata alkirályság (Virreinato del Río de la Plata) és a Perui alkirályság (Virreinato del Perú) örökségéből alakultak ki.
Az események dokumentáltak, de a függetlenség társadalmi jellege vitatott. A történészek egy része szerint a függetlenség a kreol elit politikai projektje volt, amely nem változtatta meg az őslakos többség helyzetét, mások a vidéki gerillaharcok és a helyi közösségek szerepére hívják fel a figyelmet. Az bizonyos, hogy a függetlenségi háborúk során a perui vidék jelentős károkat szenvedett, és a harcok nem egységes nemzeti felkelésként, hanem töredezett, regionálisan eltérő folyamatként zajlottak. A „felszabadító” elbeszélés a 20. századi emlékezetpolitika terméke is, amely San Martínt és Bolívart nemzeti hősként ábrázolja.
A függetlenség kikiáltása után Peru a politikai instabilitás időszakába lépett. Az új állam intézményei gyengék voltak, a gazdaság kimerült, a hadsereg pedig a gyarmati tisztikarból és a függetlenségi harcok katonáiból szerveződött. A hatalmat gyakran caudillók ragadták magukhoz: olyan katonai vagy polgári vezetők, akik helyi katonai erőre, személyes klientúrára és a központi hatalom kisajátítására építettek. A caudillismo értelmezése a szakirodalomban vitatott: egyesek a gyenge államiság kifejeződésének tekintik, mások a helyi elitek érdekérvényesítő mechanizmusaként írják le, megint mások a köztársasági intézmények és a gyarmati örökség közötti átmeneti formaként értelmezik.
Az 1820-as évek végétől az 1840-es évekig tartó időszakot gyakori puccsok, alkotmányos kísérletek és regionális lázadások jellemezték. Agustín Gamarra (1785–1841) két alkalommal is elnök lett, és a központi, limai hatalom megerősítésére törekedett. Törekvése azonban szembekerült a déli, Arequipa környéki elitek érdekeivel. A korai republikánus elitek között nem volt egyetértés abban, hogy Peru egységes állam legyen-e, vagy föderatív szerkezetű, és abban sem, hogy milyen szerepet játsszon az egyház, a hadsereg és a külföldi kereskedők. A politikai nyelvben a „liberális” és „konzervatív” megjelölések ekkor elsősorban az állam és az egyház viszonyára, a szabadkereskedelemre és a regionális autonómiára vonatkoztak, nem a 20. századi pártpolitikai törésvonalakra.
A korai köztársaság egyik legnagyobb konfliktusa a Perui–Bolíviai Konföderáció (Confederación Perú-Boliviana) létrehozása volt 1836-ban, amelyet Bolívia elnöke, Andrés de Santa Cruz kezdeményezett. A konföderáció ellen Chile és az argentin szövetséges erők léptek fel, mert regionális hegemóniájukat féltették. Az 1839-es yungayi csata után a konföderáció szétesett, és Peru visszanyerte önálló államiságát. Ez az epizód megmutatta, hogy Peru belső instabilitása közvetlenül kapcsolódott a szomszédos államok közötti hatalmi versengéshez. A konföderáció bukása után a perui politika továbbra is a caudillók egymás közötti küzdelmétől volt hangos, de fokozatosan kialakult egy stabilabb, exportorientált gazdasági érdekcsoport.
Az 1840-es években kezdődött a perui történelem egyik legismertebb és egyben legvitatottabb gazdasági korszaka. A perui part menti szigeteken, különösen a Chincha-szigeteken hatalmas mennyiségű guano halmozódott fel, amelyet a nemzetközi mezőgazdaság értékes trágyaként ismert fel. A guano exportja az 1840-es évek végétől robbanásszerűen nőtt, és az állam bevételeit évtizedekre meghatározta. A guanóra épülő gazdaság egyik sajátossága az volt, hogy a kitermelés monopóliumát az állam tartotta kézben, és a bevételek közvetlenül a kincstárba folytak be. Ennek következtében a perui állam a kontinensen szokatlanul erős fiskális pozícióba került, anélkül hogy széleskörű belső adóztatásra lett volna szüksége.
