Az ezer napos háború és a századfordulós kolumbiai–amerikai viszony megértéséhez először azt kell tisztázni, miért vált ez az időszak a kolumbiai politikai erőszak egyik első modern fordulópontjává. A 19. század utolsó évtizedeiben a Regeneración (Regeneración) elnevezésű politikai projekt központosította az államot, megerősítette a katolikus egyház szerepét, és kiszorította a liberális elitet a hatalomból. Ezt a folyamatot a A 19. századi állam és a polgárháborúk című alfejezet részletesen bemutatja. Az 1890-es évek végére a kávé világpiaci árának zuhanása, az állami jövedelmek csökkenése és a konzervatív kormány választási gyakorlata együttesen olyan feszültséget teremtett, amely 1899-ben fegyveres felkelésbe torkollott. Ez a háború nem egyszerűen a két hagyományos párt újabb összecsapása volt: a belső frontvonalak egyúttal a gazdasági hanyatlás, a regionális elégedetlenség és a központosító állam között húzódtak.
A Guerra de los Mil Días (ezer napos háború) 1899. október 17-én kezdődött, amikor liberális erők Santander megyében nyíltan szembefordultak a konzervatív kormánnyal. A közvetlen ok az volt, hogy az 1899-es elnökválasztást és a megelőző parlamenti választásokat a liberálisok csalással vádolták, és a kormányzat a Regeneración alkotmányos keretét felhasználva korlátozta a politikai verseny terét. A mélyebb okokhoz tartozott a kávéár összeomlása, amely 1896 után visszavetette a kolumbiai exportbevételeket, és romló feltételeket teremtett a kisbirtokos kávétermelők, valamint a fuvarozó és kereskedő rétegek számára. Dokumentált tény, hogy a háború kirobbanásában szerepe volt a liberális párt radikális szárnyának, amely a fegyveres fellépést a politikai visszatérés egyetlen útjának tekintette. Emlékezetpolitikai állításként értelmezhető viszont az a liberális narratíva, amely a felkelést kizárólag a választási csalás elleni nemes küzdelemként mutatja be; a konzervatív források ezzel szemben a liberális elit hatalomvágyát és a „rend” megbontását hangsúlyozták.
A háború első szakasza, 1899 végéig, a liberális erők részleges sikereit hozta. A felkelők elfoglaltak több Santander-i várost, és a Peralonso melletti csatában, 1899 decemberében vereséget mértek a kormánycsapatokra. A fordulat 1900 májusában következett be: a Palonegro melletti ütközetben, amely több napig tartott, a konzervatív kormányerők súlyos veszteségek árán megállították a liberális előrenyomulást. Palonegro után a háború jellege megváltozott: a liberálisok reguláris hadserege felbomlott, és a harcok gerilla-hadviseléssé, portyák és kisebb összecsapások sorozatává váltak, főleg a keleti és a folyó menti területeken. A harcokkal párhuzamosan járványok, éhínség és a gazdasági tevékenység összeomlása pusztított. A halálos áldozatok számát a történeti szakirodalom jellemzően 60 000 és 100 000 közé teszi, de ez becslés, mert a korabeli anyakönyvek hiányosak, és a halálozás jelentős része nem a csatatéren, hanem betegségek és nélkülözés következtében következett be. Ezt a bizonytalanságot a fejezet Források és bizonytalanságok szakasza részletezi.
A háborút lezáró békeszerződéseket 1902 novemberében írták alá: előbb a Neerlandia-szerződést, majd november 21-én a Wisconsin amerikai hadihajó fedélzetén a fő megállapodást. A béke amnesztiát ígért a felkelők többségének, de nem rendezte a háború kiváltó politikai és gazdasági okait. A konzervatív kormány hatalmon maradt, a liberális párt pedig továbbra is korlátozott politikai térrel rendelkezett. A háború utáni éveket a törékeny központi hatalom, a vidéki fegyveres csoportok továbbélése és a regionális kormányzók erősödő autonómiája jellemezte. A liberális vezetők egy része a háborúból politikai tőkét próbált kovácsolni, de a párt egysége megbomlott. Ebben a helyzetben a panamai kérdés gyorsan a nemzetközi konfliktus szintjére emelkedett.
A panamai tartomány már a 19. században többször próbált elszakadni Kolumbiától, és a helyi kereskedőelit politikai lojalitása mindvégig bizonytalan volt. A tömeges hajóforgalom és a vasúti összeköttetés a Karib-tenger és a Csendes-óceán között stratégiai jövedelmet biztosított a panamai elit számára, de a bogotái kormányokkal való együttműködését a vámszabályok és a központi adóterhek folyamatosan feszítették. Az 1900-as évek elején a csatornaépítés kilátása új tétet adott a kérdésnek. Az Egyesült Államok kormánya, amely korábban a francia Ferdinand de Lesseps által indított, de csődbe ment csatornavállalkozás után katonai és kereskedelmi szempontból egyaránt fontosnak tartotta a két óceán közötti átjáró megépítését, Kolumbiával tárgyalt a jogokról.
