Az 1555-ös augsburgi vallásbéke törékeny kompromisszum volt: a cuius regio, eius religio („akié a tartomány, azé a vallás”) elvét a lutheránus rendekre korlátozta, a reformátusokat kizárta, a szekularizált egyházi javak kérdését pedig nyitva hagyta. A 17. század elejére a Német-római Birodalomban a vallási, rendi és dinasztikus feszültségek ismét kiéleződtek: a császári hatalom megerősítésére törekvő Habsburgok, az ellenreformáció előretörése, a protestáns fejedelmek szövetségei, valamint a spanyol, francia, svéd és dán nagyhatalmi érdekek együttesen vezettek el a harmincéves háborúhoz (németül: Dreißigjähriger Krieg, 1618–1648). A háború nem egyetlen vallási konfliktus volt, hanem vallási, alkotmányos és európai hatalmi küzdelmek egymásba fonódó sorozata, amely a Birodalom jelentős részét feldúlta, és a westfáliai béke (Westfälischer Friede) révén alapvetően átalakította a birodalom és a fejedelmek közötti viszonyt.
A közvetlen kirobbantó esemény Csehországban történt. A cseh rendek a Habsburg uralkodó, II. Ferdinánd (ur. 1619–1637) valláspolitikáját és a cseh rendi jogok megsértését sérelmezték. 1618. május 23-án Prágában a protestáns rendek képviselői a Hradzsin ablakából kidobták a császári kormányzókat, Slavata grófot és Martinic grófot, valamint írnokukat, Fabriciust: ez volt a második prágai defenesztráció (Prager Fenstersturz). Az esemény szimbolikus és jogi értelemben is felkelés kezdetét jelentette; a kidobottak testi épségben maradtak, de a tett a cseh rendi ellenállás nyílt deklarálása volt.
A cseh rendek 1619-ben megfosztották trónjától II. Ferdinándot, és a protestáns V. Frigyest, pfalzi választófejedelmet (ur. 1610–1623) választották királlyá. Frigyes az angol királyi házból származó feleségével, Stuart Erzsébettel együtt Prágába költözött, de uralkodása rövidnek bizonyult; gúnyneve „téli király” lett. A császár oldalán a Katolikus Liga hadai, Tilly gróf parancsnoksága alatt, 1620. november 8-án a fehérhegyi csatában (Schlacht am Weißen Berg) Prága mellett megsemmisítő vereséget mértek a cseh rendi hadseregre. A csata tényleges katonai jelentősége kisebb volt, mint politikai következménye: a cseh rendi felkelés összeomlott, Frigyes elmenekült, családja pedig később a hannoveri örökösödés révén a brit trónra is igényt formált.
A megtorlás gyors és kíméletlen volt. 1621. június 21-én Prágában 27 cseh nemest és városi polgárt végeztek ki az Óváros téren; a birtokokat elkobozták, a protestáns nemesség java része kénytelen volt elhagyni az országot vagy áttérni. Csehországban az erőszakos rekatolizáció és a Habsburg abszolutizmus kiépítése következett. A cseh korona 1627-ben a megújított tartományi rendtartással örökletes Habsburg tartománnyá vált; a rendi jogkörök jelentősen szűkültek. A pfalzi választófejedelemséget a császár 1623-ban a bajor hercegre, I. Miksára ruházta át, aki így választófejedelmi címet szerzett, míg Frigyest birodalmi átokkal sújtották. A cseh szakasz tehát a Habsburgok és a katolikus rendek egyértelmű győzelmével zárult.
A háború kiszélesedésének következő szakaszában a dán király, IV. Keresztély (ur. 1588–1648) lépett be a konfliktusba. Dánia a protestáns ügy védelme mellett saját észak-németországi befolyásának növelésére törekedett, és az Alsó-szászországi Kör fejeként hadat üzent a császárnak. A császári oldalon két hadsereg működött: Tillyé, valamint a cseh nemesi származású zsoldosvezér, Albrecht von Wallenstein (1583–1634) hadserege. Wallenstein a császár nevében hatalmas, önállóan finanszírozott haderőt állított fel; katonáit a megszállt területekből tartotta el, ami a civil lakosság rendkívüli terheit jelentette.
