Az 1942 és 1945 közötti japán megszállás alig három és fél éve alatt alapjaiban rendezte át a Holland Kelet-Indiát, és olyan folyamatokat indított el, amelyek közvetlenül vezettek az indonéz függetlenség 1945. augusztusi kikiáltásához. A holland gyarmati hatalom összeomlása, a japán megszálló igazgatás politikája, a nacionalista vezetők taktikai együttműködése és a háború végi hatalmi vákuum együttesen alakították át az indonéz politikai teret. Ez az alfejezet A nacionalizmus felemelkedése című részre épül, és azt vizsgálja, hogyan vált a japán megszállás a holland gyarmati uralom felszámolójává, miközben maga is erőszakos megszálló rendszert hozott létre; hogyan mozgósította a japán propaganda az indonéz nacionalizmust, és hogyan használták fel a helyi politikai szereplők a megszállás intézményeit saját céljaik érdekében; végül, hogyan született meg az 1945. augusztus 17-i függetlenségi nyilatkozat, és miért vezetett azonnal fegyveres forradalomhoz.
A japán csapatok 1942. január 10-én szálltak partra a Borneó szigetén fekvő Tarakannál, majd gyors ütemben foglalták el a Holland Kelet-India kulcspontjait. A japán haditerv a nyersanyagok – elsősorban a szumátrai és borneói olaj, a bauxit, az ón és a kaucsuk – megszerzésére irányult, hogy biztosítsák a Japán Birodalom nyersanyag-ellátását a csendes-óceáni háborúban. A holland gyarmati hadsereg, a Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger (KNIL) és a szövetséges erők – köztük brit, ausztrál és amerikai egységek – nem tudták feltartóztatni a japán előrenyomulást. A Jávai-tengeren 1942. február 27-én vívott tengeri csata után a szövetséges flotta komoly veszteségeket szenvedett, és a japán hadsereg március 1-jén partra szállt Jáva szigetén. A holland parancsnokság 1942. március 8-án feltétel nélkül megadta magát. A dokumentált tény, hogy a japán megszállás kezdetétől megszűnt a holland gyarmati közigazgatás tényleges hatalma, bár a holland kormányzati szervek Londonban és Ausztráliában száműzetésben tovább működtek, és a gyarmat visszaszerzését tervezték.
A japán hódítás gyorsasága több okkal magyarázható. A japán hadsereg légi fölénye, a szövetséges erők felkészületlensége és a holland gyarmati rendszer belső gyengesége egyaránt szerepet játszott. Ugyanakkor fontos hangsúlyozni, hogy a japán győzelmet a holland gyarmati hadseregben szolgáló indonéz katonák egy része is a felszabadulás esélyeként élte meg. A japán propaganda már a hódítás előtt is hirdette az „Ázsia az ázsiaiaké” gondolatát, amely a holland gyarmati uralom alatt élő indonéz értelmiség egy részében visszhangra talált. Ugyanakkor a japán hadsereg inváziója nem pusztán felszabadító hadjárat volt: a hódítás során és a megszállás alatt a helyi lakosság tömeges erőszakot, kényszermunkát és anyagi kifosztást szenvedett el. A japán katonai hatóságok már 1942-ben internálták a holland és más európai civilek nagy részét, akiket később koncentrációs táborokba zártak. A holland nőket és gyermekeket is idegen polgárként kezelték; a táborokban uralkodó éhezés és betegség következtében több tízezer európai civil halt meg. Az indonéz lakosságot is sújtotta a megszállás: a kényszermunka, az élelmiszer-beszedés és az erőszakos rekvirálás a háború végére általános inséget okozott Jáva városaiban és vidéki területein.
A japán katonai közigazgatás a megszállt területeket három fő igazgatási egységre osztotta fel. Jávát a 16. hadsereg, Szumátrát a 25. hadsereg, a kelet-indonéz szigetvilágot pedig a Japán Haditengerészet irányította. A három zóna között a személy- és árumozgás korlátozott volt, ami a holland időszak alatt létrejött integrált gyarmati gazdaságot szegmensekre szakította. A japán hatóságok a megszállás első évében a holland közigazgatási struktúra maradványait használták fel, de fokozatosan japán és indonéz tisztségviselőkre cserélték a végrehajtó személyzetet. A közigazgatás nyelve a hollandról japánra és indonézre váltott; a japán katonai kormányzat a bahasa Indonesia használatát a gyarmati holland helyett hivatalossá tette, ami a nyelv sztenderdizálásában és elterjedésében fontos lépés volt. A japán katonai kormányzat betiltotta a holland nyelvű oktatást, a holland zászlót és a holland nemzeti jelképeket, ugyanakkor szigorúan ellenőrizte az indonéz politikai közéletet is.
