Az A szocialista Horvátország alfejezetben tárgyalt föderatív jugoszláv keret az 1980-as évek végére felbomlóban volt. Horvátország útja a függetlenségig és az azt követő háborúig nem egyetlen okra vezethető vissza, hanem a szövetségi állam válságának, a köztársasági politikai versengésnek, a nacionalista mobilizációnak és a Jugoszláv Néphadsereg (Jugoslovenska narodna armija, JNA) szerepének együttes következménye. Ez az alfejezet az 1990-es első szabad választásoktól az 1995-ös háborús végkifejletig terjedő időszakot tárgyalja, különös tekintettel a fegyveres konfliktus dinamikájára, a megszállt területek kérdésére, a lakosság elleni erőszakra és a nemzetközi beavatkozás lépéseire. A korszak megítélése a mai napig a horvát és a szerb emlékezetpolitika egyik legélesebb vitatémája, ezért az alfejezet hangsúlyosan megkülönbözteti a dokumentált eseményeket az utólagos értelmezésektől.
Horvátországban 1990 tavaszán tartották az első többpárti választásokat, amelyeken a Franjo Tuđman vezette Horvát Demokratikus Közösség (Hrvatska demokratska zajednica, HDZ) győzött. A párt a horvát nemzeti szuverenitás megerősítését tűzte zászlajára, de programja a horvátországi szerb kisebbség körében félelmet keltett. A szerb lakosság emlékezetében elevenen élt a második világháborús usztasa terror, és a HDZ retorikájában, jelképeiben sokan a régi független horvát állam rehabilitációjának jeleit látták. A félelem érzését a szerbiai politikai vezetés, elsősorban Slobodan Milošević rezsimple tudatosan fokozta, a horvát vezetést „usztasá”-nak bélyegezve, és a szerbek védelmét hangoztatva. Mindez a kölcsönös bizalmatlanság spirálját indította el, amelyben a tényleges jogi lépések és a nacionalista propaganda hatása nehezen választható el egymástól.
A horvát szábor 1990 decemberében új alkotmányt fogadott el, amely Horvátországot a horvát nép és a vele élő kisebbségek államaként határozta meg. A szerb kisebbség ezt státuszának csorbításaként értékelte. Válaszul a horvátországi szerbek – elsősorban az észak-dalmáciai Krajina, Lika, Kordun és Szlavónia területén – előbb autonómiát hirdettek, majd 1991 folyamán kikiáltották a Krajinai Szerb Köztársaság (Republika Srpska Krajina, RSK) elnevezésű államalakulatot. A „fatuskó-forradalomnak” (balvan revolucija) nevezett tiltakozássorozat 1990 augusztusában kezdődött, amikor szerb civilek fatuskókkal zárták el közutakat. A mozgalom hátterében a JNA hallgatólagos támogatása állt. A JNA vezérkara ekkor már nem semleges szövetségi intézményként működött, hanem fokozatosan a szerb politikai érdekek eszközévé vált, bár ezt az állítást a hadsereg egykori tisztjei és szerb történészek vitatják, hangsúlyozva, hogy a JNA intézményi logikája a szövetségi állam megőrzését célozta, és a hadseregen belüli megoszlás csak fokozatosan, a harcok kirobbanása után vált véglegessé.
A horvát kormány 1991 tavaszán – miután a JSZSZK elnökségében a szerb és szövetségi szervek útját állták a horvát elnök rotációs hivatalba lépésének – felgyorsította a függetlenségi előkészületeket. A horvát belügyminisztérium keretén belül létrejött a speciális rendőri egységek hálózata, amely a Nemzeti Gárda (Zbor narodne garde, ZNG) magját képezte. Ezzel párhuzamosan a szerb felkelők és a JNA egységei fokozatosan kiterjesztették az ellenőrzésüket a szerb többségű vagy szerb tömbök által lakott területekre. A harcok első nagyobb összecsapásai 1991 márciusában Pakracnál és a Plitvicei-tavaknál törtek ki. Március végén a Plitvicénél bekövetkezett halálesetek a konfliktus fegyveres szakaszának dokumentált kezdetét jelentik. A horvát és a szerb történetírás máig vitatja, hogy pontosan mikortól beszélhetünk háborúról, és hogy a korai incidensekben mekkora volt a helyi kezdeményezés, illetve a belgrádi irányítás szerepe.