A guano-korszak megítélése a mai napig vita tárgya. A dokumentált vámnyilvántartások és szerződések bizonyítják, hogy a bevételek hatalmas összegeket tettek ki, ám a felhasználásuk hatékonysága erősen vitatott. Ramón Castilla (1797–1867) elnöksége idején, 1854-ben eltörölték a rabszolgaságot, és a rabszolgatartóknak fizetett kárpótlást nagyrészt a guanobevételekből fedezték. Ez a lépés formailag a rabszolgaság ügyét rendezte, de nem változtatta meg a társadalmi hierarchiát, és a kárpótlás módja a kritikai történetírásban a volt rabszolgatartók további gazdagodásának példájaként jelenik meg. A rabszolgák felszabadítása után a munkaerőhiányt a nagyüzemi mezőgazdaságban és a guanobányászatban részben szerződéses munkásokkal pótolták. A 19. század második felében jelentős számú kínai munkás érkezett, akiket a korszak forrásai gyakran „coolie”-ként említenek. Az ő munkakörülményeik és jogi helyzetük a korabeli visszaélésekről szóló jelentések szerint gyakran közel állt a kényszermunkához, ami a mai történetírásban a félrabszolga-munka kategóriájaként jelenik meg.
A guanobevételek nagy részét a perui állam külföldi adósságok törlesztésére, hadseregfenntartásra és infrastrukturális beruházásokra fordította. A legnagyobb projekt a vasútépítés volt, amelynek finanszírozására az állam 1869-ben szerződést kötött a francia Dreyfus-házzal. A Dreyfus-szerződés lényege az volt, hogy a guanóexport jövőbeni bevételeiért cserébe a cég törlesztette a perui adósságot és finanszírozta a vasútépítést. A megállapodás hosszú távon azonban a bevételek elzálogosításához vezetett, és az állam egyre jobban kiszolgáltatottá vált a nemzetközi pénzpiacoknak. A vasúthálózat kiépítése részben megvalósult, de a tervezett vonalak egy része soha nem készült el, a gazdasági haszon pedig elmaradt a várakozásoktól. A guano-korszak tehát nem tette lehetővé a fenntartható gazdasági fejlődést; inkább egy exportfüggő, külföldi hitelektől függő államot hozott létre, amelynek bevételei egyetlen nyersanyagtól függtek.
A guano-korszak által finanszírozott modernizáció ellenére Peru katonailag és intézményileg nem volt felkészülve egy nagy háborúra. A csendes-óceáni háború (Guerra del Pacífico, 1879–1884) közvetlen kiváltó oka a salétrom (nitrát) lelőhelyek ellenőrzése volt a mai Chile északi részén fekvő Atacama-sivatagban, amely terület akkoriban Bolíviához és Peruhoz tartozott. A viták a bányászati jogok és adók körül éleződtek ki. 1873-ban Peru és Bolívia titkos szövetséget kötött, amelyet Chile fenyegetésként értelmezett. 1879-ben, miután Bolívia adót vetett ki egy chilei salétromcégre, Chile hadat üzent Bolíviának, majd Peru – a szövetségi szerződés miatt – belépett a háborúba.
A háború eseményei kiterjedten dokumentáltak, ám az okok értelmezése vitatott. A chilei történetírás egy része a háborút a perui–bolíviai szövetség fenyegetésére adott védekező válaszként ábrázolja, míg a perui és bolíviai hagyomány a chilei terjeszkedést és a salétrom iránti gazdasági érdeket hangsúlyozza. A modern szakirodalomban általában a hosszú távú gazdasági vetélkedés és a térség geopolitikai átalakulása együttes hatását emelik ki. A háború elején a chilei haditengerészet fölénye döntőnek bizonyult, és a chilei hadsereg hamar elfoglalta a vitatott partvidéki területeket. 1880-ban a chilei csapatok partra szálltak Peru középső részén, 1881 januárjában elfoglalták Limát, és a fővárosban katonai kormányzatot állítottak fel. A megszállás alatt a perui állam szétesett, a politikai elit egy része elmenekült, más része kollaborált. A chilei hadsereg elleni ellenállás a hegyvidéken folytatódott, és Andrés Avelino Cáceres (1836–1923) vezetésével gerillaháború bontakozott ki. Az 1883-as ancóni béke formálisan lezárta a háborút. Peru elvesztette Tarapacá tartományt, és Tacna és Arica városát ideiglenes chilei megszállás alá helyezték, azzal a feltétellel, hogy tíz év múlva népszavazás dönt a hovatartozásukról. A népszavazást soha nem tartották meg, és a vita csak 1929-ben zárult le, amikor Tacna visszakerült Peruhoz, Arica pedig chilei kézen maradt.