A japán megszálló rendszer ideológiai alapja a Hakko ichiu („a világ nyolc sarka egy fedél alatt”) és a Greater East Asia Co-Prosperity Sphere (Nagy Kelet-Ázsia Közös Jóléti Övezete) koncepciója volt. A propaganda azt hirdette, hogy Japán felszabadítja Ázsiát a nyugati gyarmatosítás alól, és egyenrangú ázsiai népek közösségét építi. Amint azt a tudományos kutatás dokumentálta, ez a propaganda a valóságban a japán birodalmi érdekeket szolgálta, és a megszállt területek lakosságát alárendelt szerepre kényszerítette. A japán hatóságok azonban nem csupán erőszakkal, hanem kulturális és vallási politikával is igyekeztek biztosítani az irányítást. Mivel a holland gyarmati korszakban az iszlám szervezetek és a muszlim hitélet korlátozott, de intézményesült keretek között működött, a japán megszálló hatóságok a muszlim vallási vezetőket igyekeztek megnyerni, hogy a lakosságot a megszállás elfogadására bírják. Létrehozták a Maszjumi (Majelis Syuro Muslimin Indonesia, Indonéz Muszlimok Tanácsadó Testülete) szervezetet 1943-ban, amely a muszlim szervezetek összefogását célozta a japán katonai kormányzat ellenőrzése alatt. A Maszjumi létrehozása a későbbi indonéz politikai életben is fontos szerepet játszó iszlám politikai szerveződés előzménye lett.
A japán katonai kormányzat tömegszervezeteket hozott létre a lakosság mozgósítására. A Putera (Pusat Tenaga Rakyat, „A Nép Erőközpontja”) 1943-ban alakult meg Sukarno és Mohammad Hatta vezetésével, és formálisan a lakosság mozgósítását, az élelmiszer-termelés növelését és a japán háborús erőfeszítések támogatását szolgálta. A Putera a japán propaganda eszköze volt, de Sukarno és Hatta arra használta, hogy a nacionalista üzenetet terjessze, és kapcsolatot építsen a vidéki lakossággal. A japán hatóságok 1944-ben feloszlatták a Puterát, mert túlságosan önállónak és a japán érdekekre nézve veszélyesnek ítélték; helyébe a Dzsava Hokokai (Jáva Szolgáló Egyesülete) lépett, amelyet a japán hatóságok szorosabb ellenőrzés alatt tartottak. Ez a váltás is mutatja a japán politika kettősségét: egyfelől igényelték az indonéz vezetők együttműködését, másfelől igyekeztek elnyomni a függetlenségi törekvéseket, amíg a háború kimenetele nem dőlt el.
A megszállás alatt a nők mozgósítása is zajlott. A japán hatóságok létrehozták a Fudzsinkai (Nőegylet) szervezetet, amelybe főként a helyi elit asszonyai léptek be. A szervezet formálisan a nők hagyományos gondoskodói szerepét hangsúlyozta, azonban a vidéki asszonyokat a mezőgazdasági termelésbe és az ellátási munkákba is bevonták, ami a női munkavállalás és mozgósítás új mintáit hozta létre. A japán megszállás idején nőtt a női szervezetek politikai jelentősége, részben a japán hatóságok szándékától függetlenül is, mert a nők a háborús gazdaságban nélkülözhetetlenné váltak.
A japán megszállás egyik legnagyobb emberi szenvedéssel járó intézménye a romusa (japánul romusha, „munkás”) kényszermunka-rendszer volt. A japán katonai hatóságok a mezőgazdasági termelés növelésére, utak, repülőterek, kikötők és erődítések építésére, valamint a kitermelőipar fenntartására kényszermunkásokat toboroztak, illetve kényszerítettek, elsősorban Jáváról, de más szigetekről is. A toborzás eleinte önkéntesnek hirdetett, de a háború előrehaladtával egyre inkább kényszerítő jelleget öltött; a falusi elöljárókat utasították meghatározott számú munkás kiállítására. A munkások nagy részét a megszállt területeken belül mozgósították, de sokat tömegesen vittek távoli területekre, például a Burma–Thaiföld vasút építésére, ahol a halandóság rendkívül magas volt.