A Hay–Herrán szerződést 1903 januárjában írták alá Washingtonban. A szerződés 100 évre, meghosszabbítható formában, egy 6 mérföld széles övezet használati jogát adta volna az Egyesült Államoknak, egyszeri 10 millió dolláros fizetés és évi 250 000 dolláros bérleti díj ellenében. A pontos összegek a dokumentált szerződésszövegben szerepelnek, de a korabeli valutaérték és a tényleges kifizetések értelmezése vitatott. A kolumbiai szenátus 1903 augusztusában elutasította a ratifikációt, miután a szerződést a nemzeti szuverenitás feladásaként bírálták, és egyes politikusok jobb pénzügyi feltételeket követeltek. Az elutasítás hátterében szerepet játszott az ezer napos háború utáni politikai bizonytalanság és az a félelem, hogy a csatornaövezet az amerikai befolyás tartós hídfője lesz. Ugyanakkor vannak források, amelyek szerint a kolumbiai kormány elsősorban a francia csatornatársaság részvényeinek megvásárlásából származó pénzügyi kérdések miatt halogatott, és nem utasította el eleve a szerződést; ez a kérdés a történészek körében máig vitatott.
Alig több mint két héttel a panamai függetlenség kikiáltása után, 1903. november 18-án, egy francia származású panamai megbízott, Philippe Bunau-Varilla és John Hay amerikai külügyminiszter aláírta a Hay–Bunau-Varilla szerződést. Ez a szerződés az Egyesült Államoknak „örök időre” biztosította a csatornaövezet használatát, ellenőrzését és megerősítésének jogát, és létrehozta a későbbi Panama Canal Zone (Panama-csatorna övezet) jogi kereteit. A szerződést panamai részről nem a panamai kormány, hanem Bunau-Varilla írta alá, ami a panamai fél reprezentativitását illetően máig vitatott. A panamai kormány utólag ratifikálta a szerződést, de a feltételek elfogadását sok panamai értelmezés szerint a létrejövő állam gyengesége kényszerítette ki. Kolumbia számára a szerződés nyilvános megszégyenítést jelentett: a kormány katonai erővel nem tudott fellépni, és a belső politikai válság miatt hosszú évekig nem tudta érvényesíteni követeléseit.
A kolumbiai–amerikai viszony normalizálása lassan haladt. Az Egyesült Államok 1914-ben hivatalosan is bocsánatkérő nyilatkozatot tett, de a nagyobb rendezésre csak 1921-ben került sor: a Urrutia–Thomson szerződés értelmében Kolumbia elismerte Panama függetlenségét, az Egyesült Államok pedig 25 millió dollár kártérítést fizetett és bizonyos kereskedelmi kedvezményeket adott. Ez a megállapodás lezárta a közvetlen vitát, de a kolumbiai közvéleményben a panamai kérdés évtizedekig az Egyesült Államokkal szembeni bizalmatlanság egyik hivatkozási pontja maradt. A Panama-övezet ellenőrzése egészen 1979-ig, a visszaadás folyamatának megkezdéséig fennmaradt, és a csatorna teljes panamai fennhatóság alá kerülése 1999-ben zárult le. Ennek a későbbi fejleménynek a regionális összefüggéseit a Colombia nemzetközi szerepe és jövője című alfejezet tárgyalja.
Az Egyesült Államok dél-amerikai jelenléte a századfordulón nem korlátozódott a panamai kérdésre. Az 1898-as spanyol–amerikai háború után az amerikai kormány a Karib-medencét és a környező partvidékeket stratégiai érdekszférájának tekintette, amit a Roosevelt-következmény 1904-ben elvi szintre is emelt: az Egyesült Államok fenntartotta magának a beavatkozás jogát a térség államaiban, ha azok politikai vagy pénzügyi stabilitása veszélybe került. Ez a doktrína elsősorban Közép-Amerikára és a Karib-térségre irányult, de Kolumbia esetében is éreztette hatását, különösen a Karib-parti régiókban, ahol amerikai tőke és infrastruktúra-beruházások jelentek meg.
