A liberális reform és a francia intervenció időszaka (1855–1867) Mexikó történetének egyik legélesebb fordulópontja. A mexikói–amerikai háború és a területvesztés utáni államcsőd, az egyházi és katonai kiváltságok körüli vita, valamint a külső hatalmi érdekek együttesen vezettek el a reformháborúhoz, majd a francia expedícióhoz és a rövid életű császársághoz. Ez az alfejezet Benito Juárez elnök és a liberális reformerek jogi és politikai programját, a konzervatív ellenállást, a francia intervenciót, I. Miksa (Maximiliano I, a magyar szakirodalomban gyakran Miksa császár) császárságát és a köztársaság 1867-es győzelmét tárgyalja.
Az 1854-es Ayutla-felkelés megdöntötte Antonio López de Santa Anna utolsó diktatúráját. A hatalomra került liberálisok – Juan Álvarez, Ignacio Comonfort, Benito Juárez, Melchor Ocampo, Sebastián Lerdo de Tejada és José María Iglesias – törvénykezéssel kívánták felszámolni az egyház és a hadsereg különjogait. Az 1855-ös Ley Juárez megszüntette a katonai és egyházi különbíróságokat; az 1856-os Ley Lerdo elrendelte a holtkézi vagyon, vagyis az egyházi és közösségi földbirtokok magánkézbe adását; az 1857-es Ley Iglesias pedig szabályozta az egyházi szolgáltatásokért felszámítható díjakat. Az 1857. február 5-én kihirdetett szövetségi alkotmány rögzítette a szólás- és sajtószabadságot, a törvény előtti egyenlőséget, a választójogot, a rabszolgaság eltörlését és az egyház és állam szétválasztását. A katolikus egyház és a konzervatív csoportok azonban az istenkáromlás vádjával utasították el az alkotmányt; a püspökök kiközösítési fenyegetéssel próbálták megakadályozni a hivatalnokok eskütételét. Ez a konfliktus vezetett a reformháborúhoz.
1857 decemberében a konzervatív katonai és egyházi körök a Tacubaya-tervvel megbuktatták az alkotmányos rendet. Comonfort elnök előbb csatlakozott a puccshoz, majd visszavonult; az alkotmányos utódlás szerint Juárez, a Legfelsőbb Bíróság elnöke lett az ideiglenes elnök. Juárez Veracruzban rendezkedett be, míg a konzervatívok Mexikóvárosban Félix Zuloaga, majd Miguel Miramón tábornok vezetésével ellenkormányt működtettek. A reformháború (1858–1861) polgárháborús jellegű volt: a liberálisok főként a perifériákon, a konzervatívok a központban és a hadseregben voltak erősebbek. A harcok során mindkét oldal követett el erőszakot; a papság vagyonát a liberálisok katonai célokra kobozták el, a konzervatívok pedig kivégezték a liberális foglyokat. A veracruzi kormány 1859. július 12-én adta ki a nemzeti javak elkobzásáról és az egyházi vagyon államosításáról szóló törvényt, ami tovább élezte a konfliktust. A nemzetközi elismerésért folyó versenyben az Egyesült Államok 1859-ben elismerte a Juárez-kormányt, ami fontos diplomáciai győzelem volt. A liberális hadsereg 1860 decemberében a calpulalpami csatában döntő győzelmet aratott, és 1861 januárjában Juárez bevonult Mexikóvárosba.
A polgárháború és a folyamatos harcok kimerítették az államkasszát. Juárez kormánya 1861. július 17-én felfüggesztette a külföldi adósság törlesztését. Nagy-Britannia, Spanyolország és Franciaország – amelyek állampolgárai jelentős összegeket hiteleztek a mexikói kormányoknak – 1861. október 31-én Londonban egyezményt írtak alá közös katonai fellépésről. A három hatalom csapatai 1861 decemberétől Veracruzban szálltak partra. A mexikói kormány tárgyalásokat kezdett, és 1862 februárjában a Soledad-i előzetes egyezményben elismerte a követelések egy részét; a spanyol és a brit csapatok ezt követően visszavonultak. III. Napóleon francia császár azonban nem csupán adósságbehajtást akart: tervében szerepelt egy francia befolyás alatt álló latin-amerikai monarchia létrehozása, amely ellensúlyozná az Egyesült Államokat. A francia expedíciós hadsereg Charles Ferdinand Latrille de Lorencez tábornok vezetésével a főváros felé indult. 1862. május 5-én Puebla mellett Ignacio Zaragoza tábornok erői visszaverték a francia támadást – ez az esemény ma Cinco de Mayo néven ismert, bár Mexikóban elsősorban regionális jelentőségű, az Egyesült Államokban pedig a mexikói-amerikai közösség ünnepe. A francia kormány jelentős erősítést küldött: Élie-Frédéric Forey, majd François Achille Bazaine tábornok vezetésével a hadsereg létszáma a becslések szerint elérte a 38 ezer főt (ez a szám módszertani becslés, a pontos adatok ellenőrzést igényelnek). 1863. június 10-én a franciák elfoglalták Mexikóvárost, és a konzervatív körök által összehívott jelesek gyűlése 1863 júliusában felajánlotta a császári trónt Ferdinánd Miksa osztrák főhercegnek, I. Ferenc József öccsének.
Miksa 1864. május 28-án szállt partra Veracruzban, és június 10-én vonult be Mexikóvárosba. A császári kormányzat kettős természetű volt: a mexikói konzervatívok, akik a trónt felajánlották, a katolikus egyház kiváltságainak visszaállítását és a liberális reformok visszavonását várták; Miksa azonban a polgári házasság, a vallásszabadság és a közoktatás egyes vívmányait fenntartotta, sőt 1865-ben földreform-jellegű rendeleteket is hozott a földnélküli parasztok védelmében. A császári kormányzat és a pápai nuncius között vita alakult ki az egyházi vagyon visszaadásáról; Miksa nem volt hajlandó teljes mértékben visszaállítani az egyház korábbi helyzetét. Ez a köztes politika sem a konzervatívokat, sem a liberálisokat nem elégítette ki. A császári hadsereg és a francia csapatok együttesen sem tudták megsemmisíteni a köztársasági gerillákat, amelyek Juárez vezetésével északra vonultak, és San Luis Potosí, Saltillo, Monterrey, Chihuahua, majd El Paso del Norte (ma Ciudad Juárez) városából kormányoztak.
A császári kormány 1865. október 3-án kiadta az úgynevezett fekete rendeletet, amely a fegyveres ellenállókat hadbíróság elé állíttatta, és a gyors kivégzéseket írt elő. A rendelet alkalmazása során több száz republikánus foglyot végeztek ki; a pontos szám vitatott, és a felelősség kérdése (a császár, a francia parancsnokok vagy a mexikói konzervatív tisztek) a történetírásban máig vita tárgya.
A nemzetközi helyzet 1865 végétől megváltozott. Az Egyesült Államokban befejeződött a polgárháború, és a washingtoni kormány a Monroe-doktrínára hivatkozva követelte a francia csapatok kivonását; emellett fegyvereket és pénzt juttatott a Juárez-kormánynak. III. Napóleon európai kötelezettségei (különösen a porosz fenyegetés) miatt 1866 januárjában bejelentette a csapatkivonást. A francia erők 1866–1867 folyamán fokozatosan elhagyták Mexikót; Bazaine marsall 1867 februárjában hagyta el a fővárost. Miksa, aki nem mondott le, a konzervatív tábornokokra – Miguel Miramónra és Tomás Mejíára – támaszkodva Querétaróba húzódott. A republikánus hadsereg Mariano Escobedo tábornok vezetésével ostrom alá vette a várost. Querétaro 1867. május 15-én elesett, Miksát pedig elfogták. A haditörvényszék a köztársasági kormány elleni fegyveres lázadás és a külföldi intervenció támogatása miatt halálra ítélte. Az ítéletet 1867. június 19-én a Querétaro melletti Cerro de las Campanasnál hajtották végre; Miksával együtt kivégezték Miramónt és Mejíát is. A kivégzés nemzetközi tiltakozást váltott ki, amit Juárez kormánya a nemzeti szuverenitás védelmével és a további intervenciók elrettentésével indokolt. Juárez 1867. július 15-én tért vissza Mexikóvárosba, és helyreállította a köztársasági intézményeket.
A korszak elsődleges forrásai közé tartoznak az 1857-es alkotmány és a reformtörvények szövegei, amelyek a mexikói Archivo General de la Naciónban és a nemzeti kongresszusi iratokban maradtak fenn; a korabeli sajtó (például a liberális El Siglo Diez y Nueve és a konzervatív lapok); a francia katonai jelentések és a mexikói köztársasági hadijelentések; Juárez levelezése, amelyet részben publikáltak; a császári udvar iratai, köztük Miksa levelei; az amerikai külügyminisztérium kiadványai (Foreign Relations of the United States); és a kivégzés jegyzőkönyvei. A pueblai csata 1862. május 5-i részleteire vonatkozóan a mexikói és francia jelentések ellentmondanak egymásnak; a csata jelentőségét a korabeli sajtó felnagyította, ezért a „nemzeti győzelem” képe emlékezetpolitikai konstrukció is. A reformháború és a francia intervenció áldozatainak teljes számát nem ismerjük: a becslések több tízezer és százezer közötti halottról szólnak, de a módszertan és a források hiányosak, ezért minden ilyen szám ellenőrzést igényel. A francia expedíciós hadsereg létszámára vonatkozó 38 ezer fős adat is becslés, amely a különböző hadrendi kimutatásokból származik, de a pontos maximális létszám vitatott.
Tudományos vita övezi a francia beavatkozás okait: a hagyományos liberális történetírás kizárólag III. Napóleon birodalmi ambícióit hangsúlyozza; a konzervatív és francia források a mexikói konzervatívok meghívását emelik ki. A mai konszenzus szerint mindkét tényező szerepet játszott, de súlyuk vitatott. Hasonlóképpen vitatott, mennyiben volt a császári rendszer „mexikói” és mennyiben „idegen”: Miksa kormányzata mexikói miniszterekből állt, de a katonai erő és a pénzügyi támogatás francia volt. A reformtörvények értékelése is vitatott: a liberális narratíva a modern jogállam alapjait látja bennük, a katolikus és egyes agrárkutatók szerint a Ley Lerdo a faluközösségi földek felosztásával hosszú távon károsította az őslakos parasztságot, és előkészítette a Porfiriátus nagybirtokrendszerét Porfirio Díaz és a Porfiriátus. A Juárez-kormány 1859-es egyházi vagyonelkobzása és a császári kormány 1865-ös fekete rendelete egyaránt súlyos emberi következményekkel járt; a republikánus források a császáriak terrorját hangsúlyozzák, míg a császári források a gerilla-hadviselés kihívásaira hivatkoznak. A felelősség kérdése máig nyitott.
A Miksa kivégzéséről szóló döntés nemzetközi jogi megítélése is vitatott: a mexikói kormány a nemzeti jog szerint járt el, a francia és osztrák kormányok gyilkosságnak minősítették. Az emlékezetpolitikában Miksa alakja máig megosztó: egyesek a jó szándékú, de naiv uralkodót látják benne, mások a külföldi intervenció eszközét. A kivégzés dokumentumai fennmaradtak, de a haditörvényszék eljárásának részleteit a későbbi politikai rendszerek eltérően értelmezték.
Az 1855 és 1867 közötti időszak Mexikóban a liberális reform és a nemzeti szuverenitás küzdelmét hozta. A reformtörvények és az 1857-es alkotmány megtörték az egyház és a hadsereg különjogait, de vallásháborúhoz és polgárháborúhoz vezettek. A reformháború (1858–1861) a liberálisok győzelmével ért véget, de az államcsőd miatt külső katonai nyomás alakult ki. III. Napóleon francia császár 1862-től intervenciót indított, és 1864-ben a konzervatívokkal szövetségben I. Miksa főherceget ültette egy rövid életű császárság trónjára. Juárez kormánya északra visszavonulva ellenállást szervezett; az amerikai nyomás és a francia csapatkivonás után a republikánus erők 1867-ben elfoglalták Querétarót, és kivégezték Miksát. A köztársaság győzelme megerősítette a nemzeti szuverenitást, de a belső társadalmi és földkérdések megoldatlanok maradtak, ami a következő évtizedek konfliktusait alapozta meg.