A romusa-rendszer áldozatainak összlétszámát a történeti kutatás becsüli, és az adatok bizonytalanok. A leggyakrabban idézett becslések 4 és 10 millió közé teszik a mozgósított indonéz munkások számát, de e számok magukban foglalják az otthonuktól távol és a helyben dolgoztatottakat is. A halottak száma szintén vita tárgya; egyes kutatók százezres, mások milliós nagyságrendű halálos áldozattal számolnak, elsősorban a távoli munkatáborokban uralkodó éhezés, járványok és kimerülés miatt. A statisztikai bizonytalanság oka, hogy a japán katonai közigazgatás nem vezetett megbízható nyilvántartást, a háború utáni felmérések pedig hiányosak és módszertanilag heterogének. A romusa-rendszer emlékezete a mai Indonéziában és Japánban is része a történeti vitáknak; a japán kormány hivatalos álláspontja sokáig nem ismerte el a kényszermunka terjedelmét, míg az indonéz történetírás és a nemzetközi kutatók egy része a japán megszállás egyik legnagyobb emberi katasztrófájaként tartja számon.
A japán háborús gazdaság az élelmiszer-termelés átszervezését is erőltette. A rizstermelés növelését célzó kampányok ellenére a megszállás utolsó évében Jáva egyes vidékein éhínség és alultápláltság pusztított. Az élelmiszer-beszedés, a terményrekvirálás és a szállítási nehézségek miatt a városi lakosság és a vidéki napszámosok egyaránt szenvedtek. A textilhiány, a sóhiány és az alapvető fogyasztási cikkek hiánya a mindennapi életet súlyosan megnehezítette. A megszállás alatt a holland gyarmati gazdaság exportorientált termelése összeomlott; a nagy ültetvények egy részét élelmiszer-termelésre állították át, de a technikai eszközök, műtrágya és szakértelem hiánya miatt a hozamok visszaestek. A megszálló hatóságok a korábbi holland vállalati vagyon nagy részét elkobozták, de a termelés fenntartására nem voltak képesek, így a megszállás éveiben a holland Kelet-India gazdasága békeidőhöz képest összezsugorodott.
Sukarno, Mohammad Hatta és a nacionalista mozgalom más vezető személyiségei a japán megszállás alatt olyan helyzetbe kerültek, amely morálisan és politikailag rendkívül feszült volt. A holland gyarmati hatóságok a harmincas években Sukarnót és Hattát is bebörtönözték, illetve száműzték, mert a függetlenségi mozgalom vezetőinek tekintették őket. A japán hódítás előtt Sukarno és Hatta a holland büntetés-végrehajtás felügyelete alatt állt; amikor a japán csapatok 1942-ben elfoglalták Jávát, a japán hatóságok szabadon engedték őket, és a megszálló igazgatás együttműködését ajánlották fel. A japán katonai kormányzat számára Sukarno és Hatta fontosak voltak, mert befolyásukkal a lakosságot a japán háborús erőfeszítések támogatására lehetett mozgósítani. Sukarno és Hatta az együttműködést választották, de a történészi értelmezések eltérnek abban, hogy ezt milyen mértékben tették kényszerből, és milyen mértékben remélték, hogy a japán megszállást az indonéz függetlenség felé vezető lépcsőként használhatják fel.
A vitatott értelmezést jól mutatja a „kollaboráció” fogalmának eltérő használata. A holland háború utáni narratíva gyakran kollaboránsnak bélyegezte Sukarnót és Hattát, mert a japán megszállókkal együttműködtek. Az indonéz történetírás és a nacionalista emlékezet ezzel szemben hangsúlyozza, hogy a vezetők a japán hatóságokat eszközként használták a nemzeti mozgósításra, és közben megóvták a lakosságot a még súlyosabb megtorlástól. A kortárs szakirodalom árnyaltabban fogalmaz: a japán megszálló rendszerrel való együttműködés nem volt egynemű, hanem taktikai és kényszerű elemeket egyaránt tartalmazott. Sukarno és Hatta a japán hatalom árnyékában is hirdették a függetlenség eszméjét, de nyilvános megnyilvánulásaikban a japán katonai cenzúra miatt óvatosak voltak. A japán hatóságok számára egyébként sem volt kétséges, hogy az indonéz nacionalisták végső célja a függetlenség, ezért igyekeztek őket ellenőrzés alatt tartani.
