Pedro de Alvarado 1524-es hadjárata nem egyetlen döntő ütközet, hanem több évtizedes, szakaszos katonai és politikai folyamat kezdete volt. A spanyol sereg – körülbelül négyszáz spanyol katona és több ezer, főként tlaxkalai és más nahua szövetséges – 1524 elején, Hernán Cortés utasítására hatolt be a mai Guatemala csendes-óceáni partvidékére, Soconusco irányából. A kortárs leírások szerint Alvarado serege előbb Soconuscót igazgatta le, majd a hegyvidéken a K’iche’ (a gyarmati forrásokban gyakran quiché) királyság katonai ellenállásába ütközött. A Quetzaltenango közelében vívott csatában a spanyolok és szövetségeseik legyőzték a K’iche’ seregét, majd elfoglalták és felégették Q’umarkaj (Utatlán) fővárost; a K’iche’ főurakat a spanyolok kivégezték. Alvarado ezután a K’iche’-kel szemben álló Kaqchikel központba, Iximchéba vonult be, és a kaqchikel uralkodókkal kötött szövetséget, ami lehetővé tette, hogy 1524. július 25-én megalapítsa az első spanyol települést, Santiago de Guatemalát, az Iximché közeli területen. A „Guatemala” elnevezés – amely valószínűleg nahua vagy kaqchikel eredetű helynév – kezdetben a régióra és a spanyol településre egyaránt vonatkozott, nem a mai állam területére.
A hódítás gyors katonai sikere nem kizárólag a spanyol fegyverzetnek és taktikának tulajdonítható. A szakszóval „eurázsiai” betegségek – elsősorban a himlő, majd a kanyaró és más fertőzések – már a spanyolok megérkezése előtt vagy azzal egy időben megtizedelték a maja közösségeket, hiszen a 1520-as években a járványok Közép-Amerikában is végigvonultak. Emellett a posztklasszikus maja és más közép-amerikai társadalmakban a politikai széttagoltság, a K’iche’ és a Kaqchikel közti versengés, valamint a helyi elitek saját célú szövetségkötései döntően befolyásolták az eseményeket. A kortárs bennszülött forrás, a kaqchikelek évkönyve (Anales de los Kaqchikeles) úgy értelmezi a spanyolokkal való szövetséget, mint a K’iche’-ellenes stratégia folytatását; ugyanakkor a későbbi események – az adóztatás, a kényszermunka és a spanyol jelenlét megerősödése – miatt a szövetség rövid időn belül felbomlott. A kaqchikelek 1526-tól több évig tartó felkelése és Alvarado kegyetlen megtorlása jól mutatja, hogy a hódítás nem fejeződött be 1524-ben: a mai Guatemala területén a 16. század közepéig folyamatosak voltak a kisebb-nagyobb ellenállási mozgalmak, a hódításellenes felkelések és a spanyolok büntetőhadjáratai.
A spanyol források Alvarado 1524-es és későbbi jelentéseiben, illetve Bernal Díaz del Castillo emlékirataiban a hódítást jogszerű hódításnak (conquista) ábrázolják, amelyet a spanyol korona és a katolikus hit terjesztése igazolt. Ezzel szemben Bartolomé de las Casas és más kritikus szerzők már a 16. században hódítás címén elkövetett tömeges erőszakról, rabszolgatartásról és a helyi intézmények lerombolásáról írtak. A mai történetírásban vitatott, hogy mennyire lehet a 16. századi eseményeket a modern „népirtás” jogi kategóriájával leírni; a jogi definíció szándékot és dokumentált embercsoport-elpusztítást feltételez, ám a korszakban a legnagyobb pusztítást a járványok, a kényszermunka és a háborús erőszak együttesen okozták. A tankönyv ezért a hódítás kifejezést a spanyol katonai-politikai folyamat megnevezésére használja, de nem tételezi fel annak igazoltságát, és mindvégig jelzi a bennszülött közösségek saját ellenállását, túlélési stratégiáit és a hódítás utáni alkalmazkodását.
