A második világháború és a francia gyarmati hatalom meggyengülése Kambodzsában is átalakította a politikai mozgósítás és a függetlenségi törekvések feltételeit. A A kambodzsai gyarmati gazdaság és társadalom alfejezetben bemutatott társadalmi feszültségek – a rizstermelők adósodása, a francia ültetvények munkásainak kiszolgáltatottsága, a városi khmer értelmiség korlátozott politikai tere – az 1940-es évektől egyre inkább a protektorátus elutasításában találkoztak. Ez az alfejezet az 1941 és 1953 közötti kambodzsai nacionalizmus és a függetlenség kivívásának történetét tárgyalja. A cél nem egyetlen hős vagy mozgalom kiemelése, hanem annak bemutatása, hogy a királyi diplomácia, a városi nacionalista körök, a buddhista klérus egy része és a vidéki fegyveres ellenállás egymással gyakran versengő utakon keresték a francia protektorátus megszüntetését.
A második világháború kitörése után, 1940 júniusában Franciaország vereséget szenvedett Németországtól. A Vichy-kormány által ellenőrzött francia Indokína engedélyezte a japán hadsereg bevonulását a délkelet-ázsiai utánpótlási útvonalak biztosítására. Kambodzsa így a háború éveiben nem klasszikus japán megszállás, hanem francia-japán kettős befolyás alatt állt: a francia gyarmati igazgatás tovább működött, de döntéseit egyre inkább a japán katonai jelenlét korlátozta.
1941-ben Thaiföld kihasználta a francia gyengeséget, és a francia-thai háborúban – Japán közvetítésével – elfoglalta a Kambodzsa nyugati részén fekvő, túlnyomórészt khmer többségű tartományokat, köztük Battambang és az Angkorral határos Siem Reap tartományt. Ugyanebben az évben a francia rezidens választotta ki Norodom Szihanukot (Norodom Sihanouk), egy fiatal herceget, hogy az elhunyt király utódja legyen. A francia adminisztráció reménye szerint a fiatal uralkodó a monarchia tekintélyével megerősíthette a protektorátus rendjét; ezt a döntést a későbbi kambodzsai nacionalista értelmezés – visszatekintő kritikával – a francia akarat királyra kényszerítéseként is ábrázolta.
A nacionalista mozgósítás első látványos kambodzsai epizódja 1942. július 20-án történt Phnompenben. A Nagaravatta című nacionalista lap megjelenései köré szerveződő tüntetésen buddhista szerzetesek, diákok és városi khmerek tüntettek a francia gyarmati rend ellen. A résztvevők panaszai között a protektorátus kulturális hierarchiája, a francia nyelv elsőbbsége és a buddhista intézmények háttérbe szorítása szerepelt. A francia biztonsági erők leverték a tüntetést; a halálos áldozatok és a letartóztatottak pontos száma ma sem ismert, mert a francia és a kambodzsai beszámolók eltérnek. A mozgalom egyik vezetője, Szon Ngok Tan (Son Ngoc Thanh) Japánba menekült; letartóztatott társai közül sokat börtönben tartottak.
Szihanuk király 1945. március 13-án királyi rendelettel érvénytelenítette a francia protektorátus szerződéseit, és kinyilvánította az ország függetlenségét. Ezt a deklarációt a japán megszállók támogatták, de a tényleges szuverenitást behatárolta a japán hadsereg jelenléte. Augusztusban, a japán kapituláció előtti hetekben, a japán hatóságok visszahozták Szon Ngok Tant, és miniszterelnökké nevezték ki. Szon Ngok Tan a függetlenség szimbolikus megerősítésére törekedett, de rövid ideig tartó kormánya alatt a gazdaság, a közlekedés és a biztonság szinte teljes egészében a japán hadsereg és a tokiói irányítás alatt maradt.