A japán megszállás alatt a nacionalista vezetők mellett más politikai szereplők is formálódtak. A fiatalság mozgósítása a japán hatóságok által létrehozott félkatonai szervezetekben valósult meg. A Szendenbu (Propaganda Hivatal) ifjúsági szervezeteket hozott létre, és kiképzést adott indonéz fiataloknak. A legjelentősebb a Peta (Pembela Tanah Air, „A Haza Védelmezői”) nevű, indonéz tisztekből és katonákból álló félkatonai alakulat volt, amelyet 1943-ban hoztak létre Jáva szigetén. A Peta tagjait a japán hadsereg képezte ki, de az egység indonéz parancsnokok alatt szolgált, és a háború végére több tízezer főt tett ki. A Peta a japán háborús mozgósítás eszköze volt, de egyúttal az indonéz fegyveres erő csírájává vált: sok későbbi indonéz katonai vezető – köztük a függetlenségi háború parancsnokainak jelentős része – itt kapott kiképzést és szervezeti tapasztalatot. A Peta szerepének megítélése is vitatott: a japán hatóságok szándéka szerint a Peta a megszálló hatalom védelmét szolgálta, de az indonéz nacionalista törekvések szempontjából a fegyveres önszerveződés iskolája lett.
A japán katonai közigazgatás a vallási közösségeket is megosztotta. A muszlim vezetők egy része együttműködött a japán hatóságokkal, mert a japánok a holland korszakhoz képest nagyobb nyilvánosságot biztosítottak az iszlám vallási életnek. A japán hatóságok létrehozták a Szumubu (Vallásügyi Hivatal) nevű intézményt, amely a muszlim vallási ügyeket felügyelte, és a mecsetek, vallási iskolák és bíróságok működését szabályozta. A vallási vezetők egy másik része azonban ellenállt, vagy passzívan távol maradt a japán intézményektől. A muszlim közösségen belül a megszállás alatt élesedett a vita a modernista és a tradicionalista irányzatok között, amely a későbbi indonéz politikai iszlám alakulását is meghatározta. A keresztény és más vallási kisebbségek helyzete a megszállás alatt eltérő volt: a holland és más európai keresztényeket internálták, míg az indonéz keresztényeket a japán hatóságok igyekeztek a megszálló rendszerbe integrálni, bár a holland egyházi kapcsolatok miatt gyakran gyanakvással kezelték őket.
1944 végétől a japán katonai helyzet a csendes-óceáni háborúban romlott, és a japán kormányzat megkezdte a megszállt délkelet-ázsiai területek jövőjének újragondolását. 1945. szeptember 7-én – már a japán fegyverletétel után, de a kapituláció előkészítése során – a japán kormány bejelentette, hogy Indonézia számára „a függetlenség előkészítését” fogja támogatni. A japán hadsereg vezetése Jáván 1945. márciusában létrehozta a BPUPKI (Badan Penyelidik Usaha-usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia, „Az Indonéz Függetlenség Előkészítő Munkáját Vizsgáló Testület”) nevű testületet, amelyben indonéz politikai, vallási és társadalmi vezetők kaptak helyet. A BPUPKI feladata az volt, hogy kidolgozza a jövendő indonéz állam alapelveit, alkotmányát és intézményeit. A testület ülésein vita bontakozott ki az új állam jellegéről: a nacionalista vezetők egy része világi, nemzeti államot akart, míg a muszlim képviselők egy része az iszlám állam valamilyen formáját szorgalmazta. A vita eredménye a Pancasila („öt alapelv”) néven ismert kompromisszum lett, amelyet Sukarno fogalmazott meg 1945. június 1-jén elmondott beszédében, és amely azóta is Indonézia hivatalos államfilozófiája. A Pancasila öt alapelve – hit egy Istenben, igazságos és civilizált emberiesség, Indonézia egysége, a tanácskozással és képviselettel irányított demokrácia, valamint az egész indonéz nép javát szolgáló társadalmi igazságosság – az állami ideológia alapjává vált, bár a mai napig vitatott, hogyan viszonyul egymáshoz az állami ideológia és az iszlám. A BPUPKI munkája 1945 júniusában és júliusában az alkotmány tervezetét is kidolgozta.