Horvátország 1991. június 25-én – Szlovéniával egy napon – kikiáltotta függetlenségét. A horvát szábor határozata nyomán azonban egy három hónapos moratórium lépett életbe a szlovéniai és horvátországi katonai intervenció elkerülése érdekében. A szlovéniai tíznapos háborúban a JNA vereséget szenvedett, Horvátországban azonban a hadsereg és a szerb felkelők folytatták a területfoglalást. A moratórium lejártakor, 1991. október 8-án a horvát vezetés megerősítette a függetlenségi nyilatkozatot. A háború azonban már hónapok óta teljes intenzitással zajlott, így a jogi aktus elsősorban a nemzetközi közösség felé irányuló jelzés volt.
A nemzetközi elismerés ügye a délszláv válság egyik legvitatottabb kérdése. A Német Szövetségi Köztársaság már 1991 decemberében bejelentette, hogy egyoldalúan elismeri Horvátországot és Szlovéniát, amit az Európai Közösség többi tagállama – elsősorban Franciaország és az Egyesült Királyság – túl korainak és a konfliktust eszkalálónak tartott. Az Európai Közösség Badinter-bizottsága – Robert Badinter francia alkotmányjogász vezetésével – vizsgálta a délszláv köztársaságok elismerési kérelmét. A bizottság 1991. november 29-én közzétett véleménye szerint Jugoszlávia a felbomlás folyamatában volt, és a köztársaságok nemzetközi elismerése akkor jogszerű, ha azok megfelelnek a demokrácia, a kisebbségi jogok és a határok sérthetetlensége követelményeinek. Horvátországot és Szlovéniát 1992. január 15-én ismerték el az Európai Közösség tagállamai. Az elismerés időzítése körüli vita a mai napig tart: egyes elemzések szerint a korai elismerés elmélyítette a háborút, mivel a szerb oldal befejezett tényként kezelte a nemzetközi közösség horvátpárti beállítottságát; más értékelések szerint az elismerés csupán a már zajló agresszióra adott jogi válasz volt, és nem befolyásolta érdemben a katonai dinamikát. Az viszont dokumentált tény, hogy az ENSZ 1992. május 22-én Horvátországot és Szlovéniát is felvette tagjai közé, ami a nemzetközi jogi státusz megerősítését jelentette.
A háború 1991 második felében három fő frontszakaszon zajlott: Kelet-Szlavóniában, Nyugat-Szlavóniában és a Krajina–Dalmácia térségben. A JNA és a szerb félkatonai alakulatok a nyár folyamán elfoglalták Kelet-Szlavónia nagy részét, beleértve Vukovárt. Vukovár ostroma 1991 augusztus végétől november 18-ig tartott. A várost a horvát Nemzeti Gárda és rendőri erők több mint két hónapon át védték, miközben a JNA tüzérségi és páncélos egységei körbezárták. A város novemberi eleste után a horvát védők egy részét és több száz civilt hadifogságba hurcolták; 1991. november 20-án az ovčarai mezőgazdasági birtokon legalább 200 embert végeztek ki. Az ovčarai tömegsír feltárása és a túlélők vallomásai a háborús bűnök egyik legjobban dokumentált eseményét jelentik. A vukovári ostrom és az azt követő kivégzések a horvát nemzeti emlékezet központi traumájává váltak, míg a szerb oldal emlékezetpolitikája gyakran a város elestét katonai győzelemként, a hátterét pedig a horvát oldal provokációjaként mutatja be.
A JNA és szerb félkatonai erők által ellenőrzött területeken szisztematikus etnikai tisztogatás (etničko čišćenje) zajlott. A kifejezés a háború során vált általánossá a nemzetközi diplomáciában és sajtóban; a jelenség lényege a nem kívánatos etnikai csoportok – elsősorban horvátok, de bizonyos területeken magyarok és mások – elűzése, megfélemlítése, javainak elkobzása, nem ritkán meggyilkolása. A horvátországi szerb erők által elkövetett etnikai tisztogatások a Kelet-Szlavóniai Baranya és Nyugat-Szerémség területén, valamint a Krajina egyes részein dokumentáltak. Az ENSZ és nemzetközi emberi jogi szervezetek jelentései több tízezer ember elűzését rögzítették. A becslések szerint 1991 végére 80 000–120 000 horvát és nem szerb lakos hagyta el a szerbek által megszállt területeket. A pontos számokat a háborús körülmények és a nyilvántartások hiányosságai miatt nem lehet megbízhatóan rögzíteni; a horvát és a szerb források eltérő módszertannal dolgoznak, és a vita a mai napig tart.