Japán 1945 augusztusi kapitulációja után a francia gyarmati erők – a szövetséges hatalmak (elsősorban a brit erők) átmeneti jelenléte mellett – visszavették Phnompent. Szon Ngok Tant letartóztatták, és Franciaországba vitték; távollétében bíróság elé állították és elítélték. Az 1945-ös „függetlenség” így rövid és nagyrészt névleges maradt, de a későbbi kambodzsai nacionalista narratíva fontos emlékezeti pontjává vált: azt bizonyította a részt vevő khmerek számára, hogy a francia uralom nem feltétlenül visszafordíthatatlan.
A francia adminisztráció 1946-ban kambodzsai politikai szereplőkkel tárgyalásokat kezdett a protektorátus átalakításáról. 1946-ban úgynevezett modus vivendi született, amely belső autonómiát ígért, de a külügyet, a védelmet és a pénzügyet francia ellenőrzés alatt hagyta. 1947-ben új alkotmány lépett hatályba, amely létrehozta a nemzetgyűlést és a választott kormányzati pozíciókat; a választójog azonban továbbra is szűk maradt, és a francia rezidens vétójogot gyakorolt a kormányzati döntések felett.
1949-ben Franciaország és Kambodzsa újabb szerződést kötött, amely Kambodzsát a Francia Unión (Union française) belüli társult állammá (État associé) minősítette. Ez a jogi keret elismerte Kambodzsa belső önállóságát, de a külpolitika, a hadügy és a stratégiai ügyek továbbra is francia hatáskörben maradtak. A nacionalista körök ezt a szerződést elégtelennek tartották, mivel a protektorátus felszámolását egyszerre ígérte és tartotta fenn.
A választásokon a Demokrata Párt (Krom Pracheathipatei) – egy városi értelmiségiekre, tanítókra és buddhista reformerekre támaszkodó, nacionalista irányú szervezet – többször is győzelmet aratott. A Demokrata Párt programja a fokozatos függetlenséget, a khmer nyelv hivatalos használatának kiterjesztését és a francia adminisztráció visszaszorítását hirdette. A párt azonban belső vitáktól volt terhelt, és a koalíciós kormányok rövid életűek voltak. Szihanuk – bár formálisan alkotmányos uralkodó volt – a válságok idején rendszeresen feloszlatta a nemzetgyűlést, és a végrehajtó hatalom irányítását saját kézbe vette. A kortárs francia jelentések ezt a királyi beavatkozást a stabilitás nevében támogatták, míg a Demokrata Párt hívei a királyi önkény jelét látták benne.
A kambodzsai politikai viszonyokat meghatározta az első indokínai háború (1946–1954) is. A francia hadsereg a Viet Minh elleni harcban elsősorban Vietnamra összpontosított; Kambodzsát viszonylag stabil háttérországnak tekintette, ahonnan utánpótlási és ellátási bázisokat szervezhetett. Ugyanakkor a háború átterjedése a határ menti területekre – a vietnámi gerillák beszivárgása, a francia katonai akciók, a határ menti falvak mozgósítása – növelte a kambodzsai vidék bizonytalanságát. Ez a kettős nyomás tovább táplálta a protektorátus elleni hangulatot.
A japán kapituláció után és a francia visszatérés ellenállást váltott ki vidéken és a határvidékeken. Ez a fegyveres mozgalom a Khmer Issarak (khmerül: „független khmerek”) gyűjtőnéven vált ismertté. A Khmer Issarak soha nem volt egységes parancsnokság alatt álló hadsereg: különböző csoportokból állt, amelyek közös célja a francia uralom megszüntetése volt, de eltérő elképzeléseket vallottak Kambodzsa jövőjéről. Voltak köztük republikánus nacionalisták, akik a monarchia megszüntetését is követelték, mérsékelt reformerek, buddhista falusi értelmiségiek, valamint a későbbiekben baloldali és a Viet Minh-hez közel álló csoportok. A francia hatóságok a mozgalom egészét gyakran „banditizmusnak” vagy „kommunista lázadásnak” minősítette; a kambodzsai résztvevők maguk a „függetlenségi harc” kifejezést használták.