1945 augusztusában a japán birodalom katonai helyzete összeomlott. Az Amerikai Egyesült Államok augusztus 6-án atombombát dobott Hirosimára, augusztus 9-én Nagaszakira. A Szovjetunió augusztus 8-án hadat üzent Japánnak, és csapatai bevonultak a japánok által megszállt Mandzsúriába. Japán augusztus 15-én elfogadta a feltétel nélküli megadást rögzítő potsdami nyilatkozatot, és a fegyverletételről szóló hivatalos okmányt szeptember 2-án írták alá a Tokiói-öbölben. A japán katonai közigazgatás azonban a megszállt területeken a helyi viszonyoknak megfelelően, eltérő időpontokban szüntette be működését. Indonéziában a japán csapatok augusztus közepén még jelen voltak, és a szövetséges erők csak szeptember végén érkeztek meg, hogy átvegyék a hatalmat. Ez a néhány hetes átmeneti időszak teremtette meg a politikai lehetőséget a függetlenség kikiáltására.
A függetlenség kikiáltásának körülményei napjainkig vita tárgyát képezik. A legfontosabb vitatott pont az, hogy a japán hatóságok mennyiben támogatták vagy akadályozták a függetlenség kikiáltását. A japán katonai vezetés a megszállás alatt hosszú ideig ellenezte a függetlenség kikiáltását, mert az a japán háborús érdekekkel ütközött. A háború végén azonban egyes japán tisztek támogatták, mások ellenezték az indonéz függetlenség kikiáltását. A dokumentált tény az, hogy Sukarno, Hatta és más indonéz vezetők augusztus 16-án éjszaka tárgyaltak a japán tisztekkel, és a japán hatóságok formálisan nem adtak engedélyt a függetlenség kikiáltására, de nem is akadályozták meg azt. A japán tisztek egy része passzívan tudomásul vette, mások figyelmeztették az indonéz vezetőket, hogy a szövetségesek győzelme esetén a hollandok visszatérhetnek, és ezért sürgették a minél gyorsabb cselekvést.
augusztus 16-án hajnalban indonéz ifjúsági aktivisták egy csoportja – akiket a történetírás pemuda („fiatalok”) néven említ – elrabolta Sukarnót és Hattát, és a Nyugat-Jáván fekvő Rengasdengklokba szállította őket. A fiatal aktivisták, köztük a későbbi politikai szereplővé vált Chairul Saleh, Wikana és mások, azt követelték, hogy Sukarno és Hatta haladéktalanul kiáltsák ki a függetlenséget, függetlenül a japán hatóságok álláspontjától. A fiatalok attól tartottak, hogy a japán kapituláció után a szövetségesek és a hollandok visszatérnek, és a függetlenség lehetősége elveszik. Sukarno és Hatta óvatosabb álláspontot képviselt: ők a japán katonai hatóságokkal való egyeztetést szorgalmazták, és attól féltek, hogy egy elhamarkodott kikiáltás a japán megtorlást váltja ki, vagy a szövetségesekkel való konfrontációhoz vezet. A Rengasdengklokban töltött órák alatt a felek végül megegyeztek abban, hogy a függetlenséget mielőbb, de a japán hatóságokkal fenntartott kapcsolat keretei között kell kikiáltani. Az ifjúsági aktivisták kényszerítő fellépését a történetírás általában a fiatal generáció radikalizmusának és a nemzeti függetlenség iránti türelmetlenségének példájaként értelmezi, de a szereplők közötti feszültség és a kényszerítés tényleges mértéke vitatott: egyes visszaemlékezések hangsúlyozzák az elrablás drámai jellegét, mások szerint a fiatalok és a vezetők közötti tárgyalás inkább politikai nyomásgyakorlás volt, mintsem fegyveres túszszedés.
augusztus 17-én reggel Sukarno és Hatta visszatért Jakartába, és 10 óra körül Sukarno lakóházánál felolvasták az indonéz függetlenségi nyilatkozatot (Proklamasi Kemerdekaan Indonesia). A nyilatkozat szövege rövid, formailag egyszerű és szándékosan a lehető legkevesebb japán befolyást tükröző megfogalmazást használta. A dokumentum szerint „Mi, Indonézia népe, ezennel kinyilvánítjuk Indonézia függetlenségét”, és a hatalom átadásával kapcsolatos kérdéseket „törvényesen és a lehető legrövidebb időn belül” rendezik. A nyilatkozatot Sukarno és Hatta írta alá „az indonéz nép nevében”. A szöveg nem említette a japán hatóságokat, és nem hivatkozott a Japán Birodalomra, ami a történészi értelmezések szerint azt fejezte ki, hogy a függetlenség nem japán ajándék, hanem az indonéz nemzet saját akaratnyilvánítása. Ugyanakkor a kikiáltásra formálisan a japán megszállás alatt került sor, és a japán katonai hatóságok továbbra is jelen voltak, ami a függetlenség jogi és nemzetközi helyzetét kezdettől fogva bonyolulttá tette.