A másik oldalon a horvát erők is követtek el háborús bűnöket és etnikai tisztogatásokat szerb civilek ellen. A horvát hadsereg és a horvát félkatonai alakulatok által ellenőrzött területeken – például Gospić környékén – szerb civilek elleni gyilkosságok és erőszakos kitelepítések történtek. A „Gospići csoport” néven ismertté vált horvát katonai vezetők pere a horvát igazságszolgáltatásban az 1990-es évek elején elkövetett bűnök kivizsgálására tett kísérletet, bár a per kimenetele és a felelősségre vonás mértéke vita tárgya. A horvát–boszniai hadszíntéren, Hercegovina és Bosznia egyes részein a horvát csapatok és a boszniai horvát erők 1993-ban muszlim (bosnyák) civilek ellen is elkövettek bűnöket, de ennek tárgyalása a A háborúk kirobbanása és Bosznia-Hercegovina háborúja alfejezetekbe tartozik. Fontos rögzíteni, hogy a horvátországi háborúban mindkét oldal követett el bűncselekményeket, de a dokumentált események száma, a szervezettség foka és az elkövetők hatalmi pozíciója eltérő képet mutat. A háborús bűncselekmények megítélésében a hágai Nemzetközi Törvényszék és a hazai bíróságok ítéletei a legfontosabb források, ám a felelősségre vonás szelektivitása miatt az áldozatok közösségei gyakran elégtelennek érzik az igazságszolgáltatást.
1992 januárjában a nemzetközi közvetítéssel tűzszünet lépett életbe, és az ENSZ Biztonsági Tanácsa létrehozta az ENSZ Védett Területek (United Nations Protected Areas, UNPA) koncepcióját. A védett övezetekbe négy szektort szerveztek: Kelet-Szlavónia, Nyugat-Szlavónia, Észak-Dalmácia és Lika/Kordun. A területeken békefenntartó erők állomásoztak, de a tűzszünet végrehajtása és a civilek védelme korlátozott maradt. A horvát kormány az UNPA-kat a megszállt területek „befagyasztásának” tekintette, és követelte az ország területi integritásának helyreállítását. A szerb oldal viszont az RSK-t független államként próbálta fenntartani, ám ezt a nemzetközi közösség soha nem ismerte el.
Az 1992–1995 közötti időszakot a horvát fél katonai erősítése és diplomáciai manőverezése jellemezte. A horvát hadsereg (Hrvatska vojska, HV) amerikai és európai kiképzők segítségével szervezett, reguláris haderővé fejlődött, bár a fegyverembargó hivatalosan érvényben volt. A horvát vezetés a boszniai horvát erőkkel és a boszniai kormányerőkkel való együttműködés és konfliktus dinamikáján keresztül próbálta befolyásolni a térség erőviszonyait. A horvát–bosnyák háború (1992–1994) részben párhuzamos, részben összefüggő konfliktus volt a horvátországi háborúval, de a téma kifejtése a Bosznia-Hercegovina háborúja alfejezetben történik. A horvátországi frontvonalak időközben befogytak, de időnként tüzérségi összecsapások és kisebb műveletek folytak. A szerb oldal RSK-állama gazdaságilag és katonailag a szerbiai vezetéstől függött, ugyanakkor belső viszonyai korántsem voltak egységesek.
1995 tavaszán a horvát hadsereg előbb Nyugat-Szlavóniában indított gyors offenzívát, a „Villám” hadműveletet (Bljesak), amellyel rövid idő alatt visszafoglalta a nyugat-szlavóniai szektor nagy részét. A szerb lakosság egy része elmenekült, más részét később a horvát hatóságok diszkriminatív bánásmódban részesítették; az események körülményeit a horvát és a szerb emlékezet máig eltérően értelmezi. A hadművelet során a horvát erők követtek el visszaéléseket, de a szisztematikus mérték és az áldozatok száma vitatott. A térségben a háborús bűnök vádjával később horvát tisztek ellen indultak eljárások, de a hágai törvényszék és a horvát bíróságok közötti hatásköri viták miatt a felelősségre vonás minősége egyenetlen volt.
1995 augusztusában a horvát hadsereg a boszniai kormányerőkkel és a horvátországi bosnyák erőkkel összehangoltan megindította a „Vihar” hadműveletet (Oluja), amely a Krajina nagy részének visszafoglalására irányult. A művelet 1995. augusztus 4-én hajnalban kezdődött, és néhány nap alatt a horvát erők elfoglalták a Krajina fő központjait, köztük Knint, az RSK fővárosát. Az RSK politikai és katonai vezetése a szerb lakosság jelentős részének kitelepítésére adott utasítást, amit a polgári lakosság tömeges menekülése követett. A becslések szerint 150 000–200 000 szerb hagyta el Horvátországot a hadművelet során és közvetlenül utána. A menekülők nagy része Szerbiába és a boszniai szerb területekre távozott. A nemzetközi emberi jogi szervezetek és az ENSZ jelentései dokumentálták, hogy a horvát erők által ellenőrzött területeken szerb civilek elleni gyilkosságok, fosztogatások és házak felgyújtása történt. A horvát hatóságok hivatalos álláspontja szerint a szerb lakosság távozása önkéntes volt, és a kormány a háborús bűncselekmények elkövetőit igyekezett felelősségre vonni. A hágai törvényszék a „Vihar” hadművelet kapcsán 2011-ben elítélte Ante Gotovina és Mladen Markač horvát tábornokokat, de 2012-ben a fellebbviteli tanács felmentette őket, ami a horvát és a szerb közvéleményben egyaránt mély érzelmeket kavart. A jogi vita középpontjában az ágyúzás célpontjainak megkülönböztetése, a civilek elleni erőszak elterjedtségének bizonyítottsága és a parancsnoki felelősség kérdése állt.
A háború utolsó szakasza a kelet-szlavóniai területek békés reintegrációjával zárult. Az 1995 novemberében Erdutban aláírt megállapodás alapján az ENSZ átmeneti igazgatás alá helyezte Kelet-Szlavóniát, Baranyát és Nyugat-Szerémséget, majd 1998-ban a terület fokozatosan visszakerült a horvát állam fennhatósága alá. A reintegráció modellje később a koszovói nemzetközi igazgatás egyik hivatkozási pontja lett. A horvátországi háború katonai értelemben 1995. augusztusi horvát győzelemmel ért véget, de a békeszerződéshez hasonló átfogó rendezésre nem került sor; a horvát–szerb viszony alapjait a daytoni megállapodás és a későbbi bilaterális tárgyalások teremtették meg.
A horvátországi háború emberi és anyagi költségei jelentősek voltak. A horvát kormány és nemzetközi szervezetek becslései szerint a háborúban elhunytak száma Horvátországban 6 000 és 12 000 között mozog, attól függően, hogy a közvetett halálozásokat beleszámítják-e. A pontos áldozati adatok megállapítását nehezíti, hogy a háború alatt sok temetetlen halott maradt, a nyilvántartások hiányosak, és a későbbi exhumálások adatai folyamatosan bővülnek. A horvát oldal áldozatainak hivatalos nyilvántartása szerint a meggyilkoltak többsége katona volt, de a polgári áldozatok aránya magas, különösen a megszállt területeken. A szerb oldali áldozatok között a menekülő lakosság, az idősek és a hadműveletek után ott maradt civilek szerepelnek; a szerb források és a horvát hatóságok adatai közötti eltérés jelentős.
A lakosságcsere a háború legmeghatározóbb demográfiai jelensége. A horvátországi szerbek egy része – a becslések szerint 150 000–250 000 fő – elhagyta Horvátországot, míg a horvátok és nem szerbek hasonló nagyságrendben menekültek el a megszállt területekről. A háború utáni visszatérési folyamat lassú és egyenetlen volt. A horvát kormány a nemzetközi közösség nyomására 1996-tól törvényeket fogadott el a menekültek visszatéréséről és a szerb tulajdonok védelméről, de a gyakorlatban a visszatérők hivatalos elismerése, az eltulajdonított ingatlanok visszaadása és a helyreállítási programok megvalósítása akadozott. A visszatérési jog kérdése a Horvátország és az Európai Unió közötti tárgyalások egyik feltételévé vált. A háború a gazdasági infrastruktúrában is óriási károkat okozott: a megszállt területek ipari létesítményei megsemmisültek, a turizmus a dalmát tengerparton évekre visszaesett, és a horvát állam költségvetését a védekezésre és a menekültek ellátására fordította.
A nemzetközi közösség beavatkozása a horvátországi háborúba több szakaszra tagolódott. Az Európai Közösség 1991 nyarán közvetítő missziókat küldött, de a tűzszüneti megállapodások rendre kudarcot vallottak. Az ENSZ 1992-től békefenntartó erőket telepített, amelyek jelenléte a frontvonalak befagyasztását szolgálta, de a lakosság védelmére és a megszállt területek visszaadására nem vállalkozhatott. A nemzetközi szankciók a Jugoszláv Szövetségi Köztársaságra 1992-től fokozatosan léptek életbe, ami a horvátországi szerb erők utánpótlását is nehezítette, de a konfliktus kimenetelét közvetlenül nem döntötte el. A horvátországi háború befejezéséhez a katonai erőviszonyok megváltozása mellett a nemzetközi diplomácia rugalmassága is hozzájárult. Az 1995. novemberi daytoni megállapodás – amelyet a Bosznia-Hercegovina háborúja alfejezet tárgyal – a horvátországi békefolyamatnak is keretet adott: Horvátország és a Jugoszláv Szövetségi Köztársaság kölcsönösen elismerték egymás területi integritását, és a háború lezárásának feltételeit rögzítették.
A nemzetközi szereplők megítélése a horvátországi háborúban ellentmondásos. A horvát kormányzat politikailag a nyugati államoktól várta az elismerést és a támogatást, de a fegyverembargó és a békefenntartók passzivitása miatt többször bírálta a nemzetközi közösséget. A szerb oldal viszont a nyugati hatalmakat elfogultnak tartotta a horvát függetlenség támogatása miatt, és a JNA beavatkozását legitim önvédelmi lépésként igyekezett feltüntetni. A hágai Nemzetközi Törvényszék megalapítása és a háborús bűnök üldözése hosszú távon hozzájárult a felelősségre vonáshoz, de a törvényszék működését mindkét oldal részéről érte bírálat. A horvátországi háború nemzetközi dimenziójának megértéséhez elengedhetetlen a különböző szereplők – az ENSZ, az Európai Közösség, az Amerikai Egyesült Államok, Oroszország – eltérő érdekeinek és cselekvési lehetőségeinek figyelembe vétele, amelyek közül ebben az alfejezetben a főbb döntéseket emeltük ki.
A horvátországi háború eseményeinek rekonstrukciójában az elsődleges források három csoportját különböztetjük meg: a kormányzati és katonai dokumentumok (hadműveleti naplók, határozatok, diplomáciai jegyzékek); a nemzetközi szervezetek jelentései (ENSZ BT-határozatok, a Badinter-bizottság véleményei, emberi jogi szervezetek dokumentációi); valamint a kortársi beszámolók (interjúk, naplók, sajtótudósítások). A források értelmezését alapvetően befolyásolja, hogy a háborús résztvevők eltérő terminológiát használtak: a horvát kormány „honvédő háborúnak” (Domovinski rat) nevezte a konfliktust, míg a szerb oldal „polgárháborúról” és „önvédelemről” beszélt. E megnevezések eleve értelmezési keretet adnak, ezért a tudományos szövegekben használatuk körültekintést igényel.
A legjelentősebb bizonytalanságok az áldozatszámok, a menekültek száma és az etnikai tisztogatások mértéke körül vannak. A horvát kormány hivatalos nyilvántartása a háború áldozatairól 1995 után készült, és a későbbi exhumálások, adatbázisok folyamatosan módosították a számokat. A hágai Nemzetközi Törvényszék ítéleteiben szereplő becslések is eltérő módszertanon alapulnak. A horvátországi szerbek elleni bűncselekmények dokumentálása a szerb források hiányosságai és a horvát igazságszolgáltatás szelektív eljárásai miatt töredékes. A „Vihar” hadműveletben elmenekült szerbek számára vonatkozóan a horvát és a szerb álláspont máig nem közeledik: a horvát hivatalos becslés alacsonyabb, a szerb emlékezetpolitika szerint a kitelepítés szervezett volt és előre megfontolt célokat szolgált. A tudományos konszenzus abban nincs meg, hogy a távozás mennyiben volt önkéntes, illetve mennyiben a horvát hadsereg akciójának vagy a szerb vezetés evakuálási parancsának a következménye.
A nemzetközi ismeretelméleti vita a háború értelmezési keretét is érinti. Egyes kutatók a délszláv háborúkat a kommunista rendszer örökölt feszültségei és a nacionalista elitek közötti hatalmi harc kontextusában tárgyalják; mások a modern nemzetépítés kudarcaként vagy a nemzetközi be nem avatkozás katasztrofális következményeként értelmezik. A horvátországi háború leírásakor ezeket a vitákat jelzi a szöveg, de nem foglal állást egyetlen magyarázat mellett sem. Az emlékezetpolitikai állítások – például a „honvédő háború” hivatalos horvát minősítése vagy a szerb áldozatok arányával kapcsolatos politikai nyilatkozatok – nem helyettesítik a történeti vizsgálatot, de önmagukban is forrásokként kezelendők, mivel a háború utáni társadalmi és politikai folyamatok motivációit tárják fel.