A keleti tartományokban, a vietnámi határ mentén, valamint a középső országrész erdős területein a Khmer Issarak csoportjai gerilla-hadviselést folytattak: katonai őrsöket támadtak, adót szedtek, és egyes körzetekben saját igazgatást működtettek. A civil lakosság ebben a helyzetben kettős kényszerbe került: a francia hadsereg gyanakvással kezelte a falvakat, míg a fegyveres csoportok élelmiszert, szállítást vagy munkaerőt követeltek. A civil áldozatok száma a francia megtorló akciók és a gerilla-harcok következtében bizonytalan; a korabeli dokumentumok gyakran elhallgatják vagy eltúlozzák a veszteségeket.
Az 1950-es évek elején a Viet Minh-hez közel álló Issarak csoportok kísérletet tettek az egységesítésre. 1950 körül a szakirodalom egy részének állítása szerint közös front alakult, amelyet a források hol Egységes Issarak Frontnak, hol Khmer Issarak Frontnak neveznek; a pontos elnevezés és a csoportok tényleges együttműködése vitatott. A Viet Minh katonai és politikai támogatása lehetővé tette a határ menti területek ellenőrzését, de egyúttal ideológiai megosztottságot is hozott az Issarak soraiba.
Szon Ngok Tan 1951–1952 körül visszatért Franciaországból, és az erdei ellenálláshoz csatlakozott. Az ő szerepvállalása a mozgalom nacionalista, antimonarchista és republikánus ágát erősítette; ezzel a fegyveres ellenállás nemcsak a franciák, hanem a királyi kormány ellen is fellépett. A források a pontos dátumról és az erőviszonyokról eltérnek, de annyi bizonyos, hogy Szon Ngok Tan 1952-től a francia–királyi hatalom egyik legjelentősebb riválisává vált.
A politikai válság és a fegyveres lázadás közepette Szihanuk 1952 júniusában feloszlatta a nemzetgyűlést, és maga vette át a miniszterelnöki teendőket. A királyi rendelet a stabilitás fenntartására hivatkozott; a Demokrata Párt hívei ezzel szemben a királyi hatalom kiterjesztését látták benne. Ez a lépés elindította az úgynevezett „királyi nacionalizmus” új szakaszát: Szihanuk nem modern tömegpártot szervezett, hanem a buddhista királyság hagyományos tekintélyét és a khmer nemzeti identitás szimbólumait mozgósította. A királyi udvar nyelvében a francia protektorátus nem egyszerűen idegen uralom volt, hanem a dharma (erkölcsi rend) és a királyi érdem közötti kapcsolat megsértése. Ez az értelmezés a vallástörténeti szakirodalomban elfogadott, más történészek azonban Szihanuk politikáját elsősorban pragmatikus hatalmi manőverként elemzik.
1953 elején Szihanuk meghirdette a „királyi keresztes hadjárat” (franciául croisade royale pour l’indépendance) néven ismertté vált politikai kampányt. Ennek célja a teljes függetlenség kivívása volt, diplomatikus úton, de a királyi mobilitás erejére támaszkodva. Szihanuk 1953 tavaszán elhagyta Kambodzsát, és Franciaországba utazott, hogy a francia kormánnyal közvetlenül tárgyaljon. Miután a francia fél a tárgyalásokat halogatta, a király az Egyesült Államokba, Kanadába, Japánba és Thaiföldre is látogatott, hogy nemzetközi figyelmet szerezzen ügyének. A thaiföldi tartózkodás különösen kényes volt: Bangkok 1941-ben annektálta a kambodzsai területeket, és a királyi út a thai kormánnyal való viszony rendezésére is lehetőséget adott.
Miközben Szihanuk külföldön tartózkodott, Kambodzsában a francia rezidens és a kambodzsai királyi kormány tárgyalásai folytatódtak. A francia hatóságok fokozatosan átadták a hadsereg, a rendőrség, az igazságszolgáltatás, majd a pénzügyek irányítását. A folyamat nem volt egyenletes: a francia katonai vezetés aggodalmát fejezte ki a kambodzsai hadsereg lojalitásával kapcsolatban, a gazdasági érdekeltségek pedig az ültetvényesek és a kereskedőházak révén további ellenállást tanúsítottak. A francia engedékenység hátterében a Viet Minh elleni háború tehermegosztása állt: a francia kormány a kambodzsai hátország biztonságát olcsóbban akarta fenntartani, mint egy teljes megszállást.
A novemberi kikiáltás nem vetett véget azonnal a fegyveres ellenállásnak. A Khmer Issarak egy része – különösen a Viet Minh-hez közel álló csoportok – a genfi rendezésig folytatta a harcot, mert a királyi kormányt a francia érdekek kiszolgálójának tekintette. Más csoportok a politikai kiegyezés reményében beszüntették a harcot, vagy beolvadtak a kormányzati erőkbe. A francia-kambodzsai viszony a függetlenség után is feszült maradt: a gazdasági függőség, a katonai jelenlét és a francia nyelvű adminisztráció öröksége lassan épült le. A függetlenség nemzetközi megerősítését az 1954-es genfi konferencia hozta el; ennek részleteit és a független királyság első éveit Az 1953-as függetlenség és a királyság alfejezet tárgyalja.
Az események rekonstrukciójához elsősorban francia gyarmati levéltári iratok állnak rendelkezésre: a főkormányzó és a kambodzsai rezidens jelentései, katonai parancsnoksági anyagok, biztonsági szolgálati feljegyzések. Ezek a dokumentumok a francia adminisztráció nézőpontját és gyakorlatát tükrözik, ezért a kambodzsai ellenállásról adott képükben torzítások lehetnek. A kambodzsai oldalt a királyi udvar rendeletei, a nemzetgyűlési jegyzőkönyvek, a nacionalista sajtó – mindenekelőtt a Nagaravatta – és a politikai pártok röplapjai képviselik. Szihanuk király visszaemlékezései (franciául és khmerül, több kiadásban) elsődleges forrásként olvashatók, de politikai önigazolásként is kezelendők. A fegyveres ellenállásról kevesebb közvetlen irat maradt fenn; a Khmer Issarak kiáltványai, a Viet Minh-hez közel álló rádióadások és a későbbi résztvevői interjúk csak töredékes képet adnak.
A vitatott értelmezések közé tartozik a királyi szerep súlya. A kambodzsai emlékezetpolitika Szihanukot gyakran a függetlenség atyjaként jeleníti meg, míg a baloldali és a köztársasági hagyomány szerint a fegyveres ellenállás és a népi mozgósítás érdeme legalábbis megosztott. A francia források hajlamosak a királyi diplomáciát kiemelni, míg a Viet Minh-hez közel álló iratok a Khmer Issarak szerepét hangsúlyozzák. A hidegháború későbbi szakaszában mindkét oldal a saját legitimációját kereste a függetlenségi narratívában.
Bizonytalanok a mozgósított emberek száma, az 1942-es tüntetés halálos áldozatainak száma, az Issarak csapatok létszáma és a francia katonai fellépések civil veszteségei is. A francia hatóságok és a mozgalom saját adatai gyakran propagandisztikusak; a pontos értékeket a történészek vitatják vagy hiányos források miatt nem tudják meghatározni. Az 1945-ös japán megszállás alatti „függetlenség” tényleges autonómiája szintén vitatott, mert a döntések jelentős része a japán hadsereg ellenőrzése alatt született. Végül az 1953 novemberében kikiáltott függetlenség sem jelentett teljes szuverenitást: a francia katonai és gazdasági jelenlét fokozatosan csökkent, de nem szűnt meg azonnal. A nemzetközi jogi rendezést az 1954-es genfi konferencia hozta meg; addig Kambodzsa a Francia Unió tagja maradt.