A kikiáltás után a hír gyorsan terjedt, bár a kommunikációs infrastruktúra hiányos volt. A fiatal aktivisták röplapokat készítettek, és a hírt a japán által ellenőrzött sajtó egy részén keresztül is terjesztették. A japán katonai hatóságok hivatalosan nem ismerték el a függetlenséget, és néhány tiszt megpróbálta visszafordítani a folyamatot, de a gyakorlatban a japán csapatok parancsnoksága a szövetségesek beérkezéséig tartózkodó álláspontot foglalt el. A japán katonai közigazgatás egyes területeken tétlenül nézte, másutt akadályozta a függetlenségi mozgalom intézményesülését. A megszálló hadsereg kapitulációja után a japán csapatoknak a szövetségesek megérkezéséig fenn kellett tartaniuk a rendet, de a parancsnoki struktúra összezavarodott, és a helyi japán egységek nem mindig kaptak egyértelmű utasítást.
A függetlenség kikiáltása nem jelentette a tényleges államhatalom megszerzését. Indonézia területén a japán megszálló erők formálisan még jelen voltak, a szövetséges erők pedig csak fokozatosan, hetek múltán érkeztek meg. A kikiáltás után a nacionalista vezetők ideiglenes kormányt alakítottak, amelynek elsődleges célja a hatalom intézményesítése volt. Augusztus 18-án a PPKI (Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia, „Indonézia Függetlenségét Előkészítő Bizottság”) elfogadta az alkotmányt, és megválasztotta Sukarnót elnökké, Hattát alelnökké. A bizottság döntése a BPUPKI által előkészített alkotmánytervezetre épült, de több ponton módosította azt; ezek a módosítások – például az iszlám jog szerepének átmeneti felfüggesztése – a későbbi alkotmányos viták forrásává váltak. Az ideiglenes kormány augusztus végén és szeptemberben tartományi és helyi bizottságokat hozott létre, amelyek feladata a japán katonai közigazgatás által hátrahagyott intézmények átvétele volt.
A hatalomátvétel azonban nem volt zökkenőmentes. A japán csapatok sok helyen nem voltak hajlandók átadni a fegyvert és a raktárakat, míg a hollandok által támogatott hivatalnokok és vállalati alkalmazottak egy része a holland visszatérést várta. A fiatal pemuda aktivisták számos városban saját kezükbe vették a kezdeményezést, megszállták a középületeket, fegyvereket foglaltak le a japán őrségektől, és megpróbálták eltávolítani a japán és holland jelképeket. A tömegmozgalom gyorsan elterjedt, és augusztus végétől Bersiap („Készülj fel!”) néven ismert időszak vette kezdetét, amelyben a fiatalok és a fegyveres csoportok erőszakkal is felléptek mindazokkal szemben, akiket a gyarmati rendszerhez kötődőnek tartottak. A Bersiap időszakában a holland, indo-európai és kínai származású lakosság egy része ellen is támadások történtek; ezek az események a mai napig komoly történészi és emlékezetpolitikai viták tárgyát képezik. A holland történetírás és a holland közemlékezet gyakran „pemuda terror” néven emlegeti ezt az időszakot, és hangsúlyozza a civilek elleni erőszakot, míg az indonéz történetírás a Bersiapot a gyarmati rendszer elleni forradalmi fellépésként értelmezi, amelynek során a hollandok és szövetségeseik erőszakos kísérletet tettek a gyarmati rend visszaállítására. A történészi szakirodalom a két értelmezés között mérlegel, és dokumentálja, hogy a Bersiap időszakában mind a forradalmi csoportok, mind a hollandokhoz hű erők követtek el erőszakos cselekményeket, amelyek áldozatai között nők, gyermekek és civilek is voltak. A kollektív bűnösség fogalmát itt is kerülni kell: az erőszakot konkrét csoportok, intézmények és helyi döntések kontextusában kell bemutatni.
A szövetséges erők 1945. szeptember végén érkeztek meg az indonéz területekre. A brit hadsereg feladata volt a japán csapatok lefegyverzése és a holland polgári közigazgatás visszaállításának előkészítése, de a brit katonai parancsnokság hamarosan szembesült azzal, hogy a helyi indonéz közigazgatás és félkatonai szervezetek a gyakorlatban már működnek, és a hollandok visszatérését fegyveres ellenállással fogadják. A brit erők és az indonéz milíciák között 1945 őszén összecsapások robbantak ki; a legnagyobb az volt a kelet-jávai Szurabaja városában novemberben, ahol a brit csapatok utcai harcokban foglalták el a város egy részét, és a harcokban mindkét oldalon, valamint a polgári lakosság körében is több ezer halott és sebesült volt. A szurabajai csata a függetlenségi harc szimbolikus eseményévé vált; november 10-ét Indonéziában ma is a hősök napjaként ünneplik. A fegyveres konfliktus kiterjedt, és 1946-tól a hollandok megkísérelték a gyarmati visszarendeződést, ami a következő években teljes körű függetlenségi háborúvá alakult. Az ezt követő időszakot A függetlenségi háború és Sukarno című alfejezet tárgyalja.
A japán megszállás és a függetlenség kikiáltása történetének rekonstrukciója több forrástípusra támaszkodik, amelyek eltérő megbízhatóságúak és eltérő értelmezési kereteket kínálnak. Az elsődleges források közé tartoznak a japán katonai közigazgatás rendeletei, jelentései és propagandakiadványai; a holland gyarmati iratanyag, amelyet a háború után részben visszahoztak, részben a japán megszállás alatt megsemmisült; valamint a függetlenség előkészítésében részt vevő indonéz politikusok visszaemlékezései, beszédei és a BPUPKI, illetve a PPKI üléseinek jegyzőkönyvei. A japán oldal iratai sok helyen hiányosak, mert a japán hadsereg a kapituláció előtt iratmegsemmisítést hajtott végre. A visszaemlékezések – például Sukarno önéletrajza vagy Hatta, valamint a fiatal aktivisták későbbi beszámolói – politikailag terheltek, mert a szereplők a háború utáni indonéz politikai küzdelmekben saját szerepüket igyekeztek hangsúlyozni vagy magyarázni.
A legfontosabb vitatott kérdések a következők. (1) A japán megszállás áldozatainak száma, különösen a romusa-rendszerben elhunytaké, becslés; a források ellentmondásosak, és a számok ma is politikai és emlékezetpolitikai viták tárgyát képezik. (2) A japán hatóságok szerepe a függetlenség kikiáltásában nem egységes: egyes japán tisztek aktívan támogatták, mások akadályozták az indonéz törekvéseket; a források alapján nehéz megállapítani a japán kormányzat hivatalos álláspontját, mert a háború végén a parancsnoki lánc felbomlott. (3) Sukarno és Hatta együttműködésének etikai és politikai megítélése a holland, az indonéz és a nemzetközi történetírásban eltérő; a vitatott értelmezést jelölni kell, nem pedig egyetlen nemzeti vagy hidegháborús narratívát érvényesnek tekinteni. (4) A Bersiap időszak erőszakának jellege, áldozatainak száma és a felelősség megoszlása mind a mai napig vita tárgya; az eseményeket több oldalról dokumentálják, de a számok és az értelmezés erősen függ attól, hogy melyik közösség forrásait használjuk. (5) A Pancasila és az alkotmány elfogadásának körülményei közül az iszlám állam és a világi állam közötti kompromisszum részletei vitatottak: a BPUPKI ülésein elhangzott beszédek és a későbbi alkotmánymódosítások közötti kapcsolat nem minden ponton rekonstruálható egyértelműen, mert a jegyzőkönyvek nyelvi és szerkesztési változatai eltérnek.
A japán megszállás demográfiai, gazdasági és társadalmi hatásaira vonatkozó statisztikai adatok szintén bizonytalanok. A háború alatti termelési adatok, élelmezési felmérések és népszámlálási becslések hiányosak; a rendelkezésre álló adatok gyakran holland háború előtti felmérésekre és japán háborús jelentésekre támaszkodnak, amelyek módszertana összeegyeztethetetlen. Ezért a szöveg a számszerű állításoknál – például a romusa mozgósítottak számánál vagy az éhínség sújtotta területek kiterjedésénél – a becslés jellegét és a források eltéréseit hangsúlyozza.