A csendes-óceáni háború nemcsak területi veszteséget hozott, hanem a perui gazdaság összeomlását is. A guanobevételek elapadtak, a vasúthálózat jelentős része megsérült, a salétrom lelőhelyek chilei kézbe kerültek, és az állam adósságai visszafizethetetlenné váltak. A háború áldozatainak teljes száma nem ismert pontosan; a becslések a polgári lakosság körében elszenvedett veszteségeket is figyelembe véve több tízezerre teszik, de a számok forrástól függően eltérnek. A háború emlékezete Peruban mély nemzeti traumát hagyott, és a későbbi generációk számára a chilei–perui viszony meghatározó keretévé vált. Ez az emlékezetpolitikai örökség azt is jelenti, hogy a háború elbeszélése gyakran erősen érzelmi színezetű, és a tudományos elemzéstől eltérő hangsúlyokat kap.
A csendes-óceáni háború után Peru mély válságban találta magát. Az állam fizetésképtelen volt, a külföldi hitelezők nyomást gyakoroltak, a belső politikai életet pedig a háborús felelősség és az újjáépítés kérdése polarizálta. A háború hőse, Andrés Avelino Cáceres katonai támogatókra támaszkodva ragadta magához a hatalmat, és elnöksége (1886–1890, majd 1894–1895) alatt megpróbálta stabilizálni az államháztartást. Az újjáépítés során Peru új gazdasági modell felé orientálódott: a partvidéki cukor- és gyapottermelés, valamint a bányászat vált a fő exportágazattá. A gazdasági fellendülés azonban lassú volt, és az ország továbbra is külső hitelektől függött.
A század utolsó évtizedében a politikai hatalom fokozatosan a civilista (polgári) elit kezébe került. A civilismo a katonai caudillismóval szemben a polgári kormányzást és a gazdasági modernizációt hirdette. 1895-ben a Nicolás de Piérola vezette polgári felkelés megdöntötte Cáceres hatalmát, és ezzel megkezdődött az arisztokratikus köztársaságként (República Aristocrática) ismert időszak, amely 1919-ig tartott. Ez a korszak már a 20. századba nyúlik, de gyökerei a 19. századi exportgazdaság és a centralizált állam kiépülésében keresendők. A 19. század végére Peru államformája megszilárdult, ám a társadalmi egyenlőtlenségek, az őslakos közösségek jogfosztottsága és a vidéki nyomor nem oldódtak meg. A nemzetépítés a kreol és mestizo elit projektje maradt, amely a hivatalos emlékezetben a függetlenség hőseit és a hispán kultúrát emelte középpontba, miközben az andoki és amazóniai népek nyelve és kultúrája másodlagos helyzetbe szorult.
A 19. századi Peru történetének vizsgálata sokrétű forrásanyagra támaszkodik. A függetlenségi háborúk eseményeit korabeli katonai jelentések, hivatalos proklamációk, San Martín és Bolívar levelezése, valamint a limai sajtó dokumentálják. A guano-korszak gazdaságtörténetéhez a vámszámadások, a Dreyfus-szerződés szövege, a kongresszusi viták jegyzőkönyvei és a külföldi diplomáciai jelentések adnak elsődleges forrást. A csendes-óceáni háború eseményeiről kiterjedt hadijelentések, béketárgyalási jegyzőkönyvek, újságtudósítások és szemtanúk beszámolói maradtak fenn. A korszak társadalom- és kultúrtörténetéhez utazók, misszionáriusok és konzuli tisztviselők leírásai járulnak hozzá.
A kutatás bizonytalanságai több szinten jelentkeznek. A függetlenségi harcok résztvevőinek társadalmi összetételéről kevés megbízható adat van; a vidéki tömegek motivációit gyakran csak közvetett forrásokból lehet rekonstruálni. A guanokorszak bevételeinek tényleges összege és felhasználásának arányai vitatottak, mert a számviteli nyilvántartások hiányosak, és a korrupció mértékéről csak becslések léteznek. A kínai munkások létszámát és halálozási arányait illetően a források erősen eltérnek; egyes szerzők szerint a szerződéses munkások körében a halandóság kirívóan magas volt, mások óvatosabb becsléseket adnak. A csendes-óceáni háború áldozatainak száma szintén nem rögzíthető pontosan. Az emlékezetpolitikai viták – például a háború okainak és felelősségének megítélése – a nemzeti történetírásokban erősen eltérő hangsúlyokat kapnak, ezért a tudományos konszenzus itt törékeny. A caudillismo jelenségének értelmezése szintén vitatott: a vezérek egyéni ambícióinak hangsúlyozása mellett a strukturális tényezők (gyenge intézmények, regionális törésvonalak, exportgazdasági nyomás) szerepét is figyelembe kell venni.