A dán hadjárat kudarcot vallott. 1626-ban a dessaui hídnál és a lutteri csatában a császári erők legyőzték a dán sereget, 1629-ben pedig a lübecki béke kényszerítette Dániát a háborúból való kilépésre. A császári hatalom ekkor érte el csúcspontját: II. Ferdinánd úgy érezte, elég erős ahhoz, hogy vallási és birtokjogi kérdésekben egyoldalúan döntsön. 1629. március 6-án kiadta a restaurációs ediktumot (Restitutionsedikt), amely elrendelte az 1552-es passaui szerződés óta szekularizált egyházi javak visszaadását, a reformátusokat kizárta az augsburgi vallásbéke védelméből, és a katolikus hit visszaállítását írta elő számos észak-német területen. Az ediktum a protestáns fejedelmek körében riadalmat és ellenállást váltott ki, mert nemcsak vallási jogaikat, hanem területi hatalmuk alapjait is fenyegette.
A császári fölény azonban törékeny maradt. Wallenstein növekvő hatalma és önállósága a katolikus rendek között is ellenérzést keltett, és 1630-ban a regensburgi választófejedelmi gyűlés nyomására a császár kénytelen volt leváltani őt. A döntés akkor született, amikor a háború újabb, súlyosabb szakasza kezdődött: a svéd beavatkozás.
A svéd király, II. Gusztáv Adolf (ur. 1611–1632) 1630-ban szállt partra Pomerániában. Svédországot részben a protestáns szolidaritás, részben a Baltikum déli partvidékén szerzett hatalmi érdekek vezették; emellett a Franciaország által fizetett támogatás is szerepet játszott. A francia kormány, Richelieu bíboros irányításával, abban volt érdekelt, hogy a Habsburgok hatalmát gyengítse, még akkor is, ha ehhez protestáns hatalmakkal kellett szövetkeznie.
Gusztáv Adolf modernizált hadserege – könnyebb tüzérséggel, mozgékonyabb gyalogsággal és szigorúbb fegyelemmel – a kor legsikeresebb katonai erejévé vált. 1631. szeptember 17-én a breitenfeldi csatában Tilly katolikus liga-hadát megsemmisítő vereséget szenvedett; a győzelem megnyitotta az utat a svéd seregek előtt Közép- és Dél-Németország felé. 1632 tavaszán a Rain am Lech-i csatában Tilly halálosan megsebesült, Gusztáv Adolf pedig bevonult Münchenbe. A császár kénytelen volt ismét Wallensteinhez fordulni, aki a leváltás után visszatért, és sikerrel lassította a svéd előrenyomulást.
A döntő összecsapás 1632. november 16-án a lützeni csatában következett be. A svéd hadsereg taktikailag győzött, de Gusztáv Adolf a csatában elesett. Halála után Svédország kormányzata – a király lánya, Krisztina kiskorúsága idején Axel Oxenstierna kancellár vezetésével – folytatta a háborút, de a hadműveletek már nélkülözték a korábbi lendületet. 1634. szeptember 6-án a nördlingeni csatában a császári és spanyol erők legyőzték a svéd hadat, ami a protestáns rendek egy részét arra késztette, hogy keresse a megegyezést a császárral.
1635-től a háború jellege egyértelműen nemzetközi hatalmi konfliktussá vált. Franciaország a Habsburgok – mind a spanyol, mind a császári ág – ellen hadat viselt, és a svéd hadsereggel szövetségben folytatta a küzdelmet a Birodalom területén. A francia hadvezetés és a svéd erők együttműködése váltakozó sikerrel zajlott; a háború elhúzódása a hadműveletek mindennapos brutalizálódásával járt. A zsoldos hadseregek ellátása a megszállt területek kifosztásán alapult; a rekvirálás, a gyújtogatás, a nemi erőszak és a túszszedés a civil lakosság mindennapi tapasztalatává vált. A korszakban terjedtek el a háború borzalmait ábrázoló grafikai sorozatok, például Jacques Callot rézkarcai, amelyek a „háború nyomorúságát” dokumentálták.
A háború utolsó évtizedében a fontosabb ütközetek – például a második breitenfeldi csata (1642), a jüterbogi csata (1644), a zusmarshauseni csata (1648) – már nem hoztak döntő fordulatot, hanem a kimerülés felé terelték a feleket. A béketárgyalások 1644-től folyamatosan zajlottak a vesztfáliai Münsterben és Osnabrückben: Münsterben a katolikus hatalmak, Osnabrückben a császár és a protestáns rendek, valamint Svédország tárgyaltak. A tárgyalásokon a Birodalom rendjei is részt vettek, ami önmagában jelezte, hogy a béke nem csupán uralkodók közötti, hanem a birodalmi alkotmányt is érintő megállapodás lesz.
A westfáliai béke néven ismert szerződéskomplexum 1648. október 24-én került aláírásra. Két fő okmányból állt: a münsteri békeszerződésből, amely a császár és Franciaország, valamint a császár és a spanyol korona viszonyát rendezte, és az osnabrücki szerződésből, amely a császár és a protestáns rendek, valamint Svédország között jött létre. A béke a Német-római Birodalom (Sacrum Romanum Imperium) alkotmányos rendjének alaptörvényévé vált.
A vallási rendezés megerősítette és kiterjesztette az augsburgi vallásbékét. A református egyház ezentúl a lutheránussal egyenrangú védelemben részesült; a vallási jogok meghatározásának viszonyítási évét 1624-re rögzítették, ami az adott év tényleges gyakorlatát tekintette mérvadónak. A „cuius regio, eius religio” elve továbbra is fennmaradt, de a fejedelmek vallási önrendelkezését korlátozták abban az értelemben, hogy az 1624-ben már gyakorolt vallásokat a tartományúr nem számolhatta fel egyszerűen. A vallási kisebbségeknek bizonyos területeken – különösen a birodalmi városokban – türelmi jogokat biztosítottak; ez azonban nem általános vallásszabadság volt, hanem jogilag meghatározott, korlátozott tolerancia.
A béke leginkább idézett eleme a fejedelmi szuverenitás (Landeshoheit) megerősítése. A birodalmi rendek – választófejedelmek, fejedelmek, birodalmi városok – jogot kaptak arra, hogy egymással és külföldi hatalmakkal szövetséget kössenek, feltéve, hogy az nem irányul a császár és a Birodalom ellen. Ezt a rendelkezést a későbbi államelmélet és nemzetközi jog a modern állami szuverenitás egyik kiindulópontjaként értelmezte, bár a 18. század előtt a Birodalom továbbra is sajátos, többszintű politikai test maradt, ahol a császári fennhatóság nem szűnt meg teljesen. A nyugat-európai történetírásban a „westfáliai rendszer” fogalma a szuverén területi államokból álló nemzetközi rend kialakulását jelöli, de ezt az értelmezést több mai történész kritikával illeti: szerintük a béke nem teremtett modern államrendszert, hanem a birodalmi alkotmányos hagyományok és a rendi jogok megerősítését jelentette.
A béke területi és címzetes rendelkezéseket is hozott. Franciaország megszerezte a Metz, Toul és Verdun három püspökség feletti fennhatóságot, valamint Elzász egy részét – bár az elzászi birtokjogok pontos természete később viták forrása maradt. Svédország megkapta Elő-Pomerániát, Wismart, valamint a brémai és verdensi püspökségeket, ezzel a Birodalom északi részén szerzett birodalmi rendi státusszal járó területeket. Brandenburg-Poroszország Hátsó-Pomerániát, Kammin püspökséget és Magdeburg örökségét kapta; Bajorország megtarthatta a felső-pfalzi területeket és a választófejedelmi címet. A Rajnai Palotagrófságot VIII. választói címmel visszaállították, így a választófejedelmek száma nyolcra emelkedett. A béke nemzetközileg elismerte a Svájci Államszövetség és a Németalföldi Egyesült Tartományok függetlenségét a Birodalomtól.
A harmincéves háború a korabeli Európa egyik legsúlyosabb demográfiai és gazdasági válsága volt. A hadseregek mozgása, az ellátási rendszer hiányosságai és a zsoldosok brutalitása következtében a civil lakosság tömegei szenvedtek eljogfosztást, éhínséget, járványokat és elűzetést. A pestis, a tífusz és más járványok a háború alatt többször végigsöpörtek a meggyengült lakosságon. A termelés visszaesett, a mezőgazdasági művelés alól sok terület kivonult, és a kereskedelem is súlyos zavarokat szenvedett.
A veszteségek számszerűsítése máig bizonytalan. A 20. századi történészi becslések a Német-római Birodalom lakosságának csökkenését nagyjából 10 és 40% közé teszik, regionálisan rendkívül egyenetlen eloszlásban. Egyes területeken – például Mecklenburgban, Pomerániában, a pfalzi és württembergi régiókban – a helyi lakosság akár egyharmada vagy fele is eltűnt a halálozás, a menekülés és a kitelepítés együttes hatásaként, míg más régiók kevésbé szenvedtek. Az 1648 utáni becsült összlakosság-számok mintegy 10–15 millió fő körül mozognak a Birodalom területén, de a háború előtti bázisszámok is becsültek. A modern történeti demográfia ezért óvatosan fogalmaz: a háború okozta közvetlen halálozás mellett a születésszám csökkenése és a migráció is jelentős szerepet játszott a népességfogyásban. Nincs megbízható, az egész Birodalomra kiterjedő korabeli népszámlálási adat; a rendelkezésre álló források adóösszeírások, egyházi anyakönyvek és városi jegyzőkönyvek, amelyekből csak részleges és pontatlan következtetések vonhatók le.
A harmincéves háború a német nyelvű területek kollektív emlékezetében hosszú időre a pusztítás és a széttagoltság szimbólumává vált. A 19. századi nemzeti történetírás gyakran a nemzeti gyengeség egyik fő okaként és a külföldi beavatkozás következményeként ábrázolta, ami a későbbi egységtörekvések szempontjából negatív viszonyítási pontot jelentett. A 20. századi kutatás ezt a képet árnyalta: kimutatta, hogy a háború nem egyszerűen „német polgárháború” vagy kizárólag vallási háború volt, hanem európai nagyhatalmi konfliktus, amelyben a vallási, rendi és dinasztikus dimenziók szétválaszthatatlanul összefonódtak.
A mai történészi konszenzus szerint a harmincéves háború nem egyetlen törés, hanem egy több évtizedes válságfolyamat volt, amelynek gyökerei a reformáció utáni birodalmi alkotmányos egyensúlyhiányra, a Habsburg-ellenes európai koalíciókra és a zsoldoshadseregek működési logikájára vezethetők vissza. A westfáliai béke értékelése is vitatott: egyes iskolák a szuverén államok nemzetközi rendjének kezdetét látják benne, mások szerint inkább a birodalmi rendek jogainak megerősítését és a császári hatalom tartós korlátozását. Az mindenesetre dokumentált tény, hogy a béke hosszú távon a Birodalom politikai és vallási pluralizmusát intézményesítette, és a 18. század végéig keretet adott a német nyelvű területek rendi és vallási sokszínűségének.
A harmincéves háború eseménytörténetének alapvető forrásai a korabeli diplomáciai iratok, hadinaplók, krónikák, városi tanácsi jegyzőkönyvek, egyházi anyakönyvek és a békeszerződések hivatalos szövegei. A legfontosabb normatív forrás maga a westfáliai béke, amelynek latin nyelvű szövege fennmaradt, és a mai napig kiadott, kritikai szövegkiadásokban hozzáférhető. A csaták lefolyására vonatkozóan a hadtörténészek a kortárs katonai iratokra és a résztvevők beszámolóira támaszkodnak, de a létszámadatok és a veszteségi számok gyakran pontatlanok vagy túlzóak.
A legnagyobb bizonytalanság a háború demográfiai és gazdasági következményeit övezi. A korabeli adóösszeírások és egyházi anyakönyvek hiányosak, a menekültek és a halottak számának megbecslése módszertani nehézségekbe ütközik. A 20. századi történészi becslések közötti eltérések nem csupán az adathiányból, hanem abból is fakadnak, hogy a kutatók eltérően értelmezik a „veszteség” fogalmát: beleértik-e a születésszám csökkenését, a migrációt vagy csak a közvetlen halálozást. A jelenlegi tudományos álláspont szerint a háború pusztítása valóságos és súlyos volt, de a korábbi, 50%-os vagy annál nagyobb összlakossági veszteségre vonatkozó állításokat a modern regionális kutatások gyakran túlzónak ítélik.
Forráskritikai szempontból a vallási indulatoktól terhes kortárs beszámolók – például a katonai atrocitásokat leíró röpiratok – nem tekinthetők semleges tudósításnak, hanem a propaganda és a felekezeti viták részét képezték. Ugyanakkor az áldozatok szenvedését dokumentáló városi jegyzőkönyvek és egyházi anyakönyvek hiteles forrásnak számítanak a helyi pusztítás mértékének megítéléséhez. A „westfáliai szuverenitás” fogalmának modern értelmezése a nemzetközi jogtörténet és a kora újkori alkotmánytörténet közötti vitákban él; a tankönyvi bemutatás ezért kerüli a béke egyoldalú, modern államrendszer-kezdetként való leírását.