A kolumbiai banángazdaság fellendülése a 19. század végén kezdődött, és elsősorban a United Fruit Company (UFCO) tevékenységéhez kötődött. A vállalat 1899-ben, Bostonban jött létre több banánimportőr és ültetvényes társaság egyesüléséből, és rövidesen a Karib-térség legnagyobb banánexportőrévé vált. Kolumbiában az UFCO már korábban létező helyi érdekeltségeket vásárolt fel, és a Santa Marta környéki, illetve a Ciénaga melletti zona bananera (banánövezet) területén építette ki ültetvényeit, vasúthálózatát és kikötői infrastruktúráját. A cég a banántermelést nem közvetlen ültetvényes nagyüzemi rendszerként szervezte meg mindenhol, hanem gyakran szerződéses bérleti és felvásárlási hálózatként: a kistermelők és a bérmunkások fölötti ellenőrzést a vasút, a szállítás, a feldolgozás és a piaci hozzáférés monopóliuma biztosította. Ez a modell a Kolumbiában kialakult formában sok tekintetben a közép-amerikai banánenklávékhoz hasonlított, de a kolumbiai állam központi hatalma valamivel erősebb maradt, és az UFCO befolyása nem hatotta át az egész ország politikai életét.
A banángazdaság társadalmi hatása a Karib-parti régióban mélyreható volt. A banánövezet munkásai többségükben a belső területekről érkező szegény munkavállalók, afrokolumbiaiak, őslakosok és vegyes származású bevándorlók voltak. A munkakörülményeket a hőség, a trópusi betegségek, a malária és a sárgaláz, valamint a bizonytalan lakhatás jellemezte. A bérrendszer gyakran pénzben és áruutalványban kombinálódott, ami a munkásokat a cég által ellenőrzött boltokhoz kötötte. Ez a gyakorlat vitatott emlékezeti toposszá vált: a visszaemlékezések szerint az UFCO saját üzletei magas árakkal és mesterséges adósságcsapdákkal tartották függő helyzetben a dolgozókat, míg a vállalati iratok szerint a boltok a nehezen megközelíthető vidéki területeken a szükségletellátás egyetlen hatékony formáját jelentették. A dokumentált munkaviszonyokból és a későbbi szakszervezeti tiltakozásokból egyértelmű, hogy a munkások jogi védelme minimális volt, és a szervezkedés kezdetleges szakasza már a századfordulón megfigyelhető.
A „banánköztársaság” fogalmát itt érdemes kritikusan kezelni. A kifejezés az 1900-as évek elején angol nyelvű gúnyos irodalomból terjedt el, és olyan kis karibi államokra utalt, ahol a banánexport és az amerikai társaságok politikai befolyása államilag meghatározó volt. Kolumbia nem volt ilyen értelemben banánköztársaság: a fő exportcikk a kávé volt, amelyet elsősorban belföldi tulajdonú haciendák termeltek, és a politikai elit Antioquia, valamint a kávéövezet régióiból származott. A banángazdaság regionális enklávé maradt, amelynek súlyát azonban a Santa Marta-i és a Ciénaga-i zónában nem lehet alábecsülni. A helyi politikai vezetők gyakran összefonódtak az UFCO érdekeivel, és a cég vámkedvezményeket, földhasználati jogokat és infrastrukturális monopóliumokat élvezett. Ez a félgyarmati függési viszony az ezredforduló háborúja és a banánköztársaság témakörének kulcsfontosságú eleme, mert később az 1928-as banánmunkás-sztrájk és az azt követő erőszak egyik strukturális okozója lett. Az 1928-as eseményeket a A Violencia és a Frente Nacional alfejezet tárgyalja, de a banánzóna társadalmi feszültségei már az ezredforduló háborúja és a banánköztársaság által érintett időszakban is kimutathatók.
Az amerikai jelenlét tehát a panamai politikai beavatkozáson túl a gazdasági szférában is megmutatkozott. Az UFCO vasútvonalai, kikötői, távíró- és telefonvonalai a kolumbiai állam ellenőrzésén kívül, saját vállalati térként működtek, ami a helyi lakosság és a cég közötti konfliktusokban sokszor olyan benyomást keltett, mintha a banánzóna egy idegen hatalom területe lenne. A kolumbiai kormány a századfordulón katonailag és adminisztratív eszközökkel sem tudott hatékonyan jelen lenni a távoli, járványok sújtotta, nehéz közlekedésű Karib-parti régióban. Ezt a vákuumot töltötte ki az amerikai vállalat, és ez a körülmény alapozta meg a későbbi, erőszakkal terhelt munkás-munkaadó viszonyt.
Az ezer napos háború és Panama elszakadása együttesen mély nyomot hagyott a kolumbiai államiság önértelmezésében. A háború utáni konszolidáció nem hozott tartós békét, mert a konzervatív kormány a győzelmet elsősorban politikai ellenfelei visszaszorítására használta, és a fegyveres erőszak vidéki kultúrája tovább élt a helyi caudillók és magánhadseregek formájában. A panamai trauma pedig a nemzeti szuverenitás sérülékenységét állította a középpontba: Kolumbia a 20. század elején egyszerre tapasztalta meg az Egyesült Államok geopolitikai fölényét és a saját belső politikai megosztottságának következményeit. Emlékezetpolitikai szempontból ez a két eseménysor a mai napig hivatkozási pont: a liberális történeti hagyomány a mártírok hősiességére, a konzervatív hagyomány a rend helyreállítására, a baloldali és szakszervezeti emlékezet pedig a munkások kizsákmányolására és az amerikai imperializmusra helyezi a hangsúlyt.
Az ezredforduló háborúja és a banánköztársaság témájának megértése azért is fontos, mert a 20. századi kolumbiai erőszak elemzésekor visszatérően felmerül a kérdés: vajon a századfordulós konfliktusok mennyiben tekinthetők a későbbi, sokkal pusztítóbb erőszakhullámok előzményének. A tudományos konszenzus szerint az ezer napos háború és a panamai ügy nem közvetlen oka a későbbi Violencia periódusának, de hozzájárult a politikai kultúra militarizálódásához, a regionális hatalmi egyensúlyok megszilárdulásához, és megerősítette a kolumbiai elit azon meggyőződését, hogy a politikai konfliktusokat alkotmányos kompromisszumok helyett fegyveres erővel is lehet és kell rendezni. Ennek a folytonossági kérdésnek a részletes vizsgálata a A Violencia és a Frente Nacional alfejezetben folytatódik.
Az ezer napos háború rekonstruálására elsődlegesen korabeli újságok, kormányzati jelentések, katonai parancsok, bírósági iratok és a résztvevők visszaemlékezései, levelei szolgálnak. A legfontosabb források közé tartoznak a bogotái pártlapok, például a liberális El Espectador és a konzervatív El Colombiano, valamint a kormányzati közlönyök. Ezek a források azonban erősen elfogultak, és a kortárs sajtó sokszor túlzó áldozatszámokat vagy hamis helyzetjelentéseket közölt. A katonai iratok hivatalos csatajelentései csak a reguláris csapatok veszteségeiről adnak részleges képet, a gerillaharcok és a járványos halálozások rögzítése esetleges. A városi plébániák anyakönyvei a halálos áldozatok számának becslésére csak korlátozottan alkalmasak, mert a háború sújtotta vidéki területeken a nyilvántartások megsemmisültek vagy soha nem is voltak teljesek. Ebből adódóan a 60 000–100 000 fős áldozatszám tudományos becslés, amelyet a történészek a rendelkezésre álló töredékes adatokból és a korszak demográfiai mintáiból vezetnek le; a pontos számot nem ismerjük.
A panamai elszakadás dokumentumai jobban ismertek: a Hay–Herrán szerződés és a Hay–Bunau-Varilla szerződés szövege, a panamai függetlenségi nyilatkozat, az amerikai külügyminisztériumi levelezés és a kolumbiai kormány tiltakozó jegyzékei nyilvános levéltárakban elérhetők. A vitatott kérdések nem a szerződések léte vagy főbb tartalma körül forognak, hanem az értelmezés körül: mennyiben volt a panamai függetlenség autentikus belső mozgalom, és mennyiben amerikai mérnöki konstrukció? Az amerikai levéltári forrásokból kiderül, hogy a washingtoni kormány már a függetlenség kikiáltása előtt katonai lépéseket tervezett, de a panamai elit szereplői közötti belső vitákról és a lakosság tényleges részvételéről a források ellentmondásosak. A kolumbiai szenátus 1903-as vitájának jegyzőkönyvei szintén elfogultságokkal terheltek, mert a képviselők a szerződést később egymásra mutogatva értékelték.
A banángazdaság kapcsán a vállalati iratok egy része megsemmisült, más része azonban amerikai magánlevéltárakban kutatható. A United Fruit Company központi levelezése, éves jelentései és egyes helyi menedzserek beszámolói a vállalat belső nézőpontjából mutatják a bérleti és munkaviszonyokat. A helyi munkások és kistermelők tapasztalatairól elsősorban a későbbi sztrájkperek, újságcikkek, valamint az 1920-as években készült parlamenti vizsgálati jegyzőkönyvek adnak képet, mert szóbeli visszaemlékezéseket a 20. század közepén gyűjtöttek. A szóbeli források a munkakörülmények leírásában gyakran a sérelmekre összpontosítanak, és emlékezetpolitikai torzításokkal is számolni kell. Az adatok, például az exportmennyiségek és a munkáslétszámok, időben változó minőségűek, és a korabeli kolumbiai statisztikai hivatal nem minden régiót fedett le megbízhatóan. Ezért a banángazdaság méretére és társadalmi hatására vonatkozó állítások esetében mindig jelölni kell, hogy becslésről vagy részleges feldolgozásról van szó.