A spanyol korona a meghódított területet nem egyszerű katonai gyarmatként, hanem a „Guatemalai Királyság” (Reino de Guatemala) elnevezésű, jogi és közigazgatási egységként szervezte meg. Ennek intézményi magja a 16. század közepétől a Guatemalai Főkapitányság (Capitanía General de Guatemala) lett, amely formálisan az Új-Spanyolországi Alkirályság alá tartozott, ám a gyakorlatban jelentős autonómiával rendelkezett. A főkapitány – aki gyakran egy személyben kormányzó is volt – katonai, kormányzati és részben bírói jogköröket gyakorolt, de hatalmát korlátozták a királyi törvényszékek, az egyházi bíróságok és a városi tanácsok (cabildók). A súlypontot a Real Audiencia de los Confines jelentette: ezt a bírósági-kormányzati testületet 1542-ben hozták létre, előbb Gracias a Diosban (a mai Honduras területén) működött, majd 1549-ben Santiago de Guatemalába helyezték; későbbi időszakokban Panamával egyesítették, végül 1570-től ismét önálló guatemalai audiencia működött. A főkapitányság a 16–18. században a mai Guatemalát, Chiapast, Soconuscót, El Salvadort, Hondurast, Nicaraguát és Costa Ricát foglalta magába; a mai Belize névlegesen ide tartozott, de a spanyol ellenőrzés ott korlátozott volt. A „Guatemala” alatt a gyarmati korszakban tehát nem a mai nemzetállamot, hanem a Santiago de Guatemala városából irányított közép-amerikai közigazgatási területet kell érteni.
A spanyol településhálózat kialakulása szorosan összefüggött a gyarmati hatalom kiépülésével. Az első, 1524-ben Iximché közelében létrehozott Santiago de Guatemala nem vált tartós központtá; a telepesek 1527-ben az Almolonga-völgybe (a mai Ciudad Vieja környéke) költöztek, majd az 1541. évi földrengés és iszapár, amely elpusztította a várost, arra kényszerítette őket, hogy 1543-ban a Panchoy-völgyben (a mai Antigua Guatemala helyén) építsenek új fővárost. Ez a város a 16–18. században a főkapitányság politikai, egyházi és gazdasági központja lett; csak az 1773-as pusztító földrengés után, 1776-ban alapították meg a mai Guatemalavárost (Nueva Guatemala de la Asunción). A főváros áthelyezése körüli viták azt is jelzik, hogy a gyarmati kormányzat, a helyi spanyol elit és az egyházi intézmények érdekei nem mindig estek egybe. A 18. század végén a Bourbon-reformok intendanciákat hoztak létre, amelyek csökkentették a főkapitány hagyományos jogkörét, és a spanyol korona fiskális-katonai hatalmát erősítették; ezt a folyamatot az 1812-es cádizi alkotmány és a függetlenség felé vezető válság tette kézzelfoghatóvá.
Az egyház a kezdetektől jelen volt a hódításban, de szerepe nem egységesíthető. A spanyol hódítók a katolikus uralkodó nevében, a hit terjesztésének kötelezettségével gyarmatosítottak; a gyakorlatban azonban a katonai hódítás és a kényszerítés mellett hamar megjelent a békés térítés kísérlete is. A domonkosok, majd a ferencesek és más szerzetesrendek missziói a mai Guatemala északi részén, a Tuzulutlán régióban Bartolomé de las Casas és társai vezetésével olyan szerződéses térítési kísérletet folytattak, amelyben a spanyol fegyveres hódítók egy ideig nem léphettek be. Ez a terület a „Verapaz” (igaz béke) nevet kapta, és a Las Casas-i kísérlet rövid távon korlátozta a közvetlen katonai erőszakot. A Verapaz-modell azonban nem szüntette meg a gyarmati adóztatást és a későbbi behatolást; a szerzetesi jelenlét idővel maga is a spanyol uralomhoz való alkalmazkodás keretévé vált. Bartolomé de las Casas 1543-tól Chiapas püspökeként próbálta a spanyolországi törvényeket (elsősorban az 1542. évi „új törvényeket”) a gyakorlatban érvényesíteni, ám összeütközésbe került a telepesekkel, akik az encomienda és a munkaszolgáltatás korlátozását sérelmezték; ezt a kísérletet a helyi spanyol érdekcsoportok nyíltan ellenezték. Az egyház tehát egyszerre volt a bennszülött közösségek védelmezője, a missziók és iskolák fenntartója, ugyanakkor a gyarmati hatalom egyik intézménye, adóbehajtó, földbirtokos és olykor a kényszermunka megszervezője is.
A gyarmati egyház a 16–18. században jelentős szerepet játszott a bennszülött társadalom átalakításában. A szerzetesek a spanyol koronával együttműködve „redukciókba” (reducciones vagy congregaciones) telepítették össze a szétszórt maja falvakat, hogy az adóztatást, a vallási oktatást és a közigazgatást könnyebben ellenőrizhessék. Ez a gyakorlat felbomlasztotta a korábbi települési és rokonsági hálózatokat, ugyanakkor új közösségi formákat is létrehozott. A missziókban a maja nyelveken írt katekizmusok, prédikációk és nyelvtanok születtek; a domonkos Francisco Ximénez atya a 18. század elején Chichicastenangóban lejegyezte és lefordította a K’iche’ elit néhány száz évvel korábbi narratíváját, a Popol Vuhot. Ez a dokumentum – amelyet nem a hódítás, hanem a közösség eredettörténetének és uralmi igényeinek forrásaként kell olvasni – máig a guatemalai maja kultúra egyik legfontosabb írásos emléke. A Popol Vuh lejegyzése ugyanakkor arra is figyelmeztet, hogy a „megőrzés” gyakran a gyarmati egyház értelmezési keretein keresztül történt, és a szóbeli hagyományokkal való viszonyát mindig forráskritikailag kell kezelni.
A katolikus vallás előretörése nem jelentette a maja vallási világ eltűnését. A 16. századtól kezdve a maja közösségek számos elemet beépítettek a katolikus ünnepekbe, szentek tiszteletébe és rítusaiba; a hegyek, források, ősök és a 260 napos naptár egyes elemei a gyarmati katolicizmus keretei között éltek tovább. A vallásos testvérületek, a cofradíák különösen fontos szerepet kaptak: ezek a falusi intézmények a szentek gondozását, az ünnepek szervezését, a közösségi vagyont és a helyi tekintélyek kiválasztását egyaránt irányították, s gyakran a bennszülött identitás és autonómia megőrzésének tereivé váltak. A cofradíarendszer így nem csupán vallási, hanem gazdasági és politikai intézmény is volt, amelyen keresztül a bennszülött közösségek a gyarmati rendszeren belül szerveződtek. A maja vallási elemeket a spanyol egyház időnként „bálványimádásként” vagy „boszorkányságként” üldözte, máskor hallgatólagosan megtűrte; ez a tág határ a gyarmati hatalom és a helyi közösségek közötti, soha le nem zárt alkufolyamat része volt.
Az encomienda a guatemalai gyarmati társadalom egyik legfontosabb intézménye. Jogi értelemben az encomienda nem földtulajdon, hanem a spanyol korona által adományozott jogosítvány volt: az encomendero – egy hódító, telepes vagy hivatalnok – egy meghatározott bennszülött közösség adóját és munkáját szedhette be, cserébe viszont köteles volt a rábízott lakosságot keresztény hitre tanítani és „védeni”. Ezt a modellt már az 1512. évi Burgos-törvények szabályozni próbálták, majd az 1542. évi új törvények (Leyes Nuevas) korlátozták: eltörölték az encomienda öröklését, megtiltották a bennszülöttek rabszolgává tételét, és megpróbálták az encomendát fizikai munkaszolgáltatástól mentes adóztatási intézménnyé alakítani. A gyakorlat azonban Guatemalában és a környező területeken lassan követte a jogi normákat. A korai időszakban – különösen az 1520–1530-as években – az encomienda sok esetben munkaszolgáltatáson alapult; a bennszülött közösségeket bányákhoz, építkezésekhez, mezőgazdasági munkákhoz rendelték hozzá, és a körülmények gyakran a rabszolgasághoz közelítettek. A 16. század közepétől az encomienda inkább adóbevétel (tributo) feletti rendelkezéssé alakult, ugyanakkor a kényszermunka más formában, a repartimiento vagy mandamiento keretében tovább élt: a közösségektől időszakos, kötelező munkásosztagokat követeltek a spanyol birtokokra, a közmunkákra és a bányákba.
A helyi bennszülött közösségek a gyarmati korszakban nem voltak tehetetlen áldozatok. A spanyol korona a bennszülött falvakat külön jogállású köztársaságokként (república de indios) kezelte, amelyek saját földdel, tanáccsal és részben saját jogrenddel rendelkeztek. A falu élén a gyarmati forrásokban kacikának vagy főnöknek nevezett helyi előkelők álltak, akik az adóbehajtásban közvetítőként működtek, de a közösség földjének védelmében, a peres ügyekben és a spanyol hatóságokkal való alkuban is képviselték a lakosságot. A 16–18. században számos maja közösség fordult bírósághoz, hogy megvédje földjeit a spanyol birtokosok és a szomszédos települések ellen; a periratok, adójegyzékek és határleírások ma is az egyik legfontosabb forráscsoportot jelentik. A közösségi vagyon egy részét a caja de comunidad nevű helyi pénztárban kezelték, amely az adóterhek kiegyenlítésére, ünnepekre és a közösségi földek fenntartására szolgált. A közösségek túlélése azonban nem jelentette a gyarmati kizsákmányolás tagadását: a spanyol birtokosok és hivatalnokok gyakran megszegték a védelmi szabályokat, a női munkát, a gyermekeket és az időseket is igénybe vették, a közösségi földeket pedig fokozatosan szűkítették.
A gyarmati gazdaság Guatemalában nem a karibi ültetvényes rabszolgatartáshoz, hanem inkább a mezőgazdasági önellátásra, az adóztatásra, a textiltermelésre, a kakaó- és indigótermesztésre, később a kávéra épült. A spanyol elitek birtokainak, a haciendáknak és a kisebb birtokoknak a munkaerő-szükséglete a bennszülött közösségek kötelező munkaszolgáltatásán nyugodott. Az afrikai rabszolga-munka jelen volt, de kisebb mértékben, mint a Karib-szigeteken; a partvidéki ültetvényeken, a bányákban és a háztartásokban éltek afrikai és afro-leszármazott rabszolgák, illetve szabad színesek. A faji és etnikai hierarchia a spanyol „casta”-rendszer kategóriái szerint szerveződött: a spanyol születésűek, a helyben született spanyolok (kreolok), a meszticek, a bennszülöttek és az afrikai származásúak közti határok a gyakorlatban átjárhatók voltak, de jogilag és társadalmilag meghatározta az adóterheket, a hivatalviselést és a házassági kapcsolatokat. A „kaszt” rendszer nem biológiai adottság, hanem a gyarmati hatalom és a helyi elitek által fenntartott osztályozás volt, amelyet az adójegyzékekben, a periratokban és az anyakönyvekben rögzítettek.
A 16. századi demográfiai katasztrófa a mai Guatemala területén is minden bizonnyal súlyos volt, de a pontos számok erősen vitatottak. A prekolumbiánus népességre vonatkozó becslések a 20. századi kutatásokban széles sávban mozogtak; a hódítás előtti lélekszámot egyes szerzők 1–2 millióra, mások ennél többre vagy kevesebbre teszik. A járványok – himlő, kanyaró, tífusz, majd többek között a 16. századi „cocoliztli” néven emlegetett betegségcsoport – a század közepére a régió bennszülött lakosságának jelentős részét elpusztította, ám az összeomlás mértéke régészeti becslés, adójegyzékekből és a korai spanyol összeírásokból származó becslés, nem dokumentált pontos adat. A demográfiai csökkenés miatt a spanyol hatóságok többször újraosztották az encomendákat, a túlélő közösségeket összevonták, és a munkaszolgáltatást azokra a területekre irányították, ahol a spanyol gazdaságnak szüksége volt munkaerőre. A 17. századtól a bennszülött népesség lassú növekedésnek indult, de a gyarmati intézmények – a földek elvesztése, az adóterhek, a munkaszolgáltatás – továbbra is formálták a közösségek életét.
A bennszülött közösségek alkalmazkodása nem merült ki a pereskedésben és a cofradíákban. A maja elitek a spanyol írással és jogrenddel élve saját tulajdonigényeiket, nemesi származásukat és területi jogaikat rögzítették; a 16–17. században olyan „titulusok” (títulos) születtek, amelyek a közösség határait, szent helyeit és történeti emlékezetét foglalták írásba. E dokumentumok a spanyol bíróságok előtt bizonyítékként szolgáltak, de a belső identitás, a szóbeli hagyomány és a politikai legitimáció megerősítésére is. A gyarmati korszak így nem egyszerűen a maja társadalom felbomlása, hanem olyan átalakulás volt, amelyben a közösségek a katolikus intézményeket, a spanyol jogot és az új gazdasági formákat saját túlélésük eszközeivé alakították. Ez a folyamat azonban mindvégig aszimmetrikus erőviszonyok között zajlott, és a bennszülött közösségek jogai gyakran vereséget szenvedtek a spanyol elitek terjeszkedésével szemben.
A hódítás és a gyarmati közigazgatás megítélését a mai guatemalai emlékezetpolitika erősen formálja. A modern guatemalai nacionalizmus egyes irányzatai a spanyol hódítást nemzeti katasztrófaként, mások a mesztic nemzet születésének első szakaszaként értelmezik. A mai maja mozgalmak számára a gyarmati korszak a földvesztés, a kényszermunka és a faji alárendelés kezdete, amelyet a függetlenség utáni államok is folytattak. A spanyol forrásokban szereplő „conquista” szó helyett ma gyakran „invázióról” vagy „gyarmatosításról” beszélnek; ezek a kifejezések nem semlegesek, hanem értelmezési álláspontokat tükröznek. A tankönyv célja, hogy ezeket az álláspontokat feltárja, és a dokumentált eseményeket, az intézményeket és a hosszú távú következményeket egymástól megkülönböztetve tanítsa.
A hódítás legfontosabb spanyol nyelvű forrásai Pedro de Alvarado Cortéshez írt jelentései, Bernal Díaz del Castillo részben résztvevőként, részben emlékezetből írt emlékirata, valamint a spanyol korona számára készült hivatalos iratok. Ezek a dokumentumok a hódítók perspektíváját közvetítik, gyakran igazolják az erőszakot, és a bennszülött ellenállást „lázadásként” vagy „engedetlenségként” írják le. A bennszülött perspektívát elsősorban a kaqchikelek évkönyve, a Popol Vuh, a K’iche’ elit titulusai és a későbbi közösségi dokumentumok őrzik; ezek azonban nem semleges beszámolók, hanem a közösség saját politikai és vallási céljait szolgáló emlékezeti szövegek. A demográfiai összeomlás mértékére vonatkozó becslések régészeti leletekből, korai adójegyzékekből, egyházi anyakönyvekből és a 16. századi összeírásokból származnak; ezek hiányosak, és a prekolumbiánus népességről szóló számok széles sávban mozognak. A Tecún Umán és Alvarado párviadalának története a mai guatemalai nemzeti emlékezetben kiemelt helyen áll, ám a kortárs spanyol forrásokban nem szerepel, ezért a tankönyv emlékezetpolitikai állításként kezeli, és megkülönbözteti a dokumentált katonai eseményektől. A „népirtás” kifejezés használatát a 16. századi eseményekre a mai őslakos mozgalmak és egyes kutatók támogatják, mások a jogi definíció hiányában vitatják; a kérdés nyitott, és a szöveg ezért inkább dokumentált erőszakról, kényszermunkáról és demográfiai katasztrófáról beszél.
Pedro de Alvarado 1524-es hadjárata a spanyol hódítás első, több évtizedes szakaszát nyitotta meg a mai Guatemala területén. A spanyol katonai sikerek gyorsaságát a helyi szövetségesek – elsősorban a kaqchikelek – és a járványok döntően befolyásolták. A meghódított területet a spanyol korona Guatemalai Főkapitányságként szervezte meg; ennek intézményi központja a Santiago de Guatemala-i Real Audiencia lett, amely a mai közép-amerikai országokat is magába foglalta. Az egyház a hódítás igazolója, a hit terjesztője és a bennszülött közösségek védelmezője is volt, de a missziók és a redukciók a gyarmati hatalom megszilárdítását szolgálták. Az encomienda és a kényszermunka a bennszülött lakosság munkaerejére épült, a helyi közösségek azonban a spanyol jog, a cofradíák, a pereskedés és a saját írásos hagyomány révén alkalmazkodtak és fennmaradtak. A gyarmati korszak öröksége a földvesztésben, a faji hierarchiában és a közösségi intézmények átalakulásában a mai napig meghatározó